BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-055M20
Chromosome14 (Build37)
Map Location 123,795,915 - 123,930,465
singlet/doubletdoublet
Overlap geneVgcnl1
Upstream geneClybl, EG328479, EG432907, Zic5, Zic2, ENSMUSG00000075465, LOC668847, Pcca, BC006662, 4930594M22Rik, Tmtc4
Downstream geneItgbl1, LOC668700, Fgf14
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-055M20.bB6Ng01-055M20.g
ACCDH878149DH878150
length1,1171,093
definitionDH878149|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-055M20, 5' end.DH878150|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-055M20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(123,795,915 - 123,797,066)(123,929,356 - 123,930,465)
sequence
gaattcaatgatctaattcaggtcaatattaaagatttccatggtggcaa
ggagtcttcaaggtgtcccatagtgttgctgttagctgcaaatgatgtgt
tctgtagtttcacacattgaataagtaaccagaaagaaggttttagaaaa
gaggcaataacaggcaaagtcgattttagaactctctcttggatcagtgt
ggctcaggtggaagccatgtgccaagtatgagagaagcaccatgaacaat
cccatctgctggtgaactgaaacttcttgcctttcagccagcaaggaaac
ttccaacacttttgtgagagacctgtcttggaagcagatgctccattttt
ctagttgaccacagccccagacattttgacagtataagaggagacactga
aatacacccaagcaagcttgttccagttcccaaatgagagaaattgttca
agacagtaagggtttctttgatagcaagttcccagcatgtagataattta
ttatatggtatcgaattacaacttatgaatttttatggtaacagaaaatg
tttccactatgataatagaagtatatatggtaaaaatccagcaacataga
aaaggaattaaagagatgttcagaccacgtgatttagtgtggccataatg
tctgcctttgtgtagcaatgagaaatttccctctttatatgtttgagata
gttcacaaactaaacaaacaaacaaacaaaaaaaaggcgtctttggaata
ggtaaacacaggaaaaaaagaaagcaaacatacaatagcatttaacatat
ttaaatttctagtccttctttcgcctggaatccctgcagtttccatgttc
agttcatttttgttttcagtcagtcctaatttgcattcttctttttcaac
ttccctttgaagaagccattgattttctatattgatgcttgaccaatgac
atgaaaattgagcatgagtgtgagtatgtgctagagagattattatgcag
agtagtgctgctctgtccagttaataaacagatagcaggggtagtgtgga
aagcgatgatgctgggaatagtacctcatgcttctactgaagacagtcat
gatcggaccatagtgtt
gaattcactgccaggaaatatcctggtttgatatgattgaatggagccca
gactacctccggtcttttatcctaaggtataagttagttaattgttttct
gtgatacattcatgatcccgtatgactcaagacaaaacctaaggcaagca
tggcctcaagcaagagtatcccatgaccctttaaactttactaactcatt
gctgggtatttgatctgtgcccatacagcagtagcaaatgcatttaagtt
taagagaattagaagatgcacttgccacattaggaacgtaattgctaaat
atccatcagtgttaagaaggcaggatgtgaacatagtgaccagacaatag
ttttgacaaacatttggttctatttccttagtagatatggaagttaaggt
gctctctttgctaatttcattgaatgaatttggaatacaggctcattaga
ccttttctgtcagtacatcagaaattagtattagtaatctttccagtaag
acactgcaaacattttcttgtatttttaaatagtggttgttacagatcaa
gcaactgatttaaaaattgatttgtaaggtacaatactgacaggcagaca
cacacacacacaatacaaaaaaattgaaaagcctacattgatggagaaga
atgagttatacctgttgaataactagttaataaaaaataccattaaagat
ttaagtaagtgcctcatctgtcatctctctgtgtgtgtgttgaacttaac
tatcatttcagggagtgatttttatgattttctgctgccctcttgagcag
taataaaaagttcatgtcatctcatcagccactctgcaaatacctgatgg
ctctttagggtcctcagcaacacttgctaagaagtagcattgctggccag
attgtctctgtgtgttacatagttttgctaacatgcctatgagctataga
acgcacttcattctagaatagagttgctcagagctctttggctcagaatt
tattgctgtgataaaataagacaattgagcaaattcctgatgagtcaagt
tttcattcttttactctgtcacctactccactgcctttatata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_123795915_123797066
seq2: B6Ng01-055M20.b_48_1164

seq1  GAATTCAATGATCTAATTCAGGTCAATATTAAAGATTTCCATGGTGGCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATGATCTAATTCAGGTCAATATTAAAGATTTCCATGGTGGCAA  50

seq1  GGAGTCTTCAAGGTGTCCCATAGTGTTGCTGTTAGCTGCAAATGATGTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTCTTCAAGGTGTCCCATAGTGTTGCTGTTAGCTGCAAATGATGTGT  100

seq1  TCTGTAGTTTCACACATTGAATAAGTAACCAGAAAGAAGGTTTTAGAAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTAGTTTCACACATTGAATAAGTAACCAGAAAGAAGGTTTTAGAAAA  150

seq1  GAGGCAATAACAGGCAAAGTCGATTTTAGAACTCTCTCTTGGATCAGTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAATAACAGGCAAAGTCGATTTTAGAACTCTCTCTTGGATCAGTGT  200

seq1  GGCTCAGGTGGAAGCCATGTGCCAAGTATGAGAGAAGCACCATGAACAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCAGGTGGAAGCCATGTGCCAAGTATGAGAGAAGCACCATGAACAAT  250

seq1  CCCATCTGCTGGTGAACTGAAACTTCTTGCCTTTCAGCCAGCAAGGAAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATCTGCTGGTGAACTGAAACTTCTTGCCTTTCAGCCAGCAAGGAAAC  300

seq1  TTCCAACACTTTTGTGAGAGACCTGTCTTGGAAGCAGATGCTCCATTTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAACACTTTTGTGAGAGACCTGTCTTGGAAGCAGATGCTCCATTTTT  350

seq1  CTAGTTGACCACAGCCCCAGACATTTTGACAGTATAAGAGGAGACACTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTTGACCACAGCCCCAGACATTTTGACAGTATAAGAGGAGACACTGA  400

seq1  AATACACCCAAGCAAGCTTGTTCCAGTTCCCAAATGAGAGAAATTGTTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACACCCAAGCAAGCTTGTTCCAGTTCCCAAATGAGAGAAATTGTTCA  450

seq1  AGACAGTAAGGGTTTCTTTGATAGCAAGTTCCCAGCATGTAGATAATTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGTAAGGGTTTCTTTGATAGCAAGTTCCCAGCATGTAGATAATTTA  500

seq1  TTATATGGTATCGAATTACAACTTATGAATTTTTATGGTAACAGAAAATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATGGTATCGAATTACAACTTATGAATTTTTATGGTAACAGAAAATG  550

seq1  TTTCCACTATGATAATAGAAGTATATATGGTAAAAATCCAGCAACATAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCACTATGATAATAGAAGTATATATGGTAAAAATCCAGCAACATAGA  600

seq1  AAAGGAATTAAAGAGATGTTCAGACCACGTGATTTAGTGTGGCCATAATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAATTAAAGAGATGTTCAGACCACGTGATTTAGTGTGGCCATAATG  650

seq1  TCTGCCTTTGTGTAGCAATGAGAAATTTCCCTCTTTATATGTTTGAGATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTTTGTGTAGCAATGAGAAATTTCCCTCTTTATATGTTTGAGATA  700

seq1  GTTCACAAACTAAACAAACAAACAAACAAAAAAAAGGCGTCTTTGGAATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCACAAACTAAACAAACAAACAAACAAAAAAAAGGCGTCTTTGGAATA  750

seq1  GGTAAACACAGGAAAAAAAGAAAGCAAACATACAATAGCATTTAACATAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAACACAGGAAAAAAAGAAAGCAAACATACAATAGCATTTAACATAT  800

seq1  TTAAATTTCTAGTCCTTCTTTCGCCTGGAATCCCTGCAGTTTCCATGTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATTTCTAGTCCTTCTTTCGCCTGGAATCCCTGCAGTTTCCATGTTC  850

seq1  AGTTCATTTTTGTTTTCAGTCAGTCCTAATTTGCATTCTTCTTTTTCAAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCATTTTTGTTTTCAGTCAGTCCTAATTTGCATTCTTCTTTTTCAAC  900

seq1  TTCCCTTTGAAGAAGCCATTGATTTTTCTTAATATTTGATGCTTGAACCA  950
      |||||||||||||||||||||| ||||||  ||| |||||||||||  | 
seq2  TTCCCTTTGAAGAAGCCATTGA-TTTTCT--ATA-TTGATGCTTGA--CC  944

seq1  AATGACATGAAAATTGAGGCAATTGAGTTGTGAGTTATTGTGCTAGAGAG  1000
      ||||||||||||||||| |||  |||| |||||||   ||||||||||||
seq2  AATGACATGAAAATTGA-GCA--TGAG-TGTGAGT--ATGTGCTAGAGAG  988

seq1  ATTATTATGCAGAAGTTAGTGGCTTGCTCTGTCCCAGGTTTAATAAACAG  1050
      |||||||||||||   |||||   |||||||| ||||  |||||||||||
seq2  ATTATTATGCAGA--GTAGTG--CTGCTCTGT-CCAG--TTAATAAACAG  1031

seq1  ATAGCAAGGGGTAAGGTTGTGAGAGGCGATGATTGGCTGGGGATTAGTAC  1100
      ||||| |||||||    ||||  | ||||||||  ||| |||| ||||| 
seq2  ATAGC-AGGGGTA---GTGTGGAAAGCGATGAT--GCT-GGGAATAGTA-  1073

seq1  CCCCATGCTTCCTTACTGAAGACAGTTCAGAGTGATCCAGACCATAGATG  1150
      || ||||||||  |||||||||||| |||   |||| | |||||||| ||
seq2  CCTCATGCTTC--TACTGAAGACAG-TCA---TGAT-CGGACCATAG-TG  1115

seq1  TT  1152
      ||
seq2  TT  1117

seq1: chr14_123929356_123930465
seq2: B6Ng01-055M20.g_68_1160 (reverse)

seq1  TATATAAA-GCAGTGAGTTAGGTGGAACAGGAGTTAAAGAGAATGAAAAC  49
      |||||||| ||||||   ||||||  ||| ||||  || |||||||||||
seq2  TATATAAAGGCAGTGGAGTAGGTG--ACA-GAGT--AAAAGAATGAAAAC  45

seq1  TTGACTCATTCCAGGAATTTGCTTCAAGTGTC-TATTATATCACAGCAAA  98
      |||||||||  ||||||||||| |||| |||| |||| ||||||||| ||
seq2  TTGACTCAT--CAGGAATTTGC-TCAATTGTCTTATTTTATCACAGC-AA  91

seq1  TAAATTCTGAGCCAAAGAGCTCTGAGCAACTCTTATTCTTAGAATGAAGT  148
      |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
seq2  TAAATTCTGAGCCAAAGAGCTCTGAGCAACTC-TATTC-TAGAATGAAGT  139

seq1  GCCTTTCTATAGCCTCATTAGGCATGTTAGCAAAACTATTGTAACACACC  198
      | | |||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |
seq2  G-CGTTCTATAG-CTCA-TAGGCATGTTAGCAAAACTA-TGTAACACA-C  184

seq1  AGAGACAATCTGGCCAGCAATGCTACCTTCTTAGCAAGTGTTTGCCTGAG  248
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   |||||
seq2  AGAGACAATCTGGCCAGCAATGCTA-CTTCTTAGCAAGTGTT--GCTGAG  231

seq1  GACCCTAAAGAGCCATCAGGTATTTGCAGAGTGGCTGATGAGATGACATG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCTAAAGAGCCATCAGGTATTTGCAGAGTGGCTGATGAGATGACATG  281

seq1  AACTTTTTATTACTGCTCAAGAGGGCAGCAGAAAATCATAAAAATCACTC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTTTATTACTGCTCAAGAGGGCAGCAGAAAATCATAAAAATCACTC  331

seq1  CCTGAAATGATAGTTAAGTTCAACACACACACAGAGAGATGACAGATGAG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAAATGATAGTTAAGTTCAACACACACACAGAGAGATGACAGATGAG  381

seq1  GCACTTACTTAAATCTTTAATGGTATTTTTTATTAACTAGTTATTCAACA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTTACTTAAATCTTTAATGGTATTTTTTATTAACTAGTTATTCAACA  431

seq1  GGTATAACTCATTCTTCTCCATCAATGTAGGCTTTTCAATTTTTTTGTAT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATAACTCATTCTTCTCCATCAATGTAGGCTTTTCAATTTTTTTGTAT  481

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTCTGCCTGTCAGTATTGTACCTTACAAATCAATTTT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTCTGCCTGTCAGTATTGTACCTTACAAATCAATTTT  531

seq1  TAAATCAGTTGCTTGATCTGTAACAACCACTATTTAAAAATACAAGAAAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATCAGTTGCTTGATCTGTAACAACCACTATTTAAAAATACAAGAAAA  581

seq1  TGTTTGCAGTGTCTTACTGGAAAGATTACTAATACTAATTTCTGATGTAC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGCAGTGTCTTACTGGAAAGATTACTAATACTAATTTCTGATGTAC  631

seq1  TGACAGAAAAGGTCTAATGAGCCTGTATTCCAAATTCATTCAATGAAATT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGAAAAGGTCTAATGAGCCTGTATTCCAAATTCATTCAATGAAATT  681

seq1  AGCAAAGAGAGCACCTTAACTTCCATATCTACTAAGGAAATAGAACCAAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAAGAGAGCACCTTAACTTCCATATCTACTAAGGAAATAGAACCAAA  731

seq1  TGTTTGTCAAAACTATTGTCTGGTCACTATGTTCACATCCTGCCTTCTTA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGTCAAAACTATTGTCTGGTCACTATGTTCACATCCTGCCTTCTTA  781

seq1  ACACTGATGGATATTTAGCAATTACGTTCCTAATGTGGCAAGTGCATCTT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGATGGATATTTAGCAATTACGTTCCTAATGTGGCAAGTGCATCTT  831

seq1  CTAATTCTCTTAAACTTAAATGCATTTGCTACTGCTGTATGGGCACAGAT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTCTCTTAAACTTAAATGCATTTGCTACTGCTGTATGGGCACAGAT  881

seq1  CAAATACCCAGCAATGAGTTAGTAAAGTTTAAAGGGTCATGGGATACTCT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATACCCAGCAATGAGTTAGTAAAGTTTAAAGGGTCATGGGATACTCT  931

seq1  TGCTTGAGGCCATGCTTGCCTTAGGTTTTGTCTTGAGTCATACGGGATCA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGAGGCCATGCTTGCCTTAGGTTTTGTCTTGAGTCATACGGGATCA  981

seq1  TGAATGTATCACAGAAAACAATTAACTAACTTATACCTTAGGATAAAAGA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGTATCACAGAAAACAATTAACTAACTTATACCTTAGGATAAAAGA  1031

seq1  CCGGAGGTAGTCTGGGCTCCATTCAATCATATCAAACCAGGATATTTCCT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGAGGTAGTCTGGGCTCCATTCAATCATATCAAACCAGGATATTTCCT  1081

seq1  GGCAGTGAATTC  1110
      ||||||||||||
seq2  GGCAGTGAATTC  1093