BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-341H19
Chromosome13 (Build37)
Map Location 115,396,926 - 115,441,808
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4930467J12Rik
Upstream geneSnag1, Hspb3, EG632832, LOC622701, LOC100040927, Arl15, A430090L17Rik, Ndufs4, LOC100040958, Fst
Downstream geneMocs2, Itga2, LOC100040975, Itga1, Pelo, LOC100041023, LOC547402
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-341H19.bB6Ng01-341H19.g
ACCGA124856GA124857
length1,1911,141
definitionB6Ng01-341H19.b B6Ng01-341H19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(115,440,601 - 115,441,808)(115,396,926 - 115,398,066)
sequence
gaattcagtggtaatgatatgttccagacctgggataggataagtaattc
ataccaccccatgtgtgggttctgacttcatggaccagcaagggagttat
cagactttataggattcccccatgcatttctgctgactcagactgggacg
taaaatatagaatggcatgctgggacagagtggtttttttaaactccttc
agggagtctttgttcctaaatcaataattggatcctacatgttcacatac
aagtgagtgcttgctgtgtatgtacaaaatgaattagtttaggtgataag
gtaaatcgtttggaaaaaatcactctaagataatcccatgtaattgccaa
tgtgacattaaatgaggtctggattcataatgttctttatttaactttgc
tttcacatactatgatgctttaaaactacaggcctatttaagtgtatggc
tgcatatggcttttttccttgtatatgaaatgcacagaagtacagttgtt
tacttggtcttctatgaagttgaatatttatcagtatctcggcagttact
accactttcttagaacaagcgtctagtagagattaactttattgtagttc
accaatgacggttttaattgtaataagggcagtttatgtttatcaagaac
ttcccagatgctgagcatcttaagagacaccactagactccacaaaatag
catcatgcaatagatggtagccatggtagccccttgtggcaaaccttcta
tgtaaaggtgacaaagtcaagttgcctaacttcagaagaaactctttaaa
atattacgcaaaaattcgaaggtcaagaatgtgatgcttaaaggcattta
taaagatgagaatctaaaattctagactacggatgttttaaaatgtggtt
gagaacatcgccctattagtggaatgcctgcttaacacacacagcacccc
agttcaccctccagtgctgcatgcatgtactcagaggtagagcagaggat
agatcagtcttcagctacataccaaatgagctagcactagctattatagc
ccttgtctcaagaaatgtttaaatgtatctaaggattatcccacctcagt
catgaaggtgtgcttcaatcttggagctccattgtgaaagtcagctacta
gcatagcgtgttggctcagcaacactcactattgacttctc

gaattcactctgaagtactgaggacttgatttgccacccttcctcggcta
tcttcagaatggctgaagacacaaaggtgaacctagatgattagccttct
cctggtggacttgtggccatggtggtggagcagttactagctacagagaa
agtgcctcagtgaccatcgcatggccaaaggaactcgacacccacactca
cctcctcaccagttggctcttctgaagcgctgttaggtccctggaaacca
gagtcgggataggggtcgggcaaaaccagcataaatcttctgtctctcgt
ggtttctctaaaagtttttaattagggaaaattcttcccttgccccaaat
gagaacttgtatagttccatgacctttatggtcttaaaaaaatgcagtct
ccctggaatcatttatggtgtctaatttcatgtcataatcaaaacttaga
acttgaattaaaatagaaccccaccccccacctcatagaacagaataaaa
tagaatctcctttttccccagtgaggcttgcttctgggctgtctacttgc
tttggccttgattcccttccctgttgttagccttagctatttatccttat
cccacaaggatgaagttaagggggcatgggagacctgaggattagcggtc
ttcaccctttgtccatgtggtccagatgagtattggtttagtttgttcca
gatcctataaggcttagaactcagattaactatcaagtcgtcctgagcac
cattttcaagtggctttacatgtgtggccacactcatgcctttccacaaa
gacagattgccggcacaatccagtctacagccctacaggccttccctgct
ggctttagatcagaagctggccgtttccagagtatctatggctgtgtacc
aagtgactcagtggcttcaagtaaaaatgattttcttaatatcctggtgg
ctcttttaggtttgctgagtgctgccatgccaggttaatctgaatactac
tcagacactgataacattgcttcctgctagagcttagaatggccggagga
ccaagaatagcttgttttattggcttgtggctgggaacaacaggtgagtc
cttgaaggcttggttggtctctctgtgttatagggccttgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_115440601_115441808
seq2: B6Ng01-341H19.b_47_1237 (reverse)

seq1  GAGAAGTC-ATAGTGATGTTTGCTTGGAGCCACACA-GCTATGCTTATGT  48
      |||||||| |||||||   |||||  |||||| ||| ||||||||  |  
seq2  GAGAAGTCAATAGTGAGTGTTGCT--GAGCCA-ACACGCTATGCTAGT--  45

seq1  TAGGCTGTACTTCCAACCATGAGCCTTCAAGA-TGGAGCACACC-TCATG  96
         |||| |||| | || |||   || ||||| || |||||||| |||||
seq2  --AGCTG-ACTTTC-ACAATGGAGCTCCAAGATTGAAGCACACCTTCATG  91

seq1  ACTGA-GTGGGATTTATCCCTTAGATTACATTTTAAACCATTTCTTTGAG  145
      ||||| ||||||  ||  ||||||| |||||||  || |||||| |||||
seq2  ACTGAGGTGGGA--TAATCCTTAGA-TACATTT--AAACATTTC-TTGAG  135

seq1  ACAAGGGCTAATATAGCTAGTGCTAGCCTCCATTTGGTATGTAGCTGAAG  195
      ||||||||||  |||||||||||||||   ||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGGCTATAATAGCTAGTGCTAGC--TCATTTGGTATGTAGCTGAAG  183

seq1  ACTGATCTTAATCCTCCTGCCTCTACCTCCTGAGTACATGCATGCAGCAC  245
      ||||||||  ||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  ACTGATCT--ATCCT-CTG-CTCTACCT-CTGAGTACATGCATGCAGCAC  228

seq1  TGGAGGGTGAACTGGGGTGCTGTGTGTGTTAAGCAGGCATTCCACTAATA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGGTGAACTGGGGTGCTGTGTGTGTTAAGCAGGCATTCCACTAATA  278

seq1  GGGCGATGTTCTCAACCACATTTTAAAACATCCGTAGTCTAGAATTTTAG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCGATGTTCTCAACCACATTTTAAAACATCCGTAGTCTAGAATTTTAG  328

seq1  ATTCTCATCTTTATAAATGCCTTTAAGCATCACATTCTTGACCTTCGAAT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTCATCTTTATAAATGCCTTTAAGCATCACATTCTTGACCTTCGAAT  378

seq1  TTTTGCGTAATATTTTAAAGAGTTTCTTCTGAAGTTAGGCAACTTGACTT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCGTAATATTTTAAAGAGTTTCTTCTGAAGTTAGGCAACTTGACTT  428

seq1  TGTCACCTTTACATAGAAGGTTTGCCACAAGGGGCTACCATGGCTACCAT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACCTTTACATAGAAGGTTTGCCACAAGGGGCTACCATGGCTACCAT  478

seq1  CTATTGCATGATGCTATTTTGTGGAGTCTAGTGGTGTCTCTTAAGATGCT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTGCATGATGCTATTTTGTGGAGTCTAGTGGTGTCTCTTAAGATGCT  528

seq1  CAGCATCTGGGAAGTTCTTGATAAACATAAACTGCCCTTATTACAATTAA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATCTGGGAAGTTCTTGATAAACATAAACTGCCCTTATTACAATTAA  578

seq1  AACCGTCATTGGTGAACTACAATAAAGTTAATCTCTACTAGACGCTTGTT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCGTCATTGGTGAACTACAATAAAGTTAATCTCTACTAGACGCTTGTT  628

seq1  CTAAGAAAGTGGTAGTAACTGCCGAGATACTGATAAATATTCAACTTCAT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGAAAGTGGTAGTAACTGCCGAGATACTGATAAATATTCAACTTCAT  678

seq1  AGAAGACCAAGTAAACAACTGTACTTCTGTGCATTTCATATACAAGGAAA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGACCAAGTAAACAACTGTACTTCTGTGCATTTCATATACAAGGAAA  728

seq1  AAAGCCATATGCAGCCATACACTTAAATAGGCCTGTAGTTTTAAAGCATC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCCATATGCAGCCATACACTTAAATAGGCCTGTAGTTTTAAAGCATC  778

seq1  ATAGTATGTGAAAGCAAAGTTAAATAAAGAACATTATGAATCCAGACCTC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTATGTGAAAGCAAAGTTAAATAAAGAACATTATGAATCCAGACCTC  828

seq1  ATTTAATGTCACATTGGCAATTACATGGGATTATCTTAGAGTGATTTTTT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAATGTCACATTGGCAATTACATGGGATTATCTTAGAGTGATTTTTT  878

seq1  CCAAACGATTTACCTTATCACCTAAACTAATTCATTTTGTACATACACAG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACGATTTACCTTATCACCTAAACTAATTCATTTTGTACATACACAG  928

seq1  CAAGCACTCACTTGTATGTGAACATGTAGGATCCAATTATTGATTTAGGA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCACTCACTTGTATGTGAACATGTAGGATCCAATTATTGATTTAGGA  978

seq1  ACAAAGACTCCCTGAAGGAGTTTAAAAAAACCACTCTGTCCCAGCATGCC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGACTCCCTGAAGGAGTTTAAAAAAACCACTCTGTCCCAGCATGCC  1028

seq1  ATTCTATATTTTACGTCCCAGTCTGAGTCAGCAGAAATGCATGGGGGAAT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTATATTTTACGTCCCAGTCTGAGTCAGCAGAAATGCATGGGGGAAT  1078

seq1  CCTATAAAGTCTGATAACTCCCTTGCTGGTCCATGAAGTCAGAACCCACA  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATAAAGTCTGATAACTCCCTTGCTGGTCCATGAAGTCAGAACCCACA  1128

seq1  CATGGGGTGGTATGAATTACTTATCCTATCCCAGGTCTGGAACATATCAT  1195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGGTGGTATGAATTACTTATCCTATCCCAGGTCTGGAACATATCAT  1178

seq1  TACCACTGAATTC  1208
      |||||||||||||
seq2  TACCACTGAATTC  1191


seq1: chr13_115396926_115398066
seq2: B6Ng01-341H19.g_67_1207

seq1  GAATTCACTCTGAAGTACTGAGGACTTGATTTGCCACCCTTCCTCGGCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCTGAAGTACTGAGGACTTGATTTGCCACCCTTCCTCGGCTA  50

seq1  TCTTCAGAATGGCTGAAGACACAAAGGTGAACCTAGATGATTAGCCTTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAGAATGGCTGAAGACACAAAGGTGAACCTAGATGATTAGCCTTCT  100

seq1  CCTGGTGGACTTGTGGCCATGGTGGTGGAGCAGTTACTAGCTACAGAGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGTGGACTTGTGGCCATGGTGGTGGAGCAGTTACTAGCTACAGAGAA  150

seq1  AGTGCCTCAGTGACCATCGCATGGCCAAAGGAACTCGACACCCACACTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCCTCAGTGACCATCGCATGGCCAAAGGAACTCGACACCCACACTCA  200

seq1  CCTCCTCACCAGTTGGCTCTTCTGAAGCGCTGTTAGGTCCCTGGAAACCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTCACCAGTTGGCTCTTCTGAAGCGCTGTTAGGTCCCTGGAAACCA  250

seq1  GAGTCGGGATAGGGGTCGGGCAAAACCAGCATAAATCTTCTGTCTCTCGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCGGGATAGGGGTCGGGCAAAACCAGCATAAATCTTCTGTCTCTCGT  300

seq1  GGTTTCTCTAAAAGTTTTTAATTAGGGAAAATTCTTCCCTTGCCCCAAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTCTCTAAAAGTTTTTAATTAGGGAAAATTCTTCCCTTGCCCCAAAT  350

seq1  GAGAACTTGTATAGTTCCATGACCTTTATGGTCTTAAAAAAATGCAGTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAACTTGTATAGTTCCATGACCTTTATGGTCTTAAAAAAATGCAGTCT  400

seq1  CCCTGGAATCATTTATGGTGTCTAATTTCATGTCATAATCAAAACTTAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGAATCATTTATGGTGTCTAATTTCATGTCATAATCAAAACTTAGA  450

seq1  ACTTGAATTAAAATAGAACCCCACCCCCCACCTCATAGAACAGAATAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGAATTAAAATAGAACCCCACCCCCCACCTCATAGAACAGAATAAAA  500

seq1  TAGAATCTCCTTTTTCCCCAGTGAGGCTTGCTTCTGGGCTGTCTACTTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATCTCCTTTTTCCCCAGTGAGGCTTGCTTCTGGGCTGTCTACTTGC  550

seq1  TTTGGCCTTGATTCCCTTCCCTGTTGTTAGCCTTAGCTATTTATCCTTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGCCTTGATTCCCTTCCCTGTTGTTAGCCTTAGCTATTTATCCTTAT  600

seq1  CCCACAAGGATGAAGTTAAGGGGGCATGGGAGACCTGAGGATTAGCGGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACAAGGATGAAGTTAAGGGGGCATGGGAGACCTGAGGATTAGCGGTC  650

seq1  TTCACCCTTTGTCCATGTGGTCCAGATGAGTATTGGTTTAGTTTGTTCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACCCTTTGTCCATGTGGTCCAGATGAGTATTGGTTTAGTTTGTTCCA  700

seq1  GATCCTATAAGGCTTAGAACTCAGATTAACTATCAAGTCGTCCTGAGCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCTATAAGGCTTAGAACTCAGATTAACTATCAAGTCGTCCTGAGCAC  750

seq1  CATTTTCAAGTGGCTTTACATGTGTGGCCACACTCATGCCTTTCCACAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTCAAGTGGCTTTACATGTGTGGCCACACTCATGCCTTTCCACAAA  800

seq1  GACAGATTGCCGGCACAATCCAGTCTACAGCCCTACAGGCCTTCCCTGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGATTGCCGGCACAATCCAGTCTACAGCCCTACAGGCCTTCCCTGCT  850

seq1  GGCTTTAGATCAGAAGCTGGCCG-TTCCAGAGTATCTATGGCTGTGTACC  899
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTAGATCAGAAGCTGGCCGTTTCCAGAGTATCTATGGCTGTGTACC  900

seq1  AAGTGACTCAGTGGCTTCAAGTAAAAATGA-TTTCTT-ATATCCT-GTGG  946
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||
seq2  AAGTGACTCAGTGGCTTCAAGTAAAAATGATTTTCTTAATATCCTGGTGG  950

seq1  CTC-TTTAGGTTTGCTGAGTGCTGCCATGCCAGGTTTATCTG-ATACTAC  994
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
seq2  CTCTTTTAGGTTTGCTGAGTGCTGCCATGCCAGGTTAATCTGAATACTAC  1000

seq1  TCAGACACTGATAACATTGCTTCCTGCTAGAGGCTTAG-ATGGCCGGAGG  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||
seq2  TCAGACACTGATAACATTGCTTCCTGCTAGA-GCTTAGAATGGCCGGAGG  1049

seq1  ACCCAAGATAGCCTGTTTTATTGGC-TGTTGCTGGGGACAACAAGGGTGG  1092
      ||| |  ||||| |||||||||||| ||| |||||| ||||||  ||| |
seq2  ACCAAGAATAGCTTGTTTTATTGGCTTGTGGCTGGGAACAACA--GGT-G  1096

seq1  AGTCACTGGGAAAGCTTGGTGGGTCTCTTCTGTTGTTATAGGGGCTTGG  1141
      ||||  |  ||| ||||||| |||||| |||| |||||||||| |||||
seq2  AGTCCTT--GAAGGCTTGGTTGGTCTC-TCTG-TGTTATAGGGCCTTGG  1141


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |