BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-096E22
Chromosome14 (Build37)
Map Location 85,603,845 - 85,752,229
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genePcdh17, 9630013A20Rik, LOC629794
Downstream geneLOC668603, LOC100043301, EG629815, LOC100043306, LOC100043778
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-096E22.bB6Ng01-096E22.g
ACCDH907003DH907004
length1,1491,031
definitionDH907003|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-096E22, 5' end.DH907004|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-096E22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(85,603,845 - 85,605,001)(85,751,186 - 85,752,229)
sequence
gaattctgtaaaacttgaattatgaatttaaaaaatagtatcctgtgaaa
taacttttcttcaaacaccttggaaaatgcaaattatcttctaccatgat
taaaaacaaaaaaatttgatgcgcaccaattattatggacaaaggctttc
tgttaggaacacttggatcataaacatctttcacacttgtatacattgtg
ccagtaagccttgacattctgtagctcaagatgtgagtgacagatgtgag
aacgtaattggtccttattcaaagtcataagcatgagagtgagacacaca
ctttataggactgagttaatttgctaaggactaattccacttgattgttt
gaacataatgaacaagaagctttatgctatgtggaccaaagaataaatct
gaagtaaaatcttttttaatcacacaccttgaaaacctgttaaatttgtg
aaaaagtttatatcctgattaacatcaagaataagaaaaccactcaatat
tagcagttttattggaataattttattgaaacctaataagaatgttgact
ttttctttgcctaagtattctctattgtcctttataatttttcgaaagat
gtctacattcttatttcacagaaaaataatttaacgcattcatcctttta
cctcaagatattaagacatgttttcgttgccttccaaatgtttatattaa
gaaaaagaaagacatcaatggtagtgtaagcaaataatgttcagttaatg
agattttaaataacttaggttagctataaagaaaaaacctacattgaatg
ttcaacccttttaatgtttttttttttccctcattgctgtgtggtacctc
ttcttcccaataaagaaaaatgctactattctttccaatggctattatcc
tagacatgcatggcaaatctatcccaacatctctcttaattgtgtaaaat
aaaatgcagtgggccctgattttatctttcaaatatttctctactactac
actcctttgatgccatggctacttatgccactttacacagatgtttattt
cctggattgctgtgtaaatagagataaactatttgcagacagtatggacc
ttattcctaagaataaatgtactcttcttagagataaactttgagaaaa
gaattcattacatgctcttagagaagcattgagtagtaaaagaaattacc
ttataaatccactattaatttacattgacacagagcaaaactgaaaataa
ggaggtgtttgtagttgataggtaatgcctggaaaaactgctgagtggtt
ttctcttaatgggaacattctgaagcattgtgtgacagatgacagtattg
tccagtattatcacctcttcttcagtaggagttattaaaagagcctgtga
gccaagttccttaaatcaccaataatgctcctgtaaacacctaacccagt
ataaccaaatgcatcactttggagaactgtgtcaaccaagttgagacata
gagtgtattaaaactggccattaatatattctgcataataattatatgag
aaacagcatataacaagcttcttagaaggttgaatttctatttatgcata
aaatagtcctatgtcatttgttaggggttggtcttgtgcactgtatattc
tttttttttttttttcatcttacaaaccaaaagatttattctttttttct
cacatttttattagatattttcttcatttacatttcaaatgctatcccaa
aagtcccctatattctacccccgtcctgctcccctacccactcactccca
cttcttgaccctggaattcccctgtcaaagtttgctagatcaaggagcct
ctcttcccaatgatggccaactaggccatcttctgctacatatgcagcta
gagacaagagctctggggggtactgattagttcatattgttgttttacct
atagggttgcagaaccctttagctcttaaaccctttaggtactttctcta
gctcctatattgggggccctgtgttccatcctatagatgactgtgagcat
cctcttctgtatttgcaacgcactggcaaagcctcacaggagacagctat
atcaggtctcttcagcaaatctgctgatgtatgcatagtgtctgtgtttg
tgctgatgtgatgaccccggtgggcagtctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_85603845_85605001
seq2: B6Ng01-096E22.b_44_1192

seq1  GAATTCTGTAAAACTTGAATTATGAATTTAAAAAATAGTATCCTGTGAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTAAAACTTGAATTATGAATTTAAAAAATAGTATCCTGTGAAA  50

seq1  TAACTTTTCTTCAAACACCTTGGAAAATGCAAATTATCTTCTACCATGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTTTCTTCAAACACCTTGGAAAATGCAAATTATCTTCTACCATGAT  100

seq1  TAAAAACAAAAAAATTTGATGCGCACCAATTATTATGGACAAAGGCTTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAACAAAAAAATTTGATGCGCACCAATTATTATGGACAAAGGCTTTC  150

seq1  TGTTAGGAACACTTGGATCATAAACATCTTTCACACTTGTATACATTGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAGGAACACTTGGATCATAAACATCTTTCACACTTGTATACATTGTG  200

seq1  CCAGTAAGCCTTGACATTCTGTAGCTCAAGATGTGAGTGACAGATGTGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTAAGCCTTGACATTCTGTAGCTCAAGATGTGAGTGACAGATGTGAG  250

seq1  AACGTAATTGGTCCTTATTCAAAGTCATAAGCATGAGAGTGAGACACACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGTAATTGGTCCTTATTCAAAGTCATAAGCATGAGAGTGAGACACACA  300

seq1  CTTTATAGGACTGAGTTAATTTGCTAAGGACTAATTCCACTTGATTGTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATAGGACTGAGTTAATTTGCTAAGGACTAATTCCACTTGATTGTTT  350

seq1  GAACATAATGAACAAGAAGCTTTATGCTATGTGGACCAAAGAATAAATCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATAATGAACAAGAAGCTTTATGCTATGTGGACCAAAGAATAAATCT  400

seq1  GAAGTAAAATCTTTTTTAATCACACACCTTGAAAACCTGTTAAATTTGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTAAAATCTTTTTTAATCACACACCTTGAAAACCTGTTAAATTTGTG  450

seq1  AAAAAGTTTATATCCTGATTAACATCAAGAATAAGAAAACCACTCAATAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGTTTATATCCTGATTAACATCAAGAATAAGAAAACCACTCAATAT  500

seq1  TAGCAGTTTTATTGGAATAATTTTATTGAAACCTAATAAGAATGTTGACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAGTTTTATTGGAATAATTTTATTGAAACCTAATAAGAATGTTGACT  550

seq1  TTTTCTTTGCCTAAGTATTCTCTATTGTCCTTTATAATTTTTCGAAAGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTTGCCTAAGTATTCTCTATTGTCCTTTATAATTTTTCGAAAGAT  600

seq1  GTCTACATTCTTATTTCACAGAAAAATAATTTAACGCATTCATCCTTTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTACATTCTTATTTCACAGAAAAATAATTTAACGCATTCATCCTTTTA  650

seq1  CCTCAAGATATTAAGACATGTTTTCGTTGCCTTCCAAATGTTTATATTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAAGATATTAAGACATGTTTTCGTTGCCTTCCAAATGTTTATATTAA  700

seq1  GAAAAAGAAAGACATCAATGGTAGTGTAAGCAAATAATGTTCAGTTAATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAGAAAGACATCAATGGTAGTGTAAGCAAATAATGTTCAGTTAATG  750

seq1  AGATTTTAAATAACTTAGGTTAGCTATAAAGAAAAAACCTACATTGAATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTTAAATAACTTAGGTTAGCTATAAAGAAAAAACCTACATTGAATG  800

seq1  TTCAACCCTTTTAATG-TTTTTTTTTTCCCTCATTGCTGTGTGGTACCTC  849
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAACCCTTTTAATGTTTTTTTTTTTCCCTCATTGCTGTGTGGTACCTC  850

seq1  TTCTTCCCAATAAAGAAAAATGCTACTATTCTTTCCAATGGCTATTATCC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCCCAATAAAGAAAAATGCTACTATTCTTTCCAATGGCTATTATCC  900

seq1  TAGACATGCATGGCAAATCTATCCCAACATCTCTCTTAATTGTGTAAAAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACATGCATGGCAAATCTATCCCAACATCTCTCTTAATTGTGTAAAAT  950

seq1  AAAAATGCAAGTGGCCCTGATTTTATCTTTCAAATATTTCTCTACTACTA  999
       ||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -AAAATGCAGTGGGCCCTGATTTTATCTTTCAAATATTTCTCTACTACTA  999

seq1  CACTCCTTTGATGCCATGGCTACTTATGCCACTTTACACAGATGTTTATT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCCTTTGATGCCATGGCTACTTATGCCACTTTACACAGATGTTTATT  1049

seq1  CCCTGGATTGGCTGTGTAAATAGAGATAAACTATTTGCAAGAACAAGTAT  1099
       |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||   |||||
seq2  TCCTGGATT-GCTGTGTAAATAGAGATAAACTATTTGC-AGA--CAGTAT  1095

seq1  GGGAACCTTA-TCCTAACAGATAAATGTAACTCCTTCTAGAGATAAACTC  1148
      ||  |||||| |||||| | |||||||| |||| |  |||||||||||| 
seq2  GG--ACCTTATTCCTAAGA-ATAAATGT-ACTCTTCTTAGAGATAAACTT  1141

seq1  AGAAGAAAA  1157
       | ||||||
seq2  TG-AGAAAA  1149

seq1: chr14_85751186_85752229
seq2: B6Ng01-096E22.g_66_1096 (reverse)

seq1  GAGACTGCCCCACCCGGGGGTCCATCCCACAATCAGCCACCAAACACAGA  50
      ||||||| ||||||  ||||| |||| |   ||||||   ||||||||||
seq2  GAGACTG-CCCACC--GGGGT-CATCAC---ATCAGC--ACAAACACAGA  41

seq1  CACTATTGCATACATCAGCAAGAATTTGCTGAAGGGACCCTGATATAGCT  100
      ||||| ||||||||||||||   ||||||||||| || ||||||||||||
seq2  CACTA-TGCATACATCAGCA--GATTTGCTGAAGAGA-CCTGATATAGCT  87

seq1  GTCTCCTGTGAGGCTTTGCCAGTGCGTGGCAAATACAGAAGGGGATGCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||
seq2  GTCTCCTGTGAGGCTTTGCCAGTGCGTTGCAAATACAGAAGAGGATGCTC  137

seq1  ACAGTCATCTATAGGATGGAACACAGGGCCCCCAATATAGGAGCTAGAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTCATCTATAGGATGGAACACAGGGCCCCCAATATAGGAGCTAGAGA  187

seq1  AAGTACCTAAAGGGTTTAAGAGCTAAAGGGTTCTGCAACCCTATAGGTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTACCTAAAGGGTTTAAGAGCTAAAGGGTTCTGCAACCCTATAGGTAA  237

seq1  AACAACAATATGAACTAATCAGTACCCCCCAGAGCTCTTGTCTCTAGCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACAATATGAACTAATCAGTACCCCCCAGAGCTCTTGTCTCTAGCTG  287

seq1  CATATGTAGCAGAAGATGGCCTAGTTGGCCATCATTGGGAAGAGAGGCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGTAGCAGAAGATGGCCTAGTTGGCCATCATTGGGAAGAGAGGCTC  337

seq1  CTTGATCTAGCAAACTTTGACAGGGGAATTCCAGGGTCAAGAAGTGGGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGATCTAGCAAACTTTGACAGGGGAATTCCAGGGTCAAGAAGTGGGAG  387

seq1  TGAGTGGGTAGGGGAGCAGGACGGGGGTAGAATATAGGGGACTTTTGGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGGGTAGGGGAGCAGGACGGGGGTAGAATATAGGGGACTTTTGGGA  437

seq1  TAGCATTTGAAATGTAAATGAAGAAAATATCTAATAAAAATGTGAGAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCATTTGAAATGTAAATGAAGAAAATATCTAATAAAAATGTGAGAAAA  487

seq1  AAAGAATAAATCTTTTGGTTTGTAAGATGAAAAAAAAAAAAAAAGAATAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAATAAATCTTTTGGTTTGTAAGATGAAAAAAAAAAAAAAAGAATAT  537

seq1  ACAGTGCACAAGACCAACCCCTAACAAATGACATAGGACTATTTTATGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGCACAAGACCAACCCCTAACAAATGACATAGGACTATTTTATGCA  587

seq1  TAAATAGAAATTCAACCTTCTAAGAAGCTTGTTATATGCTGTTTCTCATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAGAAATTCAACCTTCTAAGAAGCTTGTTATATGCTGTTTCTCATA  637

seq1  TAATTATTATGCAGAATATATTAATGGCCAGTTTTAATACACTCTATGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTATTATGCAGAATATATTAATGGCCAGTTTTAATACACTCTATGTC  687

seq1  TCAACTTGGTTGACACAGTTCTCCAAAGTGATGCATTTGGTTATACTGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACTTGGTTGACACAGTTCTCCAAAGTGATGCATTTGGTTATACTGGG  737

seq1  TTAGGTGTTTACAGGAGCATTATTGGTGATTTAAGGAACTTGGCTCACAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGTGTTTACAGGAGCATTATTGGTGATTTAAGGAACTTGGCTCACAG  787

seq1  GCTCTTTTAATAACTCCTACTGAAGAAGAGGTGATAATACTGGACAATAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTTTAATAACTCCTACTGAAGAAGAGGTGATAATACTGGACAATAC  837

seq1  TGTCATCTGTCACACAATGCTTCAGAATGTTCCCATTAAGAGAAAACCAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATCTGTCACACAATGCTTCAGAATGTTCCCATTAAGAGAAAACCAC  887

seq1  TCAGCAGTTTTTCCAGGCATTACCTATCAACTACAAACACCTCCTTATTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCAGTTTTTCCAGGCATTACCTATCAACTACAAACACCTCCTTATTT  937

seq1  TCAGTTTTGCTCTGTGTCAATGTAAATTAATAGTGGATTTATAAGGTAAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTTTGCTCTGTGTCAATGTAAATTAATAGTGGATTTATAAGGTAAT  987

seq1  TTCTTTTACTACTCAATGCTTCTCTAAGAGCATGTAATGAATTC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTACTACTCAATGCTTCTCTAAGAGCATGTAATGAATTC  1031