BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-035C12
Chromosome14 (Build37)1 (Build37)
Map Location 123,977,890 - 123,979,00136,008,994 - 36,009,038
singlet/doubletsingletsinglet
Overlap geneVgcnl1
Upstream genePcca, BC006662, 4930594M22Rik, Tmtc4
Downstream geneItgbl1, LOC668700, Fgf14
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-035C12.bB6Ng01-035C12.g
ACCDH863705DH863706
length1,07966
definitionDH863705|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-035C12, 5' end.DH863706|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-035C12, 3' end.
singlet/doubletsingletsinglet
BLAST hituniqueunique
Map location.(123,977,890 - 123,979,001)(36,008,994 - 36,009,038)
sequence
gaattcattcagtaaactaggctggcctcaaactcagaaatccgcctgcc
tctgcctcccaagtgctgggattaaaggcatgagccaccactgcccggct
cttagttacttttaaaaatgtaactagagagaaaccaaaacgatatgtag
caaatataaagattattaactgagcctctcacttgaaaagctcataccca
cacagtgcaagctgatggcttaatttctgctattgtccctcggaaagcca
ggatccccacttgggcaaatccttcttcttgggtacttctctttccccta
actctcctacttaaagtctatattagagtatattttaagaaaatctctaa
gtctgctttatcctggctagttctaaaattattttctcatccaaaataca
aatcttgggtttgcctgatccaggtcccaggatgataaaggaactattga
ggttactgagggtgacagtgtagagccctgtctctttcttatcaccacta
aaattcccagactcacagcatccttatgcctaatttatactaatggatca
ggggtttagctgtggtgctgcaacacactttagctttcaggccccatagt
gagtgttctttatttcagtgaagctactccctaagtattacagattggga
taaactacccctcctatactttcttaaaagtgcctttaacttcgaagggc
attatgttatgattatgctttatgtctacgctcttacttaagcattaatc
ttagtgtcacagaacattaagctgtatgttagaaactaagtattagcatt
ttactttagtgactagctgacttaactactttgagcaatgacactaagcc
tttaagcctatgtttcctcatctgtcagatcgagatttctagttatttaa
aaatgggatgactttatccattcacataagagagcagtctatgcagagca
gagtggaacagtacttgctgtcattcattctgtgctgataaacacctgac
aaagcacttggagaagttgttggattaaatctatttaactctatctgagg
acttctgcaaacctcaaatgcctcagctt
aagaccaaaggcatgacttgaacgccagggccaagaagtgggagtgggtg
ggtagaggagtggggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_123977890_123979001
seq2: B6Ng01-035C12.b_46_1124

seq1  GAATTCATTCAGTAAACTAGGCTGGCCTCAAACTCAGAAATCCGCCTGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTCAGTAAACTAGGCTGGCCTCAAACTCAGAAATCCGCCTGCC  50

seq1  TCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGCATGAGCCACCACTGCCCGGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGCATGAGCCACCACTGCCCGGCT  100

seq1  CTTAGTTACTTTTAAAAATGTAACTAGAGAGAAACCAAAACGATATGTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGTTACTTTTAAAAATGTAACTAGAGAGAAACCAAAACGATATGTAG  150

seq1  CAAATATAAAGATTATTAACTGAGCCTCTCACTTGAAAAGCTCATACCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATATAAAGATTATTAACTGAGCCTCTCACTTGAAAAGCTCATACCCA  200

seq1  CACAGTGCAAGCTGATGGCTTAATTTCTGCTATTGTCCCTCGGAAAGCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTGCAAGCTGATGGCTTAATTTCTGCTATTGTCCCTCGGAAAGCCA  250

seq1  GGATCCCCACTTGGGCAAATCCTTCTTCTTGGGTACTTCTCTTTCCCCTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCCCCACTTGGGCAAATCCTTCTTCTTGGGTACTTCTCTTTCCCCTA  300

seq1  ACTCTCCTACTTAAAGTCTATATTAGAGTATATTTTAAGAAAATCTCTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTCCTACTTAAAGTCTATATTAGAGTATATTTTAAGAAAATCTCTAA  350

seq1  GTCTGCTTTATCCTGGCTAGTTCTAAAATTATTTTCTCATCCAAAATACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGCTTTATCCTGGCTAGTTCTAAAATTATTTTCTCATCCAAAATACA  400

seq1  AATCTTGGGTTTGCCTGATCCAGGTCCCAGGATGATAAAGGAACTATTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTGGGTTTGCCTGATCCAGGTCCCAGGATGATAAAGGAACTATTGA  450

seq1  GGTTACTGAGGGTGACAGTGTAGAGCCCTGTCTCTTTCTTATCACCACTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTACTGAGGGTGACAGTGTAGAGCCCTGTCTCTTTCTTATCACCACTA  500

seq1  AAATTCCCAGACTCACAGCATCCTTATGCCTAATTTATACTAATGGATCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCCCAGACTCACAGCATCCTTATGCCTAATTTATACTAATGGATCA  550

seq1  GGGGTTTAGCTGTGGTGCTGCAACACACTTTAGCTTTCAGGCCCCATAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTTTAGCTGTGGTGCTGCAACACACTTTAGCTTTCAGGCCCCATAGT  600

seq1  GAGTGTTCTTTTTTTCAGTGAAGCTACTCCCTAAGTATTACAGATTGGGA  650
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGTTCTTTATTTCAGTGAAGCTACTCCCTAAGTATTACAGATTGGGA  650

seq1  TAAACTACCCCTCCTATACTTTCTTAAAAGTGCCTTTAACTTCGAAGGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACTACCCCTCCTATACTTTCTTAAAAGTGCCTTTAACTTCGAAGGGC  700

seq1  ATTATGTTATGATTATGCTTTATGTCTACGCTCTTACTTAAGCATTAATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGTTATGATTATGCTTTATGTCTACGCTCTTACTTAAGCATTAATC  750

seq1  TTAGTGTCACAGAACATTAAGCTGTATGTTAGAAACTAAGTATTAGCATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTGTCACAGAACATTAAGCTGTATGTTAGAAACTAAGTATTAGCATT  800

seq1  TTACTTTAGTGACTAGCTGACTTAACTACTTTGAGCAATGACACTAAGCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTTAGTGACTAGCTGACTTAACTACTTTGAGCAATGACACTAAGCC  850

seq1  TTTAAGCCTATGTTTCCTCATCTGTCAGATCGAAGATTTCTAGTTATTTA  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TTTAAGCCTATGTTTCCTCATCTGTCAGATCG-AGATTTCTAGTTATTTA  899

seq1  AAAATTGGGATGACTTTATTCCATTTCCACATAAAAGAAGAGCAGTCTAT  950
      |||| ||||||||||||| ||||||  |||||||    ||||||||||||
seq2  AAAA-TGGGATGACTTTA-TCCATT--CACATAA---GAGAGCAGTCTAT  942

seq1  GCAGAGGCAGAGTGAAACAGGTACCTTGCTGTCATTTCATTTCTGTTGCT  1000
      ||||| |||||||| |||| ||| |||||||||| |||| ||||| ||||
seq2  GCAGA-GCAGAGTGGAACA-GTA-CTTGCTGTCA-TTCA-TTCTG-TGCT  986

seq1  GATAAAACACCCTGACAAAAAGCAACTTGGAGAAGTTTGTTTGGATTAAA  1050
      ||| ||||| ||||||  ||||| |||||||||||||   ||||||||||
seq2  GAT-AAACA-CCTGAC--AAAGC-ACTTGGAGAAGTT--GTTGGATTAAA  1029

seq1  ACTCTAATTTACACTCTATCCTTGAAGGGGACTTCATGCAAGAACTCAAA  1100
       ||   ||||| ||||||||  |||   ||||||| ||||| | ||| ||
seq2  TCT---ATTTA-ACTCTATC--TGA---GGACTTC-TGCAA-ACCTC-AA  1067

seq1  ATAGCTCAGCTT  1112
      ||  ||||||||
seq2  ATGCCTCAGCTT  1079

seq1: chr1_36008994_36009038
seq2: B6Ng01-035C12.g_100_139 (reverse)

seq1  CCCCCACCCTGCTCCTCTACCCACCCACTCCCACTTCTTGGCCCT  45
      ||||||     ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCA-----CTCCTCTACCCACCCACTCCCACTTCTTGGCCCT  40