BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-001J07
Chromosome14 (Build37)
Map Location 19,796,493 - 19,953,049
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC627741, LOC100042299, LOC675069, LOC100042322, LOC632470, EG632477, EG632498
Upstream geneThrb, LOC627608, Nr1d2, LOC632287, Rpl15, Nkiras1, Ube2e1, LOC627717, LOC238963, Ube2e2
Downstream geneEG667341, LOC667344, LOC619996, EG434616, LOC675165, 1700110I01Rik, EG664814, LOC100039452, LOC100038983, LOC100039441, EG432825, LOC673583, EG664855, Nid2, 2700060E02Rik, LOC100039534, Gng2, 1810063B07Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-001J07.bB6Ng01-001J07.g
ACCDH839861DH839862
length1,1431,166
definitionDH839861|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-001J07, 5' end.DH839862|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-001J07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(19,796,493 - 19,797,642)(19,951,873 - 19,953,049)
sequence
gaattccctgtgatgttaatagctaaaagctgaccaaatcataataatct
actatgagggcaggcaaagtgtggaactaggccaaagggttacttagtca
ctatacaaaccaaccaatgcctgaaagggctacaccaatgagaaccctgt
tgctcaaatctgcctcttgcaaaggtataaaaagtgtgatctttctttgt
tctgggtctctcttctggtctgcttgctgagaggggagtccccaacatgt
tggatcaataaaaatcctcatgcggtttgtaacaatggcagtttctatgg
tctttgcgagtgagggtcttttgatgaattccaacagcttcctgacagca
catgtaaggatatgttttccatcccaaagttgaccaactccagcactgat
acctggagctgtgctgactcctcctttgttattcttggtctgcagggtga
gtttccaactgcagcagccaaccttctacctgacccttccctcactagga
ataaatgaaggcttcatggctcaatccagtccctctacttgtccaagaac
aagcagatatggtctgggagagtaggacagaatctgtctttctagtcctg
aatcatgagcccctctttggtcttttctactggtgatctggggccacatt
ctctcccttcaagggtcctccagctgtcagactataacttcatgtgatgg
ctggtttttatatcaacttgacataagctagagtaatttgggagtaggga
gcctcagtttgagaaaatgtctccagaagaccaggctgtggacaagcttg
ttgggcattttctgaattagttactgatggggtggtagccctctgtttgt
ggtaccactccagggatggtggtcattggttctataagaaagcagaatgt
gagcaagccagtaagaagtactgttccatggactatgtaccagctcctgc
ctccaggtttctgccctgtttgagctctgtctgatttcctttgatgatga
acagcaatgtagagtgaaaacaataatctttcttccccaacttatttttg
gtccagttattttatcacagcatagtattgctactaaaccccacagaagc
tcaggatgttcagaaagaagccgcagtgtgccaaggaccttcc
gaattcattaggcatgataggtttttctgtgactgtggtaccagaatact
gtccaatccttgtacattagctggtgagcctacacaggatacagataacg
tcatgtgactctgctccacctgtaacatctcatatgttgcagaacaattg
aattccttccctaaagaaaaagtcctgctattcaaacataacttaaaaca
tctttgggaagataaaatacttgcccgtgctacagaatgagactctactg
agaaaaatggatatacaaggtcagctgtcactatgaaactcaagctacca
aaaagaaagtggcattatattgactcaggatctcagagctcaggatttta
gctttactgcgtaaaagttttgaagggacagaagtgaagaaataagccac
acttttgtacatataccaacttctgaaaacgttggtgtctttacaatgag
cattaaatgcagtctgatttgcagtagtaatcttcaatagataagttgct
ttgttgctgcctttatggacatgggtatcaattgcttttggtaatatggt
aaaaatgtgagctagcacttctgcattgattttataacatgtattcagat
tgagaatgtgattttaatgcttaaacctcatggagtttgtttttaatttc
aaacaaatcttattgtgcttgaatgtgctctggtttgttagcacacctag
acttgctgtaactgcactcatgtaacagtatgtaccttccctctaggaaa
gagaaaaacactagccttaggttgtatctagtgattttccttgtgtcctt
taagaaaaaataagactattatttccttccctttcctgtgcagcattcaa
aaatcacccctagaaaaagtgagtgctttaatgagacttcctaggaaggg
atgcaaggtgaaacaaaagtatgcttgtttcttagttttgtgaaagttaa
agctactatgttttaaagtataatttagaaagtctcttcaaaacagacct
atatttaactctattcatagtttttattgacagtttagacaaatgctgga
aattacagcatttcttgcattagcagtacaaaatacagctcttattcagc
tcatagcactgccacacccatttatgtgtactgtgggaaagtgcataaat
ctggaaggtgtatgca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_19796493_19797642
seq2: B6Ng01-001J07.b_48_1190

seq1  GAATTCCCTGTGATGTTAATAGCTAAAAGCTGACCAAATCATAATAATCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTGTGATGTTAATAGCTAAAAGCTGACCAAATCATAATAATCT  50

seq1  ACTATGAGGGCAGGCAAAGTGTGGAACTAGGCCAAAGGGTTACTTAGTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGAGGGCAGGCAAAGTGTGGAACTAGGCCAAAGGGTTACTTAGTCA  100

seq1  CTATACAAACCAACCAATGCCTGAAAGGGCTACACCAATGAGAACCCTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATACAAACCAACCAATGCCTGAAAGGGCTACACCAATGAGAACCCTGT  150

seq1  TGCTCAAATCTGCCTCTTGCAAAGGTATAAAAAGTGTGATCTTTCTTTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCAAATCTGCCTCTTGCAAAGGTATAAAAAGTGTGATCTTTCTTTGT  200

seq1  TCTGGGTCTCTCTTCTGGTCTGCTTGCTGAGAGGGGAGTCCCCAACATGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGTCTCTCTTCTGGTCTGCTTGCTGAGAGGGGAGTCCCCAACATGT  250

seq1  TGGATCAATAAAAATCCTCATGCGGTTTGTAACAATGGCAGTTTCTATGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATCAATAAAAATCCTCATGCGGTTTGTAACAATGGCAGTTTCTATGG  300

seq1  TCTTTGCGAGTGAGGGTCTTTTGATGAATTCCAACAGCTTCCTGACAGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGCGAGTGAGGGTCTTTTGATGAATTCCAACAGCTTCCTGACAGCA  350

seq1  CATGTAAGGATATGTTTTCCATCCCAAAGTTGACCAACTCCAGCACTGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTAAGGATATGTTTTCCATCCCAAAGTTGACCAACTCCAGCACTGAT  400

seq1  ACCTGGAGCTGTGCTGACTCCTCCTTTGTTATTCTTGGTCTGCAGGGTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGGAGCTGTGCTGACTCCTCCTTTGTTATTCTTGGTCTGCAGGGTGA  450

seq1  GTTTCCAACTGCAGCAGCCAACCTTCTACCTGACCCTTCCCTCACTAGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCAACTGCAGCAGCCAACCTTCTACCTGACCCTTCCCTCACTAGGA  500

seq1  ATAAATGAAGGCTTCATGGCTCAATCCAGTCCCTCTACTTGTCCAAGAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATGAAGGCTTCATGGCTCAATCCAGTCCCTCTACTTGTCCAAGAAC  550

seq1  AAGCAGATATGGTCTGGGAGAGTAGGACAGAATCTGTCTTTCTAGTCCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGATATGGTCTGGGAGAGTAGGACAGAATCTGTCTTTCTAGTCCTG  600

seq1  AATCATGAGCCCCTCTTTGGTCTTTTCTACTGGTGATCTGGGGCCACATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCATGAGCCCCTCTTTGGTCTTTTCTACTGGTGATCTGGGGCCACATT  650

seq1  CTCTCCCTTCAAGGGTCCTCCAGCTGTCAGACTATAACTTCATGTGATGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCCTTCAAGGGTCCTCCAGCTGTCAGACTATAACTTCATGTGATGG  700

seq1  CTGGTTTTTATATCAACTTGACATAAGCTAGAGTAATTTGGGAGTAGGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTTTTATATCAACTTGACATAAGCTAGAGTAATTTGGGAGTAGGGA  750

seq1  GCCTCAG-TTGAGAAAATGTCTCCAGAAGACCAGGCTGTGGACAAGCTTG  799
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCAGTTTGAGAAAATGTCTCCAGAAGACCAGGCTGTGGACAAGCTTG  800

seq1  TTGGGCATTTTCTGAATTAGTTACTGATGGGGTGGTAGCCCTCTGTTTGT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGCATTTTCTGAATTAGTTACTGATGGGGTGGTAGCCCTCTGTTTGT  850

seq1  GGTACCACTCCAGGGATGGTGGTCATTGGTTCTATAAGAAAGCAGAATGT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACCACTCCAGGGATGGTGGTCATTGGTTCTATAAGAAAGCAGAATGT  900

seq1  GAGCAAGCCAGTAAGAAGTACTGTTCCATGGACTATGTACCAGCTCCTGC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAAGCCAGTAAGAAGTACTGTTCCATGGACTATGTACCAGCTCCTGC  950

seq1  CTCCAGGTTTCTGCCCTGTTTGAGCTCTGTCTTGATTTCCTTTGATGATG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGGTTTCTGCCCTGTTTGAGCTCTGTC-TGATTTCCTTTGATGATG  999

seq1  AACAGCAATGTAGAAGTGAAAACCAAATAAATCCTTTCTTCCCCAACTTA  1049
      ||||||||||||| |||||||||  |||||   |||||||||||||||||
seq2  AACAGCAATGTAG-AGTGAAAAC--AATAA--TCTTTCTTCCCCAACTTA  1044

seq1  TTTTTGGTCACAG-TATTTTATCACAGCAATAGTAATGCTAACTAATACC  1098
      ||||||||| ||| |||||||||||||| |||||| |||| ||||| |||
seq2  TTTTTGGTC-CAGTTATTTTATCACAGC-ATAGTATTGCT-ACTAA-ACC  1090

seq1  CCACAGAAGCCCAGGATGTCAAGAAGAGCAGCAG--GTGGCCCAAGGACT  1146
      |||||||||| ||||||||  |||| || ||| |  |||  |||||||| 
seq2  CCACAGAAGCTCAGGATGTTCAGAA-AGAAGCCGCAGTGTGCCAAGGACC  1139

seq1  TTCC  1150
      ||||
seq2  TTCC  1143

seq1: chr14_19951873_19953049
seq2: B6Ng01-001J07.g_68_1233 (reverse)

seq1  TGCATACACTTTCAGGATTTTTATGCCCACTTTCAC-CAGTACACATAAA  49
      ||||||||| |||  ||  ||||||  ||||||| | |||||||||||||
seq2  TGCATACACCTTCCAGA--TTTATG--CACTTTCCCACAGTACACATAAA  46

seq1  TGGGTGTGGCAGGTGCTATGAAGCTGAAT-AGAGCTGTA-TATGTACTGC  97
      ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||| | ||||||||
seq2  TGGGTGTGGCA-GTGCTATG-AGCTGAATAAGAGCTGTATTTTGTACTGC  94

seq1  TTAATGCAGGAAATTGCTGTAATTTCCAGCAATTTTGTCTAAACTGTTCA  147
       ||||||| |||| |||||||||||||||||  ||||||||||||| |||
seq2  -TAATGCAAGAAA-TGCTGTAATTTCCAGCA--TTTGTCTAAACTG-TCA  139

seq1  AATAAAAAACTATGAATAGAGTTAAAATATAGGTCTGTTTTGAAGAGACT  197
      |   ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  A--TAAAAACTATGAATAGAGTT-AAATATAGGTCTGTTTTGAAGAGACT  186

seq1  TTCTAAATTATACTTTAAAACATAGTAGCTTTAACTTTCACAAAACTAAG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAAATTATACTTTAAAACATAGTAGCTTTAACTTTCACAAAACTAAG  236

seq1  AAACAAGCATACTTTTGTTTCACCTTGCATCCCTTCCTAGGAAGTCTCAT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAGCATACTTTTGTTTCACCTTGCATCCCTTCCTAGGAAGTCTCAT  286

seq1  TAAAGCACTCACTTTTTCTAGGGGTGATTTTTGAATGCTGCACAGGAAAG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGCACTCACTTTTTCTAGGGGTGATTTTTGAATGCTGCACAGGAAAG  336

seq1  GGAAGGAAATAATAGTCTTATTTTTTCTTAAAGGACACAAGGAAAATCAC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGAAATAATAGTCTTATTTTTTCTTAAAGGACACAAGGAAAATCAC  386

seq1  TAGATACAACCTAAGGCTAGTGTTTTTCTCTTTCCTAGAGGGAAGGTACA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATACAACCTAAGGCTAGTGTTTTTCTCTTTCCTAGAGGGAAGGTACA  436

seq1  TACTGTTACATGAGTGCAGTTACAGCAAGTCTAGGTGTGCTAACAAACCA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTTACATGAGTGCAGTTACAGCAAGTCTAGGTGTGCTAACAAACCA  486

seq1  GAGCACATTCAAGCACAATAAGATTTGTTTGAAATTAAAAACAAACTCCA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACATTCAAGCACAATAAGATTTGTTTGAAATTAAAAACAAACTCCA  536

seq1  TGAGGTTTAAGCATTAAAATCACATTCTCAATCTGAATACATGTTATAAA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTTTAAGCATTAAAATCACATTCTCAATCTGAATACATGTTATAAA  586

seq1  ATCAATGCAGAAGTGCTAGCTCACATTTTTACCATATTACCAAAAGCAAT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATGCAGAAGTGCTAGCTCACATTTTTACCATATTACCAAAAGCAAT  636

seq1  TGATACCCATGTCCATAAAGGCAGCAACAAAGCAACTTATCTATTGAAGA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATACCCATGTCCATAAAGGCAGCAACAAAGCAACTTATCTATTGAAGA  686

seq1  TTACTACTGCAAATCAGACTGCATTTAATGCTCATTGTAAAGACACCAAC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTACTGCAAATCAGACTGCATTTAATGCTCATTGTAAAGACACCAAC  736

seq1  GTTTTCAGAAGTTGGTATATGTACAAAAGTGTGGCTTATTTCTTCACTTC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCAGAAGTTGGTATATGTACAAAAGTGTGGCTTATTTCTTCACTTC  786

seq1  TGTCCCTTCAAAACTTTTACGCAGTAAAGCTAAAATCCTGAGCTCTGAGA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCCTTCAAAACTTTTACGCAGTAAAGCTAAAATCCTGAGCTCTGAGA  836

seq1  TCCTGAGTCAATATAATGCCACTTTCTTTTTGGTAGCTTGAGTTTCATAG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGAGTCAATATAATGCCACTTTCTTTTTGGTAGCTTGAGTTTCATAG  886

seq1  TGACAGCTGACCTTGTATATCCATTTTTCTCAGTAGAGTCTCATTCTGTA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGCTGACCTTGTATATCCATTTTTCTCAGTAGAGTCTCATTCTGTA  936

seq1  GCACGGGCAAGTATTTTATCTTCCCAAAGATGTTTTAAGTTATGTTTGAA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACGGGCAAGTATTTTATCTTCCCAAAGATGTTTTAAGTTATGTTTGAA  986

seq1  TAGCAGGACTTTTTCTTTAGGGAAGGAATTCAATTGTTCTGCAACATATG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAGGACTTTTTCTTTAGGGAAGGAATTCAATTGTTCTGCAACATATG  1036

seq1  AGATGTTACAGGTGGAGCAGAGTCACATGACGTTATCTGTATCCTGTGTA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTTACAGGTGGAGCAGAGTCACATGACGTTATCTGTATCCTGTGTA  1086

seq1  GGCTCACCAGCTAATGTACAAGGATTGGACAGTATTCTGGTACCACAGTC  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCACCAGCTAATGTACAAGGATTGGACAGTATTCTGGTACCACAGTC  1136

seq1  ACAGAAAAACCTATCATGCCTAATGAATTC  1177
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAAAACCTATCATGCCTAATGAATTC  1166