BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-056C03
Chromosome14 (Build37)
Map Location 12,429,475 - 12,532,502
singlet/doubletdoublet
Overlap genePtprg
Upstream geneFhit, LOC100041974, LOC667030, EG382843, LOC100042427, LOC667059, LOC100041996
Downstream geneLOC100042441, 3830406C13Rik, EG667072, Fezf2, Cadps
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-056C03.bB6Ng01-056C03.g
ACCDH878390DH878391
length1,1141,056
definitionDH878390|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-056C03, 5' end.DH878391|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-056C03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(12,531,378 - 12,532,502)(12,429,475 - 12,430,542)
sequence
gaattcactatgtagccaaaatgaacttgaacttctggtcccccatcctc
cagctcctgaatgctgggattccaggatttgtgcagtgctagtgacttag
cctttgtgttcatccccagccctcaaaagccccattctgattctaacaaa
ctcaatggctgcccatctttctactaatttcccaactgatacgcattccc
tcttccagatcagaatcctctctgtttctggactatccctcttccactgg
gcagtatgccttcggcaatttgaacatgccaaaagagttaacatgatgga
agctggggtccagtgcaaaggtgttgggagaggactactgaaaaaactaa
caccctgtcttgatggcgagttagttagaagtaattttataaaacagaga
caggggccagagaggtggctcggaacccatggggaattgtggtatttcac
aaccatgtgtaacttcagttcagagaatctaatgccccttctatgctcca
tgtgcaggtgaaaatacaaacaagtaaaataaaaataaataaatgtagga
agatacccaccaccctttactctctgttgttttgtgtgtgttcccttcta
ccctcttttccttgccccatccaccctgagtcaacccaacaaaacgaact
acctaccagcagttacaaggctactacctaccagcagttacaaggctact
acctaccagcagatactatgcctctgccctgcactctccagaattataca
tgaataagtttccttatgtgatgataaatatccccatctgctctagtcca
gaattgcagcatgaaacagaccaagacaagcttcgaggggtgctccttaa
cttcacctggccggctttcagtagctctgcatacaagatttcgtcacacc
acactcagccccaccaagaaccactttgtgctcaaatccaaagcacaggt
acagagcagccagttggaaacagctgggctctgatctctggcatgtctga
cctctggatcgacagctttcccaactcctttgttctctcattactcctga
ctttcaccttctactgctggctgggctgtgtcaagtgagctaagagttgc
ttgacatctctagt
gaattctcctctgtcttcttgctatgggaacactaggattccagatgtgt
gctactgtgaacattatgtgggttctggggtacccaacccaggtcctcat
gcttacatagcaaatgctttagacactgggctctcaacagcttccgtgat
actggtttgctgggaaataacttgtagcgtcttagcaccttggagttttg
gatggctgctctgtctcttgtggtagtatctcttaagcaccttttcccct
ccagtttcgaaggcttggcagggtgtcccaccctcagactctgcatgcac
tcttcccatcagcgattaaagagaaaaagttgcaacagtaacagcaccat
aaaataacggtgtcacccgactatacctgggctcatccctatacagattt
attatcttcctctggaggcttgggttccggttttcaataagcaaggagag
cctgtaaatgatcacaattgaaatgcaccgtacagttctcagacctcatt
caaatatgccagagcaaagggaaggtacttagaaccctgtgacctctcag
tcgccttcagatctgtggcgctttcccaggctcgctctcgggatccttga
tgcatctgtagataccacaccacttagtgtgtggaccacctcttagtttt
gccttgtctgctgctcgtcttccatcatcctgattgaggtcctttctgtc
aggtggcacatgatgtgctcacgtgttcagctttgggtacttgatgaagg
tggcgtctgctgggattccctagcctaacgtcacccctttccacctcccg
tgcagctttctgatgctatctatggctgtgaagctttagcctgcccattt
actatatgactgctggcttaataacattctatttatttaatggggtgtaa
ttcctcattgttctttggtatacaggccacttgcatttagagagtggctc
taagtccctttagacttctgaattattttattctatactttcttaatccc
agccactgtgtttgctgattctgctttggtttgtggcccagtaacggata
tcagtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_12531378_12532502
seq2: B6Ng01-056C03.b_46_1159 (reverse)

seq1  ACTAGAGATGTCAAGCAAACTCTATGCATCACTTTGGACACATGCCCAGC  50
      |||||||||||||||| ||||||  || ||||||  |||||| |||||||
seq2  ACTAGAGATGTCAAGC-AACTCTTAGC-TCACTT--GACACA-GCCCAGC  45

seq1  AGCCAGTAAGAAAGGTGAAAGTCA-GAGTAATGAGAGAACAAAGGAGTTG  99
         |||||   ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| 
seq2  CAGCAGTA--GAAGGTGAAAGTCAGGAGTAATGAGAGAACAAAGGAGTT-  92

seq1  GGGAAAGCTGTCGATCCAGAGGTCAGACATTGCCAGAGAATCAGAGCCCA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
seq2  GGGAAAGCTGTCGATCCAGAGGTCAGACA-TGCCAGAG-ATCAGAGCCCA  140

seq1  GCTTGTTTCC-ACTGGCCTGCTCTGTTACCTGTGCTTTGGATTTGAGCAC  198
      || ||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GC-TGTTTCCAACTGG-CTGCTCTG-TACCTGTGCTTTGGATTTGAGCAC  187

seq1  AAAGTGGTTCTTGGTGGGGCTGAGTGTGGTGTGACGAAATCTTGTATGCA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGGTTCTTGGTGGGGCTGAGTGTGGTGTGACGAAATCTTGTATGCA  237

seq1  GAGCTACTGAAAGCCGGCCAGGTGAAGTTAAGGAGCACCCCTCGAAGCTT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTACTGAAAGCCGGCCAGGTGAAGTTAAGGAGCACCCCTCGAAGCTT  287

seq1  GTCTTGGTCTGTTTCATGCTGCAATTCTGGACTAGAGCAGATGGGGATAT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGGTCTGTTTCATGCTGCAATTCTGGACTAGAGCAGATGGGGATAT  337

seq1  TTATCATCACATAAGGAAACTTATTCATGTATAATTCTGGAGAGTGCAGG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCATCACATAAGGAAACTTATTCATGTATAATTCTGGAGAGTGCAGG  387

seq1  GCAGAGGCATAGTATCTGCTGGTAGGTAGTAGCCTTGTAACTGCTGGTAG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGGCATAGTATCTGCTGGTAGGTAGTAGCCTTGTAACTGCTGGTAG  437

seq1  GTAGTAGCCTTGTAACTGCTGGTAGGTAGTTCGTTTTGTTGGGTTGACTC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTAGCCTTGTAACTGCTGGTAGGTAGTTCGTTTTGTTGGGTTGACTC  487

seq1  AGGGTGGATGGGGCAAGGAAAAGAGGGTAGAAGGGAACACACACAAAACA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTGGATGGGGCAAGGAAAAGAGGGTAGAAGGGAACACACACAAAACA  537

seq1  ACAGAGAGTAAAGGGTGGTGGGTATCTTCCTACATTTATTTATTTTTATT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGAGTAAAGGGTGGTGGGTATCTTCCTACATTTATTTATTTTTATT  587

seq1  TTACTTGTTTGTATTTTCACCTGCACATGGAGCATAGAAGGGGCATTAGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTGTTTGTATTTTCACCTGCACATGGAGCATAGAAGGGGCATTAGA  637

seq1  TTCTCTGAACTGAAGTTACACATGGTTGTGAAATACCACAATTCCCCATG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTGAACTGAAGTTACACATGGTTGTGAAATACCACAATTCCCCATG  687

seq1  GGTTCCGAGCCACCTCTCTGGCCCCTGTCTCTGTTTTATAAAATTACTTC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCCGAGCCACCTCTCTGGCCCCTGTCTCTGTTTTATAAAATTACTTC  737

seq1  TAACTAACTCGCCATCAAGACAGGGTGTTAGTTTTTTCAGTAGTCCTCTC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTAACTCGCCATCAAGACAGGGTGTTAGTTTTTTCAGTAGTCCTCTC  787

seq1  CCAACACCTTTGCACTGGACCCCAGCTTCCATCATGTTAACTCTTTTGGC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACACCTTTGCACTGGACCCCAGCTTCCATCATGTTAACTCTTTTGGC  837

seq1  ATGTTCAAATTGCCGAAGGCATACTGCCCAGTGGAAGAGGGATAGTCCAG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCAAATTGCCGAAGGCATACTGCCCAGTGGAAGAGGGATAGTCCAG  887

seq1  AAACAGAGAGGATTCTGATCTGGAAGAGGGAATGCGTATCAGTTGGGAAA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGAGAGGATTCTGATCTGGAAGAGGGAATGCGTATCAGTTGGGAAA  937

seq1  TTAGTAGAAAGATGGGCAGCCATTGAGTTTGTTAGAATCAGAATGGGGCT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTAGAAAGATGGGCAGCCATTGAGTTTGTTAGAATCAGAATGGGGCT  987

seq1  TTTGAGGGCTGGGGATGAACACAAAGGCTAAGTCACTAGCACTGCACAAA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGGGCTGGGGATGAACACAAAGGCTAAGTCACTAGCACTGCACAAA  1037

seq1  TCCTGGAATCCCAGCATTCAGGAGCTGGAGGATGGGGGACCAGAAGTTCA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGAATCCCAGCATTCAGGAGCTGGAGGATGGGGGACCAGAAGTTCA  1087

seq1  AGTTCATTTTGGCTACATAGTGAATTC  1125
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCATTTTGGCTACATAGTGAATTC  1114

seq1: chr14_12429475_12430542
seq2: B6Ng01-056C03.g_67_1122

seq1  GAATTCTCCTCTGTCTTCTTGCTATGGGAACACTAGGATTCCAGATGTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCTCTGTCTTCTTGCTATGGGAACACTAGGATTCCAGATGTGT  50

seq1  GCTACTGTGAACATTATGTGGGTTCTGGGGTACCCAACCCAGGTCCTCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACTGTGAACATTATGTGGGTTCTGGGGTACCCAACCCAGGTCCTCAT  100

seq1  GCTTACATAGCAAATGCTTTAGACACTGGGCTCTCAACAGCTTCCGTGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTACATAGCAAATGCTTTAGACACTGGGCTCTCAACAGCTTCCGTGAT  150

seq1  ACTGGTTTGCTGGGAAATAACTTGTAGCGTCTTAGCACCTTGGAGTTTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGTTTGCTGGGAAATAACTTGTAGCGTCTTAGCACCTTGGAGTTTTG  200

seq1  GATGGCTGCTCTGTCTCTTGTGGTAGTATCTCTTAAGCACCTTTTCCCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGCTGCTCTGTCTCTTGTGGTAGTATCTCTTAAGCACCTTTTCCCCT  250

seq1  CCAGTTTCGAAGGCTTGGCAGGGTGTCCCACCCTCAGACTCTGCATGCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTTTCGAAGGCTTGGCAGGGTGTCCCACCCTCAGACTCTGCATGCAC  300

seq1  TCTTCCCATCAGCGATTAAAGAGAAAAAGTTGCAACAGTAACAGCACCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCCATCAGCGATTAAAGAGAAAAAGTTGCAACAGTAACAGCACCAT  350

seq1  AAAATAACGGTGTCACCCGACTATACCTGGGCTCATCCCTATACAGATTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAACGGTGTCACCCGACTATACCTGGGCTCATCCCTATACAGATTT  400

seq1  ATTATCTTCCTCTGGAGGCTTGGGTTCCGGTTTTCAATAAGCAAGGAGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATCTTCCTCTGGAGGCTTGGGTTCCGGTTTTCAATAAGCAAGGAGAG  450

seq1  CCTGTAAATGATCACAATTGAAATGCACCGTACAGTTCTCAGACCTCATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTAAATGATCACAATTGAAATGCACCGTACAGTTCTCAGACCTCATT  500

seq1  CAAATATGCCAGAGCAAAGGGAAGGTACTTAGAACCCTGTGACCTCTCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATATGCCAGAGCAAAGGGAAGGTACTTAGAACCCTGTGACCTCTCAG  550

seq1  TCGCCTTCAGATCTGTGGCGCTTTCCCAGGCTCGCTCTCGGGATCCTTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCCTTCAGATCTGTGGCGCTTTCCCAGGCTCGCTCTCGGGATCCTTGA  600

seq1  TGCATCTGTAGATACCACACCACTTAGTGTGTGGACCACCTCTTAGTTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATCTGTAGATACCACACCACTTAGTGTGTGGACCACCTCTTAGTTTT  650

seq1  GCCTTGTCTGCTGCTCGTCTTCCATCATCCTGATTGAGGTCCTTTCTGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGTCTGCTGCTCGTCTTCCATCATCCTGATTGAGGTCCTTTCTGTC  700

seq1  AGGTGGCACATGATGTGCTCACGTGTTCAGCTTTGGGTACTTGATGAAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGCACATGATGTGCTCACGTGTTCAGCTTTGGGTACTTGATGAAGG  750

seq1  TGGCGTCTGCTGGGATTCCCTAGCCTAACGTCACCCCTTTCCACCTCCCG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCGTCTGCTGGGATTCCCTAGCCTAACGTCACCCCTTTCCACCTCCCG  800

seq1  TGCAGCTTTCTGATGCTATCTATGGCTGTGAAGCTTTAGCCTGCCCATTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCTTTCTGATGCTATCTATGGCTGTGAAGCTTTAGCCTGCCCATTT  850

seq1  ACTATATGACTGCTGGCTTAATAACATTCTATTTTATTTAATGGGGTGTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  ACTATATGACTGCTGGCTTAATAACATTCTA-TTTATTTAATGGGGTGTA  899

seq1  ATTCCTCATTGTTCTTTGGTATACAGGCCACCTTGCATTTAGAGAGTGGC  950
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTCATTGTTCTTTGGTATACAGGCCA-CTTGCATTTAGAGAGTGGC  948

seq1  TCCTAGGTCCCTTTAGAACTTTCTGAATTATTTTATTCTAATACTTTCTT  1000
      | ||| |||||||||||   ||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  T-CTAAGTCCCTTTAGA--CTTCTGAATTATTTTATTCT-ATACTTTCTT  994

seq1  AATCCCAGGCACACTGTGTTTTGCTGGATCCTGCTTGGGTTTGTGGCCCA  1050
      ||||||||   ||||||| |||||| ||| |||||| |||||||||||||
seq2  AATCCCAG--CCACTGTG-TTTGCT-GATTCTGCTTTGGTTTGTGGCCCA  1040

seq1  GGAACGGAGTAGTCAGTG  1068
      | |||||| || ||||||
seq2  GTAACGGA-TA-TCAGTG  1056