BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-054L04
Chromosome14 (Build37)
Map Location 48,470,039 - 48,604,464
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4930447J18Rik
Upstream geneCgrrf1, Samd4, Gch1, Wdhd1, Socs4, LOC670795, C130032J12Rik, Lgals3, Dlg7, LOC666895, Fbxo34, D14Ertd436e, EG625730, LOC100042787, Ktn1
Downstream geneMap1lc3-ps2, Peli2, EG624367, LOC100041831, 6720456H20Rik, 4930572G02Rik, Otx2, LOC100041864, LOC666972
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-054L04.bB6Ng01-054L04.g
ACCDH877373DH877374
length9241,098
definitionDH877373|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-054L04, 5' end.DH877374|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-054L04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(48,603,541 - 48,604,464)(48,470,039 - 48,471,173)
sequence
gaattctactgttcttgatattcatctggctgtagttcatgttcccactg
aactctgcacatgtctcaagtgccattactttaaacctttaaccttttgc
atcttagttatctagatgaagtgtcctgggagttctgttaaccaagagca
aactttcctagataacatgttccaggtgtctgctgtgggaggccaggtaa
agtcaagagtaggcttccctcaaaactcctgtgctctccccctctgtagg
cttcaggtaaaggacttttgaattctgttccttggcctctgtaatgaagc
aacagccaccaagcaagcaaagactggcatggcatttcacccacagacca
aatcccggcctctgtcggggagtgcagacgcacaatgcacacgacataaa
gaagcctgttagatgtgatgaaaggactgcttcatagggtcacacttcct
cagattctctacattttcctgctttgtctctcggacacccaccaggaaag
aacagcaacacacaagcctgcaggctgaacagagatggcattgcattccc
agtgagaagtcctgcaaatgctctgagtcttgcattcaacacagtgtagc
aaattaaaaataaaactcaggttgtttggctagtagttttccaaggcctg
agttgagttgatgagtggaaaatgtcccctgggtttgctgctggccacag
ataccagctggttattatgtggtacaaggaaacacttgtactcattctga
gaaagggattcattaaataatttgcatgagatgtagattaaaggaccagt
tttgttactgttgatgttgttgttgtatttgcaaaacagtccaatcccct
agaaatatgggattattttattaacacaatgtatatgaatgtgtgtgttt
gtatgtatatgtgagtgattgata
gaattcagtctctctgtctctctctctctctttctctggtagggttcagg
gtgacatcactgtggtggattgagtaagtgaagcctctgtagatttgaat
gattggcccataggaagtgacagtattaggatgtgtgaccttattaaagc
aggtgtggccttgttagaggaagtgtgtcactgtggaggtggggtttgag
atcttgtatatataagctaaagctatgcccagtgtggaattagtttcctt
ctgctgcccaaggatgaaaatggagaactctcaactccttctccagtact
atgtatatctgcctggatgctgccatgcttcctaccatgataatggtctg
aacctctgaaaagccatccccagtgaaatgtttgcctttagaagagttgc
tttggtcatggtgtcctttcacagcaatgaaaccctgacttagaccatct
ttttatgcctgactgggcttcaaactctctgtagtcgtcctgcttctgtc
tctctagggctgggattacagtagggatgcagcaccatgcttgggtcgat
tttgcttcatacactttatctgtagtctccccaaaacaaatatagtctag
tcatacaggaaatcataccatccctcttccacaactctgtatctctgtac
aaattgagctttataaaatgcccttcctgagctctatggagccttctctg
gttctccagggcattgaaacctttctatgtgctttggcagcatctctgca
aactccattcaccacttcaagcccactccttactcactgcatctcccaga
aagctctgctttaagggacggacctttctcatagctggtattcagcaagc
acaggataatggtttgttgactaattctatcaatgatatgtgagtagttg
ggactattgtgaattccatttggaatgcagccaggacactttgcttatat
gatgatgaaaataaatattatctagattctagaagatctctttatggtag
tcctcagagtgctttgcttagactccaaatgccaccagggtagaagatac
atcattcataaagtgtggaccctcagctcgaagactccagatcttctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_48603541_48604464
seq2: B6Ng01-054L04.b_47_970 (reverse)

seq1  TATCAATCACTCACATATACATACAAACACACACATTCATATACATTGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAATCACTCACATATACATACAAACACACACATTCATATACATTGTG  50

seq1  TTAATAAAATAATCCCATATTTCTAGGGGATTGGACTGTTTTGCAAATAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAAAATAATCCCATATTTCTAGGGGATTGGACTGTTTTGCAAATAC  100

seq1  AACAACAACATCAACAGTAACAAAACTGGTCCTTTAATCTACATCTCATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACAACATCAACAGTAACAAAACTGGTCCTTTAATCTACATCTCATG  150

seq1  CAAATTATTTAATGAATCCCTTTCTCAGAATGAGTACAAGTGTTTCCTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTATTTAATGAATCCCTTTCTCAGAATGAGTACAAGTGTTTCCTTG  200

seq1  TACCACATAATAACCAGCTGGTATCTGTGGCCAGCAGCAAACCCAGGGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCACATAATAACCAGCTGGTATCTGTGGCCAGCAGCAAACCCAGGGGA  250

seq1  CATTTTCCACTCATCAACTCAACTCAGGCCTTGGAAAACTACTAGCCAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTCCACTCATCAACTCAACTCAGGCCTTGGAAAACTACTAGCCAAA  300

seq1  CAACCTGAGTTTTATTTTTAATTTGCTACACTGTGTTGAATGCAAGACTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCTGAGTTTTATTTTTAATTTGCTACACTGTGTTGAATGCAAGACTC  350

seq1  AGAGCATTTGCAGGACTTCTCACTGGGAATGCAATGCCATCTCTGTTCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCATTTGCAGGACTTCTCACTGGGAATGCAATGCCATCTCTGTTCAG  400

seq1  CCTGCAGGCTTGTGTGTTGCTGTTCTTTCCTGGTGGGTGTCCGAGAGACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCAGGCTTGTGTGTTGCTGTTCTTTCCTGGTGGGTGTCCGAGAGACA  450

seq1  AAGCAGGAAAATGTAGAGAATCTGAGGAAGTGTGACCCTATGAAGCAGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGGAAAATGTAGAGAATCTGAGGAAGTGTGACCCTATGAAGCAGTC  500

seq1  CTTTCATCACATCTAACAGGCTTCTTTATGTCGTGTGCATTGTGCGTCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCATCACATCTAACAGGCTTCTTTATGTCGTGTGCATTGTGCGTCTG  550

seq1  CACTCCCCGACAGAGGCCGGGATTTGGTCTGTGGGTGAAATGCCATGCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCCCCGACAGAGGCCGGGATTTGGTCTGTGGGTGAAATGCCATGCCA  600

seq1  GTCTTTGCTTGCTTGGTGGCTGTTGCTTCATTACAGAGGCCAAGGAACAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTGCTTGCTTGGTGGCTGTTGCTTCATTACAGAGGCCAAGGAACAG  650

seq1  AATTCAAAAGTCCTTTACCTGAAGCCTACAGAGGGGGAGAGCACAGGAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCAAAAGTCCTTTACCTGAAGCCTACAGAGGGGGAGAGCACAGGAGT  700

seq1  TTTGAGGGAAGCCTACTCTTGACTTTACCTGGCCTCCCACAGCAGACACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGGGAAGCCTACTCTTGACTTTACCTGGCCTCCCACAGCAGACACC  750

seq1  TGGAACATGTTATCTAGGAAAGTTTGCTCTTGGTTAACAGAACTCCCAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAACATGTTATCTAGGAAAGTTTGCTCTTGGTTAACAGAACTCCCAGG  800

seq1  ACACTTCATCTAGATAACTAAGATGCAAAAGGTTAAAGGTTTAAAGTAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTCATCTAGATAACTAAGATGCAAAAGGTTAAAGGTTTAAAGTAAT  850

seq1  GGCACTTGAGACATGTGCAGAGTTCAGTGGGAACATGAACTACAGCCAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACTTGAGACATGTGCAGAGTTCAGTGGGAACATGAACTACAGCCAGA  900

seq1  TGAATATCAAGAACAGTAGAATTC  924
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATATCAAGAACAGTAGAATTC  924

seq1: chr14_48470039_48471173
seq2: B6Ng01-054L04.g_67_1164

seq1  GAATTCAGTCTCTCTGTCTCTCTCTCTCTCTTTCTCTGGTAGGGTTCAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTCTCTCTGTCTCTCTCTCTCTCTTTCTCTGGTAGGGTTCAGG  50

seq1  GTGACATCACTGTGGTGGATTGAGTAAGTGAAGCCTCTGTAGATTTGAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACATCACTGTGGTGGATTGAGTAAGTGAAGCCTCTGTAGATTTGAAT  100

seq1  GATTGGCCCATAGGAAGTGACAGTATTAGGATGTGTGACCTTATTAAAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGGCCCATAGGAAGTGACAGTATTAGGATGTGTGACCTTATTAAAGC  150

seq1  AGGTGTGGCCTTGTTAGAGGAAGTGTGTCACTGTGGAGGTGGGGTTTGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGTGGCCTTGTTAGAGGAAGTGTGTCACTGTGGAGGTGGGGTTTGAG  200

seq1  ATCTTGTATATATAAGCTAAAGCTATGCCCAGTGTGGAATTAGTTTCCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGTATATATAAGCTAAAGCTATGCCCAGTGTGGAATTAGTTTCCTT  250

seq1  CTGCTGCCCAAGGATGAAAATGGAGAACTCTCAACTCCTTCTCCAGTACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGCCCAAGGATGAAAATGGAGAACTCTCAACTCCTTCTCCAGTACT  300

seq1  ATGTATATCTGCCTGGATGCTGCCATGCTTCCTACCATGATAATGGTCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATATCTGCCTGGATGCTGCCATGCTTCCTACCATGATAATGGTCTG  350

seq1  AACCTCTGAAAAGCCATCCCCAGTGAAATGTTTGCCTTTAGAAGAGTTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTCTGAAAAGCCATCCCCAGTGAAATGTTTGCCTTTAGAAGAGTTGC  400

seq1  TTTGGTCATGGTGTCCTTTCACAGCAATGAAACCCTGACTTAGACCATCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTCATGGTGTCCTTTCACAGCAATGAAACCCTGACTTAGACCATCT  450

seq1  TTTTATGCCTGACTGGGCTTCAAACTCTCTGTAGTCGTCCTGCTTCTGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATGCCTGACTGGGCTTCAAACTCTCTGTAGTCGTCCTGCTTCTGTC  500

seq1  TCTCTAGGGCTGGGATTACAGTAGGGATGCAGCACCATGCTTGGGTCGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTAGGGCTGGGATTACAGTAGGGATGCAGCACCATGCTTGGGTCGAT  550

seq1  TTTGCTTCATACACTTTATCTGTAGTCTCCCCAAAACAAATATAGTCTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTTCATACACTTTATCTGTAGTCTCCCCAAAACAAATATAGTCTAG  600

seq1  TCATACAGGAAATCATACCATCCCTCTTCCACAACTCTGTATCTCTGTAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATACAGGAAATCATACCATCCCTCTTCCACAACTCTGTATCTCTGTAC  650

seq1  AAATTGAGCTTTATAAAATGCCCTTCCTGAGCTCTATGGAGCCTTCTCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGAGCTTTATAAAATGCCCTTCCTGAGCTCTATGGAGCCTTCTCTG  700

seq1  GTTCTCCAGGGCATTGAAACCTTTCTATGTGCTTTGGCAGCATCTCTGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTCCAGGGCATTGAAACCTTTCTATGTGCTTTGGCAGCATCTCTGCA  750

seq1  AACTCCATTCAACCACTTCAAGCCCACTCCTTACTCACTGCATCTCCCAG  800
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCCATTC-ACCACTTCAAGCCCACTCCTTACTCACTGCATCTCCCAG  799

seq1  AAAGCTCTGCTTTAAGGGACGGACC-TTCTCATAGCTGGTATTCAGCAAG  849
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTCTGCTTTAAGGGACGGACCTTTCTCATAGCTGGTATTCAGCAAG  849

seq1  CACAGGATAATGGTTTGTTGACTAATTCTATCAATGATAATGTGAGTAGT  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| 
seq2  CACAGGATAATGGTTTGTTGACTAATTCTATCAATGAT-ATGTGAGTAG-  897

seq1  TTGGGACTATTTGTGAATTCCATTTGGAATGCAGCCAAGGACCACTTTGC  949
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||
seq2  TTGGGACTA-TTGTGAATTCCATTTGGAATGCAGCC-AGGA-CACTTTGC  944

seq1  TTATTATGATGATGAAAAATTAAAATTATTAATCATAGGAGTTCTAAAGG  999
      ||| ||||||||||||||  ||||  |||| ||| |||   |||||   |
seq2  TTA-TATGATGATGAAAA--TAAA--TATT-ATC-TAG--ATTCTA---G  982

seq1  AGGATCTACTTTTTATGGTAGTTCCTTCAGAGGTGCTTTTTGCTTTAGAC  1049
      | |||   || |||||||||||  | ||||| ||||  ||||| ||||||
seq2  AAGAT---CTCTTTATGGTAGT--CCTCAGA-GTGC--TTTGC-TTAGAC  1023

seq1  TTCAAAATAGCCTACCAGTGGTTAGAGAGATACATCATTCCATAAAGTGT  1099
      | ||||   ||| ||||  || |||| |||||||||||| ||||||||| 
seq2  TCCAAA--TGCC-ACCA--GGGTAGA-AGATACATCATT-CATAAAGTG-  1065

seq1  TTGACACTCAAGCTCGAAGACTCCAGAATCCTTCTC  1135
      | ||| ||| |||||||||||||||||   ||||||
seq2  TGGACCCTC-AGCTCGAAGACTCCAGA--TCTTCTC  1098