BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-096B06
Chromosome14 (Build37)
Map Location 39,136,780 - 39,278,162
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNrg3, LOC100041521
Upstream geneLOC382871, LOC382872
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-096B06.bB6Ng01-096B06.g
ACCDH906838DH906839
length1,1801,025
definitionDH906838|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-096B06, 5' end.DH906839|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-096B06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(39,276,955 - 39,278,162)(39,136,780 - 39,137,812)
sequence
gaattcttatttcagaatttgaaattagaccaagttaagcagcttttgag
aaatgaatagatattcttaaattgtaataaggtgattttgacacaacact
aaatattacattttctaagatggctacatgtccagatgcaagaaaatgtg
aattgtacattactgaatatacagtgttgcccaatattcttatggaatat
agccattaagtcccacaaacaagccacatgtttccttactttggtctgct
ttacttcttgagctagtggttcttttaggtaatgaaaatgtcccagtgta
caagatcatgaaagaagagttttgttttccctggatgttatggttagtgc
tataatctcaatacttggaaggctaagtagtaaaggtgttgtcacaaaat
taagatcatcataggctatataatgagatccaaactaccatgggctacag
tgtgagaccctttcttaaaacagcaagtctttagcaagtattttctctaa
tttttaaaggtatgatagattgaagtgataaatggtggtggtgtgctcat
gccctgagaaggaaagtattctgtgttaaaaacacattgggtctgtctct
ttctttaccttatgcttaaggatgctatagagtatgtacactagttcagc
agatttgtttatcttaacccagaagaagccagaaacatggaaaatttaat
acctcaagagtagtcaaaacatctatcatcattcttgttggcagtgtgaa
ccttggagaacagagccaaaaaattaggcagacaaatgtctcatgaaata
gctacctttatttatttagacaacttacaccctgagggttaaatgaaggc
aaatgagcaaagttcatgtgagttgacagtgtataaaatcacaaggacaa
gtctttcttagaaataagtaaggtcatttcagaagtgtcacatgactcaa
gctatattattaacttaaggacagagcaagctttaacatgttttgattaa
taaaagtaagatgatgagtgtcttagtagggtttccattcttttgaagag
acacattgccagctactcttgttaaaagaaaccaattattggccattata
ttttaggtcagcccatatcactgcaggagcatgccactccagggagcatg
gtgctagaactgagagtcttatctgttcca
gaattcagtctttcaggtagaggaacaacaataggtacatttgctttaag
aaaaatatttgagtggaacattagtgattcaaagtttgatttgaagagca
aagaaaatactctcacactactggtagcaaacaaatctagactttttttt
tttttttctaatacagatttagactcatataacaccatcatacatggagg
aggcatactaataaaaggaggatagctatcaaaggaatacttgcaggtca
cttataaaagtcattttggcatgagtttttcctgagtttttcttgtcctc
atattatagattgtgtactaaaagtaggattatcaaatgacttctaaatt
ttcacacactttataattcttgaaaccaggatgagaaggtaagcatgtta
gctttgaagtcttctcacttcatgggaattactgatgcagtgaacaagtt
gtgatagatctaaaaagatttaaagttaaatcctaagactggaatttggg
tcatggaaattagatgaagaattatatctgaattggcaagtactctggaa
atgagaataacatccagagatgctatgaaaaggaaggtttgtcgagaaga
gccaaatataagaaaggtactgttggaggaacttcattgagttaggtaaa
gttcaaggcagctttcatgataaactctgtggtgtgacaccctactgagt
ggcctccctttcagtattagaataaccatcttgtatttacccaatattat
ttaacacaggtgatgaaatgccattgtcttggatatatcatattctgtaa
tgaagacaaaggtgataatgatgattctataattttatcttactgcagtg
gagtctctcttaacagactggagtaagactggagcaaggaacttttgcag
acattagaagctgatggagaagactattggcaagaactaccaggccctcc
taagatgttgactcttgctgcagaccagtgaagaggagagaaccggtcag
ctggtctgtcagggctaagcagatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_39276955_39278162
seq2: B6Ng01-096B06.b_46_1225 (reverse)

seq1  TGGAACAAGATATAGAACTCTCAGATTCTCTAGCACCATGCCTCCCTGGA  50
      |||||| ||||| || ||||||||    |||||||||||| |||||||||
seq2  TGGAAC-AGATA-AG-ACTCTCAG---TTCTAGCACCATG-CTCCCTGGA  43

seq1  TGTTGCCATGCTTCTTGCCATGATGATAATGGGCTGAACCCCTAAATTAA  100
         || ||||| || |||  ||||    |||||||||   ||||    ||
seq2  --GTGGCATGC-TCCTGCAGTGAT----ATGGGCTGA---CCTA----AA  79

seq1  ATTAAATGTGCCAATTAAATGGTGTCTTTT-ACAAGAGTTGCCTTGGCCA  149
      ||  |||| ||||| ||| |||| |||||| |||||||| ||  ||| ||
seq2  ATATAATG-GCCAA-TAATTGGTTTCTTTTAACAAGAGTAGC--TGG-CA  124

seq1  TTGTGTCTCTTC-ACAGAATGGAAACCCTAACTAAGACACTCATCATCTT  198
       ||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTCTCTTCAAAAGAATGGAAACCCT-ACTAAGACACTCATCATCTT  173

seq1  ACTTTTATTAATCAAAACATGTTTTAAAGCTTGCTCTGTCCTTAAGTTAA  248
      |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTATTAATCAAAACATG--TTAAAGCTTGCTCTGTCCTTAAGTTAA  221

seq1  TAATATAGCTTGAGTCATGTGACACTTCCTGAAATGACCTTACTTATTTC  298
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATAGCTTGAGTCATGTGACACTT-CTGAAATGACCTTACTTATTTC  270

seq1  TAAGAAAGACTTGTCCTTGTGATTTTATACACTGTCAACTCACATGAACT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAAAGACTTGTCCTTGTGATTTTATACACTGTCAACTCACATGAACT  320

seq1  TTGCTCATTTGCCTTCATTTAACCCTCAGGGTGTAAGTTGTCTAAATAAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCATTTGCCTTCATTTAACCCTCAGGGTGTAAGTTGTCTAAATAAA  370

seq1  TAAAGGTAGCTATTTCATGAGACATTTGTCTGCCTAATTTTTTGGCTCTG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGGTAGCTATTTCATGAGACATTTGTCTGCCTAATTTTTTGGCTCTG  420

seq1  TTCTCCAAGGTTCACACTGCCAACAAGAATGATGATAGATGTTTTGACTA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCAAGGTTCACACTGCCAACAAGAATGATGATAGATGTTTTGACTA  470

seq1  CTCTTGAGGTATTAAATTTTCCATGTTTCTGGCTTCTTCTGGGTTAAGAT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGAGGTATTAAATTTTCCATGTTTCTGGCTTCTTCTGGGTTAAGAT  520

seq1  AAACAAATCTGCTGAACTAGTGTACATACTCTATAGCATCCTTAAGCATA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAATCTGCTGAACTAGTGTACATACTCTATAGCATCCTTAAGCATA  570

seq1  AGGTAAAGAAAGAGACAGACCCAATGTGTTTTTAACACAGAATACTTTCC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAAAGAAAGAGACAGACCCAATGTGTTTTTAACACAGAATACTTTCC  620

seq1  TTCTCAGGGCATGAGCACACCACCACCATTTATCACTTCAATCTATCATA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCAGGGCATGAGCACACCACCACCATTTATCACTTCAATCTATCATA  670

seq1  CCTTTAAAAATTAGAGAAAATACTTGCTAAAGACTTGCTGTTTTAAGAAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTAAAAATTAGAGAAAATACTTGCTAAAGACTTGCTGTTTTAAGAAA  720

seq1  GGGTCTCACACTGTAGCCCATGGTAGTTTGGATCTCATTATATAGCCTAT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCTCACACTGTAGCCCATGGTAGTTTGGATCTCATTATATAGCCTAT  770

seq1  GATGATCTTAATTTTGTGACAACACCTTTACTACTTAGCCTTCCAAGTAT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGATCTTAATTTTGTGACAACACCTTTACTACTTAGCCTTCCAAGTAT  820

seq1  TGAGATTATAGCACTAACCATAACATCCAGGGAAAACAAAACTCTTCTTT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATTATAGCACTAACCATAACATCCAGGGAAAACAAAACTCTTCTTT  870

seq1  CATGATCTTGTACACTGGGACATTTTCATTACCTAAAAGAACCACTAGCT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATCTTGTACACTGGGACATTTTCATTACCTAAAAGAACCACTAGCT  920

seq1  CAAGAAGTAAAGCAGACCAAAGTAAGGAAACATGTGGCTTGTTTGTGGGA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAAGTAAAGCAGACCAAAGTAAGGAAACATGTGGCTTGTTTGTGGGA  970

seq1  CTTAATGGCTATATTCCATAAGAATATTGGGCAACACTGTATATTCAGTA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATGGCTATATTCCATAAGAATATTGGGCAACACTGTATATTCAGTA  1020

seq1  ATGTACAATTCACATTTTCTTGCATCTGGACATGTAGCCATCTTAGAAAA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTACAATTCACATTTTCTTGCATCTGGACATGTAGCCATCTTAGAAAA  1070

seq1  TGTAATATTTAGTGTTGTGTCAAAATCACCTTATTACAATTTAAGAATAT  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAATATTTAGTGTTGTGTCAAAATCACCTTATTACAATTTAAGAATAT  1120

seq1  CTATTCATTTCTCAAAAGCTGCTTAACTTGGTCTAATTTCAAATTCTGAA  1198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTCATTTCTCAAAAGCTGCTTAACTTGGTCTAATTTCAAATTCTGAA  1170

seq1  ATAAGAATTC  1208
      ||||||||||
seq2  ATAAGAATTC  1180

seq1: chr14_39136780_39137812
seq2: B6Ng01-096B06.g_68_1092

seq1  GAATTCAGTCTTTCAGGTAGAGGAACAACAATAGGTACATTTGCTTTAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTCTTTCAGGTAGAGGAACAACAATAGGTACATTTGCTTTAAG  50

seq1  AAAAATATTTGAGTGGAACATTAGTGATTCAAAGTTTGATTTGAAGAGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATATTTGAGTGGAACATTAGTGATTCAAAGTTTGATTTGAAGAGCA  100

seq1  AAGAAAATACTCTCACACTACTGGTAGCAAACAAATCTAGACTTTTTTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAATACTCTCACACTACTGGTAGCAAACAAATCTAGACTTTTTTTT  150

seq1  TTTTTTTCTAATACAGATTTAGACTCATATAACACCATCATACATGGAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTCTAATACAGATTTAGACTCATATAACACCATCATACATGGAGG  200

seq1  AGGCATACTAATAAAAGGAGGATAGCTATCAAAGGAATACTTGCAGGTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATACTAATAAAAGGAGGATAGCTATCAAAGGAATACTTGCAGGTCA  250

seq1  CTTATAAAAGTCATTTTGGCATGAGTTTTTCCTGAGTTTTTCTTGTCCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATAAAAGTCATTTTGGCATGAGTTTTTCCTGAGTTTTTCTTGTCCTC  300

seq1  ATATTATAGATTGTGTACTAAAAGTAGGATTATCAAATGACTTCTAAATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTATAGATTGTGTACTAAAAGTAGGATTATCAAATGACTTCTAAATT  350

seq1  TTCACACACTTTATAATTCTTGAAACCAGGATGAGAAGGTAAGCATGTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACACACTTTATAATTCTTGAAACCAGGATGAGAAGGTAAGCATGTTA  400

seq1  GCTTTGAAGTCTTCTCACTTCATGGGAATTACTGATGCAGTGAACAAGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGAAGTCTTCTCACTTCATGGGAATTACTGATGCAGTGAACAAGTT  450

seq1  GTGATAGATCTAAAAAGATTTAAAGTTAAATCCTAAGACTGGAATTTGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATAGATCTAAAAAGATTTAAAGTTAAATCCTAAGACTGGAATTTGGG  500

seq1  TCATGGAAATTAGATGAAGAATTATATCTGAATTGGCAAGTACTCTGGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGAAATTAGATGAAGAATTATATCTGAATTGGCAAGTACTCTGGAA  550

seq1  ATGAGAATAACATCCAGAGATGCTATGAAAAGGAAGGTTTGTCGAGAAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGAATAACATCCAGAGATGCTATGAAAAGGAAGGTTTGTCGAGAAGA  600

seq1  GCCAAATATAAGAAAGGTACTGTTGGAGGAACTTCATTGAGTTAGGTAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAATATAAGAAAGGTACTGTTGGAGGAACTTCATTGAGTTAGGTAAA  650

seq1  GTTCAAGGCAGCTTTCATGATAAACTCTGTGGTGTGACACCCTACTGAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAAGGCAGCTTTCATGATAAACTCTGTGGTGTGACACCCTACTGAGT  700

seq1  GGCCTCCCTTTCAGTATTAGAATAACCATCTTGTATTTACCCAATATTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTCCCTTTCAGTATTAGAATAACCATCTTGTATTTACCCAATATTAT  750

seq1  TTAACACAGGTGATGAAATGCCATTGTCTTGGATATATCATATTCTGTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACACAGGTGATGAAATGCCATTGTCTTGGATATATCATATTCTGTAA  800

seq1  TGAAGACAAAGGTGATAATGATGATTCTATAATTTTATCTTACTGCAGTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGACAAAGGTGATAATGATGATTCTATAATTTTATCTTACTGCAGTG  850

seq1  GAGTCTCTCTTAACAGACTGGAGTAAGACTGGAGCAAGGAACTTTTGCAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCTCTCTTAACAGACTGGAGTAAGACTGGAGCAAGGAACTTTTGCAG  900

seq1  ACATTAGAAGGCTGATGGAGAAGACTATTGGCAAGAACTACCAGGCCCTC  950
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTAGAA-GCTGATGGAGAAGACTATTGGCAAGAACTACCAGGCCCTC  949

seq1  CTAAGATGTTGACTCTTTGCTGGCAGGACCAGGTGAGAGGAGAGAACCGG  1000
      ||||||||||||||| ||||| ||| ||||||   |||||||||||||||
seq2  CTAAGATGTTGACTC-TTGCT-GCA-GACCAGTGAAGAGGAGAGAACCGG  996

seq1  GTCCAGCTGGGTCTGTCCAGGGCTAAGCAGATG  1033
         ||||| ||||||| ||||||||||||||||
seq2  --TCAGCT-GGTCTGT-CAGGGCTAAGCAGATG  1025