BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-029I17
Chromosome14 (Build37)
Map Location 41,393,455 - 41,553,100
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100040439, LOC218945, LOC100040470, LOC382876
Downstream geneSh2d4b, Tspan14, 5730469M10Rik, Dydc2, EG622782, Dydc1, Mat1a, Sftpa1, LOC100040498, LOC666079, Mbl1, Sftpd, LOC666093, EG666099, LOC100040545, LOC676294, LOC545034, LOC100040587, EG666138, EG624191, EG666149, LOC666155, EG666156, LOC100040642, LOC100041729, LOC624277, LOC100041810, EG666186, LOC100041722, LOC100041841, EG666207, LOC666214, LOC632737, EG623168
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-029I17.bB6Ng01-029I17.g
ACCDH859716DH859717
length1,1341,087
definitionDH859716|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-029I17, 5' end.DH859717|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-029I17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(41,551,955 - 41,553,100)(41,393,455 - 41,394,559)
sequence
gaattccatcaattttcatagaacagctatattcctgggacataccagga
tcctgtagggaagagcaatgaggcagaatgtactggtttagaccatagat
actgggagaatgctggggattggttttcttgtttcagctattaagaaatc
ttccatcatctaatcttcagcagggacattatgtgggaaatgcaacaccc
ttgattaaaccaaaagggacaaagctcaagggtagaagaagctcagcagt
cacacattgctctagaatgttctcttgagtactagtattgccaaggagtg
tgccagatcatctggcataagtctagcaatagagacagacaggattggcc
tggggtccagtatagcatgcataccaccctgtgtggtgctgggaatgtca
tgtcatgtgtatgatcctgacctggtgaagcatgggtgagggctgagcta
gactggaaagatgagactctgaagtgtccgcatgttgagtcttaggctgg
acctcgatctgttccaagatctaggggagctctatttcttagcatgtgtg
agaccagttaattggttgaggactgtagtgtctggatggttaaacatggc
tagagatgggatcttatggttctagtttccagaaggacagaaaattcttt
gaccatttagagaacagattctccctgtgccaaggatgttagtgagccca
tgagtctacaggaagaattgctgcagcatggccttcaggaatgcagggag
ttctctggacaggacactatttctgtcttgccatctgacccagactttgt
accctatcccctggctggagccagtggcctgtgagctttgtgaggcatgc
tgtccttttacatgagctgaagtggaagaatagtcaaacagcattgcttg
cattttggaaacaacagaagagaaaaccttgccattgtacaaagaggaat
tcaaacagcagctgttaagcagggtgtatcatttagtgaacaaagaaatg
ctttgtaatatgtgtgatctgcactgtcaataaaaatcaattataaaaac
ccagcaaataaatatgaaaattccacaaaggacttagtcagtaatgtttt
caaaagctgcatgcatgctttaatcctagtaatc
gaattccagaaacatggaattgtgggtgacctgaatttgtgttcaaatgt
tatggtccctgctatatagctccaaagtaaactatctcttatccagttta
aggtgagaattgttttttgtagcaacaacttctatccattgaccaaaaaa
ttttcatgtctcagccaaaatatcaataaatatgattattattattaata
cttcctccccatttcaaaccaagatgggggtagaagtaacaattatacat
gaattataaaatctcctcacatcttgaccctctttttgctaaaacctggc
catgatagctggaacactagcagccttacaaatcatatgaccttagaagc
actgagctaaaaagggttcttatgaggcaactgtgtatatgcatggaatc
accatagcaacactgaatttgacataattttataagaaaaagaaagacat
aaatagcctccaccttgcacaatacctttatgccattatttacagtatga
acaaataagaatgagtttaggtgaaaacaggaggtgtcgaaaacatattt
tcaagggactttcgtgtataaataatcaaagacataggatagacactgga
aggggtaaggtgaattttcatttacattaaattggaaagcactacaacat
gttacataaggataatcaaaacatagtaaggataaatgttgattagtaca
taccagagagcatgactcaaatactatgttgagtaaaccatgttttcaca
ccatggttactcatatttggcttcataattaactatatctaattccctct
gagattagagttgtgtctttatcagcagctgttacaggtacttaaattat
ataaataaatgattcccagtccctaaatttttcccaagacttttaacttg
gaaaaggaagttacctagcttctacatattgacagtatcaatataattga
atctgttgaaaaccttaaatcatcttcttgttatgatttcatttcgattg
aaaagtaagcaggggcttcctgcttgtgtagagtatgaatccagagagaa
aattagaagagaaatactctgatgagaatgcctctta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_41551955_41553100
seq2: B6Ng01-029I17.b_37_1170 (reverse)

seq1  GATTACTAGGATTAAAAGCATGCATGCAGCTTTTTAAATACATTTACTGG  50
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||| |||||| 
seq2  GATTACTAGGATT-AAAGCATGCATGCAGCTTTTGAAA-ACA-TTACTGA  47

seq1  CATAGTCCTTTGTGGATATCTCATATTTATATTGCTGTGTTTTTATATTT  100
      |  |||||||||||||  | |||||||||| |||||| ||||||||| ||
seq2  CTAAGTCCTTTGTGGAATTTTCATATTTAT-TTGCTGGGTTTTTATAATT  96

seq1  GATTTTTATTTGACAGTGCAGATCAACACAATATTACAAAGCATTTCTCT  150
      |||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |
seq2  GATTTTTA-TTGACAGTGCAGATC-ACAC-ATATTACAAAGCATTTCT-T  142

seq1  GGTTCACTAAATGATACACCCCTGCTTAACAGCCTGCTGTTTGAATTCCT  200
       ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TGTTCACTAAATGATACA-CCCTGCTTAACAG-CTGCTGTTTGAATTCCT  190

seq1  CTTTGTTACAATGGCAAGGTTTTCTCTTCTGTTGTTTCCAAAATGCAAGC  250
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTG-TACAATGGCAAGGTTTTCTCTTCTGTTGTTTCCAAAATGCAAGC  239

seq1  AATGCTGTTTGACTATTCTTCCACCTTCAGCTCATGTAAAAGGACAGCAT  300
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTGTTTGACTATTCTTCCA-CTTCAGCTCATGTAAAAGGACAGCAT  288

seq1  GCCTCACAAAGCTCACAGGCCACTGGCTCCAGCCAGGGGATAGGGTACAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCACAAAGCTCACAGGCCACTGGCTCCAGCCAGGGGATAGGGTACAA  338

seq1  AGTCTGGGTCAGATGGCAAGACAGAAATAGTGTCCTGTCCAGAGAACTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTGGGTCAGATGGCAAGACAGAAATAGTGTCCTGTCCAGAGAACTCC  388

seq1  CTGCATTCCTGAAGGCCATGCTGCAGCAATTCTTCCTGTAGACTCATGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATTCCTGAAGGCCATGCTGCAGCAATTCTTCCTGTAGACTCATGGG  438

seq1  CTCACTAACATCCTTGGCACAGGGAGAATCTGTTCTCTAAATGGTCAAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTAACATCCTTGGCACAGGGAGAATCTGTTCTCTAAATGGTCAAAG  488

seq1  AATTTTCTGTCCTTCTGGAAACTAGAACCATAAGATCCCATCTCTAGCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTCTGTCCTTCTGGAAACTAGAACCATAAGATCCCATCTCTAGCCA  538

seq1  TGTTTAACCATCCAGACACTACAGTCCTCAACCAATTAACTGGTCTCACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTAACCATCCAGACACTACAGTCCTCAACCAATTAACTGGTCTCACA  588

seq1  CATGCTAAGAAATAGAGCTCCCCTAGATCTTGGAACAGATCGAGGTCCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTAAGAAATAGAGCTCCCCTAGATCTTGGAACAGATCGAGGTCCAG  638

seq1  CCTAAGACTCAACATGCGGACACTTCAGAGTCTCATCTTTCCAGTCTAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAGACTCAACATGCGGACACTTCAGAGTCTCATCTTTCCAGTCTAGC  688

seq1  TCAGCCCTCACCCATGCTTCACCAGGTCAGGATCATACACATGACATGAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCCTCACCCATGCTTCACCAGGTCAGGATCATACACATGACATGAC  738

seq1  ATTCCCAGCACCACACAGGGTGGTATGCATGCTATACTGGACCCCAGGCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCCAGCACCACACAGGGTGGTATGCATGCTATACTGGACCCCAGGCC  788

seq1  AATCCTGTCTGTCTCTATTGCTAGACTTATGCCAGATGATCTGGCACACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCTGTCTGTCTCTATTGCTAGACTTATGCCAGATGATCTGGCACACT  838

seq1  CCTTGGCAATACTAGTACTCAAGAGAACATTCTAGAGCAATGTGTGACTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGCAATACTAGTACTCAAGAGAACATTCTAGAGCAATGTGTGACTG  888

seq1  CTGAGCTTCTTCTACCCTTGAGCTTTGTCCCTTTTGGTTTAATCAAGGGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCTTCTTCTACCCTTGAGCTTTGTCCCTTTTGGTTTAATCAAGGGT  938

seq1  GTTGCATTTCCCACATAATGTCCCTGCTGAAGATTAGATGATGGAAGATT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCATTTCCCACATAATGTCCCTGCTGAAGATTAGATGATGGAAGATT  988

seq1  TCTTAATAGCTGAAACAAGAAAACCAATCCCCAGCATTCTCCCAGTATCT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAATAGCTGAAACAAGAAAACCAATCCCCAGCATTCTCCCAGTATCT  1038

seq1  ATGGTCTAAACCAGTACATTCTGCCTCATTGCTCTTCCCTACAGGATCCT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTCTAAACCAGTACATTCTGCCTCATTGCTCTTCCCTACAGGATCCT  1088

seq1  GGTATGTCCCAGGAATATAGCTGTTCTATGAAAATTGATGGAATTC  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATGTCCCAGGAATATAGCTGTTCTATGAAAATTGATGGAATTC  1134

seq1: chr14_41393455_41394559
seq2: B6Ng01-029I17.g_68_1154

seq1  GAATTCCAGAAACATGGAATTGTGGGTGACCTGAATTTGTGTTCAAATGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGAAACATGGAATTGTGGGTGACCTGAATTTGTGTTCAAATGT  50

seq1  TATGGTCCCTGCTATATAGCTCCAAAGTAAACTATCTCTTATCCAGTTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGTCCCTGCTATATAGCTCCAAAGTAAACTATCTCTTATCCAGTTTA  100

seq1  AGGTGAGAATTGTTTTTTGTAGCAACAACTTCTATCCATTGACCAAAAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGAGAATTGTTTTTTGTAGCAACAACTTCTATCCATTGACCAAAAAA  150

seq1  TTTTCATGTCTCAGCCAAAATATCAATAAATATGATTATTATTATTAATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCATGTCTCAGCCAAAATATCAATAAATATGATTATTATTATTAATA  200

seq1  CTTCCTCCCCATTTCAAACCAAGATGGGGGTAGAAGTAACAATTATACAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTCCCCATTTCAAACCAAGATGGGGGTAGAAGTAACAATTATACAT  250

seq1  GAATTATAAAATCTCCTCACATCTTGACCCTCTTTTTGCTAAAACCTGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTATAAAATCTCCTCACATCTTGACCCTCTTTTTGCTAAAACCTGGC  300

seq1  CATGATAGCTGGAACACTAGCAGCCTTACAAATCATATGACCTTAGAAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATAGCTGGAACACTAGCAGCCTTACAAATCATATGACCTTAGAAGC  350

seq1  ACTGAGCTAAAAAGGGTTCTTATGAGGCAACTGTGTATATGCATGGAATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGCTAAAAAGGGTTCTTATGAGGCAACTGTGTATATGCATGGAATC  400

seq1  ACCATAGCAACACTGAATTTGACATAATTTTATAAGAAAAAGAAAGACAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATAGCAACACTGAATTTGACATAATTTTATAAGAAAAAGAAAGACAT  450

seq1  AAATAGCCTCCACCTTGCACAATACCTTTATGCCATTATTTACAGTATGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGCCTCCACCTTGCACAATACCTTTATGCCATTATTTACAGTATGA  500

seq1  ACAAATAAGAATGAGTTTAGGTGAAAACAGGAGGTGTCGAAAACATATTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATAAGAATGAGTTTAGGTGAAAACAGGAGGTGTCGAAAACATATTT  550

seq1  TCAAGGGACTTTCGTGTATAAATAATCAAAGACATAGGATAGACACTGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGGACTTTCGTGTATAAATAATCAAAGACATAGGATAGACACTGGA  600

seq1  AGGGGTAAGGTGAATTTTCATTTACATTAAATTGGAAAGCACTACAACAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGTAAGGTGAATTTTCATTTACATTAAATTGGAAAGCACTACAACAT  650

seq1  GTTACATAAGGATAATCAAAACATAGTAAGGATAAATGTTGATTAGTACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACATAAGGATAATCAAAACATAGTAAGGATAAATGTTGATTAGTACA  700

seq1  TACCAGAGAGCATGACTCAAATACTATGTTGAGTAAACCATGTTTTCACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAGAGAGCATGACTCAAATACTATGTTGAGTAAACCATGTTTTCACA  750

seq1  CCATGGTTACTCATATTTGGCTTCATAATTAACTATATCTAATTCCCTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGTTACTCATATTTGGCTTCATAATTAACTATATCTAATTCCCTCT  800

seq1  GAGATTAGAGTTGTGTCTTTATCAGCAGCTGTTACAGGTACTTAAATTAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATTAGAGTTGTGTCTTTATCAGCAGCTGTTACAGGTACTTAAATTAT  850

seq1  ATAAATAAATGATTCCCAGTCCCTAAATTTTTCCCAAGACTTTTAACTTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATAAATGATTCCCAGTCCCTAAATTTTTCCCAAGACTTTTAACTTG  900

seq1  GAAAAGGAAGTTACCTAGCTTCTACATATTGACAGTATCAATAATAATTG  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GAAAAGGAAGTTACCTAGCTTCTACATATTGACAGTATCAAT-ATAATTG  949

seq1  AATCTGTTGAAAACCTTAAATCCATCTTCTTTGTTATGATTTTCATTTTC  1000
      ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||
seq2  AATCTGTTGAAAACCTTAAAT-CATCTTC-TTGTTATGA-TTTCA-TTTC  995

seq1  GATTGGAAAAGTAAAGCAGGGGCTTCGCTGCTTGTGTAGGAGTATAGAAT  1050
      |||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||
seq2  GATT-GAAAAGT-AAGCAGGGGCTTC-CTGCTTGTGTA-GAGTAT-GAAT  1040

seq1  ACAAGAAGAGAAAATAATAGAAGAAGAAATGACTCTGATGATGAATGCCA  1100
       ||   |||||||||  |||||| |||||| |||||||||| ||||||| 
seq2  CCA--GAGAGAAAAT--TAGAAG-AGAAAT-ACTCTGATGA-GAATGCC-  1082

seq1  TCTTA  1105
      |||||
seq2  TCTTA  1087