BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-338M10
Chromosome13 (Build37)
Map Location 70,088,116 - 70,276,398
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG620143, LOC100042291
Upstream geneAdcy2, LOC218332, Pols, A530095I07Rik, Srd5a1, Nsun2, LOC100042260, 3110006E14Rik, 4930547H16Rik, Med10
Downstream gene4930520P13Rik, EG633042, BC018507, EG620473, Adamts16, 8030423J24Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-338M10.bB6Ng01-338M10.g
ACCGA122962GA122963
length1,0711,106
definitionB6Ng01-338M10.b B6Ng01-338M10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(70,088,116 - 70,089,184)(70,275,285 - 70,276,398)
sequence
gaattcagtatacactgaaaggcagaagaaactggagtatgaaattagga
tggggtggagacagcagggagagggcacccatctggggagacgcagaaca
gtcaggctgcactgatggatttttctaagatcgattctttgaaggtgatg
ttttaagggtggatttttctgctctgttattgttgggaaaacccttatag
acgtgtcagaggaatcttcctaggatgattgactgtaaatcctgtcaatg
acgaagaccaaccaccaaacgtttgattgaggcttatcaaccttgtatcc
ttgtgctatgcagcctccctccacgcgccacatcatccgtgtcttctctc
taagtggacacctagcctgcattttatgcttcacatctcaggaggaaaaa
ccattggctctcaccagtggctatgaggcaaagtgacctgtgaaccgtgt
gctttaatgccattaaccacccctagctccttctctgccctgtcttggtt
taccctacacagggcattctgctcctctcagaagccatagatcgacaaat
gaaaggcccagtgccgtgtgtgtaatacattctctccagctgttggtcag
ggtgtcctggagatccctcagaacaatagaggctgttgccattactcctg
gctgctcagtggtcagttgctatttcatggtcagaagataccatgcactc
tgaccacaagatagagaggtgaagctggtgctcactggaggggtggggtg
gctttctccatgctggttggctcccttagcactggaaggttctatgtggg
ctgctagggcaaatgccatcacaaatcacacctggctgtgagctctgtga
aacacaacaatcaacaggatatgggcctcaggtgcaacagtggtacagat
cttatgggtgcaaccatttgttttccgtttcggatttaaggcccactccg
caggggacacaaatacttggtaatgttaatctgctaggaatctacaggta
atggcagtactgttacttctggctgggaatccacagtttggggactcaga
gactacagagggggttggggg

gaattcacccgcaaatcccctgaaaacttctggaagagtcaatgaagaag
gaagaagaaactggcagcaagaattgatcactagaagctttagaagtaag
gtatttgttttatcaggccactcgtgtctcaggctcatcttgaattcatt
ctgcagctcagcttggactgcaaggaggataggtgtgtatcaccatggct
gtttgtatttgatgctgcaaatggagctcagggctttgcgtgttgtcagc
taagctactacccactcagttccatccctagctctagaacgggctgtcaa
cattcataggggcaaaccttcatgtcactgtctgggtttggacagactta
cagaattggaaatctttaaggggtggccactgcagtgtcttgatgaccac
aaacgatcctggaatcaggaaaaataaaaaggaaaatgaagaaataaatc
ctgaggaacacaagcaagctcctgggggatctgtatgaaacccgacagtc
ttccacactgtagaagaggcaattcctttgtgtgctcattattgatggag
gatggggtaagtaccatcccgtagcatcccgtgaaagtgttgcagcaggc
aggaggtgtgggatgcctgctttctcatagctgcctccaaatgagaagtg
atcgccatgcacggggcctgcagagtcccttccttactttgtttctaaag
taaaggaagtcttagtagatctttatcacatctattatatgaaacttgct
tgtatttaatgcatgattttagttttaaacacatttgtgatgactttaat
gtttagaatgaggaggggtagaagaatccacacattttgggatccctctt
atctctatttaaaaacaaacatggggggggcggttcacagaccactattt
aagacataatatcaataaccatgggtaccttatatatgtcaaaggtttta
aaatacagataagttaataaaatatatcagcaagtttggcagaactaatg
catttatgcagaggatgcctttgtttattatccagcagcagcagcagcag
cagcagcagctggggacaattgtttacctgattttaccggctcctgaagt
catggc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_70088116_70089184
seq2: B6Ng01-338M10.b_44_1114

seq1  GAATTCAGTATACACTGAAAGGCAGAAGAAACTGGAGTATGAAATTAGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTATACACTGAAAGGCAGAAGAAACTGGAGTATGAAATTAGGA  50

seq1  TGGGGTGGAGACAGCAGGGAGAGGGCACCCATCTGGGGAGACGCAGAACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGTGGAGACAGCAGGGAGAGGGCACCCATCTGGGGAGACGCAGAACA  100

seq1  GTCAGGCTGCACTGATGGATTTTTCTAAGATCGATTCTTTGAAGGTGATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGGCTGCACTGATGGATTTTTCTAAGATCGATTCTTTGAAGGTGATG  150

seq1  TTTTAAGGGTGGATTTTTCTGCTCTGTTATTGTTGGGAAAACCCTTATAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAGGGTGGATTTTTCTGCTCTGTTATTGTTGGGAAAACCCTTATAG  200

seq1  ACGTGTCAGAGGAATCTTCCTAGGATGATTGACTGTAAATCCTGTCAATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTGTCAGAGGAATCTTCCTAGGATGATTGACTGTAAATCCTGTCAATG  250

seq1  ACGAAGACCAACCACCAAACGTTTGATTGAGGCTTATCAACCTTGTATCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGAAGACCAACCACCAAACGTTTGATTGAGGCTTATCAACCTTGTATCC  300

seq1  TTGTGCTATGCAGCCTCCCTCCACGCGCCACATCATCCGTGTCTTCTCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGCTATGCAGCCTCCCTCCACGCGCCACATCATCCGTGTCTTCTCTC  350

seq1  TAAGTGGACACCTAGCCTGCATTTTATGCTTCACATCTCAGGAGGAAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTGGACACCTAGCCTGCATTTTATGCTTCACATCTCAGGAGGAAAAA  400

seq1  CCATTGGCTCTCACCAGTGGCTATGAGGCAAAGTGACCTGTGAACCGTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTGGCTCTCACCAGTGGCTATGAGGCAAAGTGACCTGTGAACCGTGT  450

seq1  GCTTTAATGCCATTAACCACCCCTAGCTCCTTCTCTGCCCTGTCTTGGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTAATGCCATTAACCACCCCTAGCTCCTTCTCTGCCCTGTCTTGGTT  500

seq1  TACCCTACACAGGGCATTCTGCTCCTCTCAGAAGCCATAGATCGACAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCTACACAGGGCATTCTGCTCCTCTCAGAAGCCATAGATCGACAAAT  550

seq1  GAAAGGCCCAGTGCCGTGTGTGTAATACATTCTCTCCAGCTGTTGGTCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGCCCAGTGCCGTGTGTGTAATACATTCTCTCCAGCTGTTGGTCAG  600

seq1  GGTGTCCTGGAGATCCCTCAGAACAATAGAGGCTGTTGCCATTACTCCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTCCTGGAGATCCCTCAGAACAATAGAGGCTGTTGCCATTACTCCTG  650

seq1  GCTGCTCAGTGGTCAGTTGCTATTTCATGGTCAGAAGATACCATGCACTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTCAGTGGTCAGTTGCTATTTCATGGTCAGAAGATACCATGCACTC  700

seq1  TGACCACAAGATAGAGAGGTGAAGCTGGTGCTCACTGGAGGGGTGGGGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCACAAGATAGAGAGGTGAAGCTGGTGCTCACTGGAGGGGTGGGGTG  750

seq1  GCTTTCTCCATGCTGGTTGGCTCCCTTAGCACTGGAAGGTTCTATGTGGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTCTCCATGCTGGTTGGCTCCCTTAGCACTGGAAGGTTCTATGTGGG  800

seq1  CTGCTAGGGCAAATGCCATCACAAATCACACCTGGCTGTGAGCTCTGTGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTAGGGCAAATGCCATCACAAATCACACCTGGCTGTGAGCTCTGTGA  850

seq1  AACACAACAATCAACAGGATAT-GGCCTCAGGTGCAACAGTGGTACAGAT  899
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACAACAATCAACAGGATATGGGCCTCAGGTGCAACAGTGGTACAGAT  900

seq1  CTTATGGGTGCAACCATTTGTTTTCCG-TTCGGATTTAAGGCCCACTCCG  948
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATGGGTGCAACCATTTGTTTTCCGTTTCGGATTTAAGGCCCACTCCG  950

seq1  CAGGGGGACACAAATACTTGGTAATGTTAATCTGCTAGGAATCTACAGG-  997
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CA-GGGGACACAAATACTTGGTAATGTTAATCTGCTAGGAATCTACAGGT  999

seq1  AATGGCAGGTACTGTTAC-TCTGGCTGGGAATCCACAGTTGGGGAACTCA  1046
      ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||
seq2  AATGGCA-GTACTGTTACTTCTGGCTGGGAATCCACAGTTTGGGGACTCA  1048

seq1  GAGACCACAGAGGGGGTTGGGGG  1069
      ||||| |||||||||||||||||
seq2  GAGACTACAGAGGGGGTTGGGGG  1071


seq1: chr13_70275285_70276398
seq2: B6Ng01-338M10.g_70_1175 (reverse)

seq1  GCCATGACTTCTGGGAGCCCTGTAAAACACAGTAAACAA-TGTCCCCAGG  49
      |||||||||||  |||| || ||||||    |||||||| |||||||| |
seq2  GCCATGACTTC-AGGAG-CCGGTAAAATCAGGTAAACAATTGTCCCCA-G  47

seq1  CTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTTGGAT-ATAAACAAAGCATTCCTC  98
      ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||   |||||
seq2  CTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC-TGGATAATAAACAAAGGCATCCTC  96

seq1  TGCATAAATTGCATTAGTTCTGCCAAACTTTGCTGATAATATTTTATTTA  148
      |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||
seq2  TGCATAAA-TGCATTAGTTCTGCCAAAC-TTGCTGAT-ATATTTTA-TTA  142

seq1  ACTTTATCTGTATTTTAAAAACCTTTGACATATATAAGGTACCCATGGTT  198
      || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AC-TTATCTGTATTTT-AAAACCTTTGACATATATAAGGTACCCATGGTT  190

seq1  ATTGATATTATTGTCTTAAATAGTGGTCTGTGAACCG-CCCCCCCATGTT  247
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  ATTGATATTA-TGTCTTAAATAGTGGTCTGTGAACCGCCCCCCCCATGTT  239

seq1  TGTTTTTTAAATAGAGATAAGAGGGATCCC-AAATGTGTGGATTCTTCTA  296
      || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TG-TTTTTAAATAGAGATAAGAGGGATCCCAAAATGTGTGGATTCTTCTA  288

seq1  CCCCTCCTCATTCTAAACATTGAAGTCATCACAAATGTGTTTAAAACTAA  346
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTCCTCATTCTAAACATTAAAGTCATCACAAATGTGTTTAAAACTAA  338

seq1  AATCATGCATTAAATACAAGCAAGTTTCATATAATAGATGTGATAAAGAT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCATGCATTAAATACAAGCAAGTTTCATATAATAGATGTGATAAAGAT  388

seq1  CTACTAAGACTTCCTTTACTTTAGAAACAAAGTAAGGAAGGGACTCTGCA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTAAGACTTCCTTTACTTTAGAAACAAAGTAAGGAAGGGACTCTGCA  438

seq1  GGCCCCGTGCATGGCGATCACTTCTCATTTGGAGGCAGCTATGAGAAAGC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCCGTGCATGGCGATCACTTCTCATTTGGAGGCAGCTATGAGAAAGC  488

seq1  AGGCATCCCACACCTCCTGCCTGCTGCAACACTTTCACGGGATGCTACGG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATCCCACACCTCCTGCCTGCTGCAACACTTTCACGGGATGCTACGG  538

seq1  GATGGTACTTACCCCATCCTCCATCAATAATGAGCACACAAAGGAATTGC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTACTTACCCCATCCTCCATCAATAATGAGCACACAAAGGAATTGC  588

seq1  CTCTTCTACAGTGTGGAAGACTGTCGGGTTTCATACAGATCCCCCAGGAG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCTACAGTGTGGAAGACTGTCGGGTTTCATACAGATCCCCCAGGAG  638

seq1  CTTGCTTGTGTTCCTCAGGATTTATTTCTTCATTTTCCTTTTTATTTTTC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTTGTGTTCCTCAGGATTTATTTCTTCATTTTCCTTTTTATTTTTC  688

seq1  CTGATTCCAGGATCGTTTGTGGTCATCAAGACACTGCAGTGGCCACCCCT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTCCAGGATCGTTTGTGGTCATCAAGACACTGCAGTGGCCACCCCT  738

seq1  TAAAGATTTCCAATTCTGTAAGTCTGTCCAAACCCAGACAGTGACATGAA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGATTTCCAATTCTGTAAGTCTGTCCAAACCCAGACAGTGACATGAA  788

seq1  GGTTTGCCCCTATGAATGTTGACAGCCCGTTCTAGAGCTAGGGATGGAAC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTGCCCCTATGAATGTTGACAGCCCGTTCTAGAGCTAGGGATGGAAC  838

seq1  TGAGTGGGTAGTAGCTTAGCTGACAACACGCAAAGCCCTGAGCTCCATTT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGGGTAGTAGCTTAGCTGACAACACGCAAAGCCCTGAGCTCCATTT  888

seq1  GCAGCATCAAATACAAACAGCCATGGTGATACACACCTATCCTCCTTGCA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCATCAAATACAAACAGCCATGGTGATACACACCTATCCTCCTTGCA  938

seq1  GTCCAAGCTGAGCTGCAGAATGAATTCAAGATGAGCCTGAGACACGAGTG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAAGCTGAGCTGCAGAATGAATTCAAGATGAGCCTGAGACACGAGTG  988

seq1  GCCTGATAAAACAAATACCTTACTTCTAAAGCTTCTAGTGATCAATTCTT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGATAAAACAAATACCTTACTTCTAAAGCTTCTAGTGATCAATTCTT  1038

seq1  GCTGCCAGTTTCTTCTTCCTTCTTCATTGACTCTTCCAGAAGTTTTCAGG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCCAGTTTCTTCTTCCTTCTTCATTGACTCTTCCAGAAGTTTTCAGG  1088

seq1  GGATTTGCGGGTGAATTC  1114
      ||||||||||||||||||
seq2  GGATTTGCGGGTGAATTC  1106


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |