BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-038L02
Chromosome14 (Build37)
Map Location 105,098,416 - 105,244,084
singlet/doubletdoublet
Overlap geneD130009I18Rik
Upstream geneSlain1, Ednrb, Pou4f1, 2610206B13Rik
Downstream geneLOC435420, Rbm26, LOC621103, LOC100043466, Ndfip2, LOC620376
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-038L02.bB6Ng01-038L02.g
ACCDH866177DH866178
length6391,133
definitionDH866177|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-038L02, 5' end.DH866178|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-038L02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(105,243,446 - 105,244,084)(105,098,416 - 105,099,572)
sequence
gaattcagtcagtagcttagtgagcccaaatgtacagatcagggttagct
aattaaccagagggaggtaacatcggcatgtattgttctagttacttcag
ttgtcagcccagatatgaacacttaatctaagtagctcagggataagagc
agagtctttagctgcatccagaactgtggagaaaaccaaggcaggaagcc
tgtctgtgggctacaccaaggagaaaggagccaggcaaaggaataatagc
agtggaggctgtgggctatggcaaattctagcatggagagccgagctggg
caccaagctcctctctcggtggaggagctgttagcaattcttagctgctg
ggaaaagggtcagtttcctctaagagtgttggcgatgctacccattcaca
ctccggtggaaaagcacacatccagaaatatttgggaattatacattggt
cttaattggaaagaaaacaggatgtaaagtccgttgggaagggaagtggg
tggatctggaaagagtttggagagggacggtggataggatcaaaatgcat
tgtaggccattctcaaagaaccgatacaaatactaaattgacaaagttga
gaaggcgtgtggcggtgtggacagatctgaggagtgcta
gaattctcttagaccactggtgtgctcaggtttcataaagcgtatacagt
gttcattccctttgcttgtaaaagggactcagagggagctagatgacatt
caccttggcgaaagctgttgatggattcagacaaaacctctaaaggatcc
ttttctgaattactcctatcctggaaaacacaggatttacgaaagactga
acccttcgatataattatcagggaatataattacaagagacaaaatctac
agacttgctaatgcagttcccttcgttttctggatgatacagtgagtagc
ctcaaggtcacacagccttatttgtgtcctttccaccaaactacagtccc
tcattgcaacaaatgacaagaaggacaatgaccttcagtcattgctcctg
gacctactagaacagagctgccccctccctgaccttggagtgcagaatgc
cctagtaagcaagcaactctatggagggtgggagcaatctttccctgaga
tttggagcatatagcaacagcacacggggagcctggactgacccctccaa
gaatccaccggctgccttttcccaggtggggacatatagttcatctatca
tgctcctgcttcggaagaatgagtcaccatcacctaaggccattgaaaag
tcctgagagagcaaacactggaagaaactctttggttggtatcggtagcc
actgtggacaaggctgcatatagattcctagaaggctggaggtaggttgt
gcttctgaacctgaggaagttcttttatcccagcaggctttgaacatagc
aagtccccgaagacacgcggctagaagcatttgccagtgggttattatgt
ctgtttgatgtgcacaagcaagaaagttaaaaaaaaatattattcacagg
ttgcagtgcagaacgcagagctctgcagccctggggttcattgtaaggag
cctcctgaagggaccccgaagacaggagaggtgctgaagatcactgccag
agtcagatacacagctatggactccactactgtcaggtcttccatcatca
gctggacatctcaacacgaacaatgtatttatttgtgcatttgtaattcc
aatatatgatctcttggtagggttactgggtga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_105243446_105244084
seq2: B6Ng01-038L02.b_45_683 (reverse)

seq1  TAGCACTCCTCAGATCTGTCCACACCGCCACACGCCTTCTCAACTTTGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCACTCCTCAGATCTGTCCACACCGCCACACGCCTTCTCAACTTTGTC  50

seq1  AATTTTGTATTTGTATCGGTTCTTTGAGAATGGCCTACAATGCATTTTGA  100
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTAGTATTTGTATCGGTTCTTTGAGAATGGCCTACAATGCATTTTGA  100

seq1  TCCTATCCACCGTCCCTCTCCAAACTCTTTCCAGATCCACCCACTTCCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTATCCACCGTCCCTCTCCAAACTCTTTCCAGATCCACCCACTTCCCT  150

seq1  TCCCAACGGACTTTACATCCTGTTTTCTTTCCAATTAAGACCAATGTATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAACGGACTTTACATCCTGTTTTCTTTCCAATTAAGACCAATGTATA  200

seq1  ATTCCCAAATATTTCTGGATGTGTGCTTTTCCACCGGAGTGTGAATGGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCCAAATATTTCTGGATGTGTGCTTTTCCACCGGAGTGTGAATGGGT  250

seq1  AGCATCGCCAACACTCTTAGAGGAAACTGACCCTTTTCCCAGCAGCTAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCGCCAACACTCTTAGAGGAAACTGACCCTTTTCCCAGCAGCTAAG  300

seq1  AATTGCTAACAGCTCCTCCACCGAGAGAGGAGCTTGGTGCCCAGCTCGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGCTAACAGCTCCTCCACCGAGAGAGGAGCTTGGTGCCCAGCTCGGC  350

seq1  TCTCCATGCTAGAATTTGCCATAGCCCACAGCCTCCACTGCTATTATTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCATGCTAGAATTTGCCATAGCCCACAGCCTCCACTGCTATTATTCC  400

seq1  TTTGCCTGGCTCCTTTCTCCTTGGTGTAGCCCACAGACAGGCTTCCTGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCTGGCTCCTTTCTCCTTGGTGTAGCCCACAGACAGGCTTCCTGCC  450

seq1  TTGGTTTTCTCCACAGTTCTGGATGCAGCTAAAGACTCTGCTCTTATCCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTTTCTCCACAGTTCTGGATGCAGCTAAAGACTCTGCTCTTATCCC  500

seq1  TGAGCTACTTAGATTAAGTGTTCATATCTGGGCTGACAACTGAAGTAACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTACTTAGATTAAGTGTTCATATCTGGGCTGACAACTGAAGTAACT  550

seq1  AGAACAATACATGCCGATGTTACCTCCCTCTGGTTAATTAGCTAACCCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACAATACATGCCGATGTTACCTCCCTCTGGTTAATTAGCTAACCCTG  600

seq1  ATCTGTACATTTGGGCTCACTAAGCTACTGACTGAATTC  639
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTACATTTGGGCTCACTAAGCTACTGACTGAATTC  639

seq1: chr14_105098416_105099572
seq2: B6Ng01-038L02.g_66_1198

seq1  GAATTCTCTTAGACCACTGGTGTGCTCAGGTTTCATAAAGCGTATACAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTAGACCACTGGTGTGCTCAGGTTTCATAAAGCGTATACAGT  50

seq1  GTTCATTCCCTTTGCTTGTAAAAGGGACTCAGAGGGAGCTAGATGACATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATTCCCTTTGCTTGTAAAAGGGACTCAGAGGGAGCTAGATGACATT  100

seq1  CACCTTGGCGAAAGCTGTTGATGGATTCAGACAAAACCTCTAAAGGATCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTTGGCGAAAGCTGTTGATGGATTCAGACAAAACCTCTAAAGGATCC  150

seq1  TTTTCTGAATTACTCCTATCCTGGAAAACACAGGATTTACGAAAGACTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTGAATTACTCCTATCCTGGAAAACACAGGATTTACGAAAGACTGA  200

seq1  ACCCTTCGATATAATTATCAGGGAATATAATTACAAGAGACAAAATCTAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTTCGATATAATTATCAGGGAATATAATTACAAGAGACAAAATCTAC  250

seq1  AGACTTGCTAATGCAGTTCCCTTCGTTTTCTGGATGATACAGTGAGTAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTGCTAATGCAGTTCCCTTCGTTTTCTGGATGATACAGTGAGTAGC  300

seq1  CTCAAGGTCACACAGCCTTATTTGTGTCCTTTCCACCAAACTACAGTCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGGTCACACAGCCTTATTTGTGTCCTTTCCACCAAACTACAGTCCC  350

seq1  TCATTGCAACAAATGACAAGAAGGACAATGACCTTCAGTCATTGCTCCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGCAACAAATGACAAGAAGGACAATGACCTTCAGTCATTGCTCCTG  400

seq1  GACCTACTAGAACAGAGCTGCCCCCTCCCTGACCTTGGAGTGCAGAATGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTACTAGAACAGAGCTGCCCCCTCCCTGACCTTGGAGTGCAGAATGC  450

seq1  CCTAGTAAGCAAGCAACTCTATGGAGGGTGGGAGCAATCTTTCCCTGAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGTAAGCAAGCAACTCTATGGAGGGTGGGAGCAATCTTTCCCTGAGA  500

seq1  TTTGGAGCATATAGCAACAGCACACGGGGAGCCTGGACTGACCCCTCCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGAGCATATAGCAACAGCACACGGGGAGCCTGGACTGACCCCTCCAA  550

seq1  GAATCCACCGGCTGCCTTTTCCCAGGTGGGGACATATAGTTCATCTATCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCCACCGGCTGCCTTTTCCCAGGTGGGGACATATAGTTCATCTATCA  600

seq1  TGCTCCTGCTTCGGAAGAATGAGTCACCATCACCTAAGGCCATTGAAAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCCTGCTTCGGAAGAATGAGTCACCATCACCTAAGGCCATTGAAAAG  650

seq1  TCCTGAGAGAGCAAACACTGGAAGAAACTCTTTGGTTGGTATCGGTAGCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGAGAGAGCAAACACTGGAAGAAACTCTTTGGTTGGTATCGGTAGCC  700

seq1  ACTGTGGACAAGGCTGCATATAGATTCCTAGAAGGCTGGAGGTAGGTTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGGACAAGGCTGCATATAGATTCCTAGAAGGCTGGAGGTAGGTTGT  750

seq1  GCTTCTGAACCTGAGGAAGTTCTTTTATCCCAGCAGGCTTTGAACATAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTGAACCTGAGGAAGTTCTTTTATCCCAGCAGGCTTTGAACATAGC  800

seq1  AAGTCCCCGAAGACACGCGGCTAGAAGCATTTGCCAGTGGGTTATTATGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCCCCGAAGACACGCGGCTAGAAGCATTTGCCAGTGGGTTATTATGT  850

seq1  CTGTTTGATGTGCACAAGCAAGAAAGTTAAAAAAAAAATAATAATTCACA  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||   || |||||||
seq2  CTGTTTGATGTGCACAAGCAAGAAAGTTAAAAAAAAA--TATTATTCACA  898

seq1  GGTTGCAGTGCAGAAGGCAGAAGCTCTGCAGCCCTGGGGTTCATTGTAAG  950
      ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGCAGTGCAGAACGCAG-AGCTCTGCAGCCCTGGGGTTCATTGTAAG  947

seq1  GAGCCTCCTGAAGGGACCCCGAAGACAGGGAGAGGTGCTGAAGGATCAAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||
seq2  GAGCCTCCTGAAGGGACCCCGAAGACA-GGAGAGGTGCTGAA-GATC-AC  994

seq1  TGGCAAGAGTCAGATAGCACAGCTATGGGACTCCACTAACTGGCCAGGTC  1050
      | || ||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||| | ||||||
seq2  T-GCCAGAGTCAGATA-CACAGCTAT-GGACTCCACT-ACT-GTCAGGTC  1039

seq1  TTCCATCATCAGCTGGACATCTCAAACAACAGAAACAAATGTATTTATTT  1100
      ||||||||||||||||||||||    |||||  ||| |||||||||||||
seq2  TTCCATCATCAGCTGGACATCT----CAACACGAAC-AATGTATTTATTT  1084

seq1  GTTGTATTTGTAATTCCTATAATTAATAATGATCTCTGTGTAGGGGTTAC  1150
      | || |||||||||||| |||       |||||||||  ||| |||||||
seq2  G-TGCATTTGTAATTCCAATA------TATGATCTCTTGGTA-GGGTTAC  1126

seq1  TGGGTGA  1157
      |||||||
seq2  TGGGTGA  1133