BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-331E22
Chromosome13 (Build37)
Map Location 105,739,901 - 105,902,020
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRgs7bp, 4933425L06Rik
Upstream geneNln, Sgtb, 2410002O22Rik, LOC100040518, Trim23, Ppwd1, Cenpk, Adamts6, LOC667518, Sdccag10, 3110031B13Rik, A930021C24Rik, EG238836
Downstream geneLOC100040646, LOC100040656, Rnf180, Htr1a, EG668025
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-331E22.bB6Ng01-331E22.g
ACCGA117708GA117709
length1,135739
definitionB6Ng01-331E22.b B6Ng01-331E22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(105,900,883 - 105,902,020)(105,739,901 - 105,740,634)
sequence
gaattctaagaagtttatcgttaggatgttaagtggggttacactgtaaa
ttctggggagcggaacacagaagctgaaatgggatcaaacccaacgcctg
ctacacacccgcccagagctcttccgctgagcttcagctccaccctacat
tctaaactgtagaaacttgggggcccagcctctgcagttagataatgccc
gagtctctcagttacagtatatgaatgaaagttgtttttagaggattgtt
tttaattttctgtagactcttaaagtcttaaaactcctaagtcaaccaac
ttcaaacaaaaatgaagaggctaagaccaggtccctgtcagtccagcaga
aaaacgtttccttattaaagaggtaggaaggcaaaactggtcaaaatgca
agaacttccagtgaaagacttacatctattgcttttcttttagtcaaaaa
tctaacagcacaacaggtttaaggcagatgagtgacaggtgatatcttca
taaaatttcattgacaaactcatctccagagtctggttccaaatacccaa
tcatggcagcagatgggttggtgaactcatgcaattaataacgtttctaa
gtaggactttatgaatcttacaaatgactactattactacaagctctgag
aacctgggcttggtcattttatgtcctctctaacacccgagtcacctgaa
ttaaggagtgccacatcagcatgcgtggcctctaacattgcatttgtcac
cagatttccaaggttgctctcacatcttcttacagtaatctcacggccat
ccaatgccacatcaattgggcaaagaacttcttctaacatatactaaaag
aagaaaaatagctttctaaagtcaacattccttgtgttttatcgattttt
aaatttaattttctctatttgaccacttatttttacctttcaagttaaac
atccaaagaatttactggaactcttcttttccatgtcacagtaccaaagg
ataccaaactaataaccacccacaagattcacttttaaattatgcataaa
ccacggtacatacaagttttggaacctctatcctagcttagaggccagga
aacctggttataaatatggcaataattcatgaaaa
gaattctttcacttttgatacataaatataggagaaaattccaagagctg
tttctttgcagattttaggttgaactatgtgaaattgctggttttaaaaa
tatagatcaaaacagtcaaatatcagccatttcatagaattcaacctaat
acaacaattgtccatgctctctccatcttccataaagtgaaaggctttaa
aagtatttagtttttaggccagaatattaatgtacaaataagtgcctccc
caaggctgggattaaagccacttgcaggcagctagtctgtccctcttaag
attggacacctgtgcctctggtctgactcggagatctgtcagaacaggga
acaaaagtgcaaagactcctgggaaatttcattgggggtggggggaaggg
tcaaaggaaggacaggaggaaataaaacaggatttgtagcatattacaag
ttcgtgggaaaagagcgcagcagagccatgagcagaacaacacagcgtgt
ggctccctcttttctaaaatacagtattgcttaatgtgtcccgttctcga
gagtccaagcataagacaggacacagaatacacattggaaaagtcatatc
tgcatagtcatctaaaatgagacaagcttaagcttaactaaaaacatctt
tttttcattaaataatgtaaaatgttaaatagttttatgatctgagctaa
ttccagcgtgccctataagattttaacactatgctgatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_105900883_105902020
seq2: B6Ng01-331E22.b_49_1183 (reverse)

seq1  TTTTCATGAA-TATTG-CATATTTTTATAACAGGTTT-CTGG-CTCTAAA  46
      |||||||||| ||||| ||||||| || | ||||||| |||| |||||| 
seq2  TTTTCATGAATTATTGCCATATTTATA-ACCAGGTTTCCTGGCCTCTAA-  48

seq1  AGGCTAGGATAGAGGTTTCAAAAC-TGTATGGTAACGTGGTTTATTGCAT  95
        ||||||||||||||| |||||| ||||| ||| ||||||||| |||||
seq2  --GCTAGGATAGAGGTTCCAAAACTTGTAT-GTACCGTGGTTTA-TGCAT  94

seq1  AATTTAAAAGTGAATCTTTGTTGGGTGGTTATTAGTTTGGTATTCTTTTG  145
      ||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||| || ||||
seq2  AATTTAAAAGTGAATCTT--GTGGGTGGTTATTAGTTTGGTA-TCCTTTG  141

seq1  GTACTGTGACATGGAAAAGAAGAGTTCCAGTAAATTCTTTGGATGTTTAA  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTGTGACATGGAAAAGAAGAGTTCCAGTAAATTCTTTGGATGTTTAA  191

seq1  CTTG-AAGGTAAAAATAAGTGGTCAAATAGAGAAAATTAAATTTAAAAAT  244
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAAAGGTAAAAATAAGTGGTCAAATAGAGAAAATTAAATTTAAAAAT  241

seq1  CGATAAAACACAAGGAATGTTGACTTTAGAAAGCTATTTTTCTTCTTTTA  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATAAAACACAAGGAATGTTGACTTTAGAAAGCTATTTTTCTTCTTTTA  291

seq1  GTATATGTTAGAAGAAGTTCTTTGCCCAATTGATGTGGCATTGGATGGCC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATGTTAGAAGAAGTTCTTTGCCCAATTGATGTGGCATTGGATGGCC  341

seq1  GTGAGATTACTGTAAGAAGATGTGAGAGCAACCTTGGAAATCTGGTGACA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGATTACTGTAAGAAGATGTGAGAGCAACCTTGGAAATCTGGTGACA  391

seq1  AATGCAATGTTAGAGGCCACGCATGCTGATGTGGCACTCCTTAATTCAGG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCAATGTTAGAGGCCACGCATGCTGATGTGGCACTCCTTAATTCAGG  441

seq1  TGACTCGGGTGTTAGAGAGGACATAAAATGACCAAGCCCAGGTTCTCAGA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCGGGTGTTAGAGAGGACATAAAATGACCAAGCCCAGGTTCTCAGA  491

seq1  GCTTGTAGTAATAGTAGTCATTTGTAAGATTCATAAAGTCCTACTTAGAA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGTAGTAATAGTAGTCATTTGTAAGATTCATAAAGTCCTACTTAGAA  541

seq1  ACGTTATTAATTGCATGAGTTCACCAACCCATCTGCTGCCATGATTGGGT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTTATTAATTGCATGAGTTCACCAACCCATCTGCTGCCATGATTGGGT  591

seq1  ATTTGGAACCAGACTCTGGAGATGAGTTTGTCAATGAAATTTTATGAAGA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGAACCAGACTCTGGAGATGAGTTTGTCAATGAAATTTTATGAAGA  641

seq1  TATCACCTGTCACTCATCTGCCTTAAACCTGTTGTGCTGTTAGATTTTTG  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCACCTGTCACTCATCTGCCTTAAACCTGTTGTGCTGTTAGATTTTTG  691

seq1  ACTAAAAGAAAAGCAATAGATGTAAGTCTTTCACTGGAAGTTCTTGCATT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAAAGAAAAGCAATAGATGTAAGTCTTTCACTGGAAGTTCTTGCATT  741

seq1  TTGACCAGTTTTGCCTTCCTACCTCTTTAATAAGGAAACGTTTTTCTGCT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACCAGTTTTGCCTTCCTACCTCTTTAATAAGGAAACGTTTTTCTGCT  791

seq1  GGACTGACAGGGACCTGGTCTTAGCCTCTTCATTTTTGTTTGAAGTTGGT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTGACAGGGACCTGGTCTTAGCCTCTTCATTTTTGTTTGAAGTTGGT  841

seq1  TGACTTAGGAGTTTTAAGACTTTAAGAGTCTACAGAAAATTAAAAACAAT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTAGGAGTTTTAAGACTTTAAGAGTCTACAGAAAATTAAAAACAAT  891

seq1  CCTCTAAAAACAACTTTCATTCATATACTGTAACTGAGAGACTCGGGCAT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTAAAAACAACTTTCATTCATATACTGTAACTGAGAGACTCGGGCAT  941

seq1  TATCTAACTGCAGAGGCTGGGCCCCCAAGTTTCTACAGTTTAGAATGTAG  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTAACTGCAGAGGCTGGGCCCCCAAGTTTCTACAGTTTAGAATGTAG  991

seq1  GGTGGAGCTGAAGCTCAGCGGAAGAGCTCTGGGCGGGTGTGTAGCAGGCG  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGAGCTGAAGCTCAGCGGAAGAGCTCTGGGCGGGTGTGTAGCAGGCG  1041

seq1  TTGGGTTTGATCCCATTTCAGCTTCTGTGTTCCGCTCCCCAGAATTTACA  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTTTGATCCCATTTCAGCTTCTGTGTTCCGCTCCCCAGAATTTACA  1091

seq1  GTGTAACCCCACTTAACATCCTAACGATAAACTTCTTAGAATTC  1138
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAACCCCACTTAACATCCTAACGATAAACTTCTTAGAATTC  1135

seq1: chr13_105739901_105740634
seq2: B6Ng01-331E22.g_66_804

seq1  GAATTCTTTCACTTTTGATACATAAATATAGGAGAAAATTCCAAGAGCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCACTTTTGATACATAAATATAGGAGAAAATTCCAAGAGCTG  50

seq1  TTTCTTTGCAGATTTTAGGTTGAACTATGTGAAATTGCTGGTTTTAAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTGCAGATTTTAGGTTGAACTATGTGAAATTGCTGGTTTTAAAAA  100

seq1  TATAGATCAAAACAGTCAAATATCAGCCATTTCATAGAATTCAACCTAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGATCAAAACAGTCAAATATCAGCCATTTCATAGAATTCAACCTAAT  150

seq1  ACAACAATTGTCCATGCTCTCTCCATCTTCCATAAAGTGAAAGGCTTTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAATTGTCCATGCTCTCTCCATCTTCCATAAAGTGAAAGGCTTTAA  200

seq1  AAGTATTTAGTTTTTAGGCCAGAATATTAATGTACAAATAAGTGCCTCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTATTTAGTTTTTAGGCCAGAATATTAATGTACAAATAAGTGCCTCCC  250

seq1  CAAGGCTGGGATTAAAGCCACTTGCAGGCAGCTAGTCTGTCCCTCTTAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCTGGGATTAAAGCCACTTGCAGGCAGCTAGTCTGTCCCTCTTAAG  300

seq1  ATTGGACACCTGTGCCTCTGGTCTGACTCGGAGATCTGTCAGAACAGGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGACACCTGTGCCTCTGGTCTGACTCGGAGATCTGTCAGAACAGGGA  350

seq1  ACAAAAGTGCAAAGACTCCTGGGAAATTTCATTGGGGGTGGGGGGAAGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAGTGCAAAGACTCCTGGGAAATTTCATTGGGGGTGGGGGGAAGGG  400

seq1  TCAAAGGAAGGACAGGAGGAAATAAAACAGGATTTGTAGCATATTACAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGGAAGGACAGGAGGAAATAAAACAGGATTTGTAGCATATTACAAG  450

seq1  TTCGTGGGAAAAGAGCGCAGCAGAGCCATGAGCAGAACAACACAGCGTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGTGGGAAAAGAGCGCAGCAGAGCCATGAGCAGAACAACACAGCGTGT  500

seq1  GGCTCCCTCTTTTCTAAAATACAGTATTGCTTAATGTGTCCCGTTCTCGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCCCTCTTTTCTAAAATACAGTATTGCTTAATGTGTCCCGTTCTCGA  550

seq1  GAGTCCAAGCATAAGACAGGACACAGAATACACATTGGAAAAGTCATATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCCAAGCATAAGACAGGACACAGAATACACATTGGAAAAGTCATATC  600

seq1  TGCATAGTCATCTAAAATGAGACAAGC-TAAGCTTAACT-AAAACATC-T  647
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |
seq2  TGCATAGTCATCTAAAATGAGACAAGCTTAAGCTTAACTAAAAACATCTT  650

seq1  TTTTTCATT-AATAATGTAAAATGTTAAATAGTTTTATGATCTGAGCTAA  696
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCATTAAATAATGTAAAATGTTAAATAGTTTTATGATCTGAGCTAA  700

seq1  TTCCAGCATGCCCTATAAGA-TTTAACACTATGCTGATG  734
      ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGCGTGCCCTATAAGATTTTAACACTATGCTGATG  739