BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-028I01
Chromosome14 (Build37)
Map Location 99,800,391 - 99,955,061
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC668671
Upstream geneLOC635593, LOC619716, LOC100043787, 2410129H14Rik, 6720463M24Rik, Dis3, D14Ertd581e, LOC100043395, LOC100043397, Klf5, LOC100043400, LOC100043789
Downstream geneLOC668672, EG546623, Klf12, LOC100043413, EG668683
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-028I01.bB6Ng01-028I01.g
ACCDH858962DH858963
length1,119570
definitionDH858962|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-028I01, 5' end.DH858963|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-028I01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(99,953,937 - 99,955,061)(99,800,391 - 99,800,966)
sequence
gaattccttccttcccacactacagaaaatatattagtgatgggatgtct
tctccacattgtcaacacacacacacacacacacacacacacacacacac
acacacacacacacacacacctccatagaagatacactgtgcccaagact
ttggaatgagtggtggagcgaggagactgcagtagagacctcatcttaaa
cactggtggtggaaactcagcccatctttacaattctgaaagaaatcagg
aggcctcagagtggacagtgaaaatgtaaatataaacataaaatacatga
aaggattaaaagattctcaagccttccctctcccagtagatggtatcaaa
gaaataatgctctaaactataatttggaaagtgctcactctcacacagca
ttccttgaatttccatccacctattctccagtattttaaccacagatttt
atcaaatattccacacaaatcagaggaaaacagtaagttctttggcttca
ttatgctaagaaatgtctacccatagtcacagtctgtgatcattcatata
ttaatttcatatctcttctttttttttaaagatttatttattattatatg
taagtacactatagctgtcttcagacacaccagaagagggagtcagatct
tgttagggatggttgtgagccaccatgtggttgctgggatttgaactatg
gatcttcagaagaacagtcgggtgctcttatccactgagccatctcacca
gctccctcatatctcttctaaggtgtttttagcatctctacacatctcag
aatgaatcacagtccataacaaggttgctgagaagctctagagctataga
ctactcagcagagacactgcttttccaaggcatcatctttgctaatacga
ggaacttatctcatagagggatgtagactaaaggtctaaaggaaggataa
atacatatattctacttgagtatctatagggggagtggatacttcagtct
aaaacaggtgctttggatacggaggctgaacttagtgataatgaggaaga
tatcttataagacaaattctgacctttcaaatgcatctacatgatttatc
ctttactctgggcttgagg
tcctatgttacacattttgtagaagtgcctgcagttctcatggtactgtt
ttgggtcacttaattttgggtgatttaatatagggagaatccaatctctc
cccaagttcatgcaccagtgaagaaagactcctctacatagaaaatatgt
tattcactgtgcgagagagagagagagagagagagagagagagagagaga
gagagaactccatggatggcgttagcttttatatcttcattttgtgtgaa
ggtggtgttgtactgaataacctcaggctggctgcttggtgctttgttac
ccaatagcagtaggtagatgcatgcctggcacgaggaggtagccacgtga
gctaaagcagatcctgaaatactgggaggttcgcttattttgttcttaag
tatcacacaccccagtctccacagatcttacccctctacaaagcccaaac
caaaagcacacatgtctgaaatctcctcatgaagttggaaaatgtcttca
cagcatttaaagcatggataatccaactcaaggtaacatacagggtggag
ggtatgtgtgtatgaagatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_99953937_99955061
seq2: B6Ng01-028I01.b_43_1161 (reverse)

seq1  CCTCAAGCCCAGAGTAAAGGAAAGATCATTGGTAGATGACATTTGAAGGG  50
      ||||||||||||||||||||| | |||||  ||||||| |||||||| ||
seq2  CCTCAAGCCCAGAGTAAAGGATAAATCAT--GTAGATG-CATTTGAAAGG  47

seq1  TCAGGATTTTGTCTTATAAGATTATCTTCCTCATATTCAACTTAGTCTCA  100
      ||| || |||||||||||||| ||||||||||||  || ||| ||| |||
seq2  TCA-GAATTTGTCTTATAAGA-TATCTTCCTCATTATC-ACTAAGT-TCA  93

seq1  GCCTCTGTATCCAAAGCACCTGTTCTAGACTGAAGTATCCACT-CCCCTA  149
      ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||
seq2  GCCTCCGTATCCAAAGCACCTGTTTTAGACTGAAGTATCCACTCCCCCTA  143

seq1  TAGGTTACTCAAGT-GTATATATGTATTTATCCTTTCTTTAGACCTTTAG  198
      || | ||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TA-GATACTCAAGTAGAATATATGTATTTATCCTTCCTTTAGACCTTTAG  192

seq1  TCTACATCCCTCTATGGGGTAAGTTCCTCGTA-TAGCAAAGATGATGCCT  247
      |||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TCTACATCCCTCTATGAGATAAGTTCCTCGTATTAGCAAAGATGATGCCT  242

seq1  TGGAAGAGCAGTGTCTCTGCTGAGTAGTCTATAGCTCTAG-GCTTCTCAG  296
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TGGAAAAGCAGTGTCTCTGCTGAGTAGTCTATAGCTCTAGAGCTTCTCAG  292

seq1  CAACCTTGTTATGGACTGTGATTCATTCTGAGATGTGTAGAGATGCTAAA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCTTGTTATGGACTGTGATTCATTCTGAGATGTGTAGAGATGCTAAA  342

seq1  AACACCTTAGAAGAGATATGAGGGAGCTGGTGAGATGGCTCAGTGGGTAA  396
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AACACCTTAGAAGAGATATGAGGGAGCTGGTGAGATGGCTCAGTGGATAA  392

seq1  GAGCACCCGACTGTTCTTCTGAAGGTCCATAGTTCAAATCCCAGCAACCA  446
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACCCGACTGTTCTTCTGAAGATCCATAGTTCAAATCCCAGCAACCA  442

seq1  CATGGTGGCTCACAACCATCCCTAACAAGATCTGACTCCCTCTTCTGGTG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTGGCTCACAACCATCCCTAACAAGATCTGACTCCCTCTTCTGGTG  492

seq1  TGTCTGAAGACAGCTATAGTGTACTTACATATAATAATAAATAAATCTTT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGAAGACAGCTATAGTGTACTTACATATAATAATAAATAAATCTTT  542

seq1  AAAAAAAAAGAAGAGATATGAAATTAATATATGAATGATCACAGACTGTG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAGAAGAGATATGAAATTAATATATGAATGATCACAGACTGTG  592

seq1  ACTATGGGTAGACATTTCTTAGCATAATGAAGCCAAAGAACTTACTGTTT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGGGTAGACATTTCTTAGCATAATGAAGCCAAAGAACTTACTGTTT  642

seq1  TCCTCTGATTTGTGTGGAATATTTGATAAAATCTGTGGTTAAAATACTGG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTGATTTGTGTGGAATATTTGATAAAATCTGTGGTTAAAATACTGG  692

seq1  AGAATAGGTGGATGGAAATTCAAGGAATGCTGTGTGAGAGTGAGCACTTT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATAGGTGGATGGAAATTCAAGGAATGCTGTGTGAGAGTGAGCACTTT  742

seq1  CCAAATTATAGTTTAGAGCATTATTTCTTTGATACCATCTACTGGGAGAG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATTATAGTTTAGAGCATTATTTCTTTGATACCATCTACTGGGAGAG  792

seq1  GGAAGGCTTGAGAATCTTTTAATCCTTTCATGTATTTTATGTTTATATTT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGCTTGAGAATCTTTTAATCCTTTCATGTATTTTATGTTTATATTT  842

seq1  ACATTTTCACTGTCCACTCTGAGGCCTCCTGATTTCTTTCAGAATTGTAA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTTCACTGTCCACTCTGAGGCCTCCTGATTTCTTTCAGAATTGTAA  892

seq1  AGATGGGCTGAGTTTCCACCACCAGTGTTTAAGATGAGGTCTCTACTGCA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGGCTGAGTTTCCACCACCAGTGTTTAAGATGAGGTCTCTACTGCA  942

seq1  GTCTCCTCGCTCCACCACTCATTCCAAAGTCTTGGGCACAGTGTATCTTC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCTCGCTCCACCACTCATTCCAAAGTCTTGGGCACAGTGTATCTTC  992

seq1  TATGGAGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  1046
      |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGAG--GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  1040

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTTGACAATGTGGAGAAGACATCCCATCACTAATATA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTTGACAATGTGGAGAAGACATCCCATCACTAATATA  1090

seq1  TTTTCTGTAGTGTGGGAAGGAAGGAATTC  1125
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTGTAGTGTGGGAAGGAAGGAATTC  1119

seq1: chr14_99800391_99800966
seq2: B6Ng01-028I01.g_68_643

seq1  GAATTCTCCTATGTTACACATTTTGTAGAAGTGCCTGCAGTTCTCATGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCTATGTTACACATTTTGTAGAAGTGCCTGCAGTTCTCATGGT  50

seq1  ACTGTTTTGGGTCACTTAATTTTGGGTGATTTAATATAGGGAGAATCCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTTTTGGGTCACTTAATTTTGGGTGATTTAATATAGGGAGAATCCAA  100

seq1  TCTCTCCCCAAGTTCATGCACCAGTGAAGAAAGACTCCTCTACATAGAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCCCCAAGTTCATGCACCAGTGAAGAAAGACTCCTCTACATAGAAA  150

seq1  ATATGTTATTCACTGTGCGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTTATTCACTGTGCGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  200

seq1  GAGAGAGAGAGAACTCCATGGATGGCGTTAGCTTTTATATCTTCATTTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGAGAGAACTCCATGGATGGCGTTAGCTTTTATATCTTCATTTTG  250

seq1  TGTGAAGGTGGTGTTGTACTGAATAACCTCAGGCTGGCTGCTTGGTGCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAAGGTGGTGTTGTACTGAATAACCTCAGGCTGGCTGCTTGGTGCTT  300

seq1  TGTTACCCAATAGCAGTAGGTAGATGCATGCCTGGCACGAGGAGGTAGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTACCCAATAGCAGTAGGTAGATGCATGCCTGGCACGAGGAGGTAGCC  350

seq1  ACGTGAGCTAAAGCAGATCCTGAAATACTGGGAGGTTCGCTTATTTTGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTGAGCTAAAGCAGATCCTGAAATACTGGGAGGTTCGCTTATTTTGTT  400

seq1  CTTAAGTATCACACACCCCAGTCTCCACAGATCTTACCCCTCTACAAAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAGTATCACACACCCCAGTCTCCACAGATCTTACCCCTCTACAAAGC  450

seq1  CCAAACCAAAAGCACACATGTCTGAAATCTCCTCATGAAGTTGGAAAATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACCAAAAGCACACATGTCTGAAATCTCCTCATGAAGTTGGAAAATG  500

seq1  TCTTCACAGCATTTAAAGCATGGATAATCCAACTCAAGGTAACATACAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCACAGCATTTAAAGCATGGATAATCCAACTCAAGGTAACATACAGG  550

seq1  GTGGAGGGTATGTGTGTATGAAGATG  576
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGGGTATGTGTGTATGAAGATG  576