BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-333M05
Chromosome13 (Build37)
Map Location 110,438,277 - 110,593,484
singlet/doubletdoublet
Overlap genePde4d
Upstream geneEG668144, LOC621663, LOC100040968
Downstream geneLOC100040577, Rab3c, EG432803, 9830130M13Rik, Plk2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-333M05.bB6Ng01-333M05.g
ACCGA119448GA119449
length1,1941,017
definitionB6Ng01-333M05.b B6Ng01-333M05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(110,592,281 - 110,593,484)(110,438,277 - 110,439,290)
sequence
gaattctgtgtgcacacaggaggacatatctgctacttcttactcctgat
gcttagatattcagagaaaattaactttggaggtttatttagcaacccga
aactttatacctctatataatccatataaaaatttaaagacatcaaattc
cagtgagtgaattaaaaatgtaattttacttttgccttcattggctatgt
aaatccttttggtgatacaaggaatccaaatgaattaagcacaaaaacca
aacaaaacaaagcacaaacaaacaagcaacaacaacaaagaaactatccc
atagctgcaaagggtgcccttgactgcaactccttgccattacagatatc
ctgtatctcagactgtcaagcttcagttgagaacagatcgttttcactgg
cataattctatgccagaaaattaacgtaatgtctactagacataagtact
cttacaaatagttaacagaaatataatatatgggtttaaaaataaattta
agaagttaatgactccagttcttattttggttaaactggaataaataaac
acagctggaagaaacttctttgttttccccaacaaacatattacaaaata
ttaccttagttatatttagactaaacacaaaatatgtactttgtctctac
atgcataaaatatgtttatacaatactcaagaagttagtatcaactgatt
ctctctgggacatgttttaatattggaaacttgaaagtccattatctgtt
ttaaagttttcaattacagaaaagcttataggcaggcatggctggtaatt
actccaggcttcctaggatggaacatggctcttcgaagggtgggtgctga
agagagccaattctttaagtatgtaaacaagccatttcctcagaagtgca
cgaaggcctgactcactgtcttgccacaccaaattacttagcctggtgca
aatcatctaaaaggtttccaaacttttattttcagattggatttgaaaat
tctccttgccctgatcctgcggagaggagagaaggtagaggtgcgaagac
tgatcaggatattgggtaagacttcccacagaagacacagcagaatgaca
actgccctgtgctgcttttcagagtaaatttaccttaataataaacagaa
atactgaaaggtgtgtatcactagatagctcccctcgacgtctt

gaattccacctcaaacaaaacaaacaactcagaacgtaaggctttttggg
cgtttattaaatgtcttgagtatgcatttttagccgtctgtgtacccaga
cacttaatattgagtataatttgagacgaaagctgcatagcctgcccttt
aatatggtcagttcatgatagttatcattattcaaaagaataagctataa
tatctgtgtgtatgtatgcacctgtgtagcgtgtatgtgtggatgtgggt
gtgtagatgtgcacacatgcacatggaggccaaaggcctacatcaagtat
tttatttcattgctctccatcttgtctttggaggtgaggtccctcactga
acccggtgactactggttgctttgactggctgcccagcaagtttcaagac
ctgcctgtcactgcccctgcccttccccctccccgccagccctgggacta
ctgcaatgcacaaccacacccagctttttattttccacatcaggtctggg
gatctgaactcaggcccccaggcttgtgcatcaggcactttactgacaga
gcccatccccgcattgctttaaagttcatgctattcaacaggggttaaac
actataacatttgtttatggaacaagactaattttctacttttctatttt
aactgtcatacatccctttggagttgatcaaagccatgccatttatacac
acatatgaatgtgttatgtgtatttggatatagtccatatggttatatat
gtatattttatataactgttcagtagcttcactcagaaaaaaatcatatc
tactgacttttgctgagtctttaagtcctagatgggtgctttatgtataa
tcacaaagtcaatattctttatggaaattattatttatttgaaatcacta
ctattagcttttctacttacagaatgatgacaaattctggcccattctgc
ttaggtatcctgatgcactcaagtaggttcctgctaggtagctaaattta
ttgatccatctgacaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_110592281_110593484
seq2: B6Ng01-333M05.b_48_1241 (reverse)

seq1  AAGACGTCTGAGGGGAGCCTAAATCTAGGTTGAATACACACTTTTCAGTA  50
      |||||||| |||||||||    ||||||  || |||||||| ||||||||
seq2  AAGACGTC-GAGGGGAGC---TATCTAG--TG-ATACACACCTTTCAGTA  43

seq1  TTTCTGTTTAATTTATTAAGGTAAATTTTTAACTCTGAAAAGCAAGCACA  100
      ||||||||||  ||||||||||||||||   |||||||||||| ||||||
seq2  TTTCTGTTTA--TTATTAAGGTAAATTT---ACTCTGAAAAGC-AGCACA  87

seq1  GGGCAGTTTGTCA-TCTGCTGTGTC-TCTGTGGGAAGTCTTACCCAATTA  148
      |||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||  
seq2  GGGCAG-TTGTCATTCTGCTGTGTCTTCTGTGGGAAGTCTTACCCAATAT  136

seq1  TCTGATCAGTC-TCGCACCTCTACC-TCTCTCCTCTCCGCAGGATCAGGG  196
       |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGATCAGTCTTCGCACCTCTACCTTCTCTCCTCTCCGCAGGATCAGGG  186

seq1  CAAGGAGAATTTTCAAATCCAATCTGAAAATAAAAGTTTGGAAACCTTTT  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGAGAATTTTCAAATCCAATCTGAAAATAAAAGTTTGGAAACCTTTT  236

seq1  AGATGATTTGCACCAGGCTAAGTAATTTGGTGTGGCAAGACAGTGAGTCA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGATTTGCACCAGGCTAAGTAATTTGGTGTGGCAAGACAGTGAGTCA  286

seq1  GGCCTTCGTGCACTTCTGAGGAAATGGCTTGTTTACATACTTAAAGAATT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTCGTGCACTTCTGAGGAAATGGCTTGTTTACATACTTAAAGAATT  336

seq1  GGCTCTCTTCAGCACCCACCCTTCGAAGAGCCATGTTCCATCCTAGGAAG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCTCTTCAGCACCCACCCTTCGAAGAGCCATGTTCCATCCTAGGAAG  386

seq1  CCTGGAGTAATTACCAGCCATGCCTGCCTATAAGCTTTTCTGTAATTGAA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGAGTAATTACCAGCCATGCCTGCCTATAAGCTTTTCTGTAATTGAA  436

seq1  AACTTTAAAACAGATAATGGACTTTCAAGTTTCCAATATTAAAACATGTC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTAAAACAGATAATGGACTTTCAAGTTTCCAATATTAAAACATGTC  486

seq1  CCAGAGAGAATCAGTTGATACTAACTTCTTGAGTATTGTATAAACATATT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGAGAATCAGTTGATACTAACTTCTTGAGTATTGTATAAACATATT  536

seq1  TTATGCATGTAGAGACAAAGTACATATTTTGTGTTTAGTCTAAATATAAC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGCATGTAGAGACAAAGTACATATTTTGTGTTTAGTCTAAATATAAC  586

seq1  TAAGGTAATATTTTGTAATATGTTTGTTGGGGAAAACAAAGAAGTTTCTT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGTAATATTTTGTAATATGTTTGTTGGGGAAAACAAAGAAGTTTCTT  636

seq1  CCAGCTGTGTTTATTTATTCCAGTTTAACCAAAATAAGAACTGGAGTCAT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTGTGTTTATTTATTCCAGTTTAACCAAAATAAGAACTGGAGTCAT  686

seq1  TAACTTCTTAAATTTATTTTTAAACCCATATATTATATTTCTGTTAACTA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTCTTAAATTTATTTTTAAACCCATATATTATATTTCTGTTAACTA  736

seq1  TTTGTAAGAGTACTTATGTCTAGTAGACATTACGTTAATTTTCTGGCATA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTAAGAGTACTTATGTCTAGTAGACATTACGTTAATTTTCTGGCATA  786

seq1  GAATTATGCCAGTGAAAACGATCTGTTCTCAACTGAAGCTTGACAGTCTG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTATGCCAGTGAAAACGATCTGTTCTCAACTGAAGCTTGACAGTCTG  836

seq1  AGATACAGGATATCTGTAATGGCAAGGAGTTGCAGTCAAGGGCACCCTTT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACAGGATATCTGTAATGGCAAGGAGTTGCAGTCAAGGGCACCCTTT  886

seq1  GCAGCTATGGGATAGTTTCTTTGTTGTTGTTGCTTGTTTGTTTGTGCTTT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCTATGGGATAGTTTCTTTGTTGTTGTTGCTTGTTTGTTTGTGCTTT  936

seq1  GTTTTGTTTGGTTTTTGTGCTTAATTCATTTGGATTCCTTGTATCACCAA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGTTTGGTTTTTGTGCTTAATTCATTTGGATTCCTTGTATCACCAA  986

seq1  AAGGATTTACATAGCCAATGAAGGCAAAAGTAAAATTACATTTTTAATTC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGATTTACATAGCCAATGAAGGCAAAAGTAAAATTACATTTTTAATTC  1036

seq1  ACTCACTGGAATTTGATGTCTTTAAATTTTTATATGGATTATATAGAGGT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACTGGAATTTGATGTCTTTAAATTTTTATATGGATTATATAGAGGT  1086

seq1  ATAAAGTTTCGGGTTGCTAAATAAACCTCCAAAGTTAATTTTCTCTGAAT  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGTTTCGGGTTGCTAAATAAACCTCCAAAGTTAATTTTCTCTGAAT  1136

seq1  ATCTAAGCATCAGGAGTAAGAAGTAGCAGATATGTCCTCCTGTGTGCACA  1196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAAGCATCAGGAGTAAGAAGTAGCAGATATGTCCTCCTGTGTGCACA  1186

seq1  CAGAATTC  1204
      ||||||||
seq2  CAGAATTC  1194


seq1: chr13_110438277_110439290
seq2: B6Ng01-333M05.g_64_1080

seq1  GAATTCCACCTCAAACAAAACAAACAACTCAGAACGTAAGGCTTTTTGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACCTCAAACAAAACAAACAACTCAGAACGTAAGGCTTTTTGGG  50

seq1  CGTTTATTAAATGTCTTGAGTATGCATTTTTAGCCGTCTGTGTACCCAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTTATTAAATGTCTTGAGTATGCATTTTTAGCCGTCTGTGTACCCAGA  100

seq1  CACTTAATATTGAGTATAATTTGAGACGAAAGCTGCATAGCCTGCCCTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTAATATTGAGTATAATTTGAGACGAAAGCTGCATAGCCTGCCCTTT  150

seq1  AATATGGTCAGTTCATGATAGTTATCATTATTCAAAAGAATAAGCTATAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGGTCAGTTCATGATAGTTATCATTATTCAAAAGAATAAGCTATAA  200

seq1  TATCTGTGTGTATGTATGCACCTGTGTAGCGTGTATGTGTGGATGTGGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTGTGTGTATGTATGCACCTGTGTAGCGTGTATGTGTGGATGTGGGT  250

seq1  GTGTAGATGTGCACACATGCACATGGAGGCCAAAGGCCTACATCAAGTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAGATGTGCACACATGCACATGGAGGCCAAAGGCCTACATCAAGTAT  300

seq1  TTTATTTCATTGCTCTCCATCTTGTCTTTGGAGGTGAGGTCCCTCACTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTCATTGCTCTCCATCTTGTCTTTGGAGGTGAGGTCCCTCACTGA  350

seq1  ACCCGGTGACTACTGGTTGCTTTGACTGGCTGCCCAGCAAGTTTCAAGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCGGTGACTACTGGTTGCTTTGACTGGCTGCCCAGCAAGTTTCAAGAC  400

seq1  CTGCCTGTCACTGCCCCTGCCCTTCCCCCTCCCCGCCAGCCCTGGGACTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTGTCACTGCCCCTGCCCTTCCCCCTCCCCGCCAGCCCTGGGACTA  450

seq1  CTGCAATGCACAACCACACCCAGCTTTTTATTTTCCACATCAGGTCTGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAATGCACAACCACACCCAGCTTTTTATTTTCCACATCAGGTCTGGG  500

seq1  GATCTGAACTCAGGCCCCCAGGCTTGTGCATCAGGCACTTTACTGACAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTGAACTCAGGCCCCCAGGCTTGTGCATCAGGCACTTTACTGACAGA  550

seq1  GCCCATCCCCGCATTGCTTTAAAGTTCATGCTATTCAACAGGGGTTAAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCATCCCCGCATTGCTTTAAAGTTCATGCTATTCAACAGGGGTTAAAC  600

seq1  ACTATAACATTTGTTTATGGAACAAGACTAATTTTCTACTTTTCTATTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATAACATTTGTTTATGGAACAAGACTAATTTTCTACTTTTCTATTTT  650

seq1  AACTGTCATACATCCCTTTGGAGTTGATCAAAGCCATGCCATTTATACAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTCATACATCCCTTTGGAGTTGATCAAAGCCATGCCATTTATACAC  700

seq1  ACATATGAATGTGTTATGTGTATTTGGATATAGTCCATATGGTTATATAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATGAATGTGTTATGTGTATTTGGATATAGTCCATATGGTTATATAT  750

seq1  GTATA-TTTATATAACTGTTCAGTAGCTTCACTCAGAAAAAAATCATATC  799
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATTTTATATAACTGTTCAGTAGCTTCACTCAGAAAAAAATCATATC  800

seq1  TACTGACTTTTGCTGAGGTCTTTAAGTCCTAGATGGGTGCTTTATGTATA  849
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGACTTTTGCTGA-GTCTTTAAGTCCTAGATGGGTGCTTTATGTATA  849

seq1  ATCAC-AAGTCAATATTCTTTATGGAAATTATTATTTTATTTGAAATCAC  898
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ATCACAAAGTCAATATTCTTTATGGAAATTATTA-TTTATTTGAAATCAC  898

seq1  TACTATTAGCTTTTCTACTTACAGAATGATGAC-AATTCTGG-CCATTCT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||
seq2  TACTATTAGCTTTTCTACTTACAGAATGATGACAAATTCTGGCCCATTCT  948

seq1  GGTTTAGGTTATCCTGAGGCACTCAAGT-GGTTCTTGGCAGGTAGC-AAA  994
       | ||||| |||||||| |||||||||| ||||| ||  ||||||| |||
seq2  -GCTTAGG-TATCCTGATGCACTCAAGTAGGTTCCTGCTAGGTAGCTAAA  996

seq1  TTT-TTGATCCCACTGACACA  1014
      ||| |||||||  ||||||||
seq2  TTTATTGATCCATCTGACACA  1017


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |