BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-012C10
Chromosome14 (Build37)
Map Location 30,043,835 - 30,233,031
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCacna2d3
Upstream geneErc2, LOC100040206, Wnt5a, LOC100040218, Lrtm1, Ppia-ps15
Downstream geneEG665431, Selk, Actr8, Il17rb, Chdh, Cacna1d, LOC665399
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-012C10.bB6Ng01-012C10.g
ACCDH847320DH847321
length5121,125
definitionDH847320|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-012C10, 5' end.DH847321|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-012C10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(30,232,517 - 30,233,031)(30,043,835 - 30,044,968)
sequence
acttagcctggccaacttagccaaactatgtgtcaacatataaaatacat
taagtctgggagggaggttatatctcagtggtagagcactgcctagcatg
agtaaggttctggattcaattcctatttacacataccaccacaaccagca
gcagcaacaacatacattcatatatacatacacacacatatgtgtacaca
cacatacacacaaacatacatgaaagggggcgtagaaaatgggggtatta
gagtatccaggtagaaggaggatagtctgggtcactagaattgtattcat
taggagaataatttaaatctaagttgaatttcttcagtgagtgtgtgtag
tatgtgtatgtagttatgtgtgtgtacgtgcatatgtatatgtgtgatgt
atatgtatatatgtaagtgtgtagatgtattcccccgttgtacatgtgga
agtcataaatacaaccttgttttgttggacctagtcttctgatttgttta
gatgcaatgtct
gaattccataccccagcctccatgtactgggactgcagacaggctctcac
acacatctgccttttctgtgggttttgtagatctgtgctctggttctcac
ccttgcacagcaagcagtttctcctcaaccctagaaagtagaattcttat
tgctctgggagtcttggtggaagtcacagatgatttcaagacatcaacac
ccccccccccatgcagcacctagtcacttgttaaggtcattattactcgc
aggtctggcttcactaggcaaagcccaggccaggtgaagagatgagaaag
gagtgagtcattaatcaggctgcaccctcacactgtgtgacagaaattat
ggtgagacaaagaagaaaacactgctgacctctgaggattccagcagttc
atccctacagccagacattacttctccagacactcagcatccaagccaac
acttgacttacatcctttctcagaggccttttctaagcaggaagtagaag
aaccacatatattccaatgtgaaacatctaggagtctgaggggcatggga
gacacactgggtgttgggagcagggaagactgttttaactcaaaaacttc
ttgattgtcagtgaccgataaaaccattcttgggagtgctagcctagtga
aggctctccactgcagtggggctcaagttctgctctagatgagatactca
ccttgggagtctcttcatgaatagactgaatatgcagatgcctggaactg
atcccagggccacaaggaagacagcaaggctgatgggatctgagtagagc
cacaggacattcttactgccactgggcttccagaacagaggaactctgtg
tcagcctctatcatcataatgctgctttactcgagggactgtctcactgg
agcatcattaaagttcctctggaggagctggctcatcaactaaaaacact
tgtgctcctaaagagaatctgagtatggtcataaaatctacacatggctc
acactatctgtactacagttctaagaaacagatgccctctatggtcttca
tagtgctgcatggacatagtggatatacatggtatgtgacaaaacatgca
atataaagaaaacttaattaacttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_30232517_30233031
seq2: B6Ng01-012C10.b_46_563 (reverse)

seq1  AGACCTTGCATC-AAACAAAGCAGAAGACAAGGACCAAC-ACCCAAGGTT  48
      |||| ||||||| ||||||| |||||||| ||| ||||| |  |||||||
seq2  AGACATTGCATCTAAACAAATCAGAAGACTAGGTCCAACAAAACAAGGTT  50

seq1  GTCTTTATGACTTCCACATGTACAAC-ACAGAATACATATACACACTTAC  97
      || |||||||||||||||||||||||    |||||||| |||||||||||
seq2  GTATTTATGACTTCCACATGTACAACGGGGGAATACATCTACACACTTAC  100

seq1  ATATATACATATACATCATACATATACATATGCATGTACACACACATAAC  147
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ATATATACATATACATCACACATATACATATGCACGTACACACACATAAC  150

seq1  TACATACACATACTACACACACTCACTGAAGAAATTCAACTTAGATTTAA  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATACACATACTACACACACTCACTGAAGAAATTCAACTTAGATTTAA  200

seq1  ATTATTCTCCTAATGAATACAATTCTAGTGACCCAGACTATCCTCCTTCT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTCTCCTAATGAATACAATTCTAGTGACCCAGACTATCCTCCTTCT  250

seq1  ACCTGGATACTCTAATACCCCCATTTTCTACGCCCCCTTTCATGTATGTT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGGATACTCTAATACCCCCATTTTCTACGCCCCCTTTCATGTATGTT  300

seq1  TGTGTGTATGTGTGTGTACACATATGTGTGTGTATGTATATATGAATGTA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTATGTGTGTGTACACATATGTGTGTGTATGTATATATGAATGTA  350

seq1  TGTTGTTGCTGCTGCTGGTTGTGGTGGTATGTGTAAATAGGAATTGAATC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTTGCTGCTGCTGGTTGTGGTGGTATGTGTAAATAGGAATTGAATC  400

seq1  CAGAACCTTACTCATGCTAGGCAGTGCTCTACCACTGAGATATAACCTCC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACCTTACTCATGCTAGGCAGTGCTCTACCACTGAGATATAACCTCC  450

seq1  CTCCCAGACTTAATGTATTTTATATGTTGACACATAGTTTGGCTAAGTTG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCAGACTTAATGTATTTTATATGTTGACACATAGTTTGGCTAAGTTG  500

seq1  GCCAGGCTAAGTGAATTC  515
      ||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGCTAAGTGAATTC  518

seq1: chr14_30043835_30044968
seq2: B6Ng01-012C10.g_64_1188

seq1  GAATTCCATACCCCAGCCTCCATGTACTGGGACTGCAGACAGGCTCTCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATACCCCAGCCTCCATGTACTGGGACTGCAGACAGGCTCTCAC  50

seq1  ACACATCTGCCTTTTCTGTGGGTTTTGTAGATCTGTGCTCTGGTTCTCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATCTGCCTTTTCTGTGGGTTTTGTAGATCTGTGCTCTGGTTCTCAC  100

seq1  CCTTGCACAGCAAGCAGTTTCTCCTCAACCCTAGAAAGTAGAATTCTTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGCACAGCAAGCAGTTTCTCCTCAACCCTAGAAAGTAGAATTCTTAT  150

seq1  TGCTCTGGGAGTCTTGGTGGAAGTCACAGATGATTTCAAGACATCAACAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTGGGAGTCTTGGTGGAAGTCACAGATGATTTCAAGACATCAACAC  200

seq1  CCCCCCCCCCATGCAGCACCTAGTCACTTGTTAAGGTCATTATTACTCGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCCCCCATGCAGCACCTAGTCACTTGTTAAGGTCATTATTACTCGC  250

seq1  AGGTCTGGCTTCACTAGGCAAAGCCCAGGCCAGGTGAAGAGATGAGAAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCTGGCTTCACTAGGCAAAGCCCAGGCCAGGTGAAGAGATGAGAAAG  300

seq1  GAGTGAGTCATTAATCAGGCTGCACCCTCACACTGTGTGACAGAAATTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGAGTCATTAATCAGGCTGCACCCTCACACTGTGTGACAGAAATTAT  350

seq1  GGTGAGACAAAGAAGAAAACACTGCTGACCTCTGAGGATTCCAGCAGTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAGACAAAGAAGAAAACACTGCTGACCTCTGAGGATTCCAGCAGTTC  400

seq1  ATCCCTACAGCCAGACATTACTTCTCCAGACACTCAGCATCCAAGCCAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTACAGCCAGACATTACTTCTCCAGACACTCAGCATCCAAGCCAAC  450

seq1  ACTTGACTTACATCCTTTCTCAGAGGCCTTTTCTAAGCAGGAAGTAGAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGACTTACATCCTTTCTCAGAGGCCTTTTCTAAGCAGGAAGTAGAAG  500

seq1  AACCACATATATTCCAATGTGAAACATCTAGGAGTCTGAGGGGCATGGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCACATATATTCCAATGTGAAACATCTAGGAGTCTGAGGGGCATGGGA  550

seq1  GACACACTGGGTGTTGGGAGCAGGGAAGACTGTTTTAACTCAAAAACTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACACTGGGTGTTGGGAGCAGGGAAGACTGTTTTAACTCAAAAACTTC  600

seq1  TTGATTGTCAGTGACCGATAAAACCATTCTTGGGAGTGCTAGCCTAGTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTGTCAGTGACCGATAAAACCATTCTTGGGAGTGCTAGCCTAGTGA  650

seq1  AGGCTCTCCACTGCAGTGGGGCTCAAGTTCTGCTCTAGATGAGATACTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTCTCCACTGCAGTGGGGCTCAAGTTCTGCTCTAGATGAGATACTCA  700

seq1  CCTTGGGAGTCTCTTCATGAATAGACTGAATATGCAGATGCCTGGAACTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGGAGTCTCTTCATGAATAGACTGAATATGCAGATGCCTGGAACTG  750

seq1  ATCCCAGGGCCACAAGGAAGACAGCAAGGCTGATGGGATCTGAGTAGAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCAGGGCCACAAGGAAGACAGCAAGGCTGATGGGATCTGAGTAGAGC  800

seq1  CACAGGACATTCTTACTGCCACTGGGCTTCCAGAACAGAGGAACTCTGTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGACATTCTTACTGCCACTGGGCTTCCAGAACAGAGGAACTCTGTG  850

seq1  TCAGCCTCTATCATCATAATGCTGCTTAACTCGAGGGACTGTCTCACTGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCTCTATCATCATAATGCTGCTTTACTCGAGGGACTGTCTCACTGG  900

seq1  AGCATCATTTAAAGTTTCCTCTGGAGGAGCTGGCTCATCAACTAAAAACA  950
      ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCA-TTAAAG-TTCCTCTGGAGGAGCTGGCTCATCAACTAAAAACA  948

seq1  CTTGTTGCTCCTAAAGAGAATCTGAGTATGGTTCATAAAATCTACACATG  1000
      |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CTTG-TGCTCCTAAAGAGAATCTGAGTATGG-TCATAAAATCTACACATG  996

seq1  GCTCACAACTATCTGTAACTACAGTTCTAAGGAAACAGATGCCCTCTTAT  1050
      |||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||
seq2  GCTCAC-ACTATCTGT-ACTACAGTTCTAA-GAAACAGATGCCCTC-TAT  1042

seq1  GGTCTCCATAGGTGCTGCATGGACATAGTGGATATACAT-GTATGTAGAC  1099
      ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||
seq2  GGTCTTCATA-GTGCTGCATGGACATAGTGGATATACATGGTATGT-GAC  1090

seq1  -AAACATGCACATA-AAAGAAAACTAAATTAATCTTT  1134
       ||||||||| ||| |||||||||| |||||| ||||
seq2  AAAACATGCA-ATATAAAGAAAACTTAATTAA-CTTT  1125