BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-063E09
Chromosome14 (Build37)
Map Location 27,848,630 - 27,984,731
singlet/doubletdoublet
Overlap geneIl17rd
Upstream geneLOC100039175, LOC100039192, LOC100039213, LOC100039227, LOC100039503, LOC100039246, LOC100039257, LOC100039280, LOC100039293, LOC100039527, LOC100039538, 4933413J09Rik, Slmap, LOC100039353, LOC665279, A630054L15Rik, Arf4, E430028B21Rik, 4921531P07Rik, Dnahc7c, Asb14, Appl1, Hesx1
Downstream geneLOC665333, Arhgef3, LOC100040147, Ccdc66, LOC665370, Erc2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-063E09.bB6Ng01-063E09.g
ACCDH883417DH883418
length9301,008
definitionDH883417|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-063E09, 5' end.DH883418|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-063E09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,848,630 - 27,849,563)(27,983,734 - 27,984,731)
sequence
gaattcacgggcacatacattctccacctcgatacacacacacacacaca
cataacttaaaaacaactaatcttaggggtgcttaggggaatctcagagg
ctaagagcactggttcttcttccagaggactcaggttcagatcccagtgc
acacactgcagctaacaaccatctgtaaatatgctaggcagaaaattcca
gaaaaaaagcaatcatgcgttttaaaatctgccctgagtccattcataca
aaatagcatgccgtcttccagggaggatgtccccatagtctcgagcattt
gaatatttggtctccagtccttgttttggtgggcttaggaggcgtggcct
tgttgagggcttttgtcactggctttgagagtttaaagtctggtgctact
gggtgtctatactctctgctatacttgcaggctcaggaggtgaggggtgg
gctttctcctcccgtgttgctccttagctccaaaattatggaccccaacc
ctttggaaccataagcccaaataaactgtgtcttctatacactgccttga
tcatggtggattattatagcaataaaaagtaactaatacaggtatcctag
atggaacgttggaatcaaaaaagggtattagttgaaactgagaaagtcgt
gggtgggtgagatgtctctcttgcagtcaagcctgatacctgagttcaat
tcctgggatccatctgataaaggggagaaatgacttgctcctccatgact
gtgtagtgtagttgcctgccctgctacacacaaaataaatacatttcttt
aagtttaaaaggtcctggaaaggggctggagagatggttcatgactaaga
gcatagattgctcttccagagtcctgagttctattcccagcaattccaca
tggtggctcacgcctaaggaagggatctga
gaattcacatggacagtatttaaaaacaaaatccacaaagtggagatcta
ctgtgcctgagcctgcaccccaaggactagacctttggcctctgtgggct
gactaattgatccccacccctcagcccaggccctcagcccttcagccaag
aacatacgtttgggactcggcacagcgcagcacggggcagcatcctgaga
tcaagcatctgtgtttcatcagctgctggacaggctgcgtacagggacag
ccgggtaatcaaatcgctggagtacagacagaaggaaaagcaacaggaca
agaaagccacaaacacagcacactagcatgacagaacctggagcaggaga
acgggacccttaaaaagatccacaagaggccaagagatcaggaagaatct
tccttctcaacccagctgacctcaccagtgacaactctgagtccctctct
gctctaagcaccattattcccagtatcttctttcagagatgatgaaaccg
aggcacagcatggccctgaacctgagcaaggctacacagcagcaagtgac
agagcccacacagatgcttccagtgtgaagacttctgacatcacattctc
taccccctcatttcaatgtatgggtgtctccactggctgggatgtgcaaa
ccaccatccacagctccctacagtgctaccgaccactgtaggatttatct
gcatgtgtgccttgcaattggtctatgcacgctagcatctacatatatag
tttgctgtgtagggccacatacccaaacccacacatgctactctacgtgc
atggtctgaaggatttcaaagattatgttgacatttacaacccctgcctt
acctgttggttttgctttccacagtcaagtgtctgtatcccagagcttct
gactcaaagaaccacagtcatcagaacaaagtctcaaggtatgtgccagg
atctccatagcagaagagagttctcttgacaacagacggagcttgttatt
agacagct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_27848630_27849563
seq2: B6Ng01-063E09.b_47_976

seq1  GAATTCACGGGCACATACATTCTCCACCTCGATACACACACACACACACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACGGGCACATACATTCTCCACCTCGATACACACACACACACACA  50

seq1  CATAACTTAAAAACAACTAATCTTAGGGGTGCTTAGGGGAATCTCAGAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAACTTAAAAACAACTAATCTTAGGGGTGCTTAGGGGAATCTCAGAGG  100

seq1  CTAAGAGCACTGGTTCTTCTTCCAGAGGACTCAGGTTCAGATCCCAGTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGAGCACTGGTTCTTCTTCCAGAGGACTCAGGTTCAGATCCCAGTGC  150

seq1  ACACACTGCAGCTAACAACCATCTGTAAATATGCTAGGCAGAAAATTCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACTGCAGCTAACAACCATCTGTAAATATGCTAGGCAGAAAATTCCA  200

seq1  GAAAAAAAGCAATCATGCGTTTTAAAATCTGCCCTGAGTCCATTCATACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAAAGCAATCATGCGTTTTAAAATCTGCCCTGAGTCCATTCATACA  250

seq1  AAATAGCATGCCGTCTTCCAGGGAGGATGTCCCCATAGTCTCGAGCATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGCATGCCGTCTTCCAGGGAGGATGTCCCCATAGTCTCGAGCATTT  300

seq1  GAATATTTGGTCTCCAGTCCTTGTTTTGGTGGGCTTAGGAGGCGTGGCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATTTGGTCTCCAGTCCTTGTTTTGGTGGGCTTAGGAGGCGTGGCCT  350

seq1  TGTTGAGGGCTTTTGTCACTGGCTTTGAGAGTTTAAAGTCTGGTGCTACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGAGGGCTTTTGTCACTGGCTTTGAGAGTTTAAAGTCTGGTGCTACT  400

seq1  GGGTGTCTATACTCTCTGCTATACTTGCAGGCTCAGGAGGTGAGGGTTTG  450
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
seq2  GGGTGTCTATACTCTCTGCTATACTTGCAGGCTCAGGAGGTGAGGGGTGG  450

seq1  GCTTTCTCCTCCCGTGTTGCTCCTTAGCTCCAAAATTATGGACCCCAACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTCTCCTCCCGTGTTGCTCCTTAGCTCCAAAATTATGGACCCCAACC  500

seq1  CTTTGGAACCATAAGCCCAAATAAACTGTGTCTTCTATACACTGCCTTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGAACCATAAGCCCAAATAAACTGTGTCTTCTATACACTGCCTTGA  550

seq1  TCATGGTGGATTATTATAGCAATAAAAAGTAACTAATACAGGTATCCTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGTGGATTATTATAGCAATAAAAAGTAACTAATACAGGTATCCTAG  600

seq1  ATGGAACGTTGGAATCAAAAAAGGGTATTAGTTGAAACTGAGAAAGTCGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAACGTTGGAATCAAAAAAGGGTATTAGTTGAAACTGAGAAAGTCGT  650

seq1  GGGTGGGTGAGATGTCTCTCTTGCAGTCAAGCCTGATACCTGAGTTCAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGGGTGAGATGTCTCTCTTGCAGTCAAGCCTGATACCTGAGTTCAAT  700

seq1  TCCTGGGATCCATCTGATAAAGGGGAGAAATGACTTGCTCCTCCATGACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGGATCCATCTGATAAAGGGGAGAAATGACTTGCTCCTCCATGACT  750

seq1  GTGTAGTGTAGTTGCCTGCCCTGCTACACACAAAATAAATACATTTCTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAGTGTAGTTGCCTGCCCTGCTACACACAAAATAAATACATTTCTTT  800

seq1  AAGTTTAAAAGGTCCTGGAAA-GGGCTGGAGAGATGGCTCAGTGACTAAG  849
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||
seq2  AAGTTTAAAAGGTCCTGGAAAGGGGCTGGAGAGATGGTTCA-TGACTAAG  849

seq1  AGCATAGATTGCTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAATTCCCAGCAATTCCC  899
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||
seq2  AGCATAGATTGCTCTTCCAGA-GTCCTGAGTTCTATTCCCAGCAATT-CC  897

seq1  ACATGGTGGCTCACAGCCATATGTAAGGGATCTGA  934
      |||||||||||||| ||| || | |||||||||||
seq2  ACATGGTGGCTCAC-GCC-TAAGGAAGGGATCTGA  930

seq1: chr14_27983734_27984731
seq2: B6Ng01-063E09.g_68_1060 (reverse)

seq1  AGCTCCTGTCTGTTGTTCAAGAGAGCTCTC-TCTGCTATGGAGATCTTGG  49
      |||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| |||
seq2  AGCTCC-GTCTGTTG-TCAAGAGAACTCTCTTCTGCTATGGAGATCCTGG  48

seq1  CACATACCCTGGAGACCTTTGTTCTTGATGACTGTGGTTCTTTGGAGTCA  99
      |||||| ||| |||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||
seq2  CACATA-CCTTGAGA-CTTTGTTC-TGATGACTGTGGTTCTTT-GAGTCA  94

seq1  G-AGCTCTTGGGATACAGACACTTGACTGTGGAAAGCTAAAACCAACAGG  148
      | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GAAGCTC-TGGGATACAGACACTTGACTGTGGAAAGC-AAAACCAACAGG  142

seq1  TAAGGCAGGGGTTGTAAATGTTCAACATTAATCTTTGAAATCCTTCAGAC  198
      |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGCAGGGGTTGTAAATG-TCAACA-TAATCTTTGAAATCCTTCAGAC  190

seq1  CATGCACGTAGAGTAGCATGTGTGGGTTTGGGTATGTGGCCCTACACAGC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCACGTAGAGTAGCATGTGTGGGTTTGGGTATGTGGCCCTACACAGC  240

seq1  -AACTATATATGTAGATGCTAGCGTGCATAGACCAATTGCAAGGCACACA  297
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTATATATGTAGATGCTAGCGTGCATAGACCAATTGCAAGGCACACA  290

seq1  TGCAGATAAATCCTACAGTGGTCGGTAGCACTGTAGGGAGCTGTGGATGG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGATAAATCCTACAGTGGTCGGTAGCACTGTAGGGAGCTGTGGATGG  340

seq1  TGGTTTGCACATCCCAGCCAGTGGAGACACCCATACATTGAAATGAGGGG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTGCACATCCCAGCCAGTGGAGACACCCATACATTGAAATGAGGGG  390

seq1  GTAGAGAATGTGATGTCAGAAGTCTTCACACTGGAAGCATCTGTGTGGGC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAGAATGTGATGTCAGAAGTCTTCACACTGGAAGCATCTGTGTGGGC  440

seq1  TCTGTCACTTGCTGCTGTGTAGCCTTGCTCAGGTTCAGGGCCATGCTGTG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCACTTGCTGCTGTGTAGCCTTGCTCAGGTTCAGGGCCATGCTGTG  490

seq1  CCTCGGTTTCATCATCTCTGAAAGAAGATACTGGGAATAATGGTGCTTAG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCGGTTTCATCATCTCTGAAAGAAGATACTGGGAATAATGGTGCTTAG  540

seq1  AGCAGAGAGGGACTCAGAGTTGTCACTGGTGAGGTCAGCTGGGTTGAGAA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAGAGGGACTCAGAGTTGTCACTGGTGAGGTCAGCTGGGTTGAGAA  590

seq1  GGAAGATTCTTCCTGATCTCTTGG-CTCTTGTGGATC-TTTTAAGGGTCC  645
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||
seq2  GGAAGATTCTTCCTGATCTCTTGGCCTCTTGTGGATCTTTTTAAGGGTCC  640

seq1  CGTTCTCCTGCTCCAGGTTCTGTCATGCTAGTGTGCTGTGTTTGTGGCTT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTCTCCTGCTCCAGGTTCTGTCATGCTAGTGTGCTGTGTTTGTGGCTT  690

seq1  TCTTGTCCTGTTGCTTTTCCTTCTGTCTGTACTCCAGCGATTTGATTACC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTCCTGTTGCTTTTCCTTCTGTCTGTACTCCAGCGATTTGATTACC  740

seq1  CGGCTGTCCCTGTACGCAGCCTGTCCAGCAGCTGATGAAACACAGATGCT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCTGTCCCTGTACGCAGCCTGTCCAGCAGCTGATGAAACACAGATGCT  790

seq1  TGATCTCAGGATGCTGCCCCGTGCTGCGCTGTGCCGAGTCCCAAACGTAT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCTCAGGATGCTGCCCCGTGCTGCGCTGTGCCGAGTCCCAAACGTAT  840

seq1  GTTCTTGGCTGAAGGGCTGAGGGCCTGGGCTGAGGGGTGGGGATCAATTA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTGGCTGAAGGGCTGAGGGCCTGGGCTGAGGGGTGGGGATCAATTA  890

seq1  GTCAGCCCACAGAGGCCAAAGGTCTAGTCCTTGGGGTGCAGGCTCAGGCA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGCCCACAGAGGCCAAAGGTCTAGTCCTTGGGGTGCAGGCTCAGGCA  940

seq1  CAGTAGATCTCCACTTTGTGGATTTTGTTTTTAAATACTGTCCATGTGAA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAGATCTCCACTTTGTGGATTTTGTTTTTAAATACTGTCCATGTGAA  990

seq1  TTC  998
      |||
seq2  TTC  993