BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-083C20
Chromosome14 (Build37)
Map Location 99,586,961 - 99,728,392
singlet/doubletdoublet
Overlap geneD14Ertd581e, LOC100043395, LOC100043397, Klf5
Upstream geneLOC635593, LOC619716, LOC100043787, 2410129H14Rik, 6720463M24Rik, Dis3
Downstream geneLOC100043400, LOC100043789, LOC668671, LOC668672, EG546623, Klf12
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-083C20.bB6Ng01-083C20.g
ACCDH897514DH897515
length1,1771,078
definitionDH897514|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-083C20, 5' end.DH897515|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-083C20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(99,586,961 - 99,588,157)(99,727,296 - 99,728,392)
sequence
gaattctttattcctatggttatggtgctaatgttcccacaacagctaaa
agacgactaaagcaaaggtaaaatcgatatggatttatcttatctactca
agctaactgtaattatatagtacattctgataatgtgctgagttgaatga
taaagctacttgttcttaatattcataaatattaaagtgctcacaaagta
ggacatggtaataaccatgaacttcatctatatttaagtgaatttaatgg
ttagtagatgtgtacattagaatgttcatggttttagatgcaataacttt
gaaagccattttattttcacattaatttcagataagtacaaatgctttgt
agcaataattttcaggctagaactaattgaactaccttcaatttctatat
cccttgtttattatttatgtgcctatatttcttgatgtgtatcttaacat
gtaatatattattgtatataatacatactaagaaatatggagaaagcata
tacatcgcagttgaaactgcacagaagtgttagttccatgtcttatggct
gtgaccaaacacttgaaaaagagcagcatgaggaaggaaggagtgcttgg
ctcacagtttggggacagttcctcaaggggtcatggcagcaggatgatta
gggagctgctcacataaatcggcaggaaggaagcagagtgggatgaatgg
tgccgcccacatttagggtgtgttacccacctcagttcatctaatctgga
gattctcttatggacttgctaagccttgtctcccaggtgtttcacgatcc
tctgaaattactaattaatataaaaaataaatcacagaggctagccccaa
gtgatggtgcacactagctccccaccaccaggctggctgatcttagaact
tgactcctgagttctacctaagctaggtaatggattctagaccatcctat
ggtcaacagagaaagaaggaaagaaatagggaaagaagagaaaggatgaa
agacagtgacagagaggagaagggaagtagaagaaaaagaagaagagcac
tttggcttgcggaaattgttagagatgtcctaagcagggtggtggttcct
ggcatttccatccacagcaagacactgcctgatccttggctctcagattc
acagcctacagcagaaccctgaatgct
gaattcccaatactgttttcagaatagctgcctttgccacctttgacttg
gccacatcctctttggcacagtgcttctgtcaaagccagaattcattttc
tatttgatgggtaggtagcaacagatgatgctctgggaccctttctcatt
gctgagctctgttcttggtcttaatgtgaattatctctttaaaatgtccc
aacaatcctgaaagaaaaatactgctgttcagtgtgtttgctgtttggta
aggtactccttccttccatcactgttcaacactcaggaggcaaaggcagg
ggggatctgtgtaagtttgaggccagcctggtctatagagagcattcctg
aacagttggcagagaaaccctgtctcaaaacaaaacaaaacaaattcttc
aatgagttattaaataactattccaatggaaggtgaaaacacagtctgaa
aataattgaaccaagttattcccagcggcttggaacaacttagtgtcaat
aattcttgcccctgtcacttcttggctttttagattacaccaattcttct
taactagtggatttagtcactagcccgcatggacaggtcctagagagaag
ggacagaaccggaaatgtgcaggacagaaaggacatcgagttcattgtta
tacaagcaagactttgtgaaaatagtccagtgggcagtgaaggctcctga
gacagacatcattcattctgtagccccatgcgaccttatactctctgtgc
aagcaagggtggacttcaatttgtaatcctcctgcctccgccacacaagt
gctgagattacagggccccaccaccattactagcttatttggggcaacaa
aaaaacaaaacaaagctgttatatagaccaagagctctcagtgacatcca
ggggcaagcctctagtggctgaggccaagaatgctgccaaatgtcctaca
ggacagggacagacaacacactctggtcagagagtgcagtggagggagac
tatttatgactagaaagtattattgatgttaatggaaacagatgatagaa
tgtatgtgtcgatacagtgatctgcaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_99586961_99588157
seq2: B6Ng01-083C20.b_42_1218

seq1  GAATTCTTTATTCCTATGGTTATGGTGCTAATGTTCCCACAACAGCTAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTATTCCTATGGTTATGGTGCTAATGTTCCCACAACAGCTAAA  50

seq1  AGACGACTAAAGCAAAGGTAAAATCGATATGGATTTATCTTATCTACTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACGACTAAAGCAAAGGTAAAATCGATATGGATTTATCTTATCTACTCA  100

seq1  AGCTAACTGTAATTATATAGTACATTCTGATAATGTGCTGAGTTGAATGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAACTGTAATTATATAGTACATTCTGATAATGTGCTGAGTTGAATGA  150

seq1  TAAAGCTACTTGTTCTTAATATTCATAAATATTAAAGTGCTCACAAAGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGCTACTTGTTCTTAATATTCATAAATATTAAAGTGCTCACAAAGTA  200

seq1  GGACATGGTAATAACCATGAACTTCATCTATATTTAAGTGAATTTAATGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACATGGTAATAACCATGAACTTCATCTATATTTAAGTGAATTTAATGG  250

seq1  TTAGTAGATGTGTACATTAGAATGTTCATGGTTTTAGATGCAATAACTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTAGATGTGTACATTAGAATGTTCATGGTTTTAGATGCAATAACTTT  300

seq1  GAAAGCCATTTTATTTTCACATTAATTTCAGATAAGTACAAATGCTTTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCCATTTTATTTTCACATTAATTTCAGATAAGTACAAATGCTTTGT  350

seq1  AGCAATAATTTTCAGGCTAGAACTAATTGAACTACCTTCAATTTCTATAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATAATTTTCAGGCTAGAACTAATTGAACTACCTTCAATTTCTATAT  400

seq1  CCCTTGTTTATTATTTATGTGCCTATATTTCTTGATGTGTATCTTAACAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTGTTTATTATTTATGTGCCTATATTTCTTGATGTGTATCTTAACAT  450

seq1  GTAATATATTATTGTATATAATACATACTAAGAAATATGGAGAAAGCATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATATATTATTGTATATAATACATACTAAGAAATATGGAGAAAGCATA  500

seq1  TACATCGCAGTTGAAACTGCACAGAAGTGTTAGTTCCATGTCTTATGGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATCGCAGTTGAAACTGCACAGAAGTGTTAGTTCCATGTCTTATGGCT  550

seq1  GTGACCAAACACTTGAAAAAGAGCAGCATGAGGAAGGAAGGAGTGCTTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACCAAACACTTGAAAAAGAGCAGCATGAGGAAGGAAGGAGTGCTTGG  600

seq1  CTCACAGTTTGGGGACAGTTCCTCAAGGGGTCATGGCAGCAGGATGATTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAGTTTGGGGACAGTTCCTCAAGGGGTCATGGCAGCAGGATGATTA  650

seq1  GGGAGCTGCTCACATAAATCGGCAGGAAGGAAGCAGAGTGGGATGAATGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGCTGCTCACATAAATCGGCAGGAAGGAAGCAGAGTGGGATGAATGG  700

seq1  TGCCGCCCACATTTAGGGTGTGTTACCCACCTCAGTTCATCTAATCTGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCGCCCACATTTAGGGTGTGTTACCCACCTCAGTTCATCTAATCTGGA  750

seq1  GATTCTCTTATGGACTTGCTAAGCCTTGTCTCCCAGGTGTTTCACGATCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTCTTATGGACTTGCTAAGCCTTGTCTCCCAGGTGTTTCACGATCC  800

seq1  TCTGAAATTACTAATTAATATAAAAAATAAATCACAGAGGCTAGCCCCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAATTACTAATTAATATAAAAAATAAATCACAGAGGCTAGCCCCAA  850

seq1  GTGATGGTGCACACTAGCTCCCCACCACCAGGCTGGCTGATCTTAGAACT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATGGTGCACACTAGCTCCCCACCACCAGGCTGGCTGATCTTAGAACT  900

seq1  TGACTCCTGAGTTCTACCTAAGCTAGGTAATGGATTCTAGACCATCCTAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCCTGAGTTCTACCTAAGCTAGGTAATGGATTCTAGACCATCCTAT  950

seq1  GGTCAACAGAGAAAGAAGGAAAAGAAATAGGGAAAGAAGAGAAAGGGATG  1000
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GGTCAACAGAGAAAGAAGG-AAAGAAATAGGGAAAGAAGAGAAA-GGATG  998

seq1  AAAGACAGGTGACAGGAGAGGAGGAAGGGAAGTAGAAGGAGAAAAAGGAA  1050
      ||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||   ||||||||  |
seq2  AAAGACA-GTGACA-GAGAGGA-GAAGGGAAGTAGA---AGAAAAAG--A  1040

seq1  AGAAGAGCACTTTGGGCTTGCCGGAGAATTGGTTAGAGGATGTCCTAAGC  1100
      ||||||||||||| |||||| |||| |||| |||||| ||||||||||||
seq2  AGAAGAGCACTTT-GGCTTG-CGGA-AATT-GTTAGA-GATGTCCTAAGC  1085

seq1  AGGGGTGTGGTTCCCTGGCATTTCCACTCCACCAGCAGGCACCTGCACTG  1150
      ||||  |||||| ||||||||||||| |||| ||||| |   |||| |||
seq2  AGGGTGGTGGTT-CCTGGCATTTCCA-TCCA-CAGCAAGACACTGC-CTG  1131

seq1  ATC--TTGCTCCCTAGATTCATCCAGCCTTACAGCAG-ACCCTGATTGCT  1197
      |||  | |||| | |||||||  ||||| |||||||| ||||||| ||||
seq2  ATCCTTGGCTCTC-AGATTCA--CAGCC-TACAGCAGAACCCTGAATGCT  1177

seq1: chr14_99727296_99728392
seq2: B6Ng01-083C20.g_69_1146 (reverse)

seq1  TTTGCAGATTCACTGTTATCTGACACATACATTCTTAATCCATCTTGTTT  50
      |||||||| |||||| |||| ||||||||||||||  || |||||   ||
seq2  TTTGCAGA-TCACTG-TATC-GACACATACATTCT--AT-CATCT--GTT  42

seq1  TCCATTTACATC-ATAATAACTTTCCTATGTCATTAAATAGTCTCCCTCC  99
      |||||| ||||| ||||| ||||| ||| |||| ||||||||||||||||
seq2  TCCATTAACATCAATAAT-ACTTT-CTA-GTCA-TAAATAGTCTCCCTCC  88

seq1  ACCTTGGCACTCTCCTGGACCAGAGTGTTGTTTGTCCTGTCCCTGTCCTG  149
      ||    ||||||||   |||||||||||   |||| ||||||||||||||
seq2  AC---TGCACTCTC--TGACCAGAGTGT--GTTGT-CTGTCCCTGTCCTG  130

seq1  TAGGACATTTGGCAGCATTCTTGGCCTCAGCCACTAGAGGCTTGCCCCTG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGACATTTGGCAGCATTCTTGGCCTCAGCCACTAGAGGCTTGCCCCTG  180

seq1  GATGTCACTGAGAGCTCTTGGTCTATATAACAGCTTTGTTTTGTTTTTTT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTCACTGAGAGCTCTTGGTCTATATAACAGCTTTGTTTTGTTTTTTT  230

seq1  GTTGCCCCAAATAAGCTAGTAATGGTGGTGGGGCCCTGTAATCTCAGCAC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCCCCAAATAAGCTAGTAATGGTGGTGGGGCCCTGTAATCTCAGCAC  280

seq1  TTGTGTGGCGGAGGCAGGAGGATTACAAATTGAAGTCCACCCTTGCTTGC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTGGCGGAGGCAGGAGGATTACAAATTGAAGTCCACCCTTGCTTGC  330

seq1  ACAGAGAGTATAAGGTCGCATGGGGCTACAGAATGAATGATGTCTGTCTC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGAGTATAAGGTCGCATGGGGCTACAGAATGAATGATGTCTGTCTC  380

seq1  AGGAGCCTTCACTGCCCACTGGACTATTTTCACAAAGTCTTGCTTGTATA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCCTTCACTGCCCACTGGACTATTTTCACAAAGTCTTGCTTGTATA  430

seq1  ACAATGAACTCGATGTCCTTTCTGTCCTGCACATTTCCGGTTCTGTCCCT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGAACTCGATGTCCTTTCTGTCCTGCACATTTCCGGTTCTGTCCCT  480

seq1  TCTCTCTAGGACCTGTCCATGCGGGCTAGTGACTAAATCCACTAGTTAAG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTAGGACCTGTCCATGCGGGCTAGTGACTAAATCCACTAGTTAAG  530

seq1  AAGAATTGGTGTAATCTAAAAAGCCAAGAAGTGACAGGGGCAAGAATTAT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATTGGTGTAATCTAAAAAGCCAAGAAGTGACAGGGGCAAGAATTAT  580

seq1  TGACACTAAGTTGTTCCAAGCCGCTGGGAATAACTTGGTTCAATTATTTT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACACTAAGTTGTTCCAAGCCGCTGGGAATAACTTGGTTCAATTATTTT  630

seq1  CAGACTGTGTTTTCACCTTCCATTGGAATAGTTATTTAATAACTCATTGA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTGTGTTTTCACCTTCCATTGGAATAGTTATTTAATAACTCATTGA  680

seq1  AGAATTTGTTTTGTTTTGTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGCCAACTGTTCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTTGTTTTGTTTTGTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGCCAACTGTTCA  730

seq1  GGAATGCTCTCTATAGACCAGGCTGGCCTCAAACTTACACAGATCCCCCC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGCTCTCTATAGACCAGGCTGGCCTCAAACTTACACAGATCCCCCC  780

seq1  TGCCTTTGCCTCCTGAGTGTTGAACAGTGATGGAAGGAAGGAGTACCTTA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTTGCCTCCTGAGTGTTGAACAGTGATGGAAGGAAGGAGTACCTTA  830

seq1  CCAAACAGCAAACACACTGAACAGCAGTATTTTTCTTTCAGGATTGTTGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACAGCAAACACACTGAACAGCAGTATTTTTCTTTCAGGATTGTTGG  880

seq1  GACATTTTAAAGAGATAATTCACATTAAGACCAAGAACAGAGCTCAGCAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTTTAAAGAGATAATTCACATTAAGACCAAGAACAGAGCTCAGCAA  930

seq1  TGAGAAAGGGTCCCAGAGCATCATCTGTTGCTACCTACCCATCAAATAGA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAAAGGGTCCCAGAGCATCATCTGTTGCTACCTACCCATCAAATAGA  980

seq1  AAATGAATTCTGGCTTTGACAGAAGCACTGTGCCAAAGAGGATGTGGCCA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAATTCTGGCTTTGACAGAAGCACTGTGCCAAAGAGGATGTGGCCA  1030

seq1  AGTCAAAGGTGGCAAAGGCAGCTATTCTGAAAACAGTATTGGGAATTC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAAAGGTGGCAAAGGCAGCTATTCTGAAAACAGTATTGGGAATTC  1078