BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-054J08
Chromosome14 (Build37)
Map Location 48,470,039 - 48,604,464
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4930447J18Rik
Upstream geneCgrrf1, Samd4, Gch1, Wdhd1, Socs4, LOC670795, C130032J12Rik, Lgals3, Dlg7, LOC666895, Fbxo34, D14Ertd436e, EG625730, LOC100042787, Ktn1
Downstream geneMap1lc3-ps2, Peli2, EG624367, LOC100041831, 6720456H20Rik, 4930572G02Rik, Otx2, LOC100041864, LOC666972
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-054J08.bB6Ng01-054J08.g
ACCDH877289DH877290
length926908
definitionDH877289|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-054J08, 5' end.DH877290|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-054J08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(48,603,538 - 48,604,464)(48,470,039 - 48,470,944)
sequence
gaattctactgttcttgatattcatctggctgtagttcatgttcccactg
aactctgcacatgtctcaagtgccattactttaaacctttaaccttttgc
atcttagttatctagatgaagtgtcctgggagttctgttaaccaagagca
aactttcctagataacatgttccaggtgtctgctgtgggaggccaggtaa
agtcaagagtaggcttccctcaaaactcctgtgctctccccctctgtagg
cttcaggtaaaggacttttgaattctgttccttggcctctgtaatgaagc
aacagccaccaagcaagcaaagactggcatggcatttcacccacagacca
aatcccggcctctgtcggggagtgcagacgcacaatgcacacgacataaa
gaagcctgttagatgtgatgaaaggactgcttcatagggtcacacttcct
cagattctctacattttcctgctttgtctctcggacacccaccaggaaag
aacagcaacacacaagcctgcaggctgaacagagatggcattgcattccc
agtgagaagtcctgcaaatgctctgagtcttgcattcaacacagtgtagc
aaattaaaaataaaactcaggttgtttggctagtagttttccaaggcctg
agttgagttgatgagtggaaaatgtcccctgggtttgctgctggccacag
ataccagctggttattatgtggtacaaggaaacacttgtactcattctga
gaaagggattcattaaataatttgcatgagatgtagattaaaggaccagt
tttgttactgttgatgttgttgttgtatttgcaaaacagtccaatcccct
agaaatatgggattattttattaacacaatgtatatgaatgtgtgtgttt
gtatgtatatgtgagtgattgaatgt
gaattcagtctctctgtctctctctctctctttctctggtagggttcagg
gtgacatcactgtggtggattgagtaagtgaagcctctgtagatttgaat
gattggcccataggaagtgacagtattaggatgtgtgaccttattaaagc
aggtgtggccttgttagaggaagtgtgtcactgtggaggtggggtttgag
atcttgtatatataagctaaagctatgcccagtgtggaattagtttcctt
ctgctgcccaaggatgaaaatggagaactctcaactccttctccagtact
atgtatatctgcctggatgctgccatgcttcctaccatgataatggtctg
aacctctgaaaagccatccccagtgaaatgtttgcctttagaagagttgc
tttggtcatggtgtcctttcacagcaatgaaaccctgacttagaccatct
ttttatgcctgactgggcttcaaactctctgtagtcgtcctgcttctgtc
tctctagggctgggattacagtagggatgcagcaccatgcttgggtcgat
tttgcttcatacactttatctgtagtctccccaaaacaaatatagtctag
tcatacaggaaatcataccatccctcttccacaactctgtatctctgtac
aaattgagctttataaaatgcccttcctgagctctatggagcctttctct
ggttctccagggcattgaaacctttctatgtgctttggcagcatctctgc
aaactccattcaaccacttcaagcccactctttactcactgcatctccca
gaaagctctgctttaagggacgggatcttctataactgggtattcagcag
cacaggataatgggtttgttgactaattctatcaatgataatgtgagcag
ttggggac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_48603538_48604464
seq2: B6Ng01-054J08.b_43_968 (reverse)

seq1  ACATATCAATCACTCACATATACATACAAACACACACATTCATATACATT  50
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAT-TCAATCACTCACATATACATACAAACACACACATTCATATACATT  49

seq1  GTGTTAATAAAATAATCCCATATTTCTAGGGGATTGGACTGTTTTGCAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTAATAAAATAATCCCATATTTCTAGGGGATTGGACTGTTTTGCAAA  99

seq1  TACAACAACAACATCAACAGTAACAAAACTGGTCCTTTAATCTACATCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAACAACAACATCAACAGTAACAAAACTGGTCCTTTAATCTACATCTC  149

seq1  ATGCAAATTATTTAATGAATCCCTTTCTCAGAATGAGTACAAGTGTTTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAAATTATTTAATGAATCCCTTTCTCAGAATGAGTACAAGTGTTTCC  199

seq1  TTGTACCACATAATAACCAGCTGGTATCTGTGGCCAGCAGCAAACCCAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTACCACATAATAACCAGCTGGTATCTGTGGCCAGCAGCAAACCCAGG  249

seq1  GGACATTTTCCACTCATCAACTCAACTCAGGCCTTGGAAAACTACTAGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACATTTTCCACTCATCAACTCAACTCAGGCCTTGGAAAACTACTAGCC  299

seq1  AAACAACCTGAGTTTTATTTTTAATTTGCTACACTGTGTTGAATGCAAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAACCTGAGTTTTATTTTTAATTTGCTACACTGTGTTGAATGCAAGA  349

seq1  CTCAGAGCATTTGCAGGACTTCTCACTGGGAATGCAATGCCATCTCTGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAGCATTTGCAGGACTTCTCACTGGGAATGCAATGCCATCTCTGTT  399

seq1  CAGCCTGCAGGCTTGTGTGTTGCTGTTCTTTCCTGGTGGGTGTCCGAGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTGCAGGCTTGTGTGTTGCTGTTCTTTCCTGGTGGGTGTCCGAGAG  449

seq1  ACAAAGCAGGAAAATGTAGAGAATCTGAGGAAGTGTGACCCTATGAAGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGCAGGAAAATGTAGAGAATCTGAGGAAGTGTGACCCTATGAAGCA  499

seq1  GTCCTTTCATCACATCTAACAGGCTTCTTTATGTCGTGTGCATTGTGCGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTTCATCACATCTAACAGGCTTCTTTATGTCGTGTGCATTGTGCGT  549

seq1  CTGCACTCCCCGACAGAGGCCGGGATTTGGTCTGTGGGTGAAATGCCATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCACTCCCCGACAGAGGCCGGGATTTGGTCTGTGGGTGAAATGCCATG  599

seq1  CCAGTCTTTGCTTGCTTGGTGGCTGTTGCTTCATTACAGAGGCCAAGGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTCTTTGCTTGCTTGGTGGCTGTTGCTTCATTACAGAGGCCAAGGAA  649

seq1  CAGAATTCAAAAGTCCTTTACCTGAAGCCTACAGAGGGGGAGAGCACAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATTCAAAAGTCCTTTACCTGAAGCCTACAGAGGGGGAGAGCACAGG  699

seq1  AGTTTTGAGGGAAGCCTACTCTTGACTTTACCTGGCCTCCCACAGCAGAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTGAGGGAAGCCTACTCTTGACTTTACCTGGCCTCCCACAGCAGAC  749

seq1  ACCTGGAACATGTTATCTAGGAAAGTTTGCTCTTGGTTAACAGAACTCCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGGAACATGTTATCTAGGAAAGTTTGCTCTTGGTTAACAGAACTCCC  799

seq1  AGGACACTTCATCTAGATAACTAAGATGCAAAAGGTTAAAGGTTTAAAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACACTTCATCTAGATAACTAAGATGCAAAAGGTTAAAGGTTTAAAGT  849

seq1  AATGGCACTTGAGACATGTGCAGAGTTCAGTGGGAACATGAACTACAGCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGCACTTGAGACATGTGCAGAGTTCAGTGGGAACATGAACTACAGCC  899

seq1  AGATGAATATCAAGAACAGTAGAATTC  927
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGAATATCAAGAACAGTAGAATTC  926

seq1: chr14_48470039_48470944
seq2: B6Ng01-054J08.g_65_972

seq1  GAATTCAGTCTCTCTGTCTCTCTCTCTCTCTTTCTCTGGTAGGGTTCAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTCTCTCTGTCTCTCTCTCTCTCTTTCTCTGGTAGGGTTCAGG  50

seq1  GTGACATCACTGTGGTGGATTGAGTAAGTGAAGCCTCTGTAGATTTGAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACATCACTGTGGTGGATTGAGTAAGTGAAGCCTCTGTAGATTTGAAT  100

seq1  GATTGGCCCATAGGAAGTGACAGTATTAGGATGTGTGACCTTATTAAAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGGCCCATAGGAAGTGACAGTATTAGGATGTGTGACCTTATTAAAGC  150

seq1  AGGTGTGGCCTTGTTAGAGGAAGTGTGTCACTGTGGAGGTGGGGTTTGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGTGGCCTTGTTAGAGGAAGTGTGTCACTGTGGAGGTGGGGTTTGAG  200

seq1  ATCTTGTATATATAAGCTAAAGCTATGCCCAGTGTGGAATTAGTTTCCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGTATATATAAGCTAAAGCTATGCCCAGTGTGGAATTAGTTTCCTT  250

seq1  CTGCTGCCCAAGGATGAAAATGGAGAACTCTCAACTCCTTCTCCAGTACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGCCCAAGGATGAAAATGGAGAACTCTCAACTCCTTCTCCAGTACT  300

seq1  ATGTATATCTGCCTGGATGCTGCCATGCTTCCTACCATGATAATGGTCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATATCTGCCTGGATGCTGCCATGCTTCCTACCATGATAATGGTCTG  350

seq1  AACCTCTGAAAAGCCATCCCCAGTGAAATGTTTGCCTTTAGAAGAGTTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTCTGAAAAGCCATCCCCAGTGAAATGTTTGCCTTTAGAAGAGTTGC  400

seq1  TTTGGTCATGGTGTCCTTTCACAGCAATGAAACCCTGACTTAGACCATCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTCATGGTGTCCTTTCACAGCAATGAAACCCTGACTTAGACCATCT  450

seq1  TTTTATGCCTGACTGGGCTTCAAACTCTCTGTAGTCGTCCTGCTTCTGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATGCCTGACTGGGCTTCAAACTCTCTGTAGTCGTCCTGCTTCTGTC  500

seq1  TCTCTAGGGCTGGGATTACAGTAGGGATGCAGCACCATGCTTGGGTCGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTAGGGCTGGGATTACAGTAGGGATGCAGCACCATGCTTGGGTCGAT  550

seq1  TTTGCTTCATACACTTTATCTGTAGTCTCCCCAAAACAAATATAGTCTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTTCATACACTTTATCTGTAGTCTCCCCAAAACAAATATAGTCTAG  600

seq1  TCATACAGGAAATCATACCATCCCTCTTCCACAACTCTGTATCTCTGTAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATACAGGAAATCATACCATCCCTCTTCCACAACTCTGTATCTCTGTAC  650

seq1  AAATTGAGCTTTATAAAATGCCCTTCCTGAGCTCTATGGAGCC-TTCTCT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AAATTGAGCTTTATAAAATGCCCTTCCTGAGCTCTATGGAGCCTTTCTCT  700

seq1  GGTTCTCCAGGGCATTGAAACCTTTCTATGTGCTTTGGCAGCATCTCTGC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTCCAGGGCATTGAAACCTTTCTATGTGCTTTGGCAGCATCTCTGC  750

seq1  AAACTCCATTCAACCACTTCAAGCCCACTCCTTACTCACTGCATCTCCCA  799
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AAACTCCATTCAACCACTTCAAGCCCACTCTTTACTCACTGCATCTCCCA  800

seq1  GAAAGCTCTGCTTTAAGGGAC-GGACCTTCTCATAGCT-GGTATTCAGCA  847
      ||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||| || |||||||||| 
seq2  GAAAGCTCTGCTTTAAGGGACGGGATCTTCT-ATAACTGGGTATTCAGC-  848

seq1  AGCACAGGATAAT-GGTTTGTTGACTAATTCTATCAATGATAATGTGAGT  896
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AGCACAGGATAATGGGTTTGTTGACTAATTCTATCAATGATAATGTGAGC  898

seq1  AGTTTGGGAC  906
      |||| |||||
seq2  AGTTGGGGAC  908