BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-031K11
Chromosome14 (Build37)
Map Location 78,171,702 - 78,272,546
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGm1587, Dnajc15
Upstream geneLOC100043753, LOC100043201, 9030625A04Rik, Ccdc122, D230005D02Rik, LOC100043755, LOC676171, EG629678
Downstream geneEpsti1, AU021034, Tnfsf11, LOC219180, Akap11, Dgkh, LOC673649, 1300010F03Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-031K11.bB6Ng01-031K11.g
ACCDH861206DH861207
length1,0291,028
definitionDH861206|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-031K11, 5' end.DH861207|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-031K11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(78,271,501 - 78,272,546)(78,171,702 - 78,172,737)
sequence
gaattctatttctttttccagaaagcgtttattacatgtaagacaattag
ccacctatctttcattataaccactacctaaaggctaaaacctatcattg
tattagttaaagacttatgtatcagcaagcatttgttcttcctaaatgat
ggaccactccaatctttccatcaacatctaaaacatattttcacatactt
gggcacttgtcctgggaatctcatggattctctattgtgtacttatcctt
gattctgtttttgtcttaccgtgctaaaagttatatttatagtttggtgt
gactggccagcattatgttagtgcttgatacacagtaagtatcaggaaca
gaaatgttactggccagcatctatgttagtgcttgatactcggtaagtgt
caggaacagaaatgttattctggaatcggaagggatgagaagaatgattt
tctcaagggatagagagtacgaatttactgttgcctatcagtgagtccga
caaacaaaaccacagaaattttttttttttttttttttttttttttttgg
tttttcgagacagggtttctctgtatagccctagctgtcctggaactcac
tttgtagaccaggctggcctcgaactcagaaatccacctgcctctgcctc
ccaagtgctgggattaaaggtgtgcgccaccacgcccggctctaaaacca
cagaaatttaacttctctgaaatataattgttcgcaatctgtccccaaac
atgccagatctcctgctatttccatgtcttgataaagccatcaactctac
tttcttctttaattctgaccttgaaccacctaggtataaggtctgatttg
tttctgattctttcatgttatctctttgtctttctcatgtctcctctgag
cagaaggtcacctgtgtccaacacttaacagtgtctctttgctgatagct
cacaccctcaacccacctaccaccagtactcattacagcaagaatagtca
caagcaatcttatctcaaagcagctctaa
gaattcagtgaggggctcactccatccctgaaggagggggtgtactaaca
agccttcagtctgaacgtcagtaaacactgcacactgatgggtctctatg
agtgtgagacttgccattcccaactcccttcttgcttgttcctcttccca
gatgggaaagctaagccacaccctttagcttccagtgctttctccctcct
tatctttcatatttttatttcctgctatcatgtgtcttttgaatgttcct
caaagtgtggtagagctttgttctccagcttgtggtatctgagaggtggt
agactctttagaagtggggccacgtggaaggaagttatatcagttggagg
agatatagagagccttgctcttcctacctctttgccttctccgctgcatg
cttccattatgatgcagtgtacttcaccccccgccccacccccccaagaa
acaggctcaggtcatatgggtggaaatctctaaaaccatggaccaaaata
aagctgtactagtgacttctctattgctatggtaaaacgccatagccaag
gcaacgtagagaaggaagggtttactcgggaatatggctccacagggatg
agtccattgtggtccagaagcctggcatctggagcaggaagctgagggct
cacatcttggatcacgagcataaagcacagagagggaactaggaatggtg
tgagtctgtaaactctcaaagccctcctctggtgacaaacttcctctagg
caatatctcttaacttccggaacagtgctatctatgagctgggaccaaat
gtttaaatgcccaagactgtggggggaacatcttggtcaaaccaccgcaa
aaacttagccccttttaaactgattagctcagagggtttgctagagtaac
accagatgactaacacactactcaccccatcctgcccaccagatccacag
cattctgctttcaaaggactgacttgatacactgagtacaggattgactg
gaacaagatccggaaatgactatgattt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_78271501_78272546
seq2: B6Ng01-031K11.b_46_1074 (reverse)

seq1  TTAGAGCTGCTTTGAGAATAAGAGTGGCCTTGTGACTAATCTGTGCTGTA  50
      |||||||||||||||| |||||| ||  |||||||||| ||| |||||||
seq2  TTAGAGCTGCTTTGAG-ATAAGATTG--CTTGTGACTATTCT-TGCTGTA  46

seq1  ATGAGTAACTGGTGGTAGGGTGGTGTTTGGAGGGTGTGAGCTATCAAGGC  100
      |||||| |||||||||| ||||| |||  |||||||||||||||||  ||
seq2  ATGAGT-ACTGGTGGTA-GGTGG-GTT--GAGGGTGTGAGCTATCA--GC  89

seq1  AAAGAGACCACTGTTAAAGTGTGTGACAACAGGTGACCCTCTGCTACAGA  150
      ||||||| ||||||| ||||||  ||| |||||||||| |||||| ||||
seq2  AAAGAGA-CACTGTT-AAGTGTTGGAC-ACAGGTGACCTTCTGCT-CAGA  135

seq1  GGAGACATGAGAAAGACAAAGAGATTAACAATGAAAAGAATCAGAAACAA  200
      |||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||
seq2  GGAGACATGAGAAAGACAAAGAGA-TAAC-ATG-AAAGAATCAGAAACAA  182

seq1  ATCAGACC-TATACCTAGGTGGTTCAAGGTCAGAATTAAAGAAGAAAGTA  249
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGACCTTATACCTAGGTGGTTCAAGGTCAGAATTAAAGAAGAAAGTA  232

seq1  GAGTTGATGGCTTTATCAAGACATGGAAATAGCAGGAGATCTGGCATGTT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTGATGGCTTTATCAAGACATGGAAATAGCAGGAGATCTGGCATGTT  282

seq1  TGGGGACAGATTGCGAACAATTATATTTCAGAGAAGTTAAATTTCTGTGG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGACAGATTGCGAACAATTATATTTCAGAGAAGTTAAATTTCTGTGG  332

seq1  TTTTAGAGCCGGGCGTGGTGGCGCACACCTTTAATCCCAGCACTTGGGAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGAGCCGGGCGTGGTGGCGCACACCTTTAATCCCAGCACTTGGGAG  382

seq1  GCAGAGGCAGGTGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGGCAGGTGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTG  432

seq1  AGTTCCAGGACAGCTAGGGCTATACAGAGAAACCCTGTCTCGAAAAACCA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCCAGGACAGCTAGGGCTATACAGAGAAACCCTGTCTCGAAAAACCA  482

seq1  AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTTCTGTGGTTTTGTTTGTCG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTTCTGTGGTTTTGTTTGTCG  532

seq1  GACTCACTGATAGGCAACAGTAAATTCGTACTCTCTATCCCTTGAGAAAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCACTGATAGGCAACAGTAAATTCGTACTCTCTATCCCTTGAGAAAA  582

seq1  TCATTCTTCTCATCCCTTCCGATTCCAGAATAACATTTCTGTTCCTGACA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTCTTCTCATCCCTTCCGATTCCAGAATAACATTTCTGTTCCTGACA  632

seq1  CTTACCGAGTATCAAGCACTAACATAGATGCTGGCCAGTAACATTTCTGT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACCGAGTATCAAGCACTAACATAGATGCTGGCCAGTAACATTTCTGT  682

seq1  TCCTGATACTTACTGTGTATCAAGCACTAACATAATGCTGGCCAGTCACA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGATACTTACTGTGTATCAAGCACTAACATAATGCTGGCCAGTCACA  732

seq1  CCAAACTATAAATATAACTTTTAGCACGGTAAGACAAAAACAGAATCAAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACTATAAATATAACTTTTAGCACGGTAAGACAAAAACAGAATCAAG  782

seq1  GATAAGTACACAATAGAGAATCCATGAGATTCCCAGGACAAGTGCCCAAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAGTACACAATAGAGAATCCATGAGATTCCCAGGACAAGTGCCCAAG  832

seq1  TATGTGAAAATATGTTTTAGATGTTGATGGAAAGATTGGAGTGGTCCATC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGAAAATATGTTTTAGATGTTGATGGAAAGATTGGAGTGGTCCATC  882

seq1  ATTTAGGAAGAACAAATGCTTGCTGATACATAAGTCTTTAACTAATACAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGGAAGAACAAATGCTTGCTGATACATAAGTCTTTAACTAATACAA  932

seq1  TGATAGGTTTTAGCCTTTAGGTAGTGGTTATAATGAAAGATAGGTGGCTA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGGTTTTAGCCTTTAGGTAGTGGTTATAATGAAAGATAGGTGGCTA  982

seq1  ATTGTCTTACATGTAATAAACGCTTTCTGGAAAAAGAAATAGAATTC  1046
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTCTTACATGTAATAAACGCTTTCTGGAAAAAGAAATAGAATTC  1029

seq1: chr14_78171702_78172737
seq2: B6Ng01-031K11.g_65_1092

seq1  GAATTCAGTGAGGGGCTCACTCCATCCCTGAAGGAGGGGGTGTACTAACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGAGGGGCTCACTCCATCCCTGAAGGAGGGGGTGTACTAACA  50

seq1  AGCCTTCAGTCTGAACGTCAGTAAACACTGCACACTGATGGGTCTCTATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTCAGTCTGAACGTCAGTAAACACTGCACACTGATGGGTCTCTATG  100

seq1  AGTGTGAGACTTGCCATTCCCAACTCCCTTCTTGCTTGTTCCTCTTCCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGAGACTTGCCATTCCCAACTCCCTTCTTGCTTGTTCCTCTTCCCA  150

seq1  GATGGGAAAGCTAAGCCACACCCTTTAGCTTCCAGTGCTTTCTCCCTCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGGAAAGCTAAGCCACACCCTTTAGCTTCCAGTGCTTTCTCCCTCCT  200

seq1  TATCTTTCATATTTTTATTTCCTGCTATCATGTGTCTTTTGAATGTTCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTTCATATTTTTATTTCCTGCTATCATGTGTCTTTTGAATGTTCCT  250

seq1  CAAAGTGTGGTAGAGCTTTGTTCTCCAGCTTGTGGTATCTGAGAGGTGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTGTGGTAGAGCTTTGTTCTCCAGCTTGTGGTATCTGAGAGGTGGT  300

seq1  AGACTCTTTAGAAGTGGGGCCACGTGGAAGGAAGTTATATCAGTTGGAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCTTTAGAAGTGGGGCCACGTGGAAGGAAGTTATATCAGTTGGAGG  350

seq1  AGATATAGAGAGCCTTGCTCTTCCTACCTCTTTGCCTTCTCCGCTGCATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATAGAGAGCCTTGCTCTTCCTACCTCTTTGCCTTCTCCGCTGCATG  400

seq1  CTTCCATTATGATGCAGTGTACTTCACCCCCCGCCCCACCCCCCCAAGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCATTATGATGCAGTGTACTTCACCCCCCGCCCCACCCCCCCAAGAA  450

seq1  ACAGGCTCAGGTCATATGGGTGGAAATCTCTAAAACCATGGACCAAAATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCTCAGGTCATATGGGTGGAAATCTCTAAAACCATGGACCAAAATA  500

seq1  AAGCTGTACTAGTGACTTCTCTATTGCTATGGTAAAACGCCATAGCCAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGTACTAGTGACTTCTCTATTGCTATGGTAAAACGCCATAGCCAAG  550

seq1  GCAACGTAGAGAAGGAAGGGTTTACTCGGGAATATGGCTCCACAGGGATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACGTAGAGAAGGAAGGGTTTACTCGGGAATATGGCTCCACAGGGATG  600

seq1  AGTCCATTGTGGTCCAGAAGCCTGGCATCTGGAGCAGGAAGCTGAGGGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCATTGTGGTCCAGAAGCCTGGCATCTGGAGCAGGAAGCTGAGGGCT  650

seq1  CACATCTTGGATCACGAGCATAAAGCACAGAGAGGGAACTAGGAATGGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATCTTGGATCACGAGCATAAAGCACAGAGAGGGAACTAGGAATGGTG  700

seq1  TGAGTCTGTAAACTCTCAAAGCCCTCCTCTGGTGACAAACTTCCTCTAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TGAGTCTGTAAACTCTCAAAGCCCTCCTCTGGTGACAAACTTCCTCT-AG  749

seq1  GCAATATCTCTTAACTTCCGGAACAGTGCTATCTATGAGCTGGGACCAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATATCTCTTAACTTCCGGAACAGTGCTATCTATGAGCTGGGACCAAA  799

seq1  TGTTTAAATGCCCAAGACTGTGGGGGGAACATCTTGGTCAAACCACCGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTAAATGCCCAAGACTGTGGGGGGAACATCTTGGTCAAACCACCGCA  849

seq1  AAAACTTAGCCCCTTTTAAACTGATTAGCTCAGAGGGTTTGCTAGAGTAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTTAGCCCCTTTTAAACTGATTAGCTCAGAGGGTTTGCTAGAGTAA  899

seq1  CACCAAGATGACTAACACACTACTCACCCCATCCTGCCCACCAGATCCCA  950
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CACC-AGATGACTAACACACTACTCACCCCATCCTGCCCACCAGAT-CCA  947

seq1  CAGCATTCTGCTTTCAAAGGACTGAACTTGATACACTGAGTACAGGAATT  1000
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||
seq2  CAGCATTCTGCTTTCAAAGGACTG-ACTTGATACACTGAGTACAGG-ATT  995

seq1  GACTGGAACCAAGATACAGAAAATTGACTATGATTT  1036
      |||||||| |||||| | ||||  ||||||||||||
seq2  GACTGGAA-CAAGATCCGGAAA--TGACTATGATTT  1028