BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-054M05
Chromosome14 (Build37)
Map Location 40,246,431 - 40,381,688
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNrg3
Upstream genenone
Downstream geneLOC100040439, LOC218945, LOC100040470, LOC382876
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-054M05.bB6Ng01-054M05.g
ACCDH877419DH877420
length1,1161,048
definitionDH877419|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-054M05, 5' end.DH877420|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-054M05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(40,380,556 - 40,381,688)(40,246,431 - 40,247,485)
sequence
gaattccttactctattcttccctgcggctaacgcaagagcatgaagtaa
gccaaatacaccagagagaaatacaaccagagtctaatgcaaccggttat
ctcagctcccatccatgctgcggctgctgcttctgtctctaaggagaaag
ggtcacaccgaggtttgttaggattcaaaagtccgcataattgcaaagat
gtcaactcaaaggatcacagtgcttttattggtagtttgagaagcaggta
agactttctttttaaatacaactaaagcttctttttaaatattacatgtt
tccaggggagagttagcctttttggctgaaaagaggtttttctacctttc
attttgagcttcccttcctaatctaacgtcatactattgcttatccctga
atccacagttgcagaaagggaaatggaagacattttgtgtgacaaatagc
atcatctcatagctgaggcacttctagaacgttcagttttcatttgctta
gtaaatctttaaaccaagataaacttaactaactcttgctggccccctga
ccatgctttctctatctttatctaccataaagattatttttttatatgac
tgtgaaacttcagatagtgagggaagggtgtaatctagtagaagtgatca
gctgttttagcattccgttagaacttgatcaagtacacgcaattgtatat
atattgttctaaactatcataatatagccaaatggcaatggcaatctgtg
actgctttgatatccatagtcatggtgcattaacttctgagatgtacatg
aggaggaagcacacataatacttccttgtgacagtgcttagcatcacttg
gctacctcagtttagttagagattaggatgaggatggcagaaaatgcaga
gaggttggtcatgaggaagaaatagagcaattcttatgatagaataatgt
gtataacatgatatgtgtgaaattgtagtagatagagctaatacattaac
acataaatatgtacaaataaattggagaagtctaagaagataagtgcatt
atacaaggagcatgacaatccataaatgttgccattaggagctagtacat
cacctgacatttctct
gaattcctagataaactgcacatggttgagagtaagccgatgcacaggga
acagggacgccacttcaagtaagtgaccatgtcaagggtccatgacattc
tctgctctaaaatagttgtgcatgttaccttcataatcaaaaaatttacc
caaaatctattctcaaaataattaatacaaatggatctcttattttatag
ggcaggagagtattttcttttcttatagcacccatcactcccctaacaac
ccatctaagcattcagtttattcatatgacacagggatgtaggtctttca
gaagcactgttgttttgaagacacaagaagtggctgtggagaaaaggcag
aaaaaatgtgctcctcgacagctataatcagatgagaaggttattatgca
ccatgagatgtgtaaactgtttagggagatcaggggaaggagatatgaat
tacaaatgagggtcttgaagtaggaaactcttaatgcaaagtggatctga
attggttcttgaagaagttaaatgatttaagtgtacttaataatttaatt
tcaatctaacctggcaaaaattagacaacatattatcaaacttctccatt
aaccaggatatgtttacaatctgtggatggttatttatacttttagccat
tatattatctaattaagaaatcagtatgaagtaaaaatataagttttaga
atgggccagaattatgcgaaaatcgtagttccttcaggaaacaccagcat
ggtccagcatccactttcatactacatttcagatttcatcatctgttgaa
tgaagatgttcatagtctccactttgagactttttatgaaaattgaattt
gaaaatgtaccagaacactgaataccatgaggtgatactactcagccaaa
tcaataattgttttattcctcagctgctcaagtaagtaagtaagagagtc
ttaagatgacatgcctaatacaaatcagcctctagctagcttactagcct
ccatacaaagtacttgctcatagccatttttctgtacctgacacctaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_40380556_40381688
seq2: B6Ng01-054M05.b_45_1160 (reverse)

seq1  AGAGAAATGTCATGTGTATGTTACCTAGCTTCCCTAATGGCAACATTTTA  50
      |||||||||||| ||| ||||   ||||||  ||||||||||||||||  
seq2  AGAGAAATGTCAGGTG-ATGT--ACTAGCT--CCTAATGGCAACATTT--  43

seq1  TTGAATTGTTCATGCTCTTTGTATAATGCACTTAATCTTCTTTAGACTTC  100
       || |||| |||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||
seq2  ATGGATTG-TCATGCTCCTTGTATAATGCACTT-ATCTTC-TTAGACTTC  90

seq1  TCCAATTTTATTTGTACATATTTATGTGTTAATGTATTTAGCTCTATCTA  150
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TCCAA-TTTATTTGTACATATTTATGTGTTAATGTA-TTAGCTCTATCTA  138

seq1  CTACAATTTCAACACATATCATGTTATAACACAATTATTCTATCATAAGA  200
      |||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||
seq2  CTACAATTTC-ACACATATCATGTTAT-ACAC-ATTATTCTATCATAAGA  185

seq1  ATTGCTCCTATTTCTTCCTCATGACCAACCTCTCCTGCATTTTCTGCCAT  250
      |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ATTGCT-CTATTTCTTCCTCATGACCAACCTCT-CTGCATTTTCTGCCAT  233

seq1  CCTCATCCTAATCTCTAACTAAACTGAGGTAGCCAAGTGATGCTAAGCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCATCCTAATCTCTAACTAAACTGAGGTAGCCAAGTGATGCTAAGCAC  283

seq1  TGTCACAAGGAAGTATTATGTGTGCTTCCTCCTCATGTACATCTCAGAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACAAGGAAGTATTATGTGTGCTTCCTCCTCATGTACATCTCAGAAG  333

seq1  TTAATGCACCATGACTATGGATATCAAAGCAGTCACAGATTGCCATTGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGCACCATGACTATGGATATCAAAGCAGTCACAGATTGCCATTGCC  383

seq1  ATTTGGCTATATTATGATAGTTTAGAACAATATATATACAATTGCGTGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGCTATATTATGATAGTTTAGAACAATATATATACAATTGCGTGTA  433

seq1  CTTGATCAAGTTCTAACGGAATGCTAAAACAGCTGATCACTTCTACTAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGATCAAGTTCTAACGGAATGCTAAAACAGCTGATCACTTCTACTAGA  483

seq1  TTACACCCTTCCCTCACTATCTGAAGTTTCACAGTCATATAAAAAAATAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACACCCTTCCCTCACTATCTGAAGTTTCACAGTCATATAAAAAAATAA  533

seq1  TCTTTATGGTAGATAAAGATAGAGAAAGCATGGTCAGGGGGCCAGCAAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTATGGTAGATAAAGATAGAGAAAGCATGGTCAGGGGGCCAGCAAGA  583

seq1  GTTAGTTAAGTTTATCTTGGTTTAAAGATTTACTAAGCAAATGAAAACTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGTTAAGTTTATCTTGGTTTAAAGATTTACTAAGCAAATGAAAACTG  633

seq1  AACGTTCTAGAAGTGCCTCAGCTATGAGATGATGCTATTTGTCACACAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGTTCTAGAAGTGCCTCAGCTATGAGATGATGCTATTTGTCACACAAA  683

seq1  ATGTCTTCCATTTCCCTTTCTGCAACTGTGGATTCAGGGATAAGCAATAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTTCCATTTCCCTTTCTGCAACTGTGGATTCAGGGATAAGCAATAG  733

seq1  TATGACGTTAGATTAGGAAGGGAAGCTCAAAATGAAAGGTAGAAAAACCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGACGTTAGATTAGGAAGGGAAGCTCAAAATGAAAGGTAGAAAAACCT  783

seq1  CTTTTCAGCCAAAAAGGCTAACTCTCCCCTGGAAACATGTAATATTTAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCAGCCAAAAAGGCTAACTCTCCCCTGGAAACATGTAATATTTAAA  833

seq1  AAGAAGCTTTAGTTGTATTTAAAAAGAAAGTCTTACCTGCTTCTCAAACT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGCTTTAGTTGTATTTAAAAAGAAAGTCTTACCTGCTTCTCAAACT  883

seq1  ACCAATAAAAGCACTGTGATCCTTTGAGTTGACATCTTTGCAATTATGCG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAATAAAAGCACTGTGATCCTTTGAGTTGACATCTTTGCAATTATGCG  933

seq1  GACTTTTGAATCCTAACAAACCTCGGTGTGACCCTTTCTCCTTAGAGACA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTTTGAATCCTAACAAACCTCGGTGTGACCCTTTCTCCTTAGAGACA  983

seq1  GAAGCAGCAGCCGCAGCATGGATGGGAGCTGAGATAACCGGTTGCATTAG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCAGCAGCCGCAGCATGGATGGGAGCTGAGATAACCGGTTGCATTAG  1033

seq1  ACTCTGGTTGTATTTCTCTCTGGTGTATTTGGCTTACTTCATGCTCTTGC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGGTTGTATTTCTCTCTGGTGTATTTGGCTTACTTCATGCTCTTGC  1083

seq1  GTTAGCCGCAGGGAAGAATAGAGTAAGGAATTC  1133
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGCCGCAGGGAAGAATAGAGTAAGGAATTC  1116

seq1: chr14_40246431_40247485
seq2: B6Ng01-054M05.g_69_1116

seq1  GAATTCCTAGATAAACTGCACATGGTTGAGAGTAAGCCGATGCACAGGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAGATAAACTGCACATGGTTGAGAGTAAGCCGATGCACAGGGA  50

seq1  ACAGGGACGCCACTTCAAGTAAGTGACCATGTCAAGGGTCCATGACATTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGACGCCACTTCAAGTAAGTGACCATGTCAAGGGTCCATGACATTC  100

seq1  TCTGCTCTAAAATAGTTGTGCATGTTACCTTCATAATCAAAAAATTTACC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTCTAAAATAGTTGTGCATGTTACCTTCATAATCAAAAAATTTACC  150

seq1  CAAAATCTATTCTCAAAATAATTAATACAAATGGATCTCTTATTTTATAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATCTATTCTCAAAATAATTAATACAAATGGATCTCTTATTTTATAG  200

seq1  GGCAGGAGAGTATTTTCTTTTCTTATAGCACCCATCACTCCCCTAACAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGAGAGTATTTTCTTTTCTTATAGCACCCATCACTCCCCTAACAAC  250

seq1  CCATCTAAGCATTCAGTTTATTCATATGACACAGGGATGTAGGTCTTTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTAAGCATTCAGTTTATTCATATGACACAGGGATGTAGGTCTTTCA  300

seq1  GAAGCACTGTTGTTTTGAAGACACAAGAAGTGGCTGTGGAGAAAAGGCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCACTGTTGTTTTGAAGACACAAGAAGTGGCTGTGGAGAAAAGGCAG  350

seq1  AAAAAATGTGCTCCTCGACAGCTATAATCAGATGAGAAGGTTATTATGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAATGTGCTCCTCGACAGCTATAATCAGATGAGAAGGTTATTATGCA  400

seq1  CCATGAGATGTGTAAACTGTTTAGGGAGATCAGGGGAAGGAGATATGAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGAGATGTGTAAACTGTTTAGGGAGATCAGGGGAAGGAGATATGAAT  450

seq1  TACAAATGAGGGTCTTGAAGTAGGAAACTCTTAATGCAAAGTGGATCTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAATGAGGGTCTTGAAGTAGGAAACTCTTAATGCAAAGTGGATCTGA  500

seq1  ATTGGTTCTTGAAGAAGTTAAATGATTTAAGTGTACTTAATAATTTAATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGTTCTTGAAGAAGTTAAATGATTTAAGTGTACTTAATAATTTAATT  550

seq1  TCAATCTAACCTGGCAAAAATTAGACAACATATTATCAAACTTCTCCATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATCTAACCTGGCAAAAATTAGACAACATATTATCAAACTTCTCCATT  600

seq1  AACCAGGATATGTTTACAATCTGTGGATGGTTATTTATACTTTTAGCCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAGGATATGTTTACAATCTGTGGATGGTTATTTATACTTTTAGCCAT  650

seq1  TATATTATCTAATTAAGAAATCAGTATGAAGTAAAAATATAAGTTTTAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTATCTAATTAAGAAATCAGTATGAAGTAAAAATATAAGTTTTAGA  700

seq1  ATGGGCCAGAATTATGCGAAAATCGTAGTTCCTTCAGGAAACACCAGCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGCCAGAATTATGCGAAAATCGTAGTTCCTTCAGGAAACACCAGCAT  750

seq1  GGTCCAGCATCCACTTTCATACTACATTTCAGATTTCATCATCTGTTGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCAGCATCCACTTTCATACTACATTTCAGATTTCATCATCTGTTGAA  800

seq1  TGAAGATGTTCATAGTCTCCACTTTGAGACTTTTTATGAAAATTGAATTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGATGTTCATAGTCTCCACTTTGAGACTTTTTATGAAAATTGAATTT  850

seq1  GAAAATGTACCAGAACACTGAATACCATGAGGTGATACTACTCAGCCAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GAAAATGTACCAGAACACTGAATACCATGAGGTGATACTACTCAGCC-AA  899

seq1  ATCAATAATTGTTTTATTTCCTCAGCTGCTCAAGTAAGTAAGTAAGGAGA  950
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ATCAATAATTGTTTTA-TTCCTCAGCTGCTCAAGTAAGTAAGTAA-GAGA  947

seq1  GTCTTAAGAATGACATGCCTAAATACAAATCAAGCCTCTAGCTAGCTTAC  1000
      |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GTCTTAAG-ATGACATGCCT-AATACAAATC-AGCCTCTAGCTAGCTTAC  994

seq1  TAGCCTCCATACAAAAGTACTTGCTCATAGCCATTTTTCTGTACCTGACA  1050
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCTCCATAC-AAAGTACTTGCTCATAGCCATTTTTCTGTACCTGACA  1043

seq1  CCTAA  1055
      |||||
seq2  CCTAA  1048