BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-033D04
Chromosome14 (Build37)
Map Location 123,841,339 - 123,980,839
singlet/doubletdoublet
Overlap geneVgcnl1
Upstream geneEG328479, EG432907, Zic5, Zic2, ENSMUSG00000075465, LOC668847, Pcca, BC006662, 4930594M22Rik, Tmtc4
Downstream geneItgbl1, LOC668700, Fgf14
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-033D04.bB6Ng01-033D04.g
ACCDH862320DH862321
length1,0761,029
definitionDH862320|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-033D04, 5' end.DH862321|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-033D04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(123,979,763 - 123,980,839)(123,841,339 - 123,842,384)
sequence
gaattcattgtatcagatatttcctttgtatctgtaacaacttctcagga
attttcatgaaatttgatttggcctctgtgggtaacttaaaaaacaaatc
aaatttgagcaactaagaagtcaacatcaggactgagagatggctcagat
gtcaagcgctctggctgctcttccagaggaaccaagttcaattcctagca
cccatgtggcagcttacaaccatctgcaacaccagctacaggaaatctga
taccatcttctgggcttgaaaggcaccagacacacacttagtgcacacac
atacacgcagtccaaacaaccatgcacataaaataataaaacataatcaa
agccgttaacatatcctttgtatctttggtcttaacttagccaaagtgtt
gaaaatgcaaacaaaattgttgtctataaatgtgtatcatagatgtatcc
tttcaaaacctagtaagtaaactttgtggcagtctcacatgtaaaacagt
gggttctgacctgggacttttttttcacaaattaggagaagttgcaatca
gttatcagtgcgccagtcacactgtaccactttgaagaaagtatgttcct
ttctctctcaccatacatctccgagtatgatgttggacaatggtttggaa
tgaaagcagtttctatatttaaacaatttcaagaaaccactacagctgag
ttgagaaagaactacagctgtcagtgaatggatgataaatttctccttct
ttacttcccctcagcctaattcctgtctttttctcttttatgtacatagt
ggctttctagccccacatcttagaatatacatctactgccaggattgttg
cttattgatatattcatggaactcacatccaggttttcctattacctacc
taccatcccctacgtcattctcatatgtggtgtttctaacctgtgcttca
gcacctccttgaaaccaccaaggctatgaaaacagatgcatgcagtccag
tagcccttctttttatgtcctataactcacatttagcagaaaagttctaa
atgaagaatagcttcccagataccta
gaattcctctttccccctctaagatttattagtgaacctttgccaagagc
catctaagagaagctaaaaactagcaggtgatcttcctgagatggttctg
ccatggactgtaaagctgcgatggatttgctcctttaggcaaggccaagg
agattacatttgaggaaagattcctgctattaatatgcttttcctgttgt
tattaaatatatagttatgtaacagtcactaggtattagctcaccctttt
gaacagattcctgcagaaccacgaagatgtagtgtttggtcgtggttgta
tagaaaaatagatgatttcttaactcttaatgatgattctctaagaattc
ctaaaattatattagtaattattaagctctttttataataggactgctac
taagacctctctgataattaaaactgcaatgagaactctaaaagtcttca
agtgtcagcagttaattgcttctgagagagaaaaggcatttacaatttag
agtgcattccaagaggctgtgaaataattaaccaaaggtcataaaaaagg
aactaaggatttcctataggtgcaaggacagaagatgggaagttgactgg
gtttatgtatgcaaaacttcaataataacttagtcacaacctgttgagct
tgtaacagataaagaatgtttagccagatgattactctatgtggatatgc
atctaaacatctctgttgtaaaattcttactcaatttatgttttggattt
atatgtaaacctgtgatgaactctttaccatgtgatcatgcattcttaaa
gacgaataaatgcagaggaaaaagagaactcagagaactttttagaaagc
aagagaagaatctttagagaaacttttttggagaacatttagagagacgt
tttagatatagaacttagaataaagatgaaatcaatttcaagtatctttt
tctctctctgactcaactagcatactggggtagagtcatgaattcctgtg
agaaggggtaagactacttatatcaccga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_123979763_123980839
seq2: B6Ng01-033D04.b_49_1124 (reverse)

seq1  TAGGTATCTGGGAAGCTATTCTTCATTTAAGAACTTTTCTGCTAAATGTG  50
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTATCTGGGAAGCTATTCTTCATTT-AGAACTTTTCTGCTAAATGTG  49

seq1  AGTTATAGGACATAAAAAGAGGGGCTACTGGACTGCATGCATCTGTTTTC  100
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATAGGACATAAAAAGAAGGGCTACTGGACTGCATGCATCTGTTTTC  99

seq1  ATAGCCTTGGTGGTTTCAAGGAGGTGCTGAAGCACAGGTTAGAAACACCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCCTTGGTGGTTTCAAGGAGGTGCTGAAGCACAGGTTAGAAACACCA  149

seq1  CATATGAGAATGACGTAGGGGATGGTAGGTAGGTAATAGGAAAACCTGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGAGAATGACGTAGGGGATGGTAGGTAGGTAATAGGAAAACCTGGA  199

seq1  TGTGAGTTCCATGAATATATCAATAAGCAACAATCCTGGCAGTAGATGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGTTCCATGAATATATCAATAAGCAACAATCCTGGCAGTAGATGTA  249

seq1  TATTCTAAGATGTGGGGCTAGAAAGCCACTATGTACATAAAAGAGAAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTAAGATGTGGGGCTAGAAAGCCACTATGTACATAAAAGAGAAAAA  299

seq1  GACAGGAATTAGGCTGAGGGGAAGTAAAGAAGGAGAAATTTATCATCCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGAATTAGGCTGAGGGGAAGTAAAGAAGGAGAAATTTATCATCCAT  349

seq1  TCACTGACAGCTGTAGTTCTTTCTCAACTCAGCTGTAGTGGTTTCTTGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGACAGCTGTAGTTCTTTCTCAACTCAGCTGTAGTGGTTTCTTGAA  399

seq1  ATTGTTTAAATATAGAAACTGCTTTCATTCCAAACCATTGTCCAACATCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTTTAAATATAGAAACTGCTTTCATTCCAAACCATTGTCCAACATCA  449

seq1  TACTCGGAGATGTATGGTGAGAGAGAAAGGAACATACTTTCTTCAAAGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCGGAGATGTATGGTGAGAGAGAAAGGAACATACTTTCTTCAAAGTG  499

seq1  GTACAGTGTGACTGGCGCACTGATAACTGATTGCAACTTCTCCTAATTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAGTGTGACTGGCGCACTGATAACTGATTGCAACTTCTCCTAATTTG  549

seq1  TGAAAAAAAAGTCCCAGGTCAGAACCCACTGTTTTACATGTGAGACTGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAAAAAAGTCCCAGGTCAGAACCCACTGTTTTACATGTGAGACTGCC  599

seq1  ACAAAGTTTACTTACTAGGTTTTGAAAGGATACATCTATGATACACATTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGTTTACTTACTAGGTTTTGAAAGGATACATCTATGATACACATTT  649

seq1  ATAGACAACAATTTTGTTTGCATTTTCAACACTTTGGCTAAGTTAAGACC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGACAACAATTTTGTTTGCATTTTCAACACTTTGGCTAAGTTAAGACC  699

seq1  AAAGATACAAAGGATATGTTAACGGCTTTGATTATGTTTTATTATTTTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATACAAAGGATATGTTAACGGCTTTGATTATGTTTTATTATTTTAT  749

seq1  GTGCATGGTTGTTTGGACTGCGTGTATGTGTGTGCACTAAGTGTGTGTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATGGTTGTTTGGACTGCGTGTATGTGTGTGCACTAAGTGTGTGTCT  799

seq1  GGTGCCTTTCAAGCCCAGAAGATGGTATCAGATTTCCTGTAGCTGGTGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCCTTTCAAGCCCAGAAGATGGTATCAGATTTCCTGTAGCTGGTGTT  849

seq1  GCAGATGGTTGTAAGCTGCCACATGGGTGCTAGGAATTGAACTTGGTTCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATGGTTGTAAGCTGCCACATGGGTGCTAGGAATTGAACTTGGTTCC  899

seq1  TCTGGAAGAGCAGCCAGAGCGCTTGACATCTGAGCCATCTCTCAGTCCTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAAGAGCAGCCAGAGCGCTTGACATCTGAGCCATCTCTCAGTCCTG  949

seq1  ATGTTGACTTCTTAGTTGCTCAAATTTGATTTGTTTTTTAAGTTACCCAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGACTTCTTAGTTGCTCAAATTTGATTTGTTTTTTAAGTTACCCAC  999

seq1  AGAGGCCAAATCAAATTTCATGAAAATTCCTGAGAAGTTGTTACAGATAC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCCAAATCAAATTTCATGAAAATTCCTGAGAAGTTGTTACAGATAC  1049

seq1  AAAGGAAATATCTGATACAATGAATTC  1077
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAAATATCTGATACAATGAATTC  1076

seq1: chr14_123841339_123842384
seq2: B6Ng01-033D04.g_65_1093

seq1  GAATTCCTCTTTCCCCCTCTAAGATTTATTAGTGAACCTTTGCCAAGAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCTTTCCCCCTCTAAGATTTATTAGTGAACCTTTGCCAAGAGC  50

seq1  CATCTAAGAGAAGCTAAAAACTAGCAGGTGATCTTCCTGAGATGGTTCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTAAGAGAAGCTAAAAACTAGCAGGTGATCTTCCTGAGATGGTTCTG  100

seq1  CCATGGACTGTAAAGCTGCGATGGATTTGCTCCTTTAGGCAAGGCCAAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGACTGTAAAGCTGCGATGGATTTGCTCCTTTAGGCAAGGCCAAGG  150

seq1  AGATTACATTTGAGGAAAGATTCCTGCTATTAATATGCTTTTCCTGTTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTACATTTGAGGAAAGATTCCTGCTATTAATATGCTTTTCCTGTTGT  200

seq1  TATTAAATATATAGTTATGTAACAGTCACTAGGTATTAGCTCACCCTTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAATATATAGTTATGTAACAGTCACTAGGTATTAGCTCACCCTTTT  250

seq1  GAACAGATTCCTGCAGAACCACGAAGATGTAGTGTTTGGTCGTGGTTGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAGATTCCTGCAGAACCACGAAGATGTAGTGTTTGGTCGTGGTTGTA  300

seq1  TAGAAAAATAGATGATTTCTTAACTCTTAATGATGATTCTCTAAGAATTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAAAATAGATGATTTCTTAACTCTTAATGATGATTCTCTAAGAATTC  350

seq1  CTAAAATTATATTAGTAATTATTAAGCTCTTTTTATAATAGGACTGCTAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAATTATATTAGTAATTATTAAGCTCTTTTTATAATAGGACTGCTAC  400

seq1  TAAGACCTCTCTGATAATTAAAACTGCAATGAGAACTCTAAAAGTCTTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGACCTCTCTGATAATTAAAACTGCAATGAGAACTCTAAAAGTCTTCA  450

seq1  AGTGTCAGCAGTTAATTGCTTCTGAGAGAGAAAAGGCATTTACAATTTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTCAGCAGTTAATTGCTTCTGAGAGAGAAAAGGCATTTACAATTTAG  500

seq1  AGTGCATTCCAAGAGGCTGTGAAATAATTAACCAAAGGTCATAAAAAAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCATTCCAAGAGGCTGTGAAATAATTAACCAAAGGTCATAAAAAAGG  550

seq1  AACTAAGGATTTCCTATAGGTGCAAGGACAGAAGATGGGAAGTTGACTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAAGGATTTCCTATAGGTGCAAGGACAGAAGATGGGAAGTTGACTGG  600

seq1  GTTTATGTATGCAAAACTTCAATAATAACTTAGTCACAACCTGTTGAGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATGTATGCAAAACTTCAATAATAACTTAGTCACAACCTGTTGAGCT  650

seq1  TGTAACAGATAAAGAATGTTTAGCCAGATGATTACTCTATGTGGATATGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAACAGATAAAGAATGTTTAGCCAGATGATTACTCTATGTGGATATGC  700

seq1  ATCTAAACATCTCTGTTGTAAAATTCTTACTCAATTTATGTTTTGGATTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAAACATCTCTGTTGTAAAATTCTTACTCAATTTATGTTTTGGATTT  750

seq1  ATATGTAAACCTGTGATGAACTCTTTACCATGTGATCATGCATTCTTAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTAAACCTGTGATGAACTCTTTACCATGTGATCATGCATTCTTAAA  800

seq1  GACGAATAAATGCAGAGGAAAAAGAGAACTCAGAGAACTTTTTAGAAAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGAATAAATGCAGAGGAAAAAGAGAACTCAGAGAACTTTTTAGAAAGC  850

seq1  AAGAGAAGAATCTTTTAGAGAAAACTTTTTTGGAGAACATTTTAGAGAGA  900
      |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| 
seq2  AAGAGAAGAATC-TTTAGAG-AAACTTTTTTGGAGAACA-TTTAGAGAG-  896

seq1  ACGTTTTAGATATAGAACTTAGAATAAAGATGAAAATCAATTTTCAAAGT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   ||||
seq2  ACGTTTTAGATATAGAACTTAGAATAAAGATG-AAATCAATTT--CAAGT  943

seq1  ATCTTTTTCTCTCTCTGACTTCAACTAGCATACTGGGAGTTAGAGTCATG  1000
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  | ||||||||||
seq2  ATCTTTTTCTCTCTCTGAC-TCAACTAGCATACTGG--GGTAGAGTCATG  990

seq1  AATTTCCTGTGGAGAAGGGGTAAAGACTACTTTAATTAATCACCGA  1046
      || ||||||| |||||||||| ||||||||||  ||  ||||||||
seq2  AA-TTCCTGT-GAGAAGGGGT-AAGACTACTT--AT--ATCACCGA  1029