BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-341E04
Chromosome13 (Build37)
Map Location 81,218,035 - 81,302,694
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG666984, Gpr98
Upstream geneLOC382780, EG666933, Arrdc3, LOC666964, LOC100043074, LOC218368, LOC666979
Downstream geneLysmd3, Polr3g, 2900024O10Rik, Cetn3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-341E04.bB6Ng01-341E04.g
ACCGA124700GA124701
length1,1671,120
definitionB6Ng01-341E04.b B6Ng01-341E04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(81,218,035 - 81,219,199)(81,301,582 - 81,302,694)
sequence
gaattccttcagtgacagactcttacttcaaaatttaagatgaaacaaac
cctttcctctccaggttgtttttagccatggtgtttctcatcacaataga
attcccagctaagacaacctgtaagctgaacacaccatttcctccaacac
catttgcgttgtattccagccacataaaagcaaacaaggacagaaaattt
tgatttctacctggaattaagacagagtagtaggaatgaataaggagtga
tacacctggcaagaacagctcagggagagctcaaatgatggcagagaggc
aaggcagagaccatagcatggctggattgctaaaaaagtgtttaagtgca
tcaaaatatgcactggactcaggtgctcacctaatgcagtgcaactgtaa
aagaaaggtgggagggggtctcttatgtagagattgttggggttcatcta
cataacatttagctcaatactatatgcttagttactctaacatatagata
ccctgtgactgagtagctagccaaatggactattttgtccacagagtgct
gcatgaaagtttccattcattcaccctttctcagtccacttgcaagtact
gaagccttctgagaacctcagaggtgaagctgcaaccaaatgggaggagc
cagttgctccaagagtaaggtaccgtgtgaagccaccgaaagctgagttt
tggttgtcaatgcttctagcactagttgtcataaataatgtagtctctct
tttggtgtgctgttttcttttacactattgtaaaaagaaactagaggatt
gcagaaaataaaagtattacccaagaagacggtggtggtgggcagatgag
agaagacagatcctctgggtctggagggcctcatgagttgggaaacattc
tgtagatgtgctgatctaattttagcactgagatagacaactctaaatgt
gtcttgattggcatatacataagttgacttacttttgacagctgtaacta
aacatgctattattctattttacacatattaaagaggcacaataatttat
taggaaagattatggggaaaaaacagaccctagttctaaatataaattga
caaatataacatcttattctaaggtttttccaaatgcttatgacacctca
agagaaacaagggaggc

gaattccacagatactttgtaatttgatcaatttctttctttattaacca
ccatccacactgtacaaagaagatgcactgatgaggtctaagtgcactga
tctatatgtatagagataggaatttagaaagccctttgagcctacatcta
cttaacagaacagtaatctgtctattgtaggcctctgggctccccaacca
tgggttatgtgggtttggccagacttatgatgctgtgcacgcgtgggttt
cctcttgaggagcagacttgaagtagttgtttacaccgtaagattcatgc
cactactgcacccttggccttttgttgctacaagaacctatttttaaagg
ggttggacagaacattttcagtcacagtttgaatgtggtagagcttcttc
aaaacacttaagatcttgttgcagaagcactgaaatgagaagggcgttct
aatattagaaccatgtttaggacgtgtgatcagagattggggaaacaagc
tgaccaaatgtggtgaaagttgtttctataaataaaagcacacccatgag
tgcttttttaaaaatgtattccacatattggcctaatgctgattgaccag
ttctgagacataaatgtcttgcatttttaaataggcccatatgcttccag
gtatatttgaaaacattggtgagtgcttgtgtgttgtagaatcagtgtta
aaacagggtaagaagtccacgtgcacactataatctcaccaaaaagtaaa
tcagaaaccagaagcatccttgtaaccaaatagctattaatttcagattg
ggaaccaggcttttgaaacaagaccttttgatacctttttttcacccaca
atttacctatttttctaattgaaaattagtgccctggcagagataacccc
atagctatcttaactccccaccgtttgatcaccatgcttctgttctggac
tgatgagtctgttttagtagcatattcctaactaaaactctggaggtcag
tggaggtaagactgaaaacaagtactttagaagcctggaaacacgtgata
aactttcagcctcatgaatgaaggtgtatttttataatggaggtcaataa
actgtttgtcacctgcatgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_81218035_81219199
seq2: B6Ng01-341E04.b_41_1207

seq1  GAATTCCTTCAGTGACAGACTCTTACTTCAAAATTTAAGATGAAACAAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTCAGTGACAGACTCTTACTTCAAAATTTAAGATGAAACAAAC  50

seq1  CCTTTCCTCTCCAGGTTGTTTTTAGCCATGGTGTTTCTCATCACAATAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCCTCTCCAGGTTGTTTTTAGCCATGGTGTTTCTCATCACAATAGA  100

seq1  ATTCCCAGCTAAGACAACCTGTAAGCTGAACACACCATTTCCTCCAACAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCCAGCTAAGACAACCTGTAAGCTGAACACACCATTTCCTCCAACAC  150

seq1  CATTTGCGTTGTATTCCAGCCACATAAAAGCAAACAAGGACAGAAAATTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGCGTTGTATTCCAGCCACATAAAAGCAAACAAGGACAGAAAATTT  200

seq1  TGATTTCTACCTGGAATTAAGACAGAGTAGTAGGAATGAATAAGGAGTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTCTACCTGGAATTAAGACAGAGTAGTAGGAATGAATAAGGAGTGA  250

seq1  TACACCTGGCAAGAACAGCTCAGGGAGAGCTCAAATGATGGCAGAGAGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACCTGGCAAGAACAGCTCAGGGAGAGCTCAAATGATGGCAGAGAGGC  300

seq1  AAGGCAGAGACCATAGCATGGCTGGATTGCTAAAAAAGTGTTTAAGTGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCAGAGACCATAGCATGGCTGGATTGCTAAAAAAGTGTTTAAGTGCA  350

seq1  TCAAAATATGCACTGGACTCAGGTGCTCACCTAATGCAGTGCAACTGTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAATATGCACTGGACTCAGGTGCTCACCTAATGCAGTGCAACTGTAA  400

seq1  AAGAAAGGTGGGAGGGGGTCTCTTATGTAGAGATTGTTGGGGTTCATCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAGGTGGGAGGGGGTCTCTTATGTAGAGATTGTTGGGGTTCATCTA  450

seq1  CATAACATTTAGCTCAATACTATATGCTTAGTTACTCTAACATATAGATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAACATTTAGCTCAATACTATATGCTTAGTTACTCTAACATATAGATA  500

seq1  CCCTGTGACTGAGTAGCTAGCCAAATGGACTATTTTGTCCACAGAGTGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTGACTGAGTAGCTAGCCAAATGGACTATTTTGTCCACAGAGTGCT  550

seq1  GCATGAAAGTTTCCATTCATTCACCCTTTCTCAGTCCACTTGCAAGTACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGAAAGTTTCCATTCATTCACCCTTTCTCAGTCCACTTGCAAGTACT  600

seq1  GAAGCCTTCTGAGAACCTCAGAGGTGAAGCTGCAACCAAATGGGAGGAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCCTTCTGAGAACCTCAGAGGTGAAGCTGCAACCAAATGGGAGGAGC  650

seq1  CAGTTGCTCCAAGAGTAAGGTACCGTGTGAAGCCACCGAAAGCTGAGTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTGCTCCAAGAGTAAGGTACCGTGTGAAGCCACCGAAAGCTGAGTTT  700

seq1  TGGTTGTCAATGCTTCTAGCACTAGTTGTCATAAATAATGTAGTCTCTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTGTCAATGCTTCTAGCACTAGTTGTCATAAATAATGTAGTCTCTCT  750

seq1  TTTGGTGTGCTGTTTTCTTTTACACTATTGTAAAAAGAAACTAGAGGATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTGTGCTGTTTTCTTTTACACTATTGTAAAAAGAAACTAGAGGATT  800

seq1  GCAGAAAATAAAAGTATTACCCAAGAAGACGGTGGTGGTGGGCAGATGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAAAATAAAAGTATTACCCAAGAAGACGGTGGTGGTGGGCAGATGAG  850

seq1  AGAAGACAGATCCTCTGGGTCTGGAGGGCCTCATGAGTTGGGAAACATTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGACAGATCCTCTGGGTCTGGAGGGCCTCATGAGTTGGGAAACATTC  900

seq1  TGTAGATGTGCTGATCTAATTTTAGCACTGAGATAGACAACTCTAAATGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGATGTGCTGATCTAATTTTAGCACTGAGATAGACAACTCTAAATGT  950

seq1  GTCTTGATTGGCATATACATAAGTTGACTTACTTTTGACAGCTGTAACTA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GTCTTGATTGGCATATACATAAGTTGACTTACTTTTGACAGCTGTAACT-  999

seq1  AAACATGCTATTA-TCTATTTTACACATA-TAAAGAGGCACAATAATTTA  1048
      ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AAACATGCTATTATTCTATTTTACACATATTAAAGAGGCACAATAATTTA  1049

seq1  TTAGGAAAGATTAAGGGGAAAAAACAGACCCTAGGTTCT-AATATAAATT  1097
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
seq2  TTAGGAAAGATTATGGGGAAAAAACAGACCCTA-GTTCTAAATATAAATT  1098

seq1  GACAAATAT-ACATCT--ATCTAAAGGTTTTTCAAATGCTAATGCCCACC  1144
      ||||||||| ||||||   ||||| | |||| |||||||| |||  ||||
seq2  GACAAATATAACATCTTATTCTAAGGTTTTTCCAAATGCTTATG-ACACC  1147

seq1  TCAGAGAGAACCAGGGGAGGC  1165
      ||| |||||| || |||||||
seq2  TCA-AGAGAAACAAGGGAGGC  1167


seq1: chr13_81301582_81302694
seq2: B6Ng01-341E04.g_64_1183 (reverse)

seq1  GCATGCA-GTGAC-AACAGTT--ATGACCT-CATTATAAAAATAACACC-  44
      ||||||| ||||| |||||||   |||||| |||||||||||| ||||| 
seq2  GCATGCAGGTGACAAACAGTTTATTGACCTCCATTATAAAAAT-ACACCT  49

seq1  TCATTCATGAGGCTG-AAGTTTATCACGTGTTTCCAGGCTTCTAAAGTAC  93
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTCATGAGGCTGAAAGTTTATCACGTGTTTCCAGGCTTCTAAAGTAC  99

seq1  TTG-TTTCAGTCTTACCT-CACTGACCTCCAGAGTTTTAGTTAGGAATAT  141
      ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTCAGTCTTACCTCCACTGACCTCCAGAGTTTTAGTTAGGAATAT  149

seq1  GCTACTAAAACAGACTCATCAGTCCAGAACAAGAAGCATGGTGATCAAAC  191
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GCTACTAAAACAGACTCATCAGTCCAGAAC-AGAAGCATGGTGATCAAAC  198

seq1  GGTGGGGAGTTAAGATAGCTATGGGGTTATCTCTGCCAGGGCACTAATTT  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGGAGTTAAGATAGCTATGGGGTTATCTCTGCCAGGGCACTAATTT  248

seq1  TCAATTAGAAAAATAGGTAAATTGTGGGTGAAAAAAAGGTATCAAAAGGT  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATTAGAAAAATAGGTAAATTGTGGGTGAAAAAAAGGTATCAAAAGGT  298

seq1  CTTGTTTCAAAAGCCTGGTTCCCAATCTGAAATTAATAGCTATTTGGTTA  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTTCAAAAGCCTGGTTCCCAATCTGAAATTAATAGCTATTTGGTTA  348

seq1  CAAGGATGCTTCTGGTTTCTGATTTACTTTTTGGTGAGATTATAGTGTGC  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGATGCTTCTGGTTTCTGATTTACTTTTTGGTGAGATTATAGTGTGC  398

seq1  ACGTGGACTTCTTACCCTGTTTTAACACTGATTCTACAACACACAAGCAC  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTGGACTTCTTACCCTGTTTTAACACTGATTCTACAACACACAAGCAC  448

seq1  TCACCAATGTTTTCAAATATACCTGGAAGCATATGGGCCTATTTAAAAAT  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCAATGTTTTCAAATATACCTGGAAGCATATGGGCCTATTTAAAAAT  498

seq1  GCAAGACATTTATGTCTCAGAACTGGTCAATCAGCATTAGGCCAATATGT  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGACATTTATGTCTCAGAACTGGTCAATCAGCATTAGGCCAATATGT  548

seq1  GGAATACATTTTTAAAAAAGCACTCATGGGTGTGCTTTTATTTATAGAAA  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATACATTTTTAAAAAAGCACTCATGGGTGTGCTTTTATTTATAGAAA  598

seq1  CAACTTTCACCACATTTGGTCAGCTTGTTTCCCCAATCTCTGATCACACG  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTTTCACCACATTTGGTCAGCTTGTTTCCCCAATCTCTGATCACACG  648

seq1  TCCTAAACATGGTTCTAATATTAGAACGCCCTTCTCATTTCAGTGCTTCT  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAAACATGGTTCTAATATTAGAACGCCCTTCTCATTTCAGTGCTTCT  698

seq1  GCAACAAGATCTTAAGTGTTTTGAAGAAGCTCTACCACATTCAAACTGTG  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACAAGATCTTAAGTGTTTTGAAGAAGCTCTACCACATTCAAACTGTG  748

seq1  ACTGAAAATGTTCTGTCCAACCCCTTTAAAAATAGGTTCTTGTAGCAACA  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAAATGTTCTGTCCAACCCCTTTAAAAATAGGTTCTTGTAGCAACA  798

seq1  AAAGGCCAAGGGTGCAGTAGTGGCATGAATCTTACGGTGTAAACAACTAC  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCCAAGGGTGCAGTAGTGGCATGAATCTTACGGTGTAAACAACTAC  848

seq1  TTCAAGTCTGCTCCTCAAGAGGAAACCCACGCGTGCACAGCATCATAAGT  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGTCTGCTCCTCAAGAGGAAACCCACGCGTGCACAGCATCATAAGT  898

seq1  CTGGCCAAACCCACATAACCCATGGTTGGGGAGCCCAGAGGCCTACAATA  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCAAACCCACATAACCCATGGTTGGGGAGCCCAGAGGCCTACAATA  948

seq1  GACAGATTACTGTTCTGTTAAGTAGATGTAGGCTCAAAGGGCTTTCTAAA  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGATTACTGTTCTGTTAAGTAGATGTAGGCTCAAAGGGCTTTCTAAA  998

seq1  TTCCTATCTCTATACATATAGATCAGTGCACTTAGACCTCATCAGTGCAT  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTATCTCTATACATATAGATCAGTGCACTTAGACCTCATCAGTGCAT  1048

seq1  CTTCTTTGTACAGTGTGGATGGTGGTTAATAAAGAAAGAAATTGATCAAA  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTTGTACAGTGTGGATGGTGGTTAATAAAGAAAGAAATTGATCAAA  1098

seq1  TTACAAAGTATCTGTGGAATTC  1113
      ||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAAAGTATCTGTGGAATTC  1120


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |