BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-043D13
Chromosome14 (Build37)
Map Location 119,270,664 - 119,415,801
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCldn10, Dzip1, Dnajc3a, LOC100043828, Ugcgl2
Upstream geneGpc6, 5730405N03Rik, LOC100043822, Dct, Tgds, Gpr180, LOC100043824, LOC100043539, Sox21, LOC100043825, EG668814, LOC435422, Abcc4
Downstream geneHs6st3, LOC619601, EG621324, LOC100043830
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-043D13.bB6Ng01-043D13.g
ACCDH869348DH869349
length1,1361,143
definitionDH869348|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-043D13, 5' end.DH869349|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-043D13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(119,414,672 - 119,415,801)(119,270,664 - 119,271,811)
sequence
gaattctctctctcctgctggatgtcccaccttctaatcctgcctcagtt
cattgaccataggctttttattgatgatggtgcttctaagagattctctc
tacagtcctcaaacatgaaactgatagagccaattagaagaggcttaagg
ctttcaactctcacagactgcccccggtgacgtcgttcctctagtccgcc
tccctctcccaaacagtactcctagctaggtccacgcatttccacacatg
agtctatggggaacatgtatcattatagctgttgcagtcatgagcactca
acccctggatctacataagaatgagcgtctcaaccctcaactggaggagc
ccaggtagctttgcctctacctctcagggacatgctgtactattgcttca
gttgtatatgcacagatgaccccactaggtaccagtggatactcctagtc
cacaggtctctcaaatggccctggctaaattaaatgggtcacacaacaaa
acctaaattcacgaatctgggaaaggacaggtagggaagaagagatgcta
ttagaggtgggagagagatgagggctgtaacaaggaaaaaaaatatatat
atatgtatatgtatgtatacacacacacacacacacacgaaactatcaaa
gaaataacttaattttatggtaaaaatgtctttagattcctgcagtatct
gcagtataccacatttctaccaggctatagacaacaagggactcctggtc
tgactacttcttgggtgatagcccactctgttgggcagatttattgcaga
tcaacatgaagatgaacatgtttgaaataatgctgtttagatcaattaat
gattttatggaatttctgattttatttaagcagttttaggaagtttaatt
tgatttaaattctttggcgaagttatagtagtaatatatgtaaagtttaa
agttagattcaggatagagtgtgctccttcctcgtagactggcaagaagc
tgcatgagctagaagaaagcagtagatgtgagctcttgggcattgcaggc
acacattggtaggagcaggaaaatcaaccataagaggaaagttctaattc
tctgtgtggaatgttaagaaaagagagcagagaaaa
gaattctgggaaaggaggaggctgggaaaggagtcggaaaagggatgaga
agacagacttagtgtactttagctcaggataaccaagccatgtggcagaa
tgtaggataaagtaagtggttatctttagttatgatctggtcagagtaga
gtctagccatatagccaaggtatttgacaaaatagtatgagtctaagctt
tatttctgggagcatggggctaggaagtagaacctggacttgactacaac
actgggcactcaaaggagtagccatggctccaactactgggaccctcctc
caggaaagctcgcgacaaaaaaagaacctgagactttttgaaggcgtgta
tccatggcagcatagttggagaggtgacctctggagcaagcagagaaagg
tagtgtgatgaggtttcaggtcctatgggaatggcctccacagagagtat
tgtcctctgcgtgctggctcaggatgcatctggaaggatctgaagccagg
tcattttaggactttcagggtttacaggagtcaaatggcatgctatgtgt
catagctatgcttcttttatgtgaacaatctcattaagacaacataaaaa
aggtggcttaccttagagatctgggcgattgaaattttatatgtatagca
tggtggtttgtcagtttcctttctaagacatttccctgttgttgatctgg
gcagctctcttttccaatgatgtgtactccactcttggtgcatatatgca
gcctggaagtgcctttttctctctttacatcaactttctgtttctgtcat
tgccacatggggacccttgaaaaagtctgtaggtttccagaagcagctgt
agtgctaatgcccacctgttctgtcacagctgttccttgcccccagctgg
tcacctggtttccaaggaagtaagtacaagagaaggtcaacagggcagag
atgcttaactccatcctagttggggggaaaacgtccctgaagctttgtaa
gcacgctgcctgcctgctactggtctgggctacagaaatcccactgctgc
acagacagctacagaaaggcccatgtctgcttcaagggagcagagatcct
cctactcagccaagtgggaagatcaatggcaagaaccctggag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_119414672_119415801
seq2: B6Ng01-043D13.b_41_1176 (reverse)

seq1  TTTTCTCTG--CTCTTCTCTT-ACATT-CACAC-TAGAATTAGAACTTTC  45
      |||||||||  ||||| |||| ||||| |||||  |||||||||||||||
seq2  TTTTCTCTGCTCTCTTTTCTTAACATTCCACACAGAGAATTAGAACTTTC  50

seq1  CTCTTTATGGTGGATTTTCCTTGCTCCTACAATTGTGTGCTTGCAATGCA  95
      ||| ||||||| |||||||| ||||||||| | ||||||| |||||||| 
seq2  CTC-TTATGGTTGATTTTCC-TGCTCCTACCAATGTGTGCCTGCAATGCC  98

seq1  CAAGAGCTCAC-TCTACTGCTTTC-TCTAGCTCCTGCAGC-TCTTGCCAG  142
      ||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||
seq2  CAAGAGCTCACATCTACTGCTTTCTTCTAGCTCATGCAGCTTCTTGCCAG  148

seq1  TCTACGAGGAAGGAGCACACTCTATTCTTGATTCTAACTTTAAACTTTAC  192
      |||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||
seq2  TCTACGAGGAAGGAGCACACTCTA-TCCTGAATCTAACTTTAAACTTTAC  197

seq1  ATATATTACTACTATAACTTCGCCAAAGAATTTAAATCAAATT-AACTTC  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ATATATTACTACTATAACTTCGCCAAAGAATTTAAATCAAATTAAACTTC  247

seq1  CTAAAACTGCTTAAATAAAATCAGAAATTCCATAAAATCATTAATTGATC  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAACTGCTTAAATAAAATCAGAAATTCCATAAAATCATTAATTGATC  297

seq1  TAAACAGCATTATTTCAAACATGTTCATCTTCATGTTGATCTGCAATAAA  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACAGCATTATTTCAAACATGTTCATCTTCATGTTGATCTGCAATAAA  347

seq1  TCTGCCCAACAGAGTGGGCTATCACCCAAGAAGTAGTCAGACCAGGAGTC  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCCAACAGAGTGGGCTATCACCCAAGAAGTAGTCAGACCAGGAGTC  397

seq1  CCTTGTTGTCTATAGCCTGGTAGAAATGTGGTATACTGCAGATACTGCAG  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGTTGTCTATAGCCTGGTAGAAATGTGGTATACTGCAGATACTGCAG  447

seq1  GAATCTAAAGACATTTTTACCATAAAATTAAGTTATTTCTTTGATAGTTT  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCTAAAGACATTTTTACCATAAAATTAAGTTATTTCTTTGATAGTTT  497

seq1  CGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATACATACATATACATATATATATATTTT  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATACATACATATACATATATATATATTTT  547

seq1  TTTTCCTTGTTACAGCCCTCATCTCTCTCCCACCTCTAATAGCATCTCTT  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCTTGTTACAGCCCTCATCTCTCTCCCACCTCTAATAGCATCTCTT  597

seq1  CTTCCCTACCTGTCCTTTCCCAGATTCGTGAATTTAGGTTTTGTTGTGTG  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCTACCTGTCCTTTCCCAGATTCGTGAATTTAGGTTTTGTTGTGTG  647

seq1  ACCCATTTAATTTAGCCAGGGCCATTTGAGAGACCTGTGGACTAGGAGTA  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCATTTAATTTAGCCAGGGCCATTTGAGAGACCTGTGGACTAGGAGTA  697

seq1  TCCACTGGTACCTAGTGGGGTCATCTGTGCATATACAACTGAAGCAATAG  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTGGTACCTAGTGGGGTCATCTGTGCATATACAACTGAAGCAATAG  747

seq1  TACAGCATGTCCCTGAGAGGTAGAGGCAAAGCTACCTGGGCTCCTCCAGT  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGCATGTCCCTGAGAGGTAGAGGCAAAGCTACCTGGGCTCCTCCAGT  797

seq1  TGAGGGTTGAGACGCTCATTCTTATGTAGATCCAGGGGTTGAGTGCTCAT  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGGTTGAGACGCTCATTCTTATGTAGATCCAGGGGTTGAGTGCTCAT  847

seq1  GACTGCAACAGCTATAATGATACATGTTCCCCATAGACTCATGTGTGGAA  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGCAACAGCTATAATGATACATGTTCCCCATAGACTCATGTGTGGAA  897

seq1  ATGCGTGGACCTAGCTAGGAGTACTGTTTGGGAGAGGGAGGCGGACTAGA  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCGTGGACCTAGCTAGGAGTACTGTTTGGGAGAGGGAGGCGGACTAGA  947

seq1  GGAACGACGTCACCGGGGGCAGTCTGTGAGAGTTGAAAGCCTTAAGCCTC  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACGACGTCACCGGGGGCAGTCTGTGAGAGTTGAAAGCCTTAAGCCTC  997

seq1  TTCTAATTGGCTCTATCAGTTTCATGTTTGAGGACTGTAGAGAGAATCTC  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAATTGGCTCTATCAGTTTCATGTTTGAGGACTGTAGAGAGAATCTC  1047

seq1  TTAGAAGCACCATCATCAATAAAAAGCCTATGGTCAATGAACTGAGGCAG  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAAGCACCATCATCAATAAAAAGCCTATGGTCAATGAACTGAGGCAG  1097

seq1  GATTAGAAGGTGGGACATCCAGCAGGAGAGAGAGAATTC  1130
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAGAAGGTGGGACATCCAGCAGGAGAGAGAGAATTC  1136

seq1: chr14_119270664_119271811
seq2: B6Ng01-043D13.g_67_1209

seq1  GAATTCTGGGAAAGGAGGAGGCTGGGAAAGGAGTCGGAAAAGGGATGAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGGAAAGGAGGAGGCTGGGAAAGGAGTCGGAAAAGGGATGAGA  50

seq1  AGACAGACTTAGTGTACTTTAGCTCAGGATAACCAAGCCATGTGGCAGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGACTTAGTGTACTTTAGCTCAGGATAACCAAGCCATGTGGCAGAA  100

seq1  TGTAGGATAAAGTAAGTGGTTATCTTTAGTTATGATCTGGTCAGAGTAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGGATAAAGTAAGTGGTTATCTTTAGTTATGATCTGGTCAGAGTAGA  150

seq1  GTCTAGCCATATAGCCAAGGTATTTGACAAAATAGTATGAGTCTAAGCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAGCCATATAGCCAAGGTATTTGACAAAATAGTATGAGTCTAAGCTT  200

seq1  TATTTCTGGGAGCATGGGGCTAGGAAGTAGAACCTGGACTTGACTACAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCTGGGAGCATGGGGCTAGGAAGTAGAACCTGGACTTGACTACAAC  250

seq1  ACTGGGCACTCAAAGGAGTAGCCATGGCTCCAACTACTGGGACCCTCCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGGCACTCAAAGGAGTAGCCATGGCTCCAACTACTGGGACCCTCCTC  300

seq1  CAGGAAAGCTCGCGACAAAAAAAGAACCTGAGACTTTTTGAAGGCGTGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAAGCTCGCGACAAAAAAAGAACCTGAGACTTTTTGAAGGCGTGTA  350

seq1  TCCATGGCAGCATAGTTGGAGAGGTGACCTCTGGAGCAAGCAGAGAAAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGGCAGCATAGTTGGAGAGGTGACCTCTGGAGCAAGCAGAGAAAGG  400

seq1  TAGTGTGATGAGGTTTCAGGTCCTATGGGAATGGCCTCCACAGAGAGTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGTGATGAGGTTTCAGGTCCTATGGGAATGGCCTCCACAGAGAGTAT  450

seq1  TGTCCTCTGCGTGCTGGCTCAGGATGCATCTGGAAGGATCTGAAGCCAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTCTGCGTGCTGGCTCAGGATGCATCTGGAAGGATCTGAAGCCAGG  500

seq1  TCATTTTAGGACTTTCAGGGTTTACAGGAGTCAAATGGCATGCTATGTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTTAGGACTTTCAGGGTTTACAGGAGTCAAATGGCATGCTATGTGT  550

seq1  CATAGCTATGCTTCTTTTATGTGAACAATCTCATTAAGACAACATAAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGCTATGCTTCTTTTATGTGAACAATCTCATTAAGACAACATAAAAA  600

seq1  AGGTGGCTTACCTTAGAGATCTGGGCGATTGAAATTTTATATGTATAGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGCTTACCTTAGAGATCTGGGCGATTGAAATTTTATATGTATAGCA  650

seq1  TGGTGGTTTGTCAGTTTCCTTTCTAAGACATTTCCCTGTTGTTGATCTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGTTTGTCAGTTTCCTTTCTAAGACATTTCCCTGTTGTTGATCTGG  700

seq1  GCAGCTCTCTTTTCCAATGATGTGTACTCCACTCTTGGTGCATATATGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCTCTCTTTTCCAATGATGTGTACTCCACTCTTGGTGCATATATGCA  750

seq1  GCCTGGAAGTGCC-TTTTCTCTCTTTACATCAACTTTCTGTTTCTGTCAT  799
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGAAGTGCCTTTTTCTCTCTTTACATCAACTTTCTGTTTCTGTCAT  800

seq1  TGCCACATGGGGACCCTTGAAAAAGTCTGTAGGTTTCCAGAAGCAGCTGT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACATGGGGACCCTTGAAAAAGTCTGTAGGTTTCCAGAAGCAGCTGT  850

seq1  AGTGCTAATGCCCACCTGTTCTGTCACAGCTGTTCCTTGCCCCCAGCT-G  898
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AGTGCTAATGCCCACCTGTTCTGTCACAGCTGTTCCTTGCCCCCAGCTGG  900

seq1  TCACCTGGTTTCCCAAGGAAGTAAGTACAAGAGAAGGTC-ACAGGGCAGA  947
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TCACCTGGTTT-CCAAGGAAGTAAGTACAAGAGAAGGTCAACAGGGCAGA  949

seq1  GATGCTTAACTCCATCCTAGGTTGGGGGGAAAACGTCCCTGAAGCTTTGT  997
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTTAACTCCATCCTA-GTTGGGGGGAAAACGTCCCTGAAGCTTTGT  998

seq1  AAGCACCGCTGCCTGCCTGCTACTGGTTCTGGGCTACAGAAATTCCCACT  1047
      ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||
seq2  AAGCA-CGCTGCCTGCCTGCTACTGG-TCTGGGCTACAGAAA-TCCCACT  1045

seq1  GCTGCACAGACAGCTACAGAAA-GCCCATGCTGGCTTCAAGGGAGCAGAG  1096
      |||||||||||||||||||||| |||||||   |||||||||||||||||
seq2  GCTGCACAGACAGCTACAGAAAGGCCCATGTCTGCTTCAAGGGAGCAGAG  1095

seq1  ATCCCTCCTACACAGCCAAGTGGGAAGGATCAATGGGCCAAGAACCCTGG  1146
      || |||||||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||
seq2  AT-CCTCCTACTCAGCCAAGTGGGAA-GATCAATGG--CAAGAACCCTGG  1141

seq1  AG  1148
      ||
seq2  AG  1143