BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-009K20
Chromosome14 (Build37)
Map Location 24,052,292 - 24,186,209
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKcnma1
Upstream gene1700112E06Rik, EG435392, LOC665068
Downstream geneLOC620499, Dlg5, LOC100039335, E330034G19Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-009K20.bB6Ng01-009K20.g
ACCDH845555DH845556
length1,0341,071
definitionDH845555|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-009K20, 5' end.DH845556|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-009K20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(24,185,172 - 24,186,209)(24,052,292 - 24,053,371)
sequence
gaattccatacctctgctctgaccagtcctctattcactctttgtctaga
aacccagaattttttccatggctttctgtgtttgtatatacatgtaaaag
catgtatccataggtgcttattgattgcaaagatcacaggacaccaatct
ataaaagacaatttgggactccataatttagtgtgaaaataagggatgag
tgatttaaaagtcaaatggatagtaactttctaattataatatattctcc
acaaaattttagacttaaagaatattaattcttttcaaagttttgtgtgg
ttgcctatgtcagaaatccagaaaaacattacctatccttcaactatttt
tattatcaagtcatacctaaaatcaagagacatttagccccttagctgtc
aagaagtttgttttctgcaactttttatcagcttgcagaacagcagaaat
gcagccacaagagccaaggaatataatgtgttaaagggtatataaggggc
tatccacagtcaccacccttatgtgcaacatgtgtctcccatagtgcctc
atctaacaagtctcttcatttccaaaaaatgttagacagaccaaaccctg
actgctttaatgtatacctgtagttaaaggtggtcacctgttacaattca
ctcatcaaagaagcatatctgcatactgtgtaaccttcactaaattcaga
aatatgaccaatcgatttgattatacctttctgtggttatcactatctta
tgtgtcctattccacatgacccctttacctctgaaggtatctctgtaaaa
ctaattttgctaggtgcacaggtacatatttatgtaggaagggcttgtgt
gtatttgtggtatttgtgcgtgtacacacgcgtgtgtctctgtgtgtgca
tgtgtgtgtgtgtgtgtgtttcctctgaagacccaattacatttcctcac
ctgcttctgtaagtcaggatgagtcttatatttgtagagctttaataaat
tccccatatttgcctacttaagcacaggggcttg
gaattcaatggagagggttttttgggttttttccttccctcagaatgatc
ccagacccaggctaacaggaaaggtggatcccagggaggccatagctgcc
cttccctggcctctccatctctgaagctggcctcgggttgtcacacaagc
aagcacaccagaacaagttaatttgtaatcttaggaggagaatgattgcg
gcgctgtatctgtcactgggcgctcttcctgccagtctaaacagctgatt
agttagcgcccctggaatcgatccgcatcagttccacctgcatgcaccca
ccaggaaccactttattgtaaatcaatcattctgcaaacatctcacaaag
gggccaggctctactaacaagccgtcaatctttgctgcctattagtagcg
cccagtaactgagaagtataactagcatttattcaaaaattagcatgtct
tcttcaggttcttcaaaaactggtccgagcagtggagatgagggatgagc
caggaactttctagttatgcatgggatgctgtttccctgaaaagagagcc
tgtgtttgaccaagcattcattctggggggaaagaaactgatccaaagct
aagaaaaagacattttctaatctatatctatatctacacctacatctaca
tctatatatctatttgtatgtatatcccatctctatatctggaataaagc
taacttgattgtggtgaattacttttaaaagaagacaaagacactttcac
aaaatttgctatagagatggtcatatgtacaggaaaaaatagttccacct
tattagtggattataaatgaatacttcatgggaggtgcctacaccaggtt
acaactagaataaccaaaagactggcatactcacgtatggtgatgatggg
aaacagtgaatgttaatacactgtcagcgagtgtgtcagactgtatatct
actttgcaaggaggacaaagtttctagaattgatacattcagctatccta
tcaccattcactcaaagaatgaaaacatgctccggagagtcactagaata
ttcatagaagcttttgcttga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_24185172_24186209
seq2: B6Ng01-009K20.b_47_1080 (reverse)

seq1  CAAGCCCACTGTGCTTAAGTATGCTAAATATGGGGGAATTTATAAAGGCT  50
      ||||||| ||||||||||||| || |||||| ||||||||||| || |||
seq2  CAAGCCC-CTGTGCTTAAGTAGGC-AAATAT-GGGGAATTTATTAAAGCT  47

seq1  CTACAAATATAAGACTCATCCTGACTTGCAGAGGCAGGTGAGGAAATGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| 
seq2  CTACAAATATAAGACTCATCCTGACTTACAGAAGCAGGTGAGGAAATGT-  96

seq1  AATAGGGTCATACAGAAGGAAACACACACACACACACACATGCACACACA  150
      ||| ||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGGGTC-TTCAG-AGGAAACACACACACACACACACATGCACACACA  144

seq1  GAGACACACGCGTGTGTACACGCACAAATACCACAAATACACACAAGCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACACACGCGTGTGTACACGCACAAATACCACAAATACACACAAGCCC  194

seq1  TTCCTACATAAATATGTACCTGTGCACCTAGC-AAATTAGTTTTACAGAG  249
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TTCCTACATAAATATGTACCTGTGCACCTAGCAAAATTAGTTTTACAGAG  244

seq1  ATACCTTCAGAGGTAAAGGGGTCATGTGGAATAGGACACATAAGATAGTG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCTTCAGAGGTAAAGGGGTCATGTGGAATAGGACACATAAGATAGTG  294

seq1  ATAACCACAGAAAGGTATAATCAAATCGATTGGTCATATTTCTGAATTTA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACCACAGAAAGGTATAATCAAATCGATTGGTCATATTTCTGAATTTA  344

seq1  GTGAAGGTTACACAGTATGCAGATATGCTTCTTTGATGAGTGAATTGTAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAGGTTACACAGTATGCAGATATGCTTCTTTGATGAGTGAATTGTAA  394

seq1  CAGGTGACCACCTTTAACTACAGGTATACATTAAAGCAGTCAGGGTTTGG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGACCACCTTTAACTACAGGTATACATTAAAGCAGTCAGGGTTTGG  444

seq1  TCTGTCTAACATTTTTTGGAAATGAAGAGACTTGTTAGATGAGGCACTAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTAACATTTTTTGGAAATGAAGAGACTTGTTAGATGAGGCACTAT  494

seq1  GGGAGACACATGTTGCACATAAGGGTGGTGACTGTGGATAGCCCCTTATA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGACACATGTTGCACATAAGGGTGGTGACTGTGGATAGCCCCTTATA  544

seq1  TACCCTTTAACACATTATATTCCTTGGCTCTTGTGGCTGCATTTCTGCTG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCTTTAACACATTATATTCCTTGGCTCTTGTGGCTGCATTTCTGCTG  594

seq1  TTCTGCAAGCTGATAAAAAGTTGCAGAAAACAAACTTCTTGACAGCTAAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCAAGCTGATAAAAAGTTGCAGAAAACAAACTTCTTGACAGCTAAG  644

seq1  GGGCTAAATGTCTCTTGATTTTAGGTATGACTTGATAATAAAAATAGTTG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTAAATGTCTCTTGATTTTAGGTATGACTTGATAATAAAAATAGTTG  694

seq1  AAGGATAGGTAATGTTTTTCTGGATTTCTGACATAGGCAACCACACAAAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGATAGGTAATGTTTTTCTGGATTTCTGACATAGGCAACCACACAAAA  744

seq1  CTTTGAAAAGAATTAATATTCTTTAAGTCTAAAATTTTGTGGAGAATATA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGAAAAGAATTAATATTCTTTAAGTCTAAAATTTTGTGGAGAATATA  794

seq1  TTATAATTAGAAAGTTACTATCCATTTGACTTTTAAATCACTCATCCCTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAATTAGAAAGTTACTATCCATTTGACTTTTAAATCACTCATCCCTT  844

seq1  ATTTTCACACTAAATTATGGAGTCCCAAATTGTCTTTTATAGATTGGTGT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCACACTAAATTATGGAGTCCCAAATTGTCTTTTATAGATTGGTGT  894

seq1  CCTGTGATCTTTGCAATCAATAAGCACCTATGGATACATGCTTTTACATG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGATCTTTGCAATCAATAAGCACCTATGGATACATGCTTTTACATG  944

seq1  TATATACAAACACAGAAAGCCATGGAAAAAATTCTGGGTTTCTAGACAAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATACAAACACAGAAAGCCATGGAAAAAATTCTGGGTTTCTAGACAAA  994

seq1  GAGTGAATAGAGG-CTGGTCAGAGCAGAGGTATGGAATTC  1038
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGAATAGAGGACTGGTCAGAGCAGAGGTATGGAATTC  1034

seq1: chr14_24052292_24053371
seq2: B6Ng01-009K20.g_67_1137

seq1  GAATTCAATGGAGAGGGTTTTTTGGGTTTTTTCCTTCCCTCAGAATGATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATGGAGAGGGTTTTTTGGGTTTTTTCCTTCCCTCAGAATGATC  50

seq1  CCAGACCCAGGCTAACAGGAAAGGTGGATCCCAGGGAGGCCATAGCTGCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGACCCAGGCTAACAGGAAAGGTGGATCCCAGGGAGGCCATAGCTGCC  100

seq1  CTTCCCTGGCCTCTCCATCTCTGAAGCTGGCCTCGGGTTGTCACACAAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCTGGCCTCTCCATCTCTGAAGCTGGCCTCGGGTTGTCACACAAGC  150

seq1  AAGCACACCAGAACAAGTTAATTTGTAATCTTAGGAGGAGAATGATTGCG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCACACCAGAACAAGTTAATTTGTAATCTTAGGAGGAGAATGATTGCG  200

seq1  GCGCTGTATCTGTCACTGGGCGCTCTTCCTGCCAGTCTAAACAGCTGATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCTGTATCTGTCACTGGGCGCTCTTCCTGCCAGTCTAAACAGCTGATT  250

seq1  AGTTAGCGCCCCTGGAATCGATCCGCATCAGTTCCACCTGCATGCACCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGCGCCCCTGGAATCGATCCGCATCAGTTCCACCTGCATGCACCCA  300

seq1  CCAGGAACCACTTTATTGTAAATCAATCATTCTGCAAACATCTCACAAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAACCACTTTATTGTAAATCAATCATTCTGCAAACATCTCACAAAG  350

seq1  GGGCCAGGCTCTACTAACAAGCCGTCAATCTTTGCTGCCTATTAGTAGCG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCAGGCTCTACTAACAAGCCGTCAATCTTTGCTGCCTATTAGTAGCG  400

seq1  CCCAGTAACTGAGAAGTATAACTAGCATTTATTCAAAAATTAGCATGTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGTAACTGAGAAGTATAACTAGCATTTATTCAAAAATTAGCATGTCT  450

seq1  TCTTCAGGTTCTTCAAAAACTGGTCCGAGCAGTGGAGATGAGGGATGAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAGGTTCTTCAAAAACTGGTCCGAGCAGTGGAGATGAGGGATGAGC  500

seq1  CAGGAACTTTCTAGTTATGCATGGGATGCTGTTTCCCTGAAAAGAGAGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAACTTTCTAGTTATGCATGGGATGCTGTTTCCCTGAAAAGAGAGCC  550

seq1  TGTGTTTGACCAAGCATTCATTCTGGGGGGAAAGAAACTGATCCAAAGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTTGACCAAGCATTCATTCTGGGGGGAAAGAAACTGATCCAAAGCT  600

seq1  AAG-AAAAGACATTTTCTAATCTATATCTATATCTACACCTACATCTACA  649
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAAAGACATTTTCTAATCTATATCTATATCTACACCTACATCTACA  650

seq1  TCTATATATCTATTTGTATGTATATCCCATCTCTATATCTGGAATAAAGC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATATATCTATTTGTATGTATATCCCATCTCTATATCTGGAATAAAGC  700

seq1  CAACTTGATTGTGGTGAATTACTTTTAAAAGAAGAC-AAGACAC-TTCAC  747
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||
seq2  TAACTTGATTGTGGTGAATTACTTTTAAAAGAAGACAAAGACACTTTCAC  750

seq1  AAAATTTGCTATAGAGATGGTCATATGTACAGGAAAAAATAGTTCCACCT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTTGCTATAGAGATGGTCATATGTACAGGAAAAAATAGTTCCACCT  800

seq1  TATTAGTGGATTATAAATGAATACTTCAT-GGAGGTGCCTACACCAAGGT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||
seq2  TATTAGTGGATTATAAATGAATACTTCATGGGAGGTGCCTACACC-AGGT  849

seq1  TACAACTAGAATAACCAAAAAGACTGGCAATACTCACGTATGGTGATGAT  896
      |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TACAACTAGAATAACC-AAAAGACTGGC-ATACTCACGTATGGTGATGAT  897

seq1  GGGAAACAAGTGAATGTTAACACACTGCCAGCGAGTGTGTCAGACTGTAT  946
      ||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAAC-AGTGAATGTTAATACACTGTCAGCGAGTGTGTCAGACTGTAT  946

seq1  ATCTACTTTGCAAGGAGGACAAAGCTTTCTTAGAAATGACACATTCAGCT  996
      |||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||| ||||||||||
seq2  ATCTACTTTGCAAGGAGGACAAAG-TTTC-TAGAATTGATACATTCAGCT  994

seq1  ATCCTACCACCAATTCACTCAAAAGAAATGAAAACATGCCCACAGGAAGA  1046
      |||||| |||| |||||||||||   ||||||||||||| |    | |||
seq2  ATCCTATCACC-ATTCACTCAAA--GAATGAAAACATGCTC---CGGAGA  1038

seq1  TGTGCAC-AGAGATATTCATAGAAGC-TTTGCTTGA  1080
       || ||| ||| |||||||||||||| |||||||||
seq2  -GT-CACTAGA-ATATTCATAGAAGCTTTTGCTTGA  1071