BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-066L05
Chromosome14 (Build37)
Map Location 15,438,983 - 15,605,829
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042147, Slc4a7
Upstream geneSynpr, A430083B19Rik, EG382844, LOC100042045, Gm281, Thoc7, Atxn7, Psmd6, Olfr720, LOC667125, LOC100042543, Olfr31, Il3ra, LOC627139, Olfr721-ps1, LOC667152
Downstream geneNek10, Lrrc3b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-066L05.bB6Ng01-066L05.g
ACCDH885807DH885808
length1,0601,111
definitionDH885807|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-066L05, 5' end.DH885808|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-066L05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(15,604,755 - 15,605,829)(15,438,983 - 15,440,114)
sequence
gaattcctacaaggtagtcaattgcaaccattattactattgtgagaaat
acagcaaagtcactgattgttgatcgtacctatagtagagggattacaat
gatataaaatagggttacttcctatcctttctatataattcatatctttc
tcataaaatatcactaatacatggatgagacttttaataattaacaaagt
tatataagtttatgtccatctcatccctctcatcccaaaacataagtaac
aagtcacaacatcacaactaccttccactttctcatagtactattatctg
cctcctatgggctcagatatgatatatcgacgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
tgtgtgtgtatgaatgacagggtttctttgtcctggaattagctctgtag
accagtatggccacaaaactcagagatttgtctgtgtctacctcacaggt
gctaagatgaaaggcatgtgacagcatgcctggccaatattattttttac
taaaaggaatttcttttaactatttagcataaagcactagctttaaataa
taaattcttgctttgaaataaaccaagtaaatgaaaacaaaagtattacc
aaaattcaatccagttaccttggtaggaaaatatctcttggtcttaaact
gcttgaggaatgaagacagaaagaacgtcgtgaaaaacaagacgacacac
cagaagagcacgtcaggaacataaggtccatgaggcccacaagctgatcc
cacaaacataccatggaaggtcttacactcctgaatgggcaggagaggga
aggagatgaagacttttcaagtattcaatcatcccactcatgcacatggt
tgaattaagatgtcaatgtcctgctttacctagagagcttccattaggta
actatacatcatcatttagagatattatacattcctatcaatcactctta
gaacatttcaccactttttcttcttttgaccactgtttcctttgagaagc
tctggaacatttcccctgctccctgtagccacactgcagaattgatggga
cgttttaaaa
gaattcatgctgaaaactcacgagggctgccagaagaaaagcacaaatgt
gcatgagcacagaggacgtttgtccttctgactgtggtcaaagtgatgtg
atcagtcaccttgccaggactcatcaggctaataactaagggctatgcat
ttgcctttgtgccatctgaacttcaataaagacataagcagaaaaactaa
aatgacttgtcatggccataagaaggaaatatatgaccatttcaacttgc
tcttatctccttaatatggtccatattaaaattaatttatcttgtggaca
ttccagctgccactcttaaagctgaaagtacactttctaaaaccaggcac
aaaggtccacagttcacctctgtgctttctggagctgatcttttcttttt
ctatttttttctgggttgtttgtttgtttgttttagatagggactcacga
tgtagccgtggctgtgctacaattcactctgtagaccaggctagccacaa
acaaggagatcccctgaatgcctctgcctcttgagtgctgagactaaagg
agtataccactatacctggctgatcttgacatttttttaaaaagaattat
tttatataatacatacacacacacacatatatatacatacatatacatga
atatatatatgaatacactgtagctgtcttcagaaacaccagaaaagggc
atcggatacccgctacagatggttgtgagccaccatgtggttgctgggaa
ttgaactcagacctctggaagatgagtcagtgctcttaactgctgagtca
tctctccagtccttgatcgtgactaaatcctaaatatggtagctttcttt
cttcagacctaacctgtttcacttgctagtcaatcctactaccaaaagcc
acaggcccaaccttggtttctatttcaataaaaccaatgatttcaagact
gctgggcttaagactgcctcatcattgattttgagttactaaggcactat
tgttcttttcagtagaagtcagaggcaaactgtagccttcctaggctaca
gaatcatcatggccatttgatgtcaccatttgccaagtgactgatacgat
cttcagtaaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_15604755_15605829
seq2: B6Ng01-066L05.b_43_1102 (reverse)

seq1  TTTTAAAACGTCCATTCAAATACTGCAGTAGTGGCTTACAGGGATGCAGA  50
      |||||||||||||  || ||| ||||||| ||||| |||||||| |||| 
seq2  TTTTAAAACGTCCCATC-AATTCTGCAGT-GTGGC-TACAGGGA-GCAGG  46

seq1  GGAAATGTTTCATGAGCCTTCTCTAAAGGGAACATGTGGTCAAAAGAAAG  100
      ||||||||| || ||| |||||| ||||| |||| |||||||||||||  
seq2  GGAAATGTTCCA-GAG-CTTCTC-AAAGGAAACA-GTGGTCAAAAGAA--  90

seq1  GAGAAAGTTGGTGAAATGTTCTATGAGTGATTTTGATAGGAATGTTATAA  150
      || |||| ||||||||||||||| ||||||  |||||||||||| |||||
seq2  GAAAAAG-TGGTGAAATGTTCTAAGAGTGA--TTGATAGGAATG-TATAA  136

seq1  TATCTCTAAATGATGATGTATAGTTAGCCTAATGGAAGCTCTCTAGGTAA  200
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTCTAAATGATGATGTATAGTTA-CCTAATGGAAGCTCTCTAGGTAA  185

seq1  AGCAGGACATTGACATCTTAAATTCAACCATGTGCATGAGTTGGATGATT  250
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AGCAGGACATTGACATCTT-AATTCAACCATGTGCATGAGTGGGATGATT  234

seq1  GAATACTTG-AAAGTCTTCATCTCCTTCCCTCTCCTGCCCATTCAGGAGT  299
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATACTTGAAAAGTCTTCATCTCCTTCCCTCTCCTGCCCATTCAGGAGT  284

seq1  GTAAGACCTTCCATGGTATGTTTGTGGGATCAGCTTGTGGGCCTCATGGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGACCTTCCATGGTATGTTTGTGGGATCAGCTTGTGGGCCTCATGGA  334

seq1  CCTTATGTTCCTGACGTGCTCTTCTGGTGTGTCGTCTTGTTTTTCACGAC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTATGTTCCTGACGTGCTCTTCTGGTGTGTCGTCTTGTTTTTCACGAC  384

seq1  GTTCTTTCTGTCTTCATTCCTCAAGCAGTTTAAGACCAAGAGATATTTTC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTTCTGTCTTCATTCCTCAAGCAGTTTAAGACCAAGAGATATTTTC  434

seq1  CTACCAAGGTAACTGGATTGAATTTTGGTAATACTTTTGTTTTCATTTAC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCAAGGTAACTGGATTGAATTTTGGTAATACTTTTGTTTTCATTTAC  484

seq1  TTGGTTTATTTCAAAGCAAGAATTTATTATTTAAAGCTAGTGCTTTATGC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTTATTTCAAAGCAAGAATTTATTATTTAAAGCTAGTGCTTTATGC  534

seq1  TAAATAGTTAAAAGAAATTCCTTTTAGTAAAAAATAATATTGGCCAGGCA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAGTTAAAAGAAATTCCTTTTAGTAAAAAATAATATTGGCCAGGCA  584

seq1  TGCTGTCACATGCCTTTCATCTTAGCACCTGTGAGGTAGACACAGACAAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTCACATGCCTTTCATCTTAGCACCTGTGAGGTAGACACAGACAAA  634

seq1  TCTCTGAGTTTTGTGGCCATACTGGTCTACAGAGCTAATTCCAGGACAAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGAGTTTTGTGGCCATACTGGTCTACAGAGCTAATTCCAGGACAAA  684

seq1  GAAACCCTGTCATTCATACACACACACACACACACACACACACACGTCGA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCCTGTCATTCATACACACACACACACACACACACACACACGTCGA  734

seq1  TATATCATATCTGAGCCCATAGGAGGCAGATAATAGTACTATGAGAAAGT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATCATATCTGAGCCCATAGGAGGCAGATAATAGTACTATGAGAAAGT  784

seq1  GGAAGGTAGTTGTGATGTTGTGACTTGTTACTTATGTTTTGGGATGAGAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGTAGTTGTGATGTTGTGACTTGTTACTTATGTTTTGGGATGAGAG  834

seq1  GGATGAGATGGACATAAACTTATATAACTTTGTTAATTATTAAAAGTCTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGAGATGGACATAAACTTATATAACTTTGTTAATTATTAAAAGTCTC  884

seq1  ATCCATGTATTAGTGATATTTTATGAGAAAGATATGAATTATATAGAAAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATGTATTAGTGATATTTTATGAGAAAGATATGAATTATATAGAAAG  934

seq1  GATAGGAAGTAACCCTATTTTATATCATTGTAATCCCTCTACTATAGGTA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGGAAGTAACCCTATTTTATATCATTGTAATCCCTCTACTATAGGTA  984

seq1  CGATCAACAATCAGTGACTTTGCTGTATTTCTCACAATAGTAATAATGGT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATCAACAATCAGTGACTTTGCTGTATTTCTCACAATAGTAATAATGGT  1034

seq1  TGCAATTGACTACCTTGTAGGAATTC  1075
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAATTGACTACCTTGTAGGAATTC  1060

seq1: chr14_15438983_15440114
seq2: B6Ng01-066L05.g_67_1177

seq1  GAATTCATGCTGAAAACTCACGAGGGCTGCCAGAAGAAAAGCACAAATGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGCTGAAAACTCACGAGGGCTGCCAGAAGAAAAGCACAAATGT  50

seq1  GCATGAGCACAGAGGACGTTTGTCCTTCTGACTGTGGTCAAAGTGATGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGAGCACAGAGGACGTTTGTCCTTCTGACTGTGGTCAAAGTGATGTG  100

seq1  ATCAGTCACCTTGCCAGGACTCATCAGGCTAATAACTAAGGGCTATGCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGTCACCTTGCCAGGACTCATCAGGCTAATAACTAAGGGCTATGCAT  150

seq1  TTGCCTTTGTGCCATCTGAACTTCAATAAAGACATAAGCAGAAAAACTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTTTGTGCCATCTGAACTTCAATAAAGACATAAGCAGAAAAACTAA  200

seq1  AATGACTTGTCATGGCCATAAGAAGGAAATATATGACCATTTCAACTTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACTTGTCATGGCCATAAGAAGGAAATATATGACCATTTCAACTTGC  250

seq1  TCTTATCTCCTTAATATGGTCCATATTAAAATTAATTTATCTTGTGGACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATCTCCTTAATATGGTCCATATTAAAATTAATTTATCTTGTGGACA  300

seq1  TTCCAGCTGCCACTCTTAAAGCTGAAAGTACACTTTCTAAAACCAGGCAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGCTGCCACTCTTAAAGCTGAAAGTACACTTTCTAAAACCAGGCAC  350

seq1  AAAGGTCCACAGTTCACCTCTGTGCTTTCTGGAGCTGATCTTTTCTTTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTCCACAGTTCACCTCTGTGCTTTCTGGAGCTGATCTTTTCTTTTT  400

seq1  CTATTTTTTTCTGGGTTGTTTGTTTGTTTGTTTTAGATAGGGACTCACGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTTTTTCTGGGTTGTTTGTTTGTTTGTTTTAGATAGGGACTCACGA  450

seq1  TGTAGCCGTGGCTGTGCTACAATTCACTCTGTAGACCAGGCTAGCCACAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGCCGTGGCTGTGCTACAATTCACTCTGTAGACCAGGCTAGCCACAA  500

seq1  ACAAGGAGATCCCCTGAATGCCTCTGCCTCTTGAGTGCTGAGACTAAAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGAGATCCCCTGAATGCCTCTGCCTCTTGAGTGCTGAGACTAAAGG  550

seq1  AGTATACCACTATACCTGGCTGATCTTGACATTTTTTTAAAAAGAATTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATACCACTATACCTGGCTGATCTTGACATTTTTTTAAAAAGAATTAT  600

seq1  TTTATATAATACATACACACACACACATATATATACATACATATACATGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATATAATACATACACACACACACATATATATACATACATATACATGA  650

seq1  ATATATATATGAATACACTGTAGCTGTCTTCAGAAACACCAGAAAAGGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATATGAATACACTGTAGCTGTCTTCAGAAACACCAGAAAAGGGC  700

seq1  ATCGGATACCCGCTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGGATACCCGCTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGAA  750

seq1  TTGAACTCAGACCTCTGGAAGATGAGTCAGTGCTCTTAACTGCTGAGTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAACTCAGACCTCTGGAAGATGAGTCAGTGCTCTTAACTGCTGAGTCA  800

seq1  TCTCTCCAGTCCTTGATCGTGACTAAATCCTAAATATGGTAGCTTTCTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCCAGTCCTTGATCGTGACTAAATCCTAAATATGGTAGCTTTCTTT  850

seq1  CTTCAGACCTAACCTGTTTTCACTTGCTAGTCAATCCTACTACCAAAAGC  900
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGACCTAACCTG-TTTCACTTGCTAGTCAATCCTACTACCAAAAGC  899

seq1  CACAGGCCCAACCTTGGTTTCTATTTCAATAAAACCAATGATTTCAAGAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGCCCAACCTTGGTTTCTATTTCAATAAAACCAATGATTTCAAGAC  949

seq1  TGCTGGGCTTAAGGACTGCCTCATCAATTGAATTTTGAGTTACTAAGGGC  1000
      |||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||
seq2  TGCTGGGCTTAA-GACTGCCTCATC-ATTG-ATTTTGAGTTACTAA-GGC  995

seq1  ACTATTGTTCTCTTTCAGGTAGAAGTCAGAGGGCAAACTGTAGCCTTCCT  1050
      ||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ACTATTGTTCT-TTTCA-GTAGAAGTCAGA-GGCAAACTGTAGCCTTCCT  1042

seq1  AGGGCTACAGGAATCAATCCATTGGCCATTTGATGTCACCATTTTGTCTC  1100
      | ||||||| ||||| |||   |||||||||||||||||||||   |  |
seq2  A-GGCTACA-GAATC-ATC--ATGGCCATTTGATGTCACCATT---TGCC  1084

seq1  AAGTTGACTGATACTGTATCTTCTAAGTAAAC  1132
      ||| ||||||||||   ||||||  |||||||
seq2  AAG-TGACTGATAC--GATCTTC--AGTAAAC  1111