BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-346D06
Chromosome13 (Build37)
Map Location 68,038,511 - 68,222,330
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC666185, LOC100042687, LOC100042692, LOC674779
Upstream genePtdss1, Zfp712, Zfp708, Zfp759, Rsl1, LOC674699, Zfp455, Zfp458, Zfp457, A230042K10Rik, E130120F12Rik, Zfp456, 2810487A22Rik, Zfp459, C330011K17Rik, LOC666098, 9630025I21Rik, Zfp817, Zfp87, Zfp748, A530054K11Rik, LOC328277, 3830402I07Rik, EG666137, Zfp85-rs1, LOC674597, Zfp273, BC048507
Downstream geneLOC677603, LOC100042124, LOC666222, AA414992, LOC666238, EG666245, EG666272, LOC100042223, Mtrr, LOC100042233, Fastkd3, 1700001L19Rik, Adcy2, LOC666205
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-346D06.bB6Ng01-346D06.g
ACCGA128164GA128165
length1,0941,191
definitionB6Ng01-346D06.b B6Ng01-346D06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(68,221,249 - 68,222,330)(68,038,511 - 68,039,714)
sequence
gaattcccaaggcctgagatcttccacagatgcacacctggggaatccgt
tctgggctcttagtgtatccctcacaaagccctgtagttttctttgattg
gttcccttggcaagggagacagataaagactaatgatctgtatacgtgtt
tggaatgtgtattgattgaacttgtgctgtgcaagtctagatttcttttt
cttgcatttttttctttctgtccttgggaaaaataatgcataattgcatg
ctctgtcacttgctgacaccactaaccaccggatgcaatgtctacttatg
ctcacagttctcaggacacactgattcctctaccgcaggttgtgccttgg
tcatgtgtagctgagacaggaaatcacaagctcgagatgatgatactttc
tgtcctcagtgcttttctctcttatcctcctggtagctcaaatgtgtgca
gagatgttatgcctagacctctggcttgactgatcaggacggataatgcc
tttgaatagcctaaggaaaagtaatagaagatggagcttgttacggtttg
tatatgtttggcccagtgagtggcactattagaagaagtagccttgttgg
agtaggtatatccctcttggagtaggtgtgtctccacgggtatgggtttt
aagaccctcatcctagctacctggaatccagtattctgctagcagccttc
agatgaagatgtagaactctctactcctcctgcatcctgcctgcctggat
gctgccatgcttccagccttgatgataatggactgaacctctgaacctgc
aagccagcaccaattaaatgttgtcctttataagacttgcctttggtctc
agtacctgttcatagcagtaaaaaccctaagacaaagctgtttggaaaca
tttcagagcagagtccttgttaagggacaggatgggtggattttatcttc
ccactttccaccagatgattagctacaaccagatgacagcagaatttcct
cagtcctctttcttgacgctcagtagcctcaaagaaccttgttatcttta
gccagttgagtggttgctggtgagggctagaaaaacccccatag
gaattcccaaggccccagatcttccacagatgcacactggaggaaactgt
tctgggctgttagtgtatccctcacaaagcactgtggttttctttgattg
gttcccttggcaagggagatggatacagactgatggtctgtatacttgtt
tggaatgtgtattgattgaacttgtgctgtacacgtctagatttcttttt
cttgcatttcttctttctctcctagggaaaaataatgcataattgcatac
tctgtcagttgctgacatcactaaccaccagatgcaatgtctccttatgc
tcacagttctcaggacacactgattcctctacagtaggctgtgccttgct
catgtgtagctgagacaggaaatcacaagcttgagatgatgatactttct
gtcctgagtgcttttccatcttatcctcctgttagctcaaacgtgtgcag
agatgttatggctagacctctggcttagctgatcagcaggaataatgcct
ttgaaaagcctaaggaaaagtaatagaagatggagcttgttacagcttga
atatgtttggcccagggagtggcactattagaagaaatagccttgttgga
gtaggtatgtccctcttggagtaggtgtgtcaccgtgggtatgggtttta
agaccctcattctagctacctcgaagccactattctgctatcagccttca
gatgaagatgtaaaactctctactcctcctgcatcctgcctgcctggatg
ctgccatgcttccagccttgatgataatggactgaacatctgaacctgta
agccagcaccaattaaatgttgtccttataagacttgcctttggtctcgg
tacctgttcatagcagtaaaaccctaagacagagcttgttggaaccattt
cagagcagagtccttggtaagggacagatgggtggagttcatcttcccac
tttctaccagatgattagctaacaaccaaatgacagcagaattctgagtc
tccatttctgacatcagtagctcaagacctatatatttttagccagttga
gtgttgctgtgagctaaggagaacctttgggaaagaataagtagaatatc
tagttatcttgaattctgttacctcaatcttctcattcgagctagccgaa
aaattaattcatgagagaaatgttatccagatgtggctcta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_68221249_68222330
seq2: B6Ng01-346D06.b_46_1139 (reverse)

seq1  CTATAGGGGTTTTCTTAG-CCTCACCAGCAACACCTCAACTGGCTAAAGT  49
      |||| ||||||||  ||| |||||||||||||  ||||||||||||||| 
seq2  CTATGGGGGTTTTTCTAGCCCTCACCAGCAACCACTCAACTGGCTAAAGA  50

seq1  ATACA--GGTCTTTGAGCTAACTGA-CGTC-AGAAAGGAGACTGAG--AA  93
        |||  | ||||||||   ||||| |||| ||||||  |||||||  ||
seq2  TAACAAGGTTCTTTGAGGCTACTGAGCGTCAAGAAAGAGGACTGAGGAAA  100

seq1  TTCTGCTGTCATCTGGTTGTTAGCTAATCATCTGGTGGAAAGTGGGAAGA  143
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCTGTCATCTGGTTG-TAGCTAATCATCTGGTGGAAAGTGGGAAGA  149

seq1  TAAACTCCACCCAT-CTGTCCCTTAACAAGGACTCTGCTCTG-AATGTTT  191
      |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TAAAATCCACCCATCCTGTCCCTTAACAAGGACTCTGCTCTGAAATGTTT  199

seq1  CC-AACAGCTTTGTCTTA-GGTTTTTACTGCTATGAACAGGTACTGAGAC  239
      || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACAGCTTTGTCTTAGGGTTTTTACTGCTATGAACAGGTACTGAGAC  249

seq1  C-AAGGCAAGTCTTAT-AAGGACAACATTTAATTGGTGCTGGCTTGCAGG  287
      | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGCAAGTCTTATAAAGGACAACATTTAATTGGTGCTGGCTTGCAGG  299

seq1  TTCAGAGGTTCAGTCCATTATCATCAAGGCTGGAAGCATGGCAGCATCCA  337
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAGGTTCAGTCCATTATCATCAAGGCTGGAAGCATGGCAGCATCCA  349

seq1  GGCAGGCAGGATGCAGGAGGAGTAGAGAGTTCTACATCTTCATCTGAAGG  387
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGCAGGATGCAGGAGGAGTAGAGAGTTCTACATCTTCATCTGAAGG  399

seq1  CTGCTAGCAGAATACTGGATTCCAGGTAGCTAGGATGAGGGTCTTAAAAC  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTAGCAGAATACTGGATTCCAGGTAGCTAGGATGAGGGTCTTAAAAC  449

seq1  CCATACCCGTGGAGACACACCTACTCCAAGAGGGATATACCTACTCCAAC  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATACCCGTGGAGACACACCTACTCCAAGAGGGATATACCTACTCCAAC  499

seq1  AAGGCTACTTCTTCTAATAGTGCCACTCACTGGGCCAAACATATACAAAC  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTACTTCTTCTAATAGTGCCACTCACTGGGCCAAACATATACAAAC  549

seq1  CGTAACAAGCTCCATCTTCTATTACTTTTCCTTAGGCTATTCAAAGGCAT  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTAACAAGCTCCATCTTCTATTACTTTTCCTTAGGCTATTCAAAGGCAT  599

seq1  TATCCGTCCTGATCAGTCAAGCCAGAGGTCTAGGCATAACATCTCTGCAC  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCGTCCTGATCAGTCAAGCCAGAGGTCTAGGCATAACATCTCTGCAC  649

seq1  ACATTTGAGCTACCAGGAGGATAAGAGAGAAAAGCACTGAGGACAGAAAG  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTGAGCTACCAGGAGGATAAGAGAGAAAAGCACTGAGGACAGAAAG  699

seq1  TATCATCATCTCGAGCTTGTGATTTCCTGTCTCAGCTACACATGACCAAG  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCATCATCTCGAGCTTGTGATTTCCTGTCTCAGCTACACATGACCAAG  749

seq1  GCACAACCTGCGGTAGAGGAATCAGTGTGTCCTGAGAACTGTGAGCATAA  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAACCTGCGGTAGAGGAATCAGTGTGTCCTGAGAACTGTGAGCATAA  799

seq1  GTAGACATTGCATCCGGTGGTTAGTGGTGTCAGCAAGTGACAGAGCATGC  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGACATTGCATCCGGTGGTTAGTGGTGTCAGCAAGTGACAGAGCATGC  849

seq1  AATTATGCATTATTTTTCCCAAGGACAGAAAGAAAAAAATGCAAGAAAAA  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATGCATTATTTTTCCCAAGGACAGAAAGAAAAAAATGCAAGAAAAA  899

seq1  GAAATCTAGACTTGCACAGCACAAGTTCAATCAATACACATTCCAAACAC  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCTAGACTTGCACAGCACAAGTTCAATCAATACACATTCCAAACAC  949

seq1  GTATACAGATCATTAGTCTTTATCTGTCTCCCTTGCCAAGGGAACCAATC  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATACAGATCATTAGTCTTTATCTGTCTCCCTTGCCAAGGGAACCAATC  999

seq1  AAAGAAAACTACAGGGCTTTGTGAGGGATACACTAAGAGCCCAGAACGGA  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAAACTACAGGGCTTTGTGAGGGATACACTAAGAGCCCAGAACGGA  1049

seq1  TTCCCCAGGTGTGCATCTGTGGAAGATCTCAGGCCTTGGGAATTC  1082
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCAGGTGTGCATCTGTGGAAGATCTCAGGCCTTGGGAATTC  1094

seq1: chr13_68038511_68039714
seq2: B6Ng01-346D06.g_68_1258

seq1  GAATTCCCAAGGCCCCAGATCTTCCACAGATGCACACTGGAGGAAACTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCAAGGCCCCAGATCTTCCACAGATGCACACTGGAGGAAACTGT  50

seq1  TCTGGGCTGTTAGTGTATCCCTCACAAAGCACTGTGGTTTTCTTTGATTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGCTGTTAGTGTATCCCTCACAAAGCACTGTGGTTTTCTTTGATTG  100

seq1  GTTCCCTTGGCAAGGGAGATGGATACAGACTGATGGTCTGTATACTTGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCCTTGGCAAGGGAGATGGATACAGACTGATGGTCTGTATACTTGTT  150

seq1  TGGAATGTGTATTGATTGAACTTGTGCTGTACACGTCTAGATTTCTTTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATGTGTATTGATTGAACTTGTGCTGTACACGTCTAGATTTCTTTTT  200

seq1  CTTGCATTTCTTCTTTCTCTCCTAGGGAAAAATAATGCATAATTGCATAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCATTTCTTCTTTCTCTCCTAGGGAAAAATAATGCATAATTGCATAC  250

seq1  TCTGTCAGTTGCTGACATCACTAACCACCAGATGCAATGTCTCCTTATGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCAGTTGCTGACATCACTAACCACCAGATGCAATGTCTCCTTATGC  300

seq1  TCACAGTTCTCAGGACACACTGATTCCTCTACAGTAGGCTGTGCCTTGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGTTCTCAGGACACACTGATTCCTCTACAGTAGGCTGTGCCTTGCT  350

seq1  CATGTGTAGCTGAGACAGGAAATCACAAGCTTGAGATGATGATACTTTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGTAGCTGAGACAGGAAATCACAAGCTTGAGATGATGATACTTTCT  400

seq1  GTCCTGAGTGCTTTTCCATCTTATCCTCCTGTTAGCTCAAACGTGTGCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTGAGTGCTTTTCCATCTTATCCTCCTGTTAGCTCAAACGTGTGCAG  450

seq1  AGATGTTATGGCTAGACCTCTGGCTTAGCTGATCAGCAGGAATAATGCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTTATGGCTAGACCTCTGGCTTAGCTGATCAGCAGGAATAATGCCT  500

seq1  TTGAAAAGCCTAAGGAAAAGTAATAGAAGATGGAGCTTGTTACAGCTTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAAAGCCTAAGGAAAAGTAATAGAAGATGGAGCTTGTTACAGCTTGA  550

seq1  ATATGTTTGGCCCAGGGAGTGGCACTATTAGAAGAAATAGCCTTGTTGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTTTGGCCCAGGGAGTGGCACTATTAGAAGAAATAGCCTTGTTGGA  600

seq1  GTAGGTATGTCCCTCTTGGAGTAGGTGTGTCACCGTGGGTATGGGTTTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGTATGTCCCTCTTGGAGTAGGTGTGTCACCGTGGGTATGGGTTTTA  650

seq1  AGACCCTCATTCTAGCTACCTCGAAGCCACTATTCTGCTATCAGCCTTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCCTCATTCTAGCTACCTCGAAGCCACTATTCTGCTATCAGCCTTCA  700

seq1  GATGAAGATGTAAAACTCTCTACTCCTCCTGCATCCTGCCTGCCTGGATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAAGATGTAAAACTCTCTACTCCTCCTGCATCCTGCCTGCCTGGATG  750

seq1  CTGCCATGCTTCCAGCCTTGATGATAATGGACTGAACATCTGAACCTGTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCATGCTTCCAGCCTTGATGATAATGGACTGAACATCTGAACCTGTA  800

seq1  AGCCAGCACCAATTAAATGTTGTCCTTATAAGACTTGCC-TTGGTCTCGG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AGCCAGCACCAATTAAATGTTGTCCTTATAAGACTTGCCTTTGGTCTCGG  850

seq1  TACCTGTTCATAGCAGTAAAACCCTAAGACAGAGC-TGTTGGAACCA-TT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
seq2  TACCTGTTCATAGCAGTAAAACCCTAAGACAGAGCTTGTTGGAACCATTT  900

seq1  CAGAGCAGAGTCCTTGGTAAGGGACAGATGGGTGGAGTTCATCTTCCCAC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCAGAGTCCTTGGTAAGGGACAGATGGGTGGAGTTCATCTTCCCAC  950

seq1  TTTCTACCAGATGATTAGCTAACAACCAAATGACAGCAGAATTCTGAGTC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTACCAGATGATTAGCTAACAACCAAATGACAGCAGAATTCTGAGTC  1000

seq1  TCCATTTCTGACATCAGTTAGCTCAAAGACCTATATA-TTTTAGCCAGTT  1046
      ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||
seq2  TCCATTTCTGACATCAG-TAGCTC-AAGACCTATATATTTTTAGCCAGTT  1048

seq1  GAGGTGTTGCTGGTGAGGCTAA-GAGAACCCCTATGGGATAG-ATAAGTA  1094
      || |||||||| |||| ||||| |||||  ||| ||||| || |||||||
seq2  GA-GTGTTGCT-GTGA-GCTAAGGAGAA--CCTTTGGGAAAGAATAAGTA  1093

seq1  GAAATTAATCTAGTTATCTTGGATTCTGTTTACTCAATCTTCTCCATCCC  1144
      |||    |||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||  |  |
seq2  GAA---TATCTAGTTATCTTGAATTCTGTTACCTCAATCTTCTCATT--C  1138

seq1  AAGCTAGCAGAAAAAAATAAAAATAAAAGAGAGAAAAATGTATCACAGAA  1194
       ||||||| |||||    |  |||  | ||||||||  | |||| ||| |
seq2  GAGCTAGCCGAAAA----ATTAATTCATGAGAGAAATGT-TATC-CAG-A  1181

seq1  TGTGGCTCTA  1204
      ||||||||||
seq2  TGTGGCTCTA  1191