BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-077E20
Chromosome14 (Build37)
Map Location 68,413,628 - 68,536,719
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDock5
Upstream geneLOC668366, Dpysl2, EG432870, Pnma2, LOC672614, Bnip3l, Ppp2r2a, Ebf2, EG628416, LOC100043046, LOC100043056, Cdca2, Kctd9, Gnrh1
Downstream geneNefl, Nefm, LOC100043072, Adam7, Adamdec1, Adam28, LOC641033, LOC100043082
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-077E20.bB6Ng01-077E20.g
ACCDH893314DH893315
length1,120904
definitionDH893314|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-077E20, 5' end.DH893315|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-077E20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(68,413,628 - 68,414,763)(68,535,830 - 68,536,719)
sequence
gaattcttacttagactctatcaggttggaggaagcatctactgtgctaa
tgaagccctctgtgcacagccatccccactgtggtggctgtaagggagct
ttgaacccttgctccagttacctgtcattaaatgtaagaaatcttcagat
ggatctagctgtgctcaggcaatgaagcaggaggatcatgactttgagga
tgacaagaattgtctcaaaacacacacacacacacacacacacacacaca
cacacacacacacacacacacacttatgtgcatatacatatgcacacatg
cacactcacacacatcaacacaaatgcgcacacacatacatctaagcata
cacacacacactcttcagtgttgtcaaagacccaaagcacacaacttaca
atgatgtcctgcctggttttgaaggtgctgatgtagtggctgtagtggct
gtcctccatttgtcgtaagacggcaatcatgcaagccacaaagctgccct
gcaaggagagaagcagagtgaaggttccttagagaaactgctaggagact
ttgggcatcatggagttggggctttctacccatcgagctctatctataag
gacacttggaactagaaacactgcttccgaaggtccgatggcatatgctt
tgcagttctgcttccagcacctcctagtgtgacttaggagacctggagtc
taaggtaccccatcaatagctacaatgtttggaaccgtgtaggtctagaa
cagtggttttcaaccttcctaatgcttcgagcccttaatacaattcttca
tgtcgtggtgacccacaaccataaaattatttttcattgctacttcataa
ctatacttttgccactgttacgaatcataatggaaatatctgatctgtag
atggtcttaggtaaccccgtggaaggcatttaaatcccagagggctgtga
cccatatgatgagaaacagtagctaggtgcattaaagatctcactagtta
ccagtaagtaaactagtttgtgggttctgagtcctggttggtaaaactga
aagacaaatgatcaaatctgaagtgaaggtgggtaagagcaaaataaaaa
aagtctgggcggtgggtggt
gaattcaaaagtaattgtccacaattggttgctaaggggacaggagatca
ggtttcagcaatagaagggaaggctgcattgctattttatgtttttattt
ggtgtgcatgtatgtatgtttttatgtgtgcatgtggacataagagggca
acttggctctctctgtccaccatgcgggtcccagggacaaaactcaggta
atcaggcttgatggtaagcaggtttaccctctgagccccagaaggttcat
agaatctctgtgcacctcttaaagtctgtatgttatccttggattacaaa
ttaaaacagataaattgaacagccctgctattattaatggcatttgtgac
ccaaggaagccactgcagtcacctctgccttggagagccaacagccaaaa
ggtgtttggaggtttgccccgaaccacacaggatgttttaggtgggtttg
gtgtgaaggctttctgtgttctcttccaatgctgacttgaacattctagc
aaagttgtaacttgataaattatatataaccatcaagcattccaggaact
ctccgtgcacagcactcccttccactcagctgatggcttatgtgcgctcc
agctcttcacggtaatcaaaagagaaagagcccggattttcgctacagat
gacggaaaaaaatggaattttgcaaatgttattctcatctatttaggatc
ctaaaatgtaaaacttacagtcaccatctcatttaattttaattttaatt
ttgttgggctgtttcaaagcttctaagtagctatttcatggtggatgaag
cactattcttgggggtttcactccttctccattgaaaggcaatttaaatc
tgacataattacctttattttggctttacattaaaataagcatcaacaat
gaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_68413628_68414763
seq2: B6Ng01-077E20.b_44_1163

seq1  GAATTCTTACTTAGACTCTATCAGGTTGGAGGAAGCATCTACTGTGCTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTACTTAGACTCTATCAGGTTGGAGGAAGCATCTACTGTGCTAA  50

seq1  TGAAGCCCTCTGTGCACAGCCATCCCCACTGTGGTGGCTGTAAGGGAGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCCCTCTGTGCACAGCCATCCCCACTGTGGTGGCTGTAAGGGAGCT  100

seq1  TTGAACCCTTGCTCCAGTTACCTGTCATTAAATGTAAGAAATCTTCAGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAACCCTTGCTCCAGTTACCTGTCATTAAATGTAAGAAATCTTCAGAT  150

seq1  GGATCTAGCTGTGCTCAGGCAATGAAGCAGGAGGATCATGACTTTGAGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCTAGCTGTGCTCAGGCAATGAAGCAGGAGGATCATGACTTTGAGGA  200

seq1  TGACAAGAATTGTCTCAAAACACACACACACACACACACACACACACACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAAGAATTGTCTCAAAACACACACACACACACACACACACACACACA  250

seq1  CACACACACACACACACACACACTTATGTGCATATACATATGCACACATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACTTATGTGCATATACATATGCACACATG  300

seq1  CACACTCACACACATCAACACAAATGCGCACACACATACATCTAAGCATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTCACACACATCAACACAAATGCGCACACACATACATCTAAGCATA  350

seq1  CACACACACACTCTTCAGTGTTGTCAAAGACCCAAAGCACACAACTTACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACTCTTCAGTGTTGTCAAAGACCCAAAGCACACAACTTACA  400

seq1  ATGATGTCCTGCCTGGTTTTGAAGGTGCTGATGTAGTGGCTGTAGTGGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGTCCTGCCTGGTTTTGAAGGTGCTGATGTAGTGGCTGTAGTGGCT  450

seq1  GTCCTCCATTTGTCGTAAGACGGCAATCATGCAAGCCACAAAGCTGCCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTCCATTTGTCGTAAGACGGCAATCATGCAAGCCACAAAGCTGCCCT  500

seq1  GCAAGGAGAGAAGCAGAGTGAAGGTTCCTTAGAGAAACTGCTAGGAGACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGGAGAGAAGCAGAGTGAAGGTTCCTTAGAGAAACTGCTAGGAGACT  550

seq1  TTGGGCATCATGGAGTTGGGGCTTTCTACCCATCGAGCTCTATCTATAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGCATCATGGAGTTGGGGCTTTCTACCCATCGAGCTCTATCTATAAG  600

seq1  GACACTTGGAACTAGAAACACTGCTTCCGAAGGTCCGATGGCATATGCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACTTGGAACTAGAAACACTGCTTCCGAAGGTCCGATGGCATATGCTT  650

seq1  TGCAGTTCTGCTTCCAGCACCTCCTAGTGTGACTTAGGAGACCTGGAGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGTTCTGCTTCCAGCACCTCCTAGTGTGACTTAGGAGACCTGGAGTC  700

seq1  TAAGGTACCCCATCAATAGCTACAATGTTTGGAACCGTGTAGGTCTAGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGTACCCCATCAATAGCTACAATGTTTGGAACCGTGTAGGTCTAGAA  750

seq1  CAGTGGTTTTCAACCTTCCTAATGCTTCGAGCCCTTAATACAATTCTTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGTTTTCAACCTTCCTAATGCTTCGAGCCCTTAATACAATTCTTCA  800

seq1  TGTCGTGGTGACCCACAACCATAAAATTA-TTTTCATTGCTACTTCATAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TGTCGTGGTGACCCACAACCATAAAATTATTTTTCATTGCTACTTCATAA  850

seq1  CTATACTTTTGCCACTGTTACGAATCATAATGGAAATATCTGATCTGTAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATACTTTTGCCACTGTTACGAATCATAATGGAAATATCTGATCTGTAG  900

seq1  ATGGTCTTAGGTAACCCCCGTGGAAGGGCATTTAAATCCCAGAGGGGCTG  949
      |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
seq2  ATGGTCTTAGGTAA-CCCCGTGGAA-GGCATTTAAATCCCAGA-GGGCTG  947

seq1  TGACCCATATGATGAGAAACAGTAGGCTAGGTGCATTAAAGATCTCAACT  999
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||
seq2  TGACCCATATGATGAGAAACAGTA-GCTAGGTGCATTAAAGATCTC-ACT  995

seq1  AGGTTACCAGTTAAGGTAAACTAGTTTGTGGGTTCTGAGTTCCTGGTTGG  1049
      | |||||||||  | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  A-GTTACCAGT--AAGTAAACTAGTTTGTGGGTTCTGAG-TCCTGGTTGG  1041

seq1  GTAAAAACTGAAAAGACAAATGAATCAAATCTGAAGGTTGGAAGGTGGGG  1099
         ||||||| ||||||||||| |||||||||||||    |||||| |||
seq2  --TAAAACTG-AAAGACAAATG-ATCAAATCTGAAG---TGAAGGT-GGG  1083

seq1  GAAGAGCAAAAATAAAAGAGAGCCGGGCGGT-GGTGGT  1136
       |||||| ||||||||| |   | ||||||| ||||||
seq2  TAAGAGC-AAAATAAAAAAAGTCTGGGCGGTGGGTGGT  1120

seq1: chr14_68535830_68536719
seq2: B6Ng01-077E20.g_69_972 (reverse)

seq1  TTTCATTGTTGATGCTTTATTTTATGTAATG-CAAAAT-AAGGTAATTAT  48
      |||||||||||||||||  ||| |||||| | |||||| |||||||||||
seq2  TTTCATTGTTGATGCTTATTTTAATGTAAAGCCAAAATAAAGGTAATTAT  50

seq1  GTCAGATTT-AATTGCCTTTCAATGGAG-AGGAGTGAAA-CCCCAAGAAT  95
      ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||
seq2  GTCAGATTTAAATTGCCTTTCAATGGAGAAGGAGTGAAACCCCCAAGAAT  100

seq1  AGTGCTTCATCCACCATGAAATAGCTACTTAG-AGCTTTGAAACAG-CCA  143
      |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||
seq2  AGTGCTTCATCCACCATGAAATAGCTACTTAGAAGCTTTGAAACAGCCCA  150

seq1  AC-AAATTAAAATTAAAATT-AATGAGAT-GTGACTGTAAGTTTTACATT  190
      || ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAATTAAAATTAAAATTAAATGAGATGGTGACTGTAAGTTTTACATT  200

seq1  TTAGGATCCTAAATAGATGAGAATAACA-TTGC-AAATTCCA-TTTTTTC  237
      |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||
seq2  TTAGGATCCTAAATAGATGAGAATAACATTTGCAAAATTCCATTTTTTTC  250

seq1  CGTCATCTGTAGCG-AAATCCGGGCTCTTTCTCTTTTGATTACCGTGAAG  286
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCATCTGTAGCGAAAATCCGGGCTCTTTCTCTTTTGATTACCGTGAAG  300

seq1  AGCTGGAGCGCACATAAGCCATCAGCTGAGTGGAAGGGAGTGCTGTGCAC  336
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGAGCGCACATAAGCCATCAGCTGAGTGGAAGGGAGTGCTGTGCAC  350

seq1  GGAGAGTTCCTGGAATGCTTGATGGTTATATATAATTTATCAAGTTACAA  386
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGTTCCTGGAATGCTTGATGGTTATATATAATTTATCAAGTTACAA  400

seq1  CTTTGCTAGAATGTTCAAGTCAGCATTGGAAGAGAACACAGAAAGCCTTC  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCTAGAATGTTCAAGTCAGCATTGGAAGAGAACACAGAAAGCCTTC  450

seq1  ACACCAAACCCACCTAAAACATCCTGTGTGGTTCGGGGCAAACCTCCAAA  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCAAACCCACCTAAAACATCCTGTGTGGTTCGGGGCAAACCTCCAAA  500

seq1  CACCTTTTGGCTGTTGGCTCTCCAAGGCAGAGGTGACTGCAGTGGCTTCC  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTTTTGGCTGTTGGCTCTCCAAGGCAGAGGTGACTGCAGTGGCTTCC  550

seq1  TTGGGTCACAAATGCCATTAATAATAGCAGGGCTGTTCAATTTATCTGTT  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTCACAAATGCCATTAATAATAGCAGGGCTGTTCAATTTATCTGTT  600

seq1  TTAATTTGTAATCCAAGGATAACATACAGACTTTAAGAGGTGCACAGAGA  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTTGTAATCCAAGGATAACATACAGACTTTAAGAGGTGCACAGAGA  650

seq1  TTCTATGAACCTTCTGGGGCTCAGAGGGTAAACCTGCTTACCATCAAGCC  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATGAACCTTCTGGGGCTCAGAGGGTAAACCTGCTTACCATCAAGCC  700

seq1  TGATTACCTGAGTTTTGTCCCTGGGACCCGCATGGTGGACAGAGAGAGCC  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTACCTGAGTTTTGTCCCTGGGACCCGCATGGTGGACAGAGAGAGCC  750

seq1  AAGTTGCCCTCTTATGTCCACATGCACACATAAAAACATACATACATGCA  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTGCCCTCTTATGTCCACATGCACACATAAAAACATACATACATGCA  800

seq1  CACCAAATAAAAACATAAAATAGCAATGCAGCCTTCCCTTCTATTGCTGA  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAAATAAAAACATAAAATAGCAATGCAGCCTTCCCTTCTATTGCTGA  850

seq1  AACCTGATCTCCTGTCCCCTTAGCAACCAATTGTGGACAATTACTTTTGA  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTGATCTCCTGTCCCCTTAGCAACCAATTGTGGACAATTACTTTTGA  900

seq1  ATTC  890
      ||||
seq2  ATTC  904