BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-350G16
Chromosome13 (Build37)
Map Location 81,808,124 - 81,906,137
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLysmd3, Polr3g, 2900024O10Rik
Upstream geneArrdc3, LOC666964, LOC100043074, LOC218368, LOC666979, EG666984, Gpr98
Downstream geneCetn3, LOC238756
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-350G16.bB6Ng01-350G16.g
ACCGA131092GA131093
length9481,078
definitionB6Ng01-350G16.b B6Ng01-350G16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(81,905,190 - 81,906,137)(81,808,124 - 81,809,213)
sequence
gaattcatttatatactaattatcttcatcctgcagtgtatggcatgcta
gcatgcatctgatcaggaagaaaggagcacagacttagattagtaattct
caatgtgatttttccaccccatgttgagaactatacttcaaaccacttct
ccagcaattaaactatagtctatgcccactgaaaggtctctcacagggtt
gtcttgtgctataaatgctaagtgccacatgcatgagtgctgtgataata
aatacttagggatgcaggggcgggcccgattatttctgtaatcattaaga
attttaaagatcggcttgaacttctgtaagagaaggacattctgcatgac
aggggaagcaaaagcaaacatgtgaatttagtaggccacaatttctgtag
agtgtaaagtggaatactgcaggcaatgctgcttctccttcagccttgat
gcgagctatctcagagtgagagacccacagaactactgaaacaggcagca
cactacatttgaactcttgtagttctcctcctctccctcctcttcctcct
ccttcaccaccaccaccaccatcaccatcaccatcagctcctcctccttc
tcctcttcctcctcctcctcctccttcttcagagagcaacaaagaccttg
aggagtgaggtgatctgctcaatgccacacagccacttggtgaaggagct
gagatcagatctgcccgccccccgccccaccccctccagtgatttcctac
acacatgaagccacatgagtcacttcagttggtcatggacaaggagaaga
aattctgggctgctcgggagttttagatataattcttcttcgtttccatt
tctcttcttcactcatttgcacctcatattcttactcaagaaaaagcaca
ccaagaaagtgttatgggaaaagggtgcgtgtgagtgtgtgtgtgtgt

gaattcagttcaatgttgcatttttcttttttgcaggtagcagatatcaa
aagagttaacaatctcatcagtgatcaagacttttttgctcttaggtcta
tcaaaattccagttaaaaggtttagttctttgactgaaactcttcatcct
ctgaaaggaagacacattttacatcctccacctgttccgtattttcaaga
gcaagacattgtgccagctgatggttctctttcttccagtgagtcagccg
gcagtttcctaaaagaagtggaccgagacatagaacaaatagtcaagtgt
acagacaccaagaaggagaacctgaatgaagtcgtgtctgccttaacagc
acaacaggtccgatttgaacctgataacaaaagcattcaccgaaaggatc
cgtattacggagcagactgggggattggttggtggacagctgtagtgata
atgttgatagtgggtataataacaccagtgttttatctgctgtattatga
aattttagctaaagtggatgttagtcaccattcaacagtgggttcttcac
acttgcatccaggactcacacctccaacacagcacagagagatggaaaat
gaaattggtccaacaaaaggaatacctgttggtcagcaagatgaccacaa
actatataggcaagaccctcaggcacatgatgctcaacacaaaacgtaac
agtgagctgcatcagtgttagtggtcatgtgtgcatatggaatatggtga
ctcacatgcatccgacaactgcttcgaagtcggaatctaggacatcgaag
atggtttgtttttacctttctaaaaaatccctgaacttttacaaatggac
tgtctatagcacctgcatatgctatattgaggctggtcaggccgtacccc
tgctatatcaggcttaaagcagaaaataatttaaatgtatgtctaggaat
tctaacttagagacgctgtcatttttcttactcaagattagttatgttta
aattttaacttttaaaagattacctttagtttgtgttcatgtcagattca
atgcttacactgagaaattgatacatac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_81905190_81906137
seq2: B6Ng01-350G16.b_45_992 (reverse)

seq1  ACACACACACACACTCACACGCACCCCTTTCCCATAACACTTTCTTGGTG  50
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACTCACACGCACCCTTTTCCCATAACACTTTCTTGGTG  50

seq1  TGCTTTTTCTTGAGTAAGAATATGAGGTGCAAATGAGTGAAGAAGAGAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTTTCTTGAGTAAGAATATGAGGTGCAAATGAGTGAAGAAGAGAAA  100

seq1  TGGAAACGAAGAAGAATTATATCTAAAACTCCCGAGCAGCCCAGAATTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAACGAAGAAGAATTATATCTAAAACTCCCGAGCAGCCCAGAATTTC  150

seq1  TTCTCCTTGTCCATGACCAACTGAAGTGACTCATGTGGCTTCATGTGTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCTTGTCCATGACCAACTGAAGTGACTCATGTGGCTTCATGTGTGT  200

seq1  AGGAAATCACTGGAGGGGGTGGGGCGGGGGGCGGGCAGATCTGATCTCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAATCACTGGAGGGGGTGGGGCGGGGGGCGGGCAGATCTGATCTCAG  250

seq1  CTCCTTCACCAAGTGGCTGTGTGGCATTGAGCAGATCACCTCACTCCTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTCACCAAGTGGCTGTGTGGCATTGAGCAGATCACCTCACTCCTCA  300

seq1  AGGTCTTTGTTGCTCTCTGAAGAAGGAGGAGGAGGAGGAGGAAGAGGAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCTTTGTTGCTCTCTGAAGAAGGAGGAGGAGGAGGAGGAAGAGGAGA  350

seq1  AGGAGGAGGAGCTGATGGTGATGGTGATGGTGGTGGTGGTGGTGAAGGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGAGGAGCTGATGGTGATGGTGATGGTGGTGGTGGTGGTGAAGGAG  400

seq1  GAGGAAGAGGAGGGAGAGGAGGAGAACTACAAGAGTTCAAATGTAGTGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAAGAGGAGGGAGAGGAGGAGAACTACAAGAGTTCAAATGTAGTGTG  450

seq1  CTGCCTGTTTCAGTAGTTCTGTGGGTCTCTCACTCTGAGATAGCTCGCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTGTTTCAGTAGTTCTGTGGGTCTCTCACTCTGAGATAGCTCGCAT  500

seq1  CAAGGCTGAAGGAGAAGCAGCATTGCCTGCAGTATTCCACTTTACACTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCTGAAGGAGAAGCAGCATTGCCTGCAGTATTCCACTTTACACTCT  550

seq1  ACAGAAATTGTGGCCTACTAAATTCACATGTTTGCTTTTGCTTCCCCTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAATTGTGGCCTACTAAATTCACATGTTTGCTTTTGCTTCCCCTGT  600

seq1  CATGCAGAATGTCCTTCTCTTACAGAAGTTCAAGCCGATCTTTAAAATTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCAGAATGTCCTTCTCTTACAGAAGTTCAAGCCGATCTTTAAAATTC  650

seq1  TTAATGATTACAGAAATAATCGGGCCCGCCCCTGCATCCCTAAGTATTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGATTACAGAAATAATCGGGCCCGCCCCTGCATCCCTAAGTATTTA  700

seq1  TTATCACAGCACTCATGCATGTGGCACTTAGCATTTATAGCACAAGACAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCACAGCACTCATGCATGTGGCACTTAGCATTTATAGCACAAGACAA  750

seq1  CCCTGTGAGAGACCTTTCAGTGGGCATAGACTATAGTTTAATTGCTGGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTGAGAGACCTTTCAGTGGGCATAGACTATAGTTTAATTGCTGGAG  800

seq1  AAGTGGTTTGAAGTATAGTTCTCAACATGGGGTGGAAAAATCACATTGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGGTTTGAAGTATAGTTCTCAACATGGGGTGGAAAAATCACATTGAG  850

seq1  AATTACTAATCTAAGTCTGTGCTCCTTTCTTCCTGATCAGATGCATGCTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTACTAATCTAAGTCTGTGCTCCTTTCTTCCTGATCAGATGCATGCTA  900

seq1  GCATGCCATACACTGCAGGATGAAGATAATTAGTATATAAATGAATTC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCCATACACTGCAGGATGAAGATAATTAGTATATAAATGAATTC  948


seq1: chr13_81808124_81809213
seq2: B6Ng01-350G16.g_66_1143

seq1  GAATTCAGTTCAATGTTGCATTTTTCTTTTTTGCAGGTAGCAGATATCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTTCAATGTTGCATTTTTCTTTTTTGCAGGTAGCAGATATCAA  50

seq1  AAGAGTTAACAATCTCATCAGTGATCAAGACTTTTTTGCTCTTAGGTCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTTAACAATCTCATCAGTGATCAAGACTTTTTTGCTCTTAGGTCTA  100

seq1  TCAAAATTCCAGTTAAAAGGTTTAGTTCTTTGACTGAAACTCTTCATCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAATTCCAGTTAAAAGGTTTAGTTCTTTGACTGAAACTCTTCATCCT  150

seq1  CTGAAAGGAAGACACATTTTACATCCTCCACCTGTTCCGTATTTTCAAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAAGGAAGACACATTTTACATCCTCCACCTGTTCCGTATTTTCAAGA  200

seq1  GCAAGACATTGTGCCAGCTGATGGTTCTCTTTCTTCCAGTGAGTCAGCCG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGACATTGTGCCAGCTGATGGTTCTCTTTCTTCCAGTGAGTCAGCCG  250

seq1  GCAGTTTCCTAAAAGAAGTGGACCGAGACATAGAACAAATAGTCAAGTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTTTCCTAAAAGAAGTGGACCGAGACATAGAACAAATAGTCAAGTGT  300

seq1  ACAGACACCAAGAAGGAGAACCTGAATGAAGTCGTGTCTGCCTTAACAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACACCAAGAAGGAGAACCTGAATGAAGTCGTGTCTGCCTTAACAGC  350

seq1  ACAACAGGTCCGATTTGAACCTGATAACAAAAGCATTCACCGAAAGGATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAGGTCCGATTTGAACCTGATAACAAAAGCATTCACCGAAAGGATC  400

seq1  CGTATTACGGAGCAGACTGGGGGATTGGTTGGTGGACAGCTGTAGTGATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTATTACGGAGCAGACTGGGGGATTGGTTGGTGGACAGCTGTAGTGATA  450

seq1  ATGTTGATAGTGGGTATAATAACACCAGTGTTTTATCTGCTGTATTATGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGATAGTGGGTATAATAACACCAGTGTTTTATCTGCTGTATTATGA  500

seq1  AATTTTAGCTAAAGTGGATGTTAGTCACCATTCAACAGTGGGTTCTTCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTAGCTAAAGTGGATGTTAGTCACCATTCAACAGTGGGTTCTTCAC  550

seq1  ACTTGCATCCAGGACTCACACCTCCAACACAGCACAGAGAGATGGAAAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGCATCCAGGACTCACACCTCCAACACAGCACAGAGAGATGGAAAAT  600

seq1  GAAATTGGTCCAACAAAAGGAATACCTGTTGGTCAGCAAGATGACCACAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTGGTCCAACAAAAGGAATACCTGTTGGTCAGCAAGATGACCACAA  650

seq1  ACTATATAGGCAAGACCCTCAGGCACATGATGCTCAACACAAAACGTAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATATAGGCAAGACCCTCAGGCACATGATGCTCAACACAAAACGTAAC  700

seq1  AGTGAGCTGCATCAGTGTTAGTGGTCATGTGTGCATATGGAATATGGTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGCTGCATCAGTGTTAGTGGTCATGTGTGCATATGGAATATGGTGA  750

seq1  CTCACATGCATCCGACAACTGCTTCGAAGTCGGAATCTAGGACATCGAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACATGCATCCGACAACTGCTTCGAAGTCGGAATCTAGGACATCGAAG  800

seq1  ATGGTTTGTTTTTACCTTTCTAAAAAATCCCTGAACTTTTACAAATGGAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTTTGTTTTTACCTTTCTAAAAAATCCCTGAACTTTTACAAATGGAC  850

seq1  TGTCTATAGCACCTGCATATGCTATATTGAGGCTGGTCAGGCCGTACCCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTATAGCACCTGCATATGCTATATTGAGGCTGGTCAGGCCGTACCCC  900

seq1  TGCTATATCAGGGCTTAAAGCAG-AAATAATTTAAATGTATGTCTAGGAA  949
      |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTATATCA-GGCTTAAAGCAGAAAATAATTTAAATGTATGTCTAGGAA  949

seq1  TTCTAACTTAGAAGACGCTGTCATTTTTCTTACTCAAGATTAGTTATGTT  999
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAACTTAG-AGACGCTGTCATTTTTCTTACTCAAGATTAGTTATGTT  998

seq1  TAAATTTTAACTTTTAAAAGATTACCTTTTAGTTTGTTGTTCATGTCAAG  1049
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||  
seq2  TAAATTTTAACTTTTAAAAGATTACC-TTTAGTTTG-TGTTCATGTCA--  1044

seq1  GATTCCAAATGCTTACAACTGAAGAAAATTTGATACCATAC  1090
      |||||  ||||||||| |||| |||||  |||||| |||||
seq2  GATTC--AATGCTTAC-ACTG-AGAAA--TTGATA-CATAC  1078


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |