BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-018B20
Chromosome14 (Build37)
Map Location 33,082,571 - 33,255,681
singlet/doubletdoublet
Overlap geneParg, Ogdhl, 1700024G13Rik, Chat
Upstream geneDnahc1, Capn7, Sh3bp5, Mettl6, Eaf1, Colq, Hacl1, Btd, Ankrd28, Galntl2, Dph3, Oxnad1, Msmb, Ncoa4, Timm23, LOC665601
Downstream geneSlc18a3, LOC100040834, EG665618, Ercc6, 9430077A04Rik, Prrxl1, 3425401B19Rik, 1810011H11Rik, 4922501K12Rik, E130203B14Rik, EG665658, Lrrc18, EG622657, Arhgap22, Mapk8, LOC100040079, LOC665681
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-018B20.bB6Ng01-018B20.g
ACCDH851606DH851607
length833820
definitionDH851606|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-018B20, 5' end.DH851607|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-018B20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(33,254,883 - 33,255,681)(33,082,571 - 33,083,387)
sequence
gaattctgaagacagagaaatatgtatagtagcctcctgagggaggggaa
agaaacatccttggaatgaggtttttggactctttgggccaacgtaggag
ggtttggggaaccatcggtctcagcaaaagctacttaacattactacagt
agactctgtacatatgtacacacacacacacacacacacacacacacaca
cacacacacacatcccgagttcagcttctctgaggatatgggggtggatg
ggcaagccatactatgatgctggagtctgagtggagttagctgctgtggt
ggtagctcaggctgccatggccaagtgtcacaggctgtgactaacaatag
agtggattgcctcatggttcaggagactgaacttcaccaccgggctccac
agggctgttttctcctgaggcctctcctagtgccttgcagatgacttcag
cctatgactccacatggtcatttttatgtgtgggtcaatgtcctagctat
ccctccttcttataaagatactagtcctgttggattaggatccatgctga
agagaccccatttaacttaacaagccctttcagagggaaggggctggctt
ctgacagaaataagttcccccgtgggcgctatggtcagttagagatgaag
ttggtccaggaatagagagaaagggaatgtgggctaatgcatccatccac
atggatgttcaagttgcagagaatgagaaagatagtggtaattgtgaagg
gagagtgtgattcaagagtcctaatactcatgccagggaagagattggta
tgatgtagtgacaagtagcttatgagggggcaa
gaattcatatgttcctataaagataatttgtagatgtgattaaaagtcca
cagtagtttagttaagacttaagaagggacgttatttgcctcgttctgtg
agggtctagttcagtcagttaagagagaagcttcccagaagaaatcctct
tctggacagtggcactgccagcttgctaaagctgtttatttagccccaga
gttgtgtgagccaagtccttgcagtgaatctgattgcttctgtttctttg
gtttccctgtgactgatgcgtagctcttgtgagtaagcctgctatgaaca
ttcctctgagcaattctttacgttatttttatttcatgtgtttgggtact
ttgcctacatctatgcctgtatgccacttgtatgcctgagcttgcagtgg
ccaggagagggcatcggatcccctagaactggggttttgaggtgctgtgt
gagggttaggaattgactttgagtcctctggaaaaacaggcaatgctctt
gatcactgttgcccctactgtacaattcttattggtatacatctttgttt
tctatcggtaaaaacctacatgtgacatttccagctcaaactgttcatgt
ttaatttataagaaataccagacttttcaaaattattgtgccatgtgttt
caccagtagtgcgagatttctgcttatcctatttccttatcagcccttgg
tgtaaccttttcattgttttgcttggttgcttgtgtttgtttgggttttt
tgttgtggtttgagacaatgtctcatcttgtaactctgggtgggccggct
actcacaaaatttcacctgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_33254883_33255681
seq2: B6Ng01-018B20.b_42_842 (reverse)

seq1  ATACCAATCTCTTCCCTGGCATGAGTATTAGGACTCTTGAATCACACTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCAATCTCTTCCCTGGCATGAGTATTAGGACTCTTGAATCACACTCT  50

seq1  CCCTTCAC-ATTACCACTATCTTTCTCATTCTCTGCAACTTGAACATCCA  99
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCACAATTACCACTATCTTTCTCATTCTCTGCAACTTGAACATCCA  100

seq1  TGTGGATGGATGCATTAGCCCACATTCCC-TTCTCTCTATTCCTGGACCA  148
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGATGGATGCATTAGCCCACATTCCCTTTCTCTCTATTCCTGGACCA  150

seq1  ACTTCATCTCTAACTGACCATAGCGCCCACGGGGGAACTTATTTCTGTCA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCATCTCTAACTGACCATAGCGCCCACGGGGGAACTTATTTCTGTCA  200

seq1  GAAGCCAGCCCCTTCCCTCTGAAAGGGCTTGTTAAGTTAAATGGGGTCTC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCCAGCCCCTTCCCTCTGAAAGGGCTTGTTAAGTTAAATGGGGTCTC  250

seq1  TTCAGCATGGATCCTAATCCAACAGGACTAGTATCTTTATAAGAAGGAGG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCATGGATCCTAATCCAACAGGACTAGTATCTTTATAAGAAGGAGG  300

seq1  GATAGCTAGGACATTGACCCACACATAAAAATGACCATGTGGAGTCATAG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGCTAGGACATTGACCCACACATAAAAATGACCATGTGGAGTCATAG  350

seq1  GCTGAAGTCATCTGCAAGGCACTAGGAGAGGCCTCAGGAGAAAACAGCCC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAAGTCATCTGCAAGGCACTAGGAGAGGCCTCAGGAGAAAACAGCCC  400

seq1  TGTGGAGCCCGGTGGTGAAGTTCAGTCTCCTGAACCATGAGGCAATCCAC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGAGCCCGGTGGTGAAGTTCAGTCTCCTGAACCATGAGGCAATCCAC  450

seq1  TCTATTGTTAGTCACAGCCTGTGACACTTGGCCATGGCAGCCTGAGCTAC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTGTTAGTCACAGCCTGTGACACTTGGCCATGGCAGCCTGAGCTAC  500

seq1  CACCACAGCAGCTAACTCCACTCAGACTCCAGCATCATAGTATGGCTTGC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACAGCAGCTAACTCCACTCAGACTCCAGCATCATAGTATGGCTTGC  550

seq1  CCATCCACCCCCATATCCTCAGAGAAGCTGAACTCGGGATGTGTGTGTGT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCACCCCCATATCCTCAGAGAAGCTGAACTCGGGATGTGTGTGTGT  600

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTACATATGTACAGAGTC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTACATATGTACAGAGTC  650

seq1  TACTGTAGTAATGTTAAGTAGCTTTTGCTGAGACCGATGGTTCCCCAAAC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTAGTAATGTTAAGTAGCTTTTGCTGAGACCGATGGTTCCCCAAAC  700

seq1  CCTCCTACGTTGGCCCAAAGAGTCCAAAAACCTCATTCCAAGGATGTTTC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTACGTTGGCCCAAAGAGTCCAAAAACCTCATTCCAAGGATGTTTC  750

seq1  TTTCCCCTCCCTCAGGAGGCTACTATACATATTTCTCTGTCTTCAGAATT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCCTCCCTCAGGAGGCTACTATACATATTTCTCTGTCTTCAGAATT  800

seq1  C  799
      |
seq2  C  801

seq1: chr14_33082571_33083387
seq2: B6Ng01-018B20.g_65_884

seq1  GAATTCATATGTTCCTATAAAGATAATTTGTAGATGTGATTAAAAGTCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATATGTTCCTATAAAGATAATTTGTAGATGTGATTAAAAGTCCA  50

seq1  CAGTAGTTTAGTTAAGACTTAAGAAGGGACGTTATTTGCCTCGTTCTGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAGTTTAGTTAAGACTTAAGAAGGGACGTTATTTGCCTCGTTCTGTG  100

seq1  AGGGTCTAGTTCAGTCAGTTAAGAGAGAAGCTTCCCAGAAGAAATCCTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTCTAGTTCAGTCAGTTAAGAGAGAAGCTTCCCAGAAGAAATCCTCT  150

seq1  TCTGGACAGTGGCACTGCCAGCTTGCTAAAGCTGTTTATTTAGCCCCAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGACAGTGGCACTGCCAGCTTGCTAAAGCTGTTTATTTAGCCCCAGA  200

seq1  GTTGTGTGAGCCAAGTCCTTGCAGTGAATCTGATTGCTTCTGTTTCTTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTGTGAGCCAAGTCCTTGCAGTGAATCTGATTGCTTCTGTTTCTTTG  250

seq1  GTTTCCCTGTGACTGATGCGTAGCTCTTGTGAGTAAGCCTGCTATGAACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCCTGTGACTGATGCGTAGCTCTTGTGAGTAAGCCTGCTATGAACA  300

seq1  TTCCTCTGAGCAATTCTTTACGTTATTTTTATTTCATGTGTTTGGGTACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCTGAGCAATTCTTTACGTTATTTTTATTTCATGTGTTTGGGTACT  350

seq1  TTGCCTACATCTATGCCTGTATGCCACTTGTATGCCTGAGCTTGCAGTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTACATCTATGCCTGTATGCCACTTGTATGCCTGAGCTTGCAGTGG  400

seq1  CCAGGAGAGGGCATCGGATCCCCTAGAACTGGGGTTTTGAGGTGCTGTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAGAGGGCATCGGATCCCCTAGAACTGGGGTTTTGAGGTGCTGTGT  450

seq1  GAGGGTTAGGAATTGACTTTGAGTCCTCTGGAAAAACAGGCAATGCTCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGTTAGGAATTGACTTTGAGTCCTCTGGAAAAACAGGCAATGCTCTT  500

seq1  GATCACTGTTGCCCCTACTGTACAATTCTTATTGGTATACATCTTTGTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCACTGTTGCCCCTACTGTACAATTCTTATTGGTATACATCTTTGTTT  550

seq1  TCTATCGGTAAAAACCTACATGTGACATTTCCAGCTCAAACTGTTCATGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCGGTAAAAACCTACATGTGACATTTCCAGCTCAAACTGTTCATGT  600

seq1  TTAATTTATAAGAAATACCAGACTTTTCAAAATTATTGTGCCATGTGTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTTATAAGAAATACCAGACTTTTCAAAATTATTGTGCCATGTGTTT  650

seq1  CACCAGTAGTGCGAGATTTCTGCTTATCCTATTTCCTTATCAGCCCTTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGTAGTGCGAGATTTCTGCTTATCCTATTTCCTTATCAGCCCTTGG  700

seq1  TGTAACCTTTTCATTG-TTTGCTTGGTTGCTTGTGTTTGTTTGGG-TTTT  748
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TGTAACCTTTTCATTGTTTTGCTTGGTTGCTTGTGTTTGTTTGGGTTTTT  750

seq1  TGTTGTGGTTTGAGACAAGGTCTCATCTTGTAACTCTGGCT-GGCCGGCA  797
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||| 
seq2  TGTTGTGGTTTGAGACAATGTCTCATCTTGTAACTCTGGGTGGGCCGGCT  800

seq1  ACTCACAAAAATTCACCTGC  817
      |||||||||| |||||||||
seq2  ACTCACAAAATTTCACCTGC  820