BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-063C02
Chromosome14 (Build37)
Map Location 18,763,785 - 18,861,645
singlet/doubletdoublet
Overlap geneThrb
Upstream geneTpi-rs9
Downstream geneLOC627608, Nr1d2, LOC632287, Rpl15, Nkiras1, Ube2e1, LOC627717, LOC238963, Ube2e2, LOC627741, LOC100042299
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-063C02.bB6Ng01-063C02.g
ACCDH883317DH883318
length1,1301,117
definitionDH883317|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-063C02, 5' end.DH883318|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-063C02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,860,509 - 18,861,645)(18,763,785 - 18,764,916)
sequence
gaattcaatattgatgtcatttgaatgggtctgaatgactgttacatctt
ctgtttcttgtcaaaatttacagtcatctcagttgaacttcacagttagg
taaacatttgaattccagtttcattcacacatgtgataaacaagcactca
gacttcagtgtgctagtatgcctggcatagggatattttgtaggtaaggc
tgggatttgaaactatctctatcacaattcaaggccaacacatctcaata
cgtaaaccatgcaagactatgtaaattgtacataatgtctaagtcttccc
tgaaactgttgtagcttctttttggaggtggggactctggactagtccag
tttaggttactttatgcaactaaaagcaatcctgctggaagacactgaga
agtctacttctgttcagtagtcagcctattcaaagttcaaccttaaactt
tttatttctctatgagaaacaggcttctatgtctaatgattctatttgat
aacgcattaaagatttgcttttgtttaagtcctgacttgttttaattata
tccttagatgcctgacttaagagggagttggaaggaggaaggctgagcta
ggttacagacagcagggaggacagaaaggcacctgttccagctcctctag
gattctatgtggctctcatccttactgtcacccaagatcccaggtaatgc
tcacacactgctgatcccactctggagaagaatcattcagcagacctaga
agtgtaagtcaaataatccctttcttcccccaaattacttttggctaagt
ttgcccaaacaataggaaggaaattagaaatggtactatttgttcatcat
ctagaatgatcataaatattaattaaaaatattagaagtcagaaggagaa
agtgttttctccgtctcagttcctatccttaggctactgctctgttcttc
tgggtatggattctatggatgctcaaaagtaagcatagacatttccccct
ccagtatctgattcaccctcatgcagctgggctgtccttactgtaaactc
acagcacagatgagctgcagtaagcagcaaatgctcatcctagaaaagga
gacttggttttcccagctgaggaagaacta
gaattcattcacttatttttagtaagctaaattacacttaaagatgaatc
ttacgttttgatgttcaggatgaagttgccagtgtcccattggacctagg
tgaaagtttttccatgcctttttaagggtcagggaacataggactcttag
tggacagggccaggctgcttcatatccttgtatcatttcccttgaacatt
tttaaactttaaaatttctcaatgtttctttctgccagcagggtttttat
agaactcaattaaactccatttgaataatcaaatttaaatattcttaaat
ctcaaatttctcaactaaaagtttcctatagcatttatctaaatagaata
taaatgaagttatcaagatcccagttatgccagcattgcctttaggcaag
tcttttagtattattgtaaaatcaagatgggtctataaaaacgaatataa
aaaagcctctacacagtaaagcataatgaaaatattcatgatgagctcaa
cctatttgattccatgcccaaagttaaaacaagaaacaactggcagaggc
tagaaaaatggctcaggggttaaaagtacttactactcttacacaggacc
tatactgagttcccagcaccacaactgcctttaatgctaatttctggaga
catgtacacatgtgctacacagaaactcatacaagcacatacatataaat
aaaaataataaaaggaaatcattgacctaaactataacattatcaaattc
cttgagtttttaaataaaaactgttaacttaatttaatactggcatctga
gacactgtacagtatataaatatgggtgaggatggcctcacttcctgagc
atccatgggcatagatcacgtttctgagcacatgaagacagaggatactt
agagactctgcagtctgtacacctagatgacatgaatgtgcactgatgct
agcatgagccttcagcgtctcgtgcctgagtctctcatggatccagctgg
atttcagaaatacatagaatatagtagacagagattttggagttattccc
tctgtaatgagaataaaactttgctacagtagcagcttccttccaactca
gtgacttataaagcaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_18860509_18861645
seq2: B6Ng01-063C02.b_47_1176 (reverse)

seq1  TAGTTCTTCCTCAGCTGAGAGAACCAAGTCTCCTTGTCTAGGATGAGCAT  50
      ||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TAGTTCTTCCTCAGCTGGGAAAACCAAGTCTCCTTTTCTAGGATGAGCAT  50

seq1  CTGCTGCCTTAACTGCCAGCTCATCTGTGCTGTGAGTTTACAGTAAGGAC  100
       ||||||  | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGC--TTACTG-CAGCTCATCTGTGCTGTGAGTTTACAGTAAGGAC  97

seq1  AGCCCAGCTGCAATGAGGGTGAATCAGATACTGGAGGGGGAAATGTCTTA  150
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  
seq2  AGCCCAGCTGC-ATGAGGGTGAATCAGATACTGGAGGGGGAAATGTCT--  144

seq1  TTGCTTACTTTTGAGCATCCATAGAATCCATACCCAGAAGAACAGAGCAG  200
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTACTTTTGAGCATCCATAGAATCCATACCCAGAAGAACAGAGCAG  194

seq1  TAGCCTAAGGATAGGAACTGAGACGGAGAAAACACTTTCTTCCTTCTGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TAGCCTAAGGATAGGAACTGAGACGGAGAAAACACTTTC-TCCTTCTGAC  243

seq1  TTCTAATATTTTTAATTAATATTTATGATCATTCTAGATGATGAACAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAATATTTTTAATTAATATTTATGATCATTCTAGATGATGAACAAAT  293

seq1  AGTACCATTTCTAATTTCCTTCCTATTGTTTGGGCAAACTTAGCCAAAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACCATTTCTAATTTCCTTCCTATTGTTTGGGCAAACTTAGCCAAAAG  343

seq1  TAATTTGGGGGAAGAAAGGGATTATTTGACTTACACTTCTAGGTCTGCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTGGGGGAAGAAAGGGATTATTTGACTTACACTTCTAGGTCTGCTG  393

seq1  AATGATTCTTCTCCAGAGTGGGATCAGCAGTGTGTGAGCATTACCTGGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATTCTTCTCCAGAGTGGGATCAGCAGTGTGTGAGCATTACCTGGGA  443

seq1  TCTTGGGTGACAGTAAGGATGAGAGCCACATAGAATCCTAGAGGAGCTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGGTGACAGTAAGGATGAGAGCCACATAGAATCCTAGAGGAGCTGG  493

seq1  AACAGGTGCCTTTCTGTCCTCCCTGCTGTCTGTAACCTAGCTCAGCCTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGTGCCTTTCTGTCCTCCCTGCTGTCTGTAACCTAGCTCAGCCTTC  543

seq1  CTCCTTCCAACTCCCTCTTAAGTCAGGCATCTAAGGATATAATTAAAACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTCCAACTCCCTCTTAAGTCAGGCATCTAAGGATATAATTAAAACA  593

seq1  AGTCAGGACTTAAACAAAAGCAAATCTTTAATGCGTTATCAAATAGAATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGGACTTAAACAAAAGCAAATCTTTAATGCGTTATCAAATAGAATC  643

seq1  ATTAGACATAGAAGCCTGTTTCTCATAGAGAAATAAAAAGTTTAAGGTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGACATAGAAGCCTGTTTCTCATAGAGAAATAAAAAGTTTAAGGTTG  693

seq1  AACTTTGAATAGGCTGACTACTGAACAGAAGTAGACTTCTCAGTGTCTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTGAATAGGCTGACTACTGAACAGAAGTAGACTTCTCAGTGTCTTC  743

seq1  CAGCAGGATTGCTTTTAGTTGCATAAAGTAACCTAAACTGGACTAGTCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGGATTGCTTTTAGTTGCATAAAGTAACCTAAACTGGACTAGTCCA  793

seq1  GAGTCCCCACCTCCAAAAAGAAGCTACAACAGTTTCAGGGAAGACTTAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCCCCACCTCCAAAAAGAAGCTACAACAGTTTCAGGGAAGACTTAGA  843

seq1  CATTATGTACAATTTACATAGTCTTGCATGGTTTACGTATTGAGATGTGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATGTACAATTTACATAGTCTTGCATGGTTTACGTATTGAGATGTGT  893

seq1  TGGCCTTGAATTGTGATAGAGATAGTTTCAAATCCCAGCCTTACCTACAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTTGAATTGTGATAGAGATAGTTTCAAATCCCAGCCTTACCTACAA  943

seq1  AATATCCCTATGCCAGGCATACTAGCACACTGAAGTCTGAGTGCTTGTTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATCCCTATGCCAGGCATACTAGCACACTGAAGTCTGAGTGCTTGTTT  993

seq1  ATCACATGTGTGAATGAAACTGGAATTCAAATGTTTACCTAACTGTGAAG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACATGTGTGAATGAAACTGGAATTCAAATGTTTACCTAACTGTGAAG  1043

seq1  TTCAACTGAGATGACTGTAAATTTTGACAAGAAACAGAAGATGTAACAGT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAACTGAGATGACTGTAAATTTTGACAAGAAACAGAAGATGTAACAGT  1093

seq1  CATTCAGACCCATTCAAATGACATCAATATTGAATTC  1137
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCAGACCCATTCAAATGACATCAATATTGAATTC  1130

seq1: chr14_18763785_18764916
seq2: B6Ng01-063C02.g_68_1184

seq1  GAATTCATTCACTTATTTTTAGTAAGCTAAATTACACTTAAAGATGAATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTCACTTATTTTTAGTAAGCTAAATTACACTTAAAGATGAATC  50

seq1  TTACGTTTTGATGTTCAGGATGAAGTTGCCAGTGTCCCATTGGACCTAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACGTTTTGATGTTCAGGATGAAGTTGCCAGTGTCCCATTGGACCTAGG  100

seq1  TGAAAGTTTTTCCATGCCTTTTTAAGGGTCAGGGAACATAGGACTCTTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGTTTTTCCATGCCTTTTTAAGGGTCAGGGAACATAGGACTCTTAG  150

seq1  TGGACAGGGCCAGGCTGCTTCATATCCTTGTATCATTTCCCTTGAACATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACAGGGCCAGGCTGCTTCATATCCTTGTATCATTTCCCTTGAACATT  200

seq1  TTTAAACTTTAAAATTTCTCAATGTTTCTTTCTGCCAGCAGGGTTTTTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAACTTTAAAATTTCTCAATGTTTCTTTCTGCCAGCAGGGTTTTTAT  250

seq1  AGAACTCAATTAAACTCCATTTGAATAATCAAATTTAAATATTCTTAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTCAATTAAACTCCATTTGAATAATCAAATTTAAATATTCTTAAAT  300

seq1  CTCAAATTTCTCAACTAAAAGTTTCCTATAGCATTTATCTAAATAGAATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAATTTCTCAACTAAAAGTTTCCTATAGCATTTATCTAAATAGAATA  350

seq1  TAAATGAAGTTATCAAGATCCCAGTTATGCCAGCATTGCCTTTAGGCAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGAAGTTATCAAGATCCCAGTTATGCCAGCATTGCCTTTAGGCAAG  400

seq1  TCTTTTAGTATTATTGTAAAATCAAGATGGGTCTATAAAAACGAATATAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTAGTATTATTGTAAAATCAAGATGGGTCTATAAAAACGAATATAA  450

seq1  AAAAGCCTCTACACAGTAAAGCATAATGAAAATATTCATGATGAGCTCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCCTCTACACAGTAAAGCATAATGAAAATATTCATGATGAGCTCAA  500

seq1  CCTATTTGATTCCATGCCCAAAGTTAAAACAAGAAACAACTGGCAGAGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATTTGATTCCATGCCCAAAGTTAAAACAAGAAACAACTGGCAGAGGC  550

seq1  TAGAAAAATGGCTCAGGGGTTAAAAGTACTTACTACTCTTACACAGGACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAAAATGGCTCAGGGGTTAAAAGTACTTACTACTCTTACACAGGACC  600

seq1  TATACTGAGTTCCCAGCACCACAACTGCCTTTAATGCTAATTTCTGGAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTGAGTTCCCAGCACCACAACTGCCTTTAATGCTAATTTCTGGAGA  650

seq1  CATGTACACATGTGCTACACAGAAACTCATACAAGCACATACATATAAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTACACATGTGCTACACAGAAACTCATACAAGCACATACATATAAAT  700

seq1  AAAAATAATAAAAGGAAATCATTGACCTAAACTATAACATTATCAAATTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATAATAAAAGGAAATCATTGACCTAAACTATAACATTATCAAATTC  750

seq1  CTTGAGTTTTTAAATAAAAACTGTTAACTTAATTTAATACTGGCATCTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGTTTTTAAATAAAAACTGTTAACTTAATTTAATACTGGCATCTGA  800

seq1  GACACTGTACAGTATATAAATATGGGTGAGGATGGCCTCACTTCCTGAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACTGTACAGTATATAAATATGGGTGAGGATGGCCTCACTTCCTGAGC  850

seq1  ATCCATGGGCATAGATCACGTTTTCTGAGCACATGAGGACAGAGGATACT  900
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  ATCCATGGGCATAGATCACG-TTTCTGAGCACATGAAGACAGAGGATACT  899

seq1  TAGAGACTCTGCAGTCTGTACACCTAGATGACATGAATGTGCACTGATGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGACTCTGCAGTCTGTACACCTAGATGACATGAATGTGCACTGATGC  949

seq1  TTAGCATGAGCCTTCAAGCGTCTCGTGCCTGAGGTCTCTCATGGATCCAG  1000
       |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  -TAGCATGAGCCTTC-AGCGTCTCGTGCCTGA-GTCTCTCATGGATCCAG  996

seq1  CTGGATTTCAGAAATACATAGAAATATAGTAGACAGAGATTTTTGGAGTT  1050
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CTGGATTTCAGAAATACATAG-AATATAGTAGACAGAGA-TTTTGGAGTT  1044

seq1  TATTTCCCTCTGTTAATGAG-ATAATACTTTATGCTACAGTAGCCAAGCT  1099
         ||||||||| ||||||| |||| ||||  ||||||||||||  ||||
seq2  --ATTCCCTCTG-TAATGAGAATAAAACTT--TGCTACAGTAGC--AGCT  1087

seq1  TCCTCCCAAACCTCAGTGACTTTATAAAGCAGA  1132
      |||| ||||  ||||||||| ||||||||||||
seq2  TCCTTCCAA--CTCAGTGAC-TTATAAAGCAGA  1117