BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-021K16
Chromosome14 (Build37)
Map Location 9,755,717 - 9,894,047
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041948
Upstream geneFlnb, Dnase1l3, Abhd6, Rpp14, Pxk, Pdhb, Kctd6, Acox2, BC055107, Oit1, LOC667005, 4930452B06Rik
Downstream geneFhit, LOC100042415
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-021K16.bB6Ng01-021K16.g
ACCDH854105DH854106
length8071,092
definitionDH854105|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-021K16, 5' end.DH854106|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-021K16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(9,893,244 - 9,894,047)(9,755,717 - 9,756,824)
sequence
gaattcttgtagagcatctctcaacacagtcttacaggaatgtgactatc
agccagctatacatatgtgagctggatcctgaagacccattgggattcct
acaaccttgaactgtttaaactgcaggaatacataactccattgggatgg
cttctcatatcatcttcgttttcacctgaggacatacagttttggaatat
tcccaaacagggcagctgaaagttagcaactccatagagtgcagacacaa
ttgttggtcaagtgatcttgagcttcctgctggacctcttggtttctggc
cattgtttatacacaaggagttgggcttcttgtgaacacaccatgggacc
ctgagccctgggctgaaatataagggttttagtagtcctttaggtgaaaa
ttgtttacatctgcttactacctgcaatagcactcaccgaaccttatagc
actcctttaaataagtcatctataacaaaagcttactacccttgtgatca
caattaagattttcaaaagcaaaagaagacacaaagttgagtggtcagga
aaagaggtatagatttggaaggaattgggggaggggtgactgtgatcaac
atacattgtacaacaagaaataattaaaagggagaaaagtcaagtagtag
atatttaccacaaaattatttatttttttacccacataaattttgtactt
gccactagcagactctggtaccttgtctggttgaatgtgtcttacattta
gctttagaacctcagggattcatttagcactactacctaaagttcccaca
tcaataa

gaattctctagtaacaatgtggtgaaagaacagaagataggatgctgtgt
gcttggatgcatcagtgccgagtattttcatcccttccagtgtaacagtg
agcatttatttgaaaaggtctttaactcactcaaattgttttcaaaaaca
caattaattcaacccatgcaaaaatgctgagcatcattcttcacagggag
agaagtggaatggagtcactttcctgggattacaaaatttatgaatgaag
tgggtaagttttgtgaaatgctgagtccctaccacaacttatgtatgact
gtaatgacgagttttgtatattagttactattttaaatgaacaaaaggaa
tactatatttaaaggatcctggcagtgaatgcatttgtgacgtcagaata
attcaggaactgtaaattttatcctattaatttatcttttataaatttgg
cttttactgtatcctgagttgtgtttgaaatattgacttttccatcctcg
caatgtcttcctgttgatacgatattgttacttcatttctggaatctaat
taaagttgatagtgctctaagggacagaaaatgtcaacatccactagggt
taattgttttgaatgtctgtttaaagtaaaagaacatataaaaatcaatg
gaactgtggtagcagaattaaattatcctgagcctgttttcctcaaacat
atgattcatttgaacatcttaatattttgttcaagagaaacatttacact
attgctaatgttccaaacagagattttcagattagatctattatgagact
ggcctctacatacagttcaagtggtaacagttgaggtttcttactttcag
tgaggaagtcaagcctgttctgtatctctacatgtaattggtggtagatc
catcttctagtctcccagttgagtatatacaggtttaaatctcctgtttt
ggtcttacatgatcaaataaatacttgcatccatacagtgcccattactc
ttcaatttaagtgtagcgacatcgtcttttcctcaaaatgtcaagagaca
tctgactgttagcaactttgctgctaatgtgcctcatcaggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_9893244_9894047
seq2: B6Ng01-021K16.b_47_853 (reverse)

seq1  TTATTGATGTGGGAAC-TTCGGTAGTAGTGCTAAATGAATCCCTGCGGTT  49
      |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TTATTGATGTGGGAACTTTAGGTAGTAGTGCTAAATGAATCCCTGAGGTT  50

seq1  CTAAAGCTGAAATGTAAGACACATTCAACCAGAC-AGGTACCAGAGTCTG  98
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CTAAAGCT-AAATGTAAGACACATTCAACCAGACAAGGTACCAGAGTCTG  99

seq1  CTAGTGGCAAGTAC-AAATTTATGTGGGT-AAAAAATAAATAATTTTGTG  146
      |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTGGCAAGTACAAAATTTATGTGGGTAAAAAAATAAATAATTTTGTG  149

seq1  GTAAATATCTACTACTTGACTTTTCTCCCTTTTAATTATTTCTTGTTGTA  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATATCTACTACTTGACTTTTCTCCCTTTTAATTATTTCTTGTTGTA  199

seq1  CAATGTATGTTGATCACAGTCACCCCTCCCCCAATTCCTTCCAAATCTAT  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTATGTTGATCACAGTCACCCCTCCCCCAATTCCTTCCAAATCTAT  249

seq1  ACCTCTTTTCCTGACCACTCAACTTTGTGTCTTCTTTTGCTTTTGAAAAT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTTTTCCTGACCACTCAACTTTGTGTCTTCTTTTGCTTTTGAAAAT  299

seq1  CTTAATTGTGATCACAAGGGTAGTAAGCTTTTGTTATAGATGACTTATTT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATTGTGATCACAAGGGTAGTAAGCTTTTGTTATAGATGACTTATTT  349

seq1  AAAGGAGTGCTATAAGGTTCGGTGAGTGCTATTGCAGGTAGTAAGCAGAT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAGTGCTATAAGGTTCGGTGAGTGCTATTGCAGGTAGTAAGCAGAT  399

seq1  GTAAACAATTTTCACCTAAAGGACTACTAAAACCCTTATATTTCAGCCCA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAACAATTTTCACCTAAAGGACTACTAAAACCCTTATATTTCAGCCCA  449

seq1  GGGCTCAGGGTCCCATGGTGTGTTCACAAGAAGCCCAACTCCTTGTGTAT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTCAGGGTCCCATGGTGTGTTCACAAGAAGCCCAACTCCTTGTGTAT  499

seq1  AAACAATGGCCAGAAACCAAGAGGTCCAGCAGGAAGCTCAAGATCACTTG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAATGGCCAGAAACCAAGAGGTCCAGCAGGAAGCTCAAGATCACTTG  549

seq1  ACCAACAATTGTGTCTGCACTCTATGGAGTTGCTAACTTTCAGCTGCCCT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAACAATTGTGTCTGCACTCTATGGAGTTGCTAACTTTCAGCTGCCCT  599

seq1  GTTTGGGAATATTCCAAAACTGTATGTCCTCAGGTGAAAACGAAGATGAT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGGGAATATTCCAAAACTGTATGTCCTCAGGTGAAAACGAAGATGAT  649

seq1  ATGAGAAGCCATCCCAATGGAGTTATGTATTCCTGCAGTTTAAACAGTTC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGAAGCCATCCCAATGGAGTTATGTATTCCTGCAGTTTAAACAGTTC  699

seq1  AAGGTTGTAGGAATCCCAATGGGTCTTCAGGATCCAGCTCACATATGTAT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTTGTAGGAATCCCAATGGGTCTTCAGGATCCAGCTCACATATGTAT  749

seq1  AGCTGGCTGATAGTCACATTCCTGTAAGACTGTGTTGAGAGATGCTCTAC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGCTGATAGTCACATTCCTGTAAGACTGTGTTGAGAGATGCTCTAC  799

seq1  AAGAATTC  804
      ||||||||
seq2  AAGAATTC  807


seq1: chr14_9755717_9756824
seq2: B6Ng01-021K16.g_68_1159

seq1  GAATTCTCTAGTAACAATGTGGTGAAAGAACAGAAGATAGGATGCTGTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTAGTAACAATGTGGTGAAAGAACAGAAGATAGGATGCTGTGT  50

seq1  GCTTGGATGCATCAGTGCCGAGTATTTTCATCCCTTCCAGTGTAACAGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGGATGCATCAGTGCCGAGTATTTTCATCCCTTCCAGTGTAACAGTG  100

seq1  AGCATTTATTTGAAAAGGTCTTTAACTCACTCAAATTGTTTTCAAAAACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTTATTTGAAAAGGTCTTTAACTCACTCAAATTGTTTTCAAAAACA  150

seq1  CAATTAATTCAACCCATGCAAAAATGCTGAGCATCATTCTTCACAGGGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTAATTCAACCCATGCAAAAATGCTGAGCATCATTCTTCACAGGGAG  200

seq1  AGAAGTGGAATGGAGTCACTTTCCTGGGATTACAAAATTTATGAATGAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTGGAATGGAGTCACTTTCCTGGGATTACAAAATTTATGAATGAAG  250

seq1  TGGGTAAGTTTTGTGAAATGCTGAGTCCCTACCACAACTTATGTATGACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTAAGTTTTGTGAAATGCTGAGTCCCTACCACAACTTATGTATGACT  300

seq1  GTAATGACGAGTTTTGTATATTAGTTACTATTTTAAATGAACAAAAGGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATGACGAGTTTTGTATATTAGTTACTATTTTAAATGAACAAAAGGAA  350

seq1  TACTATATTTAAAGGATCCTGGCAGTGAATGCATTTGTGACGTCAGAATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTATATTTAAAGGATCCTGGCAGTGAATGCATTTGTGACGTCAGAATA  400

seq1  ATTCAGGAACTGTAAATTTTATCCTATTAATTTATCTTTTATAAATTTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGGAACTGTAAATTTTATCCTATTAATTTATCTTTTATAAATTTGG  450

seq1  CTTTTACTGTATCCTGAGTTGTGTTTGAAATATTGACTTTTCCATCCTCG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTACTGTATCCTGAGTTGTGTTTGAAATATTGACTTTTCCATCCTCG  500

seq1  CAATGTCTTCCTGTTGATACGATATTGTTACTTCATTTCTGGAATCTAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTCTTCCTGTTGATACGATATTGTTACTTCATTTCTGGAATCTAAT  550

seq1  TAAAGTTGATAGTGCTCTAAGGGACAGAAAATGTCAACATCCACTAGGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTTGATAGTGCTCTAAGGGACAGAAAATGTCAACATCCACTAGGGT  600

seq1  TAATTGTTTTGAATGTCTGTTTAAAGTAAAAGAACATATAAAAATCAATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGTTTTGAATGTCTGTTTAAAGTAAAAGAACATATAAAAATCAATG  650

seq1  GAACTGTGGTAGCAGAATTAAATTATCCTGAGCCTGTTTTCCTCAAACAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGTGGTAGCAGAATTAAATTATCCTGAGCCTGTTTTCCTCAAACAT  700

seq1  ATGATTCATTTGAACATCTTAATATTTTGTTCAAGAGAAACATTTACACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTCATTTGAACATCTTAATATTTTGTTCAAGAGAAACATTTACACT  750

seq1  ATTGCTAATGTTCCAAACAGAGATTTTCAGATTAGATCTATTATGAGACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTAATGTTCCAAACAGAGATTTTCAGATTAGATCTATTATGAGACT  800

seq1  GGCCTCTACATACAGTTCAAGTGGTAACAGTTGAAGGTTTCTTAACTTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||
seq2  GGCCTCTACATACAGTTCAAGTGGTAACAGTTG-AGGTTTCTT-ACTTTC  848

seq1  AGTGAGGAAGTCAAGCCTGTTCTGTATCTCTACATGTAATTGGTGGTAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGGAAGTCAAGCCTGTTCTGTATCTCTACATGTAATTGGTGGTAGA  898

seq1  TCCATCTTCTAGTCTCCCAGTTGAGTATATACAGGTTTAAATCTCCTGTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATCTTCTAGTCTCCCAGTTGAGTATATACAGGTTTAAATCTCCTGTT  948

seq1  TTGGTCTTACCATGATCACATACATACTTGCATCCATACAAGTGCCCAAT  1000
      ||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||| ||
seq2  TTGGTCTTA-CATGATCAAATAAATACTTGCATCCATAC-AGTGCCC-AT  995

seq1  TACTCTTCACATTTTAAGTGTAGCGACATTCGTCTTTTTCCTCAGAAATG  1050
      |||||||  || |||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||
seq2  TACTCTT--CAATTTAAGTGTAGCGACA-TCGTC-TTTTCCTCA-AAATG  1040

seq1  TCAAAGGAAGACATCTGACTG-TAGCACACTTGCTTGGCTAATGTTGCCC  1099
      ||||    ||||||||||||| |||||   |||||  ||||||||   ||
seq2  TCAA---GAGACATCTGACTGTTAGCAACTTTGCT--GCTAATGT--GCC  1083

seq1  TCATCAGGT  1108
      |||||||||
seq2  TCATCAGGT  1092


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |