BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-082J03
Chromosome14 (Build37)
Map Location 13,330,780 - 13,502,299
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCadps
Upstream geneLOC100041996, Ptprg, LOC100042441, 3830406C13Rik, EG667072, Fezf2
Downstream geneEG432822, LOC100042022, LOC100042026, EG328354, Synpr
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-082J03.bB6Ng01-082J03.g
ACCDH897088DH897089
length1,1421,090
definitionDH897088|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-082J03, 5' end.DH897089|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-082J03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(13,501,138 - 13,502,299)(13,330,780 - 13,331,882)
sequence
gaattccaagactggtggacccatctgcttgtaaggacacccataacctt
gttaccatagaaattacaacatgattggaggacatgggggaggggaatca
catatgatgagacagaaatccaaagggagagtcaaatatttaaactctcc
tttttacaacaaccaactctagcagaaattaacacaggaccctgcaagaa
ctgtattaataccttccaagcgtggcacccacataactaattaccataca
ctatgggttccaccaccttctcaccctgacatcctgggaactaagcttgc
aacatacgagcctctgaagaacacagtccacctctatccccaacatggtg
tcctaacagtctaggtatggatgcacacattgaaatgacataccagggtt
tacagtccattatttttcttaatctagaagtaggacataaatgtgaattt
acatagcagaaatccacatgctctgctatattttaagtaactgagcagaa
tgtattggcatttcatttttaaattccttctgtaccttccaaatgcattt
ttgctgtgtcgtgtgattttgtcagtatgggctgtgctgccctaatttac
ctgcaaacctgcggtggaatgcaacattgtgcaatgcttagtttcccccc
cccccaaaaaaatgtattttagatttacttatttttattttatgtacatg
ggtattttaccttcacttatggctgttcaccacattcatgcaacaccaac
agaagccagaagagggcatgctatctcctagacctagagttacacatggt
tgcaagccatcatgtggtagctggagaatgcaacctgggtcctcttcagg
aatagcaagtgctttttttttttaagatttatttatttattttatatatg
aatacaactatagtgtcttcagacacaccagaagaggggtgccagatccc
attacagatgggttgtgagtcaccatgtggtgctgggatgaactcaggac
ctctggagacagtcagtgctctactgctgagcatctctcagcccagcagg
gcttacggctgagaaatctctcagaccagaaaaaaaggagtttattcttt
tttttttcctggcagggataggcagacttctagagagtgacc
gaattcaccagaagaggaaagagcgcctgctccacagctctgcatacaac
aagctttcagcctccaatcagtaccaacaaggggtaaaactcccgctgaa
gaaggaatatacttcatctccaaatgcaaatgtccacatatgctggtaca
ggcactgtaaacacgatataatctttctctccaaatggatgcatgcctgc
agaccgcattatggatccatgaaaatgtccttaaacaagcatgataactg
aatcttacttgctactaaattgttccagcctagaaacatgagcatttaaa
ggaacagagcaggacagagtgtgtttggcattccttgcaaggctccctaa
ataggacaattacatcagatactctgataaattttgacttaaaaatatat
ttgtaatatctggcactcttcatttttataatttttagatgttaccccaa
aatttgattggattgtggagtattttcctttgtttcttttgggcagttaa
tagatataaattcaagatagcctcaaaccaccagcagtctctaaaagcag
ccactcctgtccccctgcttgctccctggatggctttttataatcctagc
ttaattataatttataattaggcccctcatatcccatagcctctgcttac
ttatgaaagccagccttaccccttcccactccttccctcccagctcatgc
ccttttctaattatgccctgatgccctggggctcagatatgctgctaaaa
caaatatataaaaatgtttgtgtcacaaatggcaaaacaggaagaaaaac
aagtagtttctacacaattacaagtgggcattgtaacttcttaggtggct
aataggcaatttcaaaagagtagtattgaagagggcactattccaagggg
ctcttttatgacttgcttgcagcctgtctcatctgaagttatgactcaac
atatagaagctattttagcatgggagtgtgaaaagctttccccactgacc
gtcaccaggaatatagatgctatagaatgtcgcaatagtaggaagctcac
attggatctgggtgttgatgagcaagaactcaaagatgat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_13501138_13502299
seq2: B6Ng01-082J03.b_46_1187 (reverse)

seq1  GGTCA-TCTCTATGAAGTCTTGCTTAATCCCTGGCATGAAAAAAAAAAAA  49
      ||||| |||||| |||||||  ||  ||||||| || |  ||||||||||
seq2  GGTCACTCTCTA-GAAGTCTGCCT--ATCCCTGCCAGG--AAAAAAAAAA  45

seq1  GAATTAAAACT-CTTTTTTTCTGGGTCTGGAGAGATTTCTCAGCGGTTAA  98
      ||||  ||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||   
seq2  GAAT--AAACTCCTTTTTTTCT-GGTCT-GAGAGATTTCTCAGCCGT---  88

seq1  AAGCACTTGCTGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGCAGTTAAGAGCACTGACT  148
      |||| | |||| ||||| ||||||| ||||||||||  ||||||||||||
seq2  AAGC-CCTGCT-GGGCT-GAGAGAT-GCTCAGCAGT--AGAGCACTGACT  132

seq1  GTTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAATTCCCAGCAACCACATGGTGACTCA  198
      ||   |||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||
seq2  GT--CTCCAGAGGTCCTGAGTTCA--TCCCAGC-ACCACATGGTGACTCA  177

seq1  CAA-CCATCTGTAATGGGATCTGGCA-CCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGA  246
      ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCCATCTGTAATGGGATCTGGCACCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGA  227

seq1  CAACTATAGTTGTATTCATATATAAAATAAATAAATAAATCTTAAAAAAA  296
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  C-ACTATAGTTGTATTCATATATAAAATAAATAAATAAATCTTAAAAAAA  276

seq1  AAAAGCACTTGCTATTCCTGAAGAGGACCCAGGTTGCATTCTCCAGCTAC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCACTTGCTATTCCTGAAGAGGACCCAGGTTGCATTCTCCAGCTAC  326

seq1  CACATGATGGCTTGCAACCATGTGTAACTCTAGGTCTAGGAGATAGCATG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGATGGCTTGCAACCATGTGTAACTCTAGGTCTAGGAGATAGCATG  376

seq1  CCCTCTTCTGGCTTCTGTTGGTGTTGCATGAATGTGGTGAACAGCCATAA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTTCTGGCTTCTGTTGGTGTTGCATGAATGTGGTGAACAGCCATAA  426

seq1  GTGAAGGTAAAATACCCATGTACATAAAATAAAAATAAGTAAATCTAAAA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAGGTAAAATACCCATGTACATAAAATAAAAATAAGTAAATCTAAAA  476

seq1  TACATTTTTTTGGGGGGGGGGGAAACTAAGCATTGCACAATGTTGCATTC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTTTTTTGGGGGGGGGGGAAACTAAGCATTGCACAATGTTGCATTC  526

seq1  CACCGCAGGTTTGCAGGTAAATTAGGGCAGCACAGCCCATACTGACAAAA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCGCAGGTTTGCAGGTAAATTAGGGCAGCACAGCCCATACTGACAAAA  576

seq1  TCACACGACACAGCAAAAATGCATTTGGAAGGTACAGAAGGAATTTAAAA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACGACACAGCAAAAATGCATTTGGAAGGTACAGAAGGAATTTAAAA  626

seq1  ATGAAATGCCAATACATTCTGCTCAGTTACTTAAAATATAGCAGAGCATG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAATGCCAATACATTCTGCTCAGTTACTTAAAATATAGCAGAGCATG  676

seq1  TGGATTTCTGCTATGTAAATTCACATTTATGTCCTACTTCTAGATTAAGA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTTCTGCTATGTAAATTCACATTTATGTCCTACTTCTAGATTAAGA  726

seq1  AAAATAATGGACTGTAAACCCTGGTATGTCATTTCAATGTGTGCATCCAT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAATGGACTGTAAACCCTGGTATGTCATTTCAATGTGTGCATCCAT  776

seq1  ACCTAGACTGTTAGGACACCATGTTGGGGATAGAGGTGGACTGTGTTCTT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAGACTGTTAGGACACCATGTTGGGGATAGAGGTGGACTGTGTTCTT  826

seq1  CAGAGGCTCGTATGTTGCAAGCTTAGTTCCCAGGATGTCAGGGTGAGAAG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGCTCGTATGTTGCAAGCTTAGTTCCCAGGATGTCAGGGTGAGAAG  876

seq1  GTGGTGGAACCCATAGTGTATGGTAATTAGTTATGTGGGTGCCACGCTTG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGGAACCCATAGTGTATGGTAATTAGTTATGTGGGTGCCACGCTTG  926

seq1  GAAGGTATTAATACAGTTCTTGCAGGGTCCTGTGTTAATTTCTGCTAGAG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTATTAATACAGTTCTTGCAGGGTCCTGTGTTAATTTCTGCTAGAG  976

seq1  TTGGTTGTTGTAAAAAGGAGAGTTTAAATATTTGACTCTCCCTTTGGATT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTGTTGTAAAAAGGAGAGTTTAAATATTTGACTCTCCCTTTGGATT  1026

seq1  TCTGTCTCATCATATGTGATTCCCCTCCCCCATGTCCTCCAATCATGTTG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTCATCATATGTGATTCCCCTCCCCCATGTCCTCCAATCATGTTG  1076

seq1  TAATTTCTATGGTAACAAGGTTATGGGTGTCCTTACAAGCAGATGGGTCC  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTCTATGGTAACAAGGTTATGGGTGTCCTTACAAGCAGATGGGTCC  1126

seq1  ACCAGTCTTGGAATTC  1162
      ||||||||||||||||
seq2  ACCAGTCTTGGAATTC  1142

seq1: chr14_13330780_13331882
seq2: B6Ng01-082J03.g_67_1156

seq1  GAATTCACCAGAAGAGGAAAGAGCGCCTGCTCCACAGCTCTGCATACAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCAGAAGAGGAAAGAGCGCCTGCTCCACAGCTCTGCATACAAC  50

seq1  AAGCTTTCAGCCTCCAATCAGTACCAACAAGGGGTAAAACTCCCGCTGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTTCAGCCTCCAATCAGTACCAACAAGGGGTAAAACTCCCGCTGAA  100

seq1  GAAGGAATATACTTCATCTCCAAATGCAAATGTCCACATATGCTGGTACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGAATATACTTCATCTCCAAATGCAAATGTCCACATATGCTGGTACA  150

seq1  GGCACTGTAAACACGATATAATCTTTCTCTCCAAATGGATGCATGCCTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACTGTAAACACGATATAATCTTTCTCTCCAAATGGATGCATGCCTGC  200

seq1  AGACCGCATTATGGATCCATGAAAATGTCCTTAAACAAGCATGATAACTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCGCATTATGGATCCATGAAAATGTCCTTAAACAAGCATGATAACTG  250

seq1  AATCTTACTTGCTACTAAATTGTTCCAGCCTAGAAACATGAGCATTTAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTACTTGCTACTAAATTGTTCCAGCCTAGAAACATGAGCATTTAAA  300

seq1  GGAACAGAGCAGGACAGAGTGTGTTTGGCATTCCTTGCAAGGCTCCCTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACAGAGCAGGACAGAGTGTGTTTGGCATTCCTTGCAAGGCTCCCTAA  350

seq1  ATAGGACAATTACATCAGATACTCTGATAAATTTTGACTTAAAAATATAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGACAATTACATCAGATACTCTGATAAATTTTGACTTAAAAATATAT  400

seq1  TTGTAATATCTGGCACTCTTCATTTTTATAATTTTTAGATGTTACCCCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAATATCTGGCACTCTTCATTTTTATAATTTTTAGATGTTACCCCAA  450

seq1  AATTTGATTGGATTGTGGAGTATTTTCCTTTGTTTCTTTTGGGCAGTTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGATTGGATTGTGGAGTATTTTCCTTTGTTTCTTTTGGGCAGTTAA  500

seq1  TAGATATAAATTCAAGATAGCCTCAAACCACCAGCAGTCTCTAAAAGCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATATAAATTCAAGATAGCCTCAAACCACCAGCAGTCTCTAAAAGCAG  550

seq1  CCACTCCTGTCCCCCTGCTTGCTCCCTGGATGGCTTTTTATAATCCTAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCCTGTCCCCCTGCTTGCTCCCTGGATGGCTTTTTATAATCCTAGC  600

seq1  TTAATTATAATTTATAATTAGGCCCCTCATATCCCATAGCCTCTGCTTAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTATAATTTATAATTAGGCCCCTCATATCCCATAGCCTCTGCTTAC  650

seq1  TTATGAAAGCCAGCCTTACCCCTTCCCACTCCTTCCCTCCCAGCTCATGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGAAAGCCAGCCTTACCCCTTCCCACTCCTTCCCTCCCAGCTCATGC  700

seq1  CCTTTTCTAATTATGCCCTGATGCCCTGGGGCTCAGATATGCTGCTAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTCTAATTATGCCCTGATGCCCTGGGGCTCAGATATGCTGCTAAAA  750

seq1  CAAATATATAAAAATGTTTGTGTCACAAATGGCAAAACAGGAAGAAAAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATATATAAAAATGTTTGTGTCACAAATGGCAAAACAGGAAGAAAAAC  800

seq1  AAGTAGTTTCTACACAATTACAAGTGGGCATTGTAACTTCTTAGGTTGGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AAGTAGTTTCTACACAATTACAAGTGGGCATTGTAACTTCTTAGG-TGGC  849

seq1  TAATAGGCAATTTCAAAAAGAGTAGTATTGAAGAGGGCACTATTCCAAGG  900
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAGGCAATTTC-AAAAGAGTAGTATTGAAGAGGGCACTATTCCAAGG  898

seq1  GGCTCTTTTATGACTTGCTTGCAGCCTGTCTCATCTGAAGTTATGACTCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCTTTTATGACTTGCTTGCAGCCTGTCTCATCTGAAGTTATGACTCA  948

seq1  ACAATATAGAAGCTATTTTAAGCATGGGAGTGGTGAAGAAGCTTTCCCCA  1000
      || |||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||
seq2  AC-ATATAGAAGCTATTTT-AGCATGGGAGT-GTGAA-AAGCTTTCCCCA  994

seq1  CTGAACCGTCACCAGGAATATAGATGCTATTAGAATGTCGGCAATAGTAA  1050
      ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |
seq2  CTG-ACCGTCACCAGGAATATAGATGCTA-TAGAATGTC-GCAATAGT-A  1040

seq1  GGAAGGCTCACATTGGATCTGGGTGTTGGATGAGCAAAGAACTCAAAGAT  1100
      |||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||
seq2  GGAA-GCTCACATTGGATCTGGGTGTT-GATGAGC-AAGAACTCAAAGAT  1087

seq1  GAT  1103
      |||
seq2  GAT  1090