BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-042D18
Chromosome14 (Build37)
Map Location 94,257,949 - 94,279,097
singlet/doubletdoublet
Overlap genePcdh9
Upstream geneLOC668566
Downstream geneLOC100043356, LOC100043783
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-042D18.bB6Ng01-042D18.g
ACCDH868669DH868670
length1,1401,168
definitionDH868669|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042D18, 5' end.DH868670|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042D18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(94,257,949 - 94,259,087)(94,277,912 - 94,279,097)
sequence
gaattccatgttcttaaagttttatataaaacatcaactaataacccaaa
tgtatcatactgaaaaataaaccaggtgtcctatagtgcttttacaaact
actttagaaatatagtaaatcagtaaagtaatattttagtttgtagacta
atatggttaaaaattcctatttacattacaaatgctaaaaataagatctg
cttggtgacttggaggatgtctaaggtataaacatttcattgaatgtcac
atggaggatttgtacatgaaagtaaaaataatttatattttacactatct
tgctataacacaaaaaggataagtaaattaaatattatatttgacctttt
tatgtatcttaccactatgtataaggttatcaaaaatttaattgaaaatc
tgtaaattctaatttgttctatatagttaaacataaatgtaaaataacaa
ttatctgtcaaaaagaattcaaaagaacttactgagagtctattatgctc
tggaagttttcatgaatctctaaaccttatgttttttgttaatctcctta
ggctatcccaatttccatatttttctcttcccccagtaaagttactttac
aactatatatggattgttgcaattcagtttgtgtaaaatattctcttatc
aaataagagaagagtaaaatcactccacacagcaacatactatgatcaaa
agttaaaatacatttaaaataatgagaaatttagcttattgatatgtata
tactagtaaataacttattaaacaccttcaaaatggtgttcctgcttaaa
caaatgggtatgaagcaatagttattttttaaaaactcaacatatggcaa
aatagtccataaaatattaactaataatgacatctggaaaataatttgga
taaaataataaaaagaaaattagtattcaaataaattaaattatgcatta
aatcatttattaaatatgttcttataagaagtaaataaattgttcacatt
tgaaaaataacatatttcaagtttgtacacaaaattacagctttaatgtt
cttccatcttttgaatttatatgtagaagtttattttcttatctaaatgg
atatatggactatttatatccaagattttagtatatgagc
gaattcacaaaagtcagagtatttaagtagtaatgctaataacttgaata
ttttaagaagaacatatactatagaaataaattattgctataacgtagaa
atataatcccctcatgtatatgaagagatacatccactccagtatttaaa
atattatccattcttagttcagataactgctaaaactgtcaaacatttca
tttagaaaggaacacatgcctttttgcctttgtttgatataatcggattg
gctgtcagtcttcagaaacatacaacttgaaagatatattactgtgattg
acatttcacatcatatttaccttccctttttcctataagccaagaatcat
taattcaaacttcctatgtgagataaacaactgtttttaatagagtgtta
taacggaaagtagataacagtctactgttttaaacttaaatgttttaagt
ttccacacttatatgtcccaatcagtgtgtctcctataaataagagtaca
ggcagaattagtagagctttcgaggttataatatgtaattcaaaataagc
cagactcctgggacatgcattagagatctatttacatgtatagccagtaa
gacctgtgaaaatgttttctgatcatcttcaccattagtttatagaggat
gtgttgctttttaaatgatggacatggtgggagccgatccagaagggaaa
atggaaaccaggcaggacaagaaagcacgtgtgactgcttcttctgattc
attctatataaattattcaagcgtatgtgagcaaagaggtgacatacttg
ttcttgaatggacattattatgtagaatttcactaggtacactaacatgt
gcaggactctaattatattggctctaggggagaataggaattttgttcat
ttttcttgctgtataatgtctttagtttgatgtccttccatagtctttgc
tgacaaccatctttgcgtttcactaatgtgcatctttcctactgtcagtc
cagcctttttcagctctcagcagtgactaagaaactatctaatcccttag
aactccaaaagcaatggtgcagggctttggtacttagcttccactgcagg
gttgagggttgttattgagcggctatttacgccaggttttctgcagctac
ttacttagcacaattttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_94257949_94259087
seq2: B6Ng01-042D18.b_44_1183

seq1  GAATTCCATGTTCTTAAAGTTTTATATAAAACATCAACTAATAACCCAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGTTCTTAAAGTTTTATATAAAACATCAACTAATAACCCAAA  50

seq1  TGTATCATACTGAAAAATAAACCAGGTGTCCTATAGTGCTTTTACAAACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATCATACTGAAAAATAAACCAGGTGTCCTATAGTGCTTTTACAAACT  100

seq1  ACTTTAGAAATATAGTAAATCAGTAAAGTAATATTTTAGTTTGTAGACTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTAGAAATATAGTAAATCAGTAAAGTAATATTTTAGTTTGTAGACTA  150

seq1  ATATGGTTAAAAATTCCTATTTACATTACAAATGCTAAAAATAAGATCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGGTTAAAAATTCCTATTTACATTACAAATGCTAAAAATAAGATCTG  200

seq1  CTTGGTGACTTGGAGGATGTCTAAGGTATAAACATTTCATTGAATGTCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTGACTTGGAGGATGTCTAAGGTATAAACATTTCATTGAATGTCAC  250

seq1  ATGGAGGATTTGTACATGAAAGTAAAAATAATTTATATTTTACACTATCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGGATTTGTACATGAAAGTAAAAATAATTTATATTTTACACTATCT  300

seq1  TGCTATAACACAAAAAGGATAAGTAAATTAAATATTATATTTGACCTTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTATAACACAAAAAGGATAAGTAAATTAAATATTATATTTGACCTTTT  350

seq1  TATGTATCTTACCACTATGTATAAGGTTATCAAAAATTTAATTGAAAATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTATCTTACCACTATGTATAAGGTTATCAAAAATTTAATTGAAAATC  400

seq1  TGTAAATTCTAATTTGTTCTATATAGTTAAACATAAATGTAAAATAACAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAATTCTAATTTGTTCTATATAGTTAAACATAAATGTAAAATAACAA  450

seq1  TTATCTGTCAAAAAGAATTCAAAAGAACTTACTGAGAGTCTATTATGCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTGTCAAAAAGAATTCAAAAGAACTTACTGAGAGTCTATTATGCTC  500

seq1  TGGAAGTTTTCATGAATCTCTAAACCTTATGTTTTTTGTTAATCTCCTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGTTTTCATGAATCTCTAAACCTTATGTTTTTTGTTAATCTCCTTA  550

seq1  GGCTATCCCAATTTCCATATTTTTCTCTTCCCCCAGTAAAGTTACTTTAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTATCCCAATTTCCATATTTTTCTCTTCCCCCAGTAAAGTTACTTTAC  600

seq1  AACTATATATGGATTGTTGCAATTCAGTTTGTGTAAAATATTCTCTTATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATATATGGATTGTTGCAATTCAGTTTGTGTAAAATATTCTCTTATC  650

seq1  AAATAAGAGAAGAGTAAAATCACTCCACACAGCAACATACTATGATCAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAGAGAAGAGTAAAATCACTCCACACAGCAACATACTATGATCAAA  700

seq1  AGTTAAAATACATTTAAAATAATGAGAAATTTAGCTTATTGATATGTATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAAAATACATTTAAAATAATGAGAAATTTAGCTTATTGATATGTATA  750

seq1  TACTAGTAAATAACTTATTAAACACCTTCAAAATGGTGTTCCTGCTTAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAGTAAATAACTTATTAAACACCTTCAAAATGGTGTTCCTGCTTAAA  800

seq1  CAAATGGGTATGAAGCAATAGTTATTTTTTAAAAACTCAACATATGGCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGGGTATGAAGCAATAGTTATTTTTTAAAAACTCAACATATGGCAA  850

seq1  AATAGTCCATAAAATATTAACTAATAATGACATCTGGAAAATAATTTGGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGTCCATAAAATATTAACTAATAATGACATCTGGAAAATAATTTGGA  900

seq1  TAAAAATAATAAAAAAGAAAATTAGTATTCAAATAAATTAAATTATGCAT  950
      | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  T-AAAATAAT-AAAAAGAAAATTAGTATTCAAATAAATTAAATTATGCAT  948

seq1  TAAATCATTTATTAAATATGTTCTTATAAGAAGTAAAT-AATTGTTCACA  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TAAATCATTTATTAAATATGTTCTTATAAGAAGTAAATAAATTGTTCACA  998

seq1  TTTGATAAATAACATATTTCAAGTTTGTACACAAAATTACAGCTTTTAAT  1049
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TTTGAAAAATAACATATTTCAAGTTTGTACACAAAATTACAGC-TTTAAT  1047

seq1  G-TCTTCCATC-TCTGAATTTATATGTAGAAGTTTA-TTTCTTATCTAAA  1096
      | ||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GTTCTTCCATCTTTTGAATTTATATGTAGAAGTTTATTTTCTTATCTAAA  1097

seq1  TGGATATAT-GACTATTTATATCAAAGATTTTAAGTATATGAGC  1139
      ||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||
seq2  TGGATATATGGACTATTTATATCCAAGATTTT-AGTATATGAGC  1140

seq1: chr14_94277912_94279097
seq2: B6Ng01-042D18.g_66_1233 (reverse)

seq1  AAAAATGTGGCTAAGTAAGTAGCTGGCAGGGAGACATGCGTAAATAGCCG  50
      ||||||   ||||||||||||||| ||||  |  |  |||||||||||||
seq2  AAAAATTGTGCTAAGTAAGTAGCT-GCAGAAAACCTGGCGTAAATAGCCG  49

seq1  CTCAATAACAACCCTTCATACCACTGCAGTGGAAGCTTAAAGTACCAAAG  100
      |||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||  |||||||||||
seq2  CTCAATAACAACCC-TCA-ACC-CTGCAGTGGAAGCT--AAGTACCAAAG  94

seq1  CCCCTGCCACCATTGCTTTTTGGAGTTCTAAAAGGGATTAGATAGTTTCT  150
       ||||| ||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||
seq2  -CCCTG-CACCATTGC-TTTTGGAGTTCT--AAGGGATTAGATAGTTTCT  139

seq1  TAGTCAACTGCTGAGAGCTTGAAAAAGGCTTGGAACTGGACAGTAGGAAA  200
      ||||| |||||||||||| |||||||||||  | ||| ||||||||||||
seq2  TAGTC-ACTGCTGAGAGC-TGAAAAAGGCT--GGACT-GACAGTAGGAAA  184

seq1  GATGCACATTAGTGAAACGCAAAGATGGTTTGTCAGCAAAGACTATGGAA  250
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GATGCACATTAGTGAAACGCAAAGATGG-TTGTCAGCAAAGACTATGGAA  233

seq1  GGACATCAAACTAAAGACATTATACAAGCAAGAAAAATGAACAAAATTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACATCAAACTAAAGACATTATAC-AGCAAGAAAAATGAACAAAATTCC  282

seq1  TATTCTCCCCTAGAGCCAATATAATTAGAGTCCTGCACATGTTAGTGTAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTCCCCTAGAGCCAATATAATTAGAGTCCTGCACATGTTAGTGTAC  332

seq1  CTAGTGAAATTCTACATAATAATGTCCATTCAAGAACAAGTATGTCACCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTGAAATTCTACATAATAATGTCCATTCAAGAACAAGTATGTCACCT  382

seq1  CTTTGCTCACATACGCTTGAATAATTTATATAGAATGAATCAGAAGAAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCTCACATACGCTTGAATAATTTATATAGAATGAATCAGAAGAAGC  432

seq1  AGTCACACGTGCTTTCTTGTCCTGCCTGGTTTCCATTTTCCCTTCTGGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACACGTGCTTTCTTGTCCTGCCTGGTTTCCATTTTCCCTTCTGGAT  482

seq1  CGGCTCCCACCATGTCCATCATTTAAAAAGCAACACATCCTCTATAAACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCTCCCACCATGTCCATCATTTAAAAAGCAACACATCCTCTATAAACT  532

seq1  AATGGTGAAGATGATCAGAAAACATTTTCACAGGTCTTACTGGCTATACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTGAAGATGATCAGAAAACATTTTCACAGGTCTTACTGGCTATACA  582

seq1  TGTAAATAGATCTCTAATGCATGTCCCAGGAGTCTGGCTTATTTTGAATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAATAGATCTCTAATGCATGTCCCAGGAGTCTGGCTTATTTTGAATT  632

seq1  ACATATTATAACCTCGAAAGCTCTACTAATTCTGCCTGTACTCTTATTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATTATAACCTCGAAAGCTCTACTAATTCTGCCTGTACTCTTATTTA  682

seq1  TAGGAGACACACTGATTGGGACATATAAGTGTGGAAACTTAAAACATTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAGACACACTGATTGGGACATATAAGTGTGGAAACTTAAAACATTTA  732

seq1  AGTTTAAAACAGTAGACTGTTATCTACTTTCCGTTATAACACTCTATTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTAAAACAGTAGACTGTTATCTACTTTCCGTTATAACACTCTATTAA  782

seq1  AAACAGTTGTTTATCTCACATAGGAAGTTTGAATTAATGATTCTTGGCTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGTTGTTTATCTCACATAGGAAGTTTGAATTAATGATTCTTGGCTT  832

seq1  ATAGGAAAAAGGGAAGGTAAATATGATGTGAAATGTCAATCACAGTAATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGAAAAAGGGAAGGTAAATATGATGTGAAATGTCAATCACAGTAATA  882

seq1  TATCTTTCAAGTTGTATGTTTCTGAAGACTGACAGCCAATCCGATTATAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTTCAAGTTGTATGTTTCTGAAGACTGACAGCCAATCCGATTATAT  932

seq1  CAAACAAAGGCAAAAAGGCATGTGTTCCTTTCTAAATGAAATGTTTGACA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAAAGGCAAAAAGGCATGTGTTCCTTTCTAAATGAAATGTTTGACA  982

seq1  GTTTTAGCAGTTATCTGAACTAAGAATGGATAATATTTTAAATACTGGAG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTAGCAGTTATCTGAACTAAGAATGGATAATATTTTAAATACTGGAG  1032

seq1  TGGATGTATCTCTTCATATACATGAGGGGATTATATTTCTACGTTATAGC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGTATCTCTTCATATACATGAGGGGATTATATTTCTACGTTATAGC  1082

seq1  AATAATTTATTTCTATAGTATATGTTCTTCTTAAAATATTCAAGTTATTA  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATTTATTTCTATAGTATATGTTCTTCTTAAAATATTCAAGTTATTA  1132

seq1  GCATTACTACTTAAATACTCTGACTTTTGTGAATTC  1186
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTACTACTTAAATACTCTGACTTTTGTGAATTC  1168