BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-062J12
Chromosome14 (Build37)
Map Location 81,123,206 - 81,245,121
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genePcdh8, EG629734, Olfm4, LOC672828
Downstream geneLOC639207
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-062J12.bB6Ng01-062J12.g
ACCDH882941DH882942
length1,1831,123
definitionDH882941|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-062J12, 5' end.DH882942|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-062J12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(81,243,933 - 81,245,121)(81,123,206 - 81,124,346)
sequence
gaattctcctagaccacattcaaagacaaacaacaaaaaatccaagggtc
tcacacatcatcacaacacaatcattgaatgctagctacagaatgtttta
aataatggcatttaaaatcctataaaaaataaactaacaaattatcaaaa
atcatcccaaactctgctcttattgttttgacacaaggaagtcctgatgg
aattccctattgaaaaaggaattctgttcaccttctacagacaagcaatg
ggaggaggaaggagttccctgagaagaccctgggacacactctacagagc
agatggcctggttcctcatggatgctcagcattcaaaaccaagatttagc
taaggctaaaggtgtagaaactgccaaatcaaaatttctctcttctctaa
aaatgtacaagaagaaaacaaaacctatgcataatttatgggtgccccag
gacagttttaaattatgcagtccacatacccatgaaaagttgcctaatat
atcccttagttacttcatgatgctgattgtgattgtccccctaaaccaca
cacacgcacacacacacgcacacacacacgcacaccagtgcctatttctg
agaccagtgggttagaaaagcgtgcttacctccattgtgtgaaaaacatt
tgtttcttaagcaaacacaccagtgagctgggaagctcaaaggcatttgc
tagctaaatgcttcttttatcaactcagtggtcttccttgctcagaaagc
ttcttaaacatgcataatggaattaaaagcactctcaataaagttcatta
ccttagtggcccttcccatcttcctgtgaaattaactgtgtctcctctat
gtacatctacttaaggtagtaatttaatagcaataacatctataccaaga
gagttattttccccttggatccacttcacacttggaaatctttttatgct
acttagaataaaaccagaaacgtggtttatatccttctgttgcaggatat
aataggaaagtaacaaaggaagagaagagatgagtttaaaagcagtgatt
ctagaaaagcagctgacacagatatgtacttaaactgtttaatgaagaag
aagaagaaatgatccgcatagcttcctcattcagtattagctaaatttat
ttaacctttcttgcctgggccttattctcagga
gaattcatcagctgagattgttcactcaatggccctacagacaaattatg
tagatttatattgagaaaataatggtatcattatgttattatgtgtttct
ttttatatagaatataacctattatttatatataattttagatttctaaa
tgttgacaattttaatgttcaactattttcagggcattttgaggacatta
acaattattttttagttcgatttatttccttaatttgtttttgaaaatat
tgtatctttgaccctaagactttggagtacaattgatatcttcaccttca
ataatatttaaaaagttatatgtagaataaagtcattttaagctttttca
aaatcttgtattttcaaagattggaactagacatattcaactatttattc
catatgcagaatgagctaagggaaatctctttaagtgaatctgacaagtg
tatagcaagcagaagtgcacacagagcacagaggtggagggagggagaga
cagagacagggacagagagaagcaaagaccaagaggcagagacaaggaca
gcagagagacagaaacagagacagaccaagacaataacagaaagagacag
agaagcagagacagagcgacagagagaggcagacacacatacatatgttg
cagtaaatttccaacccaaatatgccctgacaatgaaaacacaactcagt
taatatgattacatgttgtgcgcctagattgggcagatctaccactatac
taccattttccacatctatgagaccccttagaacttggggtttctacagg
ccatagaaagagttacagagacaaagttcagagcagagactgaaggaata
acatccagaaactgccccacctggggagccatcccataaacaaccaccaa
acccagacactattgcagatgacaacaagagcttgctgacagagtctaat
gtatagttatctcctgagagctctgccagtgcctgacttatacagaagtg
ggtgctcacagtcatcactagacaagcataggtcccaatgaagaagggca
gagaactacccagagctgagggttgcagcctcctagagacacaaacgact
acagtaccccagctccagactta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_81243933_81245121
seq2: B6Ng01-062J12.b_46_1228 (reverse)

seq1  TCCTGAG-ATAA-GCCCAGGCAAGGAAAGTGTTAAATACAATTTTAGCTA  48
      ||||||| |||| |||||||||| ||||| |||||||  || ||||||||
seq2  TCCTGAGAATAAGGCCCAGGCAA-GAAAG-GTTAAAT--AAATTTAGCTA  46

seq1  ATACTGAATGAGGAAGCTATGCGGATCCATTTC--CTTCTCTCTCTCATT  96
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||| ||| |||||
seq2  ATACTGAATGAGGAAGCTATGCGGAT-CATTTCTTCTTCT-TCT-TCATT  93

seq1  AAACAGTTTAAGTACATATCTGTGTCAGCCTGCTTTTCTAGGATCACTGC  146
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||
seq2  AAACAGTTTAAGTACATATCTGTGTCAG-CTGCTTTTCTAGAATCACTGC  142

seq1  TTTTAAACTTCATCTCTTCTCTTCCTTTGTTACTTTCCTTATTATATCCT  196
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TTTTAAAC-TCATCTCTTCTCTTCCTTTGTTACTTTCC-TATTATATCCT  190

seq1  GCAACAGAAGGATATAAACCACGTTTCTGGTTTTATTCTAAGTAGCATAA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACAGAAGGATATAAACCACGTTTCTGGTTTTATTCTAAGTAGCATAA  240

seq1  AAAGATTTCCAAGTGTGAAGTGGATCCAAGGGGAAAATAACTCTCTTGGT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATTTCCAAGTGTGAAGTGGATCCAAGGGGAAAATAACTCTCTTGGT  290

seq1  ATAGATGTTATTGCTATTAAATTACTACCTTAAGTAGATGTACATAGAGG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATGTTATTGCTATTAAATTACTACCTTAAGTAGATGTACATAGAGG  340

seq1  AGACACAGTTAATTTCACAGGAAGATGGGAAGGGCCACTAAGGTAATGAA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACAGTTAATTTCACAGGAAGATGGGAAGGGCCACTAAGGTAATGAA  390

seq1  CTTTATTGAGAGTGCTTTTAATTCCATTATGCATGTTTAAGAAGCTTTCT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATTGAGAGTGCTTTTAATTCCATTATGCATGTTTAAGAAGCTTTCT  440

seq1  GAGCAAGGAAGACCACTGAGTTGATAAAAGAAGCATTTAGCTAGCAAATG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAAGGAAGACCACTGAGTTGATAAAAGAAGCATTTAGCTAGCAAATG  490

seq1  CCTTTGAGCTTCCCAGCTCACTGGTGTGTTTGCTTAAGAAACAAATGTTT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGAGCTTCCCAGCTCACTGGTGTGTTTGCTTAAGAAACAAATGTTT  540

seq1  TTCACACAATGGAGGTAAGCACGCTTTTCTAACCCACTGGTCTCAGAAAT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACACAATGGAGGTAAGCACGCTTTTCTAACCCACTGGTCTCAGAAAT  590

seq1  AGGCACTGGTGTGCGTGTGTGTGTGCGTGTGTGTGTGCGTGTGTGTGGTT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCACTGGTGTGCGTGTGTGTGTGCGTGTGTGTGTGCGTGTGTGTGGTT  640

seq1  TAGGGGGACAATCACAATCAGCATCATGAAGTAACTAAGGGATATATTAG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGGGACAATCACAATCAGCATCATGAAGTAACTAAGGGATATATTAG  690

seq1  GCAACTTTTCATGGGTATGTGGACTGCATAATTTAAAACTGTCCTGGGGC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACTTTTCATGGGTATGTGGACTGCATAATTTAAAACTGTCCTGGGGC  740

seq1  ACCCATAAATTATGCATAGGTTTTGTTTTCTTCTTGTACATTTTTAGAGA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCATAAATTATGCATAGGTTTTGTTTTCTTCTTGTACATTTTTAGAGA  790

seq1  AGAGAGAAATTTTGATTTGGCAGTTTCTACACCTTTAGCCTTAGCTAAAT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAAATTTTGATTTGGCAGTTTCTACACCTTTAGCCTTAGCTAAAT  840

seq1  CTTGGTTTTGAATGCTGAGCATCCATGAGGAACCAGGCCATCTGCTCTGT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTTTTGAATGCTGAGCATCCATGAGGAACCAGGCCATCTGCTCTGT  890

seq1  AGAGTGTGTCCCAGGGTCTTCTCAGGGAACTCCTTCCTCCTCCCATTGCT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGTGTCCCAGGGTCTTCTCAGGGAACTCCTTCCTCCTCCCATTGCT  940

seq1  TGTCTGTAGAAGGTGAACAGAATTCCTTTTTCAATAGGGAATTCCATCAG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGTAGAAGGTGAACAGAATTCCTTTTTCAATAGGGAATTCCATCAG  990

seq1  GACTTCCTTGTGTCAAAACAATAAGAGCAGAGTTTGGGATGATTTTTGAT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCCTTGTGTCAAAACAATAAGAGCAGAGTTTGGGATGATTTTTGAT  1040

seq1  AATTTGTTAGTTTATTTTTTATAGGATTTTAAATGCCATTATTTAAAACA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGTTAGTTTATTTTTTATAGGATTTTAAATGCCATTATTTAAAACA  1090

seq1  TTCTGTAGCTAGCATTCAATGATTGTGTTGTGATGATGTGTGAGACCCTT  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTAGCTAGCATTCAATGATTGTGTTGTGATGATGTGTGAGACCCTT  1140

seq1  GGATTTTTTGTTGTTTGTCTTTGAATGTGGTCTAGGAGAATTC  1189
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTTTTTGTTGTTTGTCTTTGAATGTGGTCTAGGAGAATTC  1183

seq1: chr14_81123206_81124346
seq2: B6Ng01-062J12.g_69_1184

seq1  GAATTCATCAGCTGAGATTGTTCACTCAATGGCCCTACAGACAAATTATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCAGCTGAGATTGTTCACTCAATGGCCCTACAGACAAATTATG  50

seq1  TAGATTTATATTGAGAAAATAATGGTATCATTATGTTATTATGTGTTTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTTATATTGAGAAAATAATGGTATCATTATGTTATTATGTGTTTCT  100

seq1  TTTTATATAGAATATAACCTATTATTTATATATAATTTTAGATTTCTAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATATAGAATATAACCTATTATTTATATATAATTTTAGATTTCTAAA  150

seq1  TGTTGACAATTTTAATGTTCAACTATTTTCAGGGCATTTTGAGGACATTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGACAATTTTAATGTTCAACTATTTTCAGGGCATTTTGAGGACATTA  200

seq1  ACAATTATTTTTTAGTTCGATTTATTTCCTTAATTTGTTTTTGAAAATAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATTATTTTTTAGTTCGATTTATTTCCTTAATTTGTTTTTGAAAATAT  250

seq1  TGTATCTTTGACCCTAAGACTTTGGAGTACAATTGATATCTTCACCTTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATCTTTGACCCTAAGACTTTGGAGTACAATTGATATCTTCACCTTCA  300

seq1  ATAATATTTAAAAAGTTATATGTAGAATAAAGTCATTTTAAGCTTTTTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATATTTAAAAAGTTATATGTAGAATAAAGTCATTTTAAGCTTTTTCA  350

seq1  AAATCTTGTATTTTCAAAGATTGGAACTAGACATATTCAACTATTTATTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTTGTATTTTCAAAGATTGGAACTAGACATATTCAACTATTTATTC  400

seq1  CATATGCAGAATGAGCTAAGGGAAATCTCTTTAAGTGAATCTGACAAGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGCAGAATGAGCTAAGGGAAATCTCTTTAAGTGAATCTGACAAGTG  450

seq1  TATAGCAAGCAGAAGTGCACACAGAGCACAGAGGTGGAGGGAGGGAGAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGCAAGCAGAAGTGCACACAGAGCACAGAGGTGGAGGGAGGGAGAGA  500

seq1  CAGAGACAGGGACAGAGAGAAGCAAAGACCAAGAGGCAGAGACAAGGACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGACAGGGACAGAGAGAAGCAAAGACCAAGAGGCAGAGACAAGGACA  550

seq1  GCAGAGAGACAGAAACAGAGACAGACCAAGACAATAACAGAAAGAGACAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGAGACAGAAACAGAGACAGACCAAGACAATAACAGAAAGAGACAG  600

seq1  AGAAGCAGAGACAGAGCGACAGAGAGAGGCAGACACACATACATATGTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCAGAGACAGAGCGACAGAGAGAGGCAGACACACATACATATGTTG  650

seq1  CAGTAAATTTCCAACCCAAATATGCCCTGACAATGAAAACACAACTCAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAAATTTCCAACCCAAATATGCCCTGACAATGAAAACACAACTCAGT  700

seq1  TAATATGATTACATGTTGTGCGCCTAGATTGGGCAGATCTACCACTATAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATGATTACATGTTGTGCGCCTAGATTGGGCAGATCTACCACTATAC  750

seq1  TACCATTTTCCACATCTATGAGACCCCTTAGAACTTGGGGTTTCTACAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCATTTTCCACATCTATGAGACCCCTTAGAACTTGGGGTTTCTACAGG  800

seq1  CCATAGAAGGAGTTACAGAGACAAAGTTCAGAGCAGAGACTGAAGGAATA  850
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAGAAAGAGTTACAGAGACAAAGTTCAGAGCAGAGACTGAAGGAATA  850

seq1  ACATCCAGAAACTGCCCCACCTGGGGAGCCATCCCATAAACAACCACCAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCCAGAAACTGCCCCACCTGGGGAGCCATCCCATAAACAACCACCAA  900

seq1  ACCCAGACACTATTGCAGATGACAACAAGAGCTTGCTGACAGGAGTCTAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ACCCAGACACTATTGCAGATGACAACAAGAGCTTGCTGACA-GAGTCTAA  949

seq1  TGTATAGTTATCTCCTGAGAGGCTCTGCCAGTGCCTGACTTATACAGAAG  1000
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATAGTTATCTCCTGAGA-GCTCTGCCAGTGCCTGACTTATACAGAAG  998

seq1  TGGGTGCTCACAGTCATCCACTAGACCAAGCATAGGGTCCCCAATGAAGA  1050
      ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||   |||||||||||
seq2  TGGGTGCTCACAGTCAT-CACTAGA-CAAGCATAGG--TCCCAATGAAGA  1044

seq1  AGGAGCTAGAGAAACTACCCAAGAAGCTGAAGGGGTTTGCAGCCCCCTAG  1100
      ||| || |||| |||||||||   ||||||   || |||||||| |||| 
seq2  AGG-GC-AGAG-AACTACCCA--GAGCTGA---GGGTTGCAGCCTCCTA-  1085

seq1  GAGGAACAACAATACGAACTAACCAGTACCCCCAGAGCTCC  1141
      |||  ||||    ||| ||||  |||||||||   ||||||
seq2  GAGACACAA----ACG-ACTA--CAGTACCCC---AGCTCC  1116