BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-090I03
Chromosome14 (Build37)
Map Location 23,222,595 - 23,388,209
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1700112E06Rik, EG435392
Upstream geneAdk, Myst4, EG435391, Dusp13, Samd8, Vdac2, Comtd1, Zfp503, EG665075
Downstream geneLOC665068, Kcnma1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-090I03.bB6Ng01-090I03.g
ACCDH902789DH902790
length852833
definitionDH902789|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-090I03, 5' end.DH902790|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-090I03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(23,222,595 - 23,223,446)(23,387,379 - 23,388,209)
sequence
gaattctgtggattcacacttagcttatgggcttggtggtgaagggtgtg
ggttttggagtcccagagctggggtataggtctcagctgtgttacatagc
agttgtatggtctaggtcacagaacggttcactctttaatgtttcagctt
cctcatctgtaagtaggatactggttcttagcctgtaggtgattgtggaa
atgaaaacagcataaaattatcagactctgctgggcacaggtaaatcgct
tattaaatgtcactccctcaaactccagtgggtgagttgtgagcaaagca
tgctgggaaggctctatgtctttcagggaggtaccttattatttattaaa
atggtttttagtcatttgatgtttcatacattgtatcttggtcatgttca
gcccgactcccctccttaactcttcccacatctacttccacctccctatc
ccccaaactttatgtcttctttttattttttaaagtaatccattcattgt
agtttgtactagccaaatacttgtgggtgtggactcataggagtcatacc
cttaaagaaaacagacgttccttcccttccctagaagccagccaccttct
gtagcttctcaatcaggcatgagagctcacagacctcttcctactccatg
ttagaatggtgattggcttgctctgaaattaacaacaatggctgctgtga
gttcatgtgtgcagcagtcatatcgtgttcagaaggcatttagctccagc
tctccctccactcttgtttctgccccttccttcttcagtgatggttcctg
atccttgagtgtatgtgcacatgcgtgcatgcgtgtgtatatgcatgtgg
tg
gaattccattaatgcagcccaccatatctgaataattaaatactacatgg
caattaaaaatattacagacagatatctaatgagccagtagaatttcatg
ctatatatttatgtacctaaaattaaattacaagaactgtggtacacaca
ccaatagctcatgcatggaaattaaaagctattcataggctctcctccat
tctccacacaaatgatatctgtgccaagtttctgtggatattttcttcca
tgtgaatgttaagaatcatcaaagtagtgcttgttaactgtttctttttt
tcttattgctgttaatatacaatttaacatagagagacttgttaattcag
aatatatatgtatactcaattaaaatcatatattagtgtatgcacacata
taatatatatgcatatatgtgtgtgcgtgtttgtgtgtgtgtgtgtatgt
gtgtgtgtgtacatcatggtctatgactatatccttcaaatacacatctt
aagccttatggtaattttcatttcacagtcttctccagttactatgtttt
ctattatgagtaagtacttcataatgaggaaaatctttagtaaatattac
ttgattttcattgcttgcttgcttgttttgtgctgggacaaatttgaagc
tttgtgttttttaggcaagcaagcttcttagccctttaaatttcttattt
ttagacaggattttatttaattacccccggctgccctgtgacctcactat
taagcacaggctggtctataacttctagtcttcctccctcagaacttgca
tatagctgaagatcatagccaagtggccacgat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_23222595_23223446
seq2: B6Ng01-090I03.b_43_894

seq1  GAATTCTGTGGATTCACACTTAGCTTATGGGCTTGGTGGTGAAGGGTGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTGGATTCACACTTAGCTTATGGGCTTGGTGGTGAAGGGTGTG  50

seq1  GGTTTTGGAGTCCCAGAGCTGGGGTATAGGTCTCAGCTGTGTTACATAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTGGAGTCCCAGAGCTGGGGTATAGGTCTCAGCTGTGTTACATAGC  100

seq1  AGTTGTATGGTCTAGGTCACAGAACGGTTCACTCTTTAATGTTTCAGCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGTATGGTCTAGGTCACAGAACGGTTCACTCTTTAATGTTTCAGCTT  150

seq1  CCTCATCTGTAAGTAGGATACTGGTTCTTAGCCTGTAGGTGATTGTGGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCATCTGTAAGTAGGATACTGGTTCTTAGCCTGTAGGTGATTGTGGAA  200

seq1  ATGAAAACAGCATAAAATTATCAGACTCTGCTGGGCACAGGTAAATCGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAACAGCATAAAATTATCAGACTCTGCTGGGCACAGGTAAATCGCT  250

seq1  TATTAAATGTCACTCCCTCAAACTCCAGTGGGTGAGTTGTGAGCAAAGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAATGTCACTCCCTCAAACTCCAGTGGGTGAGTTGTGAGCAAAGCA  300

seq1  TGCTGGGAAGGCTCTATGTCTTTCAGGGAGGTACCTTATTATTTATTAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGGAAGGCTCTATGTCTTTCAGGGAGGTACCTTATTATTTATTAAA  350

seq1  ATGGTTTTTAGTCATTTGATGTTTCATACATTGTATCTTGGTCATGTTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTTTTTAGTCATTTGATGTTTCATACATTGTATCTTGGTCATGTTCA  400

seq1  GCCCGACTCCCCTCCTTAACTCTTCCCACATCTACTTCCACCTCCCTATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCGACTCCCCTCCTTAACTCTTCCCACATCTACTTCCACCTCCCTATC  450

seq1  CCCCAAACTTTATGTCTTCTTTTTATTTTTTAAAGTAATCCATTCATTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAAACTTTATGTCTTCTTTTTATTTTTTAAAGTAATCCATTCATTGT  500

seq1  AGTTTGTACTAGCCAAATACTTGTGGGTGTGGACTCATAGGAGTCATACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGTACTAGCCAAATACTTGTGGGTGTGGACTCATAGGAGTCATACC  550

seq1  CTTAAAGAAAACAGACGTTCCTTCCCTTCCCTAGAAGCCAGCCACCTTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAAGAAAACAGACGTTCCTTCCCTTCCCTAGAAGCCAGCCACCTTCT  600

seq1  GTAGCTTCTCAATCAGGCATGAGAGCTCACAGACCTCTTCCTACTCCATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCTTCTCAATCAGGCATGAGAGCTCACAGACCTCTTCCTACTCCATG  650

seq1  TTAGAATGGTGATTGGCTTGCTCTGAAATTAACAACAATGGCTGCTGTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAATGGTGATTGGCTTGCTCTGAAATTAACAACAATGGCTGCTGTGA  700

seq1  GTTCATGTGTGCAGCAGTCATATCGTGTTCAGAAGGCATTTAGCTCCAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATGTGTGCAGCAGTCATATCGTGTTCAGAAGGCATTTAGCTCCAGC  750

seq1  TCTCCCTCCACTCTTGTTTCTGCCCCTTCCTTCTTCAGTGATGGTTCCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCTCCACTCTTGTTTCTGCCCCTTCCTTCTTCAGTGATGGTTCCTG  800

seq1  ATCCTTGAGTGTATGTGCACATGCGTGCATGCGTGTGTATATGCATGTGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTGAGTGTATGTGCACATGCGTGCATGCGTGTGTATATGCATGTGG  850

seq1  TG  852
      ||
seq2  TG  852

seq1: chr14_23387379_23388209
seq2: B6Ng01-090I03.g_71_903 (reverse)

seq1  ATCGTGG-CACTTGGCTATGATC-TCAGCTATATGCGAG-TCTGAGGGAG  47
      ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||
seq2  ATCGTGGCCACTTGGCTATGATCTTCAGCTATATGCAAGTTCTGAGGGAG  50

seq1  GAGGACCTGAAGTTATAGACCAGCCTGTGCTAAATAGTGAGGTCACA-GG  96
      || |||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||
seq2  GAAGACTAGAAGTTATAGACCAGCCTGTGCTTAATAGTGAGGTCACAGGG  100

seq1  CAGCC-GGGGTAACTTAATGAAATCCTGTCTAAAAATAAGAATTTTAAAG  145
      ||||| ||||||| | ||| |||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CAGCCGGGGGTAATTAAATAAAATCCTGTCTAAAAATAAGAAATTTAAAG  150

seq1  GGCTAAGAAGCTTGCTTGCCTAAAATACACAAAGCTTCAAATTTGTCCCC  195
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
seq2  GGCTAAGAAGCTTGCTTGCCTAAAAAACACAAAGCTTCAAATTTGT-CCC  199

seq1  AGCACAAAAACAAGCAAGCAAGCAATGAAAATCAAAGTAATATTTACTAA  245
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AGCAC-AAAACAAGCAAGCAAGCAATGAAAATC-AAGTAATATTTACTAA  247

seq1  AGATTTTCCTCATTATGAAGTACTTACTCATAATAGAAAACATAGTAACT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTTCCTCATTATGAAGTACTTACTCATAATAGAAAACATAGTAACT  297

seq1  GGAGAAGACTGTGAAATGAAAATTACCATAAGGCTTAAGATGTGTATTTG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAAGACTGTGAAATGAAAATTACCATAAGGCTTAAGATGTGTATTTG  347

seq1  AAGGATATAGTCATAGACAATGATGTACACACACACACATACACACACAC  395
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGATATAGTCATAGACCATGATGTACACACACACACATACACACACAC  397

seq1  ACACAAACACGCACACACATATATGCATATATATTATATGTGTGCATACA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAAACACGCACACACATATATGCATATATATTATATGTGTGCATACA  447

seq1  CTAATATATGATTTTAATTGAGTATACATATATATTCTGAATTAACAAGT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATATATGATTTTAATTGAGTATACATATATATTCTGAATTAACAAGT  497

seq1  CTCTCTATGTTAAATTGTATATTAACAGCAATAAGAAAAAAAGAAACAGT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTATGTTAAATTGTATATTAACAGCAATAAGAAAAAAAGAAACAGT  547

seq1  TAACAAGCACTACTTTGATGATTCTTAACATTCACATGGAAGAAAATATC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAAGCACTACTTTGATGATTCTTAACATTCACATGGAAGAAAATATC  597

seq1  CACAGAAACTTGGCACAGATATCATTTGTGTGGAGAATGGAGGAGAGCCT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAAACTTGGCACAGATATCATTTGTGTGGAGAATGGAGGAGAGCCT  647

seq1  ATGAATAGCTTTTAATTTCCATGCATGAGCTATTGGTGTGTGTACCACAG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATAGCTTTTAATTTCCATGCATGAGCTATTGGTGTGTGTACCACAG  697

seq1  TTCTTGTAATTTAATTTTAGGTACATAAATATATAGCATGAAATTCTACT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGTAATTTAATTTTAGGTACATAAATATATAGCATGAAATTCTACT  747

seq1  GGCTCATTAGATATCTGTCTGTAATATTTTTAATTGCCATGTAGTATTTA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCATTAGATATCTGTCTGTAATATTTTTAATTGCCATGTAGTATTTA  797

seq1  ATTATTCAGATATGGTGGGCTGCATTAATGGAATTC  831
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTCAGATATGGTGGGCTGCATTAATGGAATTC  833