BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-099O13
Chromosome14 (Build37)
Map Location 17,281,589 - 17,398,038
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRarb
Upstream geneLOC667205, 1700062C10Rik, LOC667209, EG435389, Oxsm, Ngly1, Top2b
Downstream geneTpi-rs9
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-099O13.bB6Ng01-099O13.g
ACCDH909570DH909571
length6821,082
definitionDH909570|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-099O13, 5' end.DH909571|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-099O13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,397,357 - 17,398,038)(17,281,589 - 17,282,658)
sequence
gaattctatattgctggctatatatagatttagttaatcctccacagact
atgttgttatctacattatatagataagaaaatagaagttcagagtaggc
aagcagtatgactgaggtcacacagcaaactgtgagcctggatgacaatc
ccaccaagctgatttgttcttccacacagttttcccttgcaggtctttag
cctctgccattagactgtcatcactgtctactgagtagacagttcctgca
aaatgctttatgccttaatgtcaagtaaggcccccaggagtgttaggagt
gggatgggaagcctggatcaccacagaattgtggctcacatgattttctc
taattacattattttctctaacataaatgatggtgtcctagaccgtgaag
gaaactgctagaactatgaggaaccgtttcactttagcctctttgttctc
acatcctgttggtagcgggctgtgttccttctcactaacaaggatcctga
ggctgggctgactgcgaggccattgctgaggttcctgagcatctaagcaa
caggaggtgcagcttttcacaccactctagtctgtatgtatgtgtgttag
tggcttgtgtgagatgctgccttaagcagcgccttccatttccaaaaaga
aaataagggcaagagaggaataggaggagggg
gaattcagacacacagaaaggtgagtggtgacagggtggatggttggctt
tctttctgttcagtatgtaggtactgttgaaccagcctgaggccagagca
ccccaagtgtacatggaatggaataatcctttcattccttggaaggaacc
ttgatttcagcaactcaaggttccagctgtgcttgtagaaggacttgcag
acttgcagaggtgactccataccttgccaagtttgaggcagcagtgggtg
tccagtgttccagggagcaggcagggggaactgtcaaaattctgtagata
attagtcaactgcagagcagtctggaggtatttcaaaagtttaactagga
ccttctagcatggaccagctttccaaagcaacagagtgggcacagaagag
ccccaaataccagaatatccagaggccaaatggttctcaaactattttat
actaatgagaccatcaagccagttccaacatgctcttgcccttgtgactt
ttaggctctgagaccttatctttgcacatgaacttggttccatcccactt
caatcctccatcccagtaggtgtaggcaaccttgttggggctgcaggtgg
tttttgtttgtttgtcgttgttatcatgcttacaagctaatggtgtaggg
tactgagaatctctttcagtgacacatgaacttcaagaatggttttcagt
ttaactctagagaagagggcagagaagcggggtttgtcttcccagacacg
gcagaagcttaagtaggagagtcaaaagcttaaggctagcctgagcaata
gtgagaccttgtgtcagcaagagcaaaaatttaaaaaagaagcctggttg
ctacagcattgttgagaaaggtgcttccttgcatgagaggcactgggggt
ttactcctcaggactgtaaggtaaacacacacaaatcagtcaccaacaac
tcccctacctactcctgcctgccgccgaagggccgagacaacaattctac
tgtgctgtgctgttgtgtgtaaagggcactgacacgtgtcatggggtgat
tgtggggacactttcgacattcttttccctct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_17397357_17398038
seq2: B6Ng01-099O13.b_49_730 (reverse)

seq1  CCCCTCCTCCTATTCCTCTCTTGCCCTTATTTTCTTTTTGGAAATGGAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTCCTCCTATTCCTCTCTTGCCCTTATTTTCTTTTTGGAAATGGAAG  50

seq1  GCGCTGCTTAAGGCAGCATCTCACACAAGCCACTAACACACATACATACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCTGCTTAAGGCAGCATCTCACACAAGCCACTAACACACATACATACA  100

seq1  GACTAGAGTGGTGTGAAAAGCTGCACCTCCTGTTGCTTAGATGCTCAGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAGAGTGGTGTGAAAAGCTGCACCTCCTGTTGCTTAGATGCTCAGGA  150

seq1  ACCTCAGCAATGGCCTCGCAGTCAGCCCAGCCTCAGGATCCTTGTTAGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCAGCAATGGCCTCGCAGTCAGCCCAGCCTCAGGATCCTTGTTAGTG  200

seq1  AGAAGGAACACAGCCCGCTACCAACAGGATGTGAGAACAAAGAGGCTAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGAACACAGCCCGCTACCAACAGGATGTGAGAACAAAGAGGCTAAA  250

seq1  GTGAAACGGTTCCTCATAGTTCTAGCAGTTTCCTTCACGGTCTAGGACAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAACGGTTCCTCATAGTTCTAGCAGTTTCCTTCACGGTCTAGGACAC  300

seq1  CATCATTTATGTTAGAGAAAATAATGTAATTAGAGAAAATCATGTGAGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATTTATGTTAGAGAAAATAATGTAATTAGAGAAAATCATGTGAGCC  350

seq1  ACAATTCTGTGGTGATCCAGGCTTCCCATCCCACTCCTAACACTCCTGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATTCTGTGGTGATCCAGGCTTCCCATCCCACTCCTAACACTCCTGGG  400

seq1  GGCCTTACTTGACATTAAGGCATAAAGCATTTTGCAGGAACTGTCTACTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTACTTGACATTAAGGCATAAAGCATTTTGCAGGAACTGTCTACTC  450

seq1  AGTAGACAGTGATGACAGTCTAATGGCAGAGGCTAAAGACCTGCAAGGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGACAGTGATGACAGTCTAATGGCAGAGGCTAAAGACCTGCAAGGGA  500

seq1  AAACTGTGTGGAAGAACAAATCAGCTTGGTGGGATTGTCATCCAGGCTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGTGTGGAAGAACAAATCAGCTTGGTGGGATTGTCATCCAGGCTCA  550

seq1  CAGTTTGCTGTGTGACCTCAGTCATACTGCTTGCCTACTCTGAACTTCTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTGCTGTGTGACCTCAGTCATACTGCTTGCCTACTCTGAACTTCTA  600

seq1  TTTTCTTATCTATATAATGTAGATAACAACATAGTCTGTGGAGGATTAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTATCTATATAATGTAGATAACAACATAGTCTGTGGAGGATTAAC  650

seq1  TAAATCTATATATAGCCAGCAATATAGAATTC  682
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATCTATATATAGCCAGCAATATAGAATTC  682

seq1: chr14_17281589_17282658
seq2: B6Ng01-099O13.g_71_1152

seq1  GAATTCAGACACACAGAAAGGTGAGTGGTGACAGGGTGGATGGTTGGCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGACACACAGAAAGGTGAGTGGTGACAGGGTGGATGGTTGGCTT  50

seq1  TCTTTCTGTTCAGTATGTAGGTACTGTTGAACCAGCCTGAGGCCAGAGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCTGTTCAGTATGTAGGTACTGTTGAACCAGCCTGAGGCCAGAGCA  100

seq1  CCCCAAGTGTACATGGAATGGAATAATCCTTTCATTCCTTGGAAGGAACC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAAGTGTACATGGAATGGAATAATCCTTTCATTCCTTGGAAGGAACC  150

seq1  TTGATTTCAGCAACTCAAGGTTCCAGCTGTGCTTGTAGAAGGACTTGCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTTCAGCAACTCAAGGTTCCAGCTGTGCTTGTAGAAGGACTTGCAG  200

seq1  ACTTGCAGAGGTGACTCCATACCTTGCCAAGTTTGAGGCAGCAGTGGGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGCAGAGGTGACTCCATACCTTGCCAAGTTTGAGGCAGCAGTGGGTG  250

seq1  TCCAGTGTTCCAGGGAGCAGGCAGGGGGAACTGTCAAAATTCTGTAGATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTGTTCCAGGGAGCAGGCAGGGGGAACTGTCAAAATTCTGTAGATA  300

seq1  ATTAGTCAACTGCAGAGCAGTCTGGAGGTATTTCAAAAGTTTAACTAGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGTCAACTGCAGAGCAGTCTGGAGGTATTTCAAAAGTTTAACTAGGA  350

seq1  CCTTCTAGCATGGACCAGCTTTCCAAAGCAACAGAGTGGGCACAGAAGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTAGCATGGACCAGCTTTCCAAAGCAACAGAGTGGGCACAGAAGAG  400

seq1  CCCCAAATACCAGAATATCCAGAGGCCAAATGGTTCTCAAACTATTTTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAAATACCAGAATATCCAGAGGCCAAATGGTTCTCAAACTATTTTAT  450

seq1  ACTAATGAGACCATCAAGCCAGTTCCAACATGCTCTTGCCCTTGTGACTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAATGAGACCATCAAGCCAGTTCCAACATGCTCTTGCCCTTGTGACTT  500

seq1  TTAGGCTCTGAGACCTTATCTTTGCACATGAACTTGGTTCCATCCCACTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGCTCTGAGACCTTATCTTTGCACATGAACTTGGTTCCATCCCACTT  550

seq1  CAATCCTCCATCCCAGTAGGTGTAGGCAACCTTGTTGGGGCTGCAGGTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCCTCCATCCCAGTAGGTGTAGGCAACCTTGTTGGGGCTGCAGGTGG  600

seq1  TTTTTGTTTGTTTGTCGTTGTTATCATGCTTACAAGCTAATGGTGTAGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGTTTGTTTGTCGTTGTTATCATGCTTACAAGCTAATGGTGTAGGG  650

seq1  TACTGAGAATCTCTTTCAGTGACACATGAACTTCAAGAATGGTTTTCAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGAGAATCTCTTTCAGTGACACATGAACTTCAAGAATGGTTTTCAGT  700

seq1  TTAACTCTAGAGAAGAGGGCAGAGAAGC-GGGTTTGTCTTCCCAGACACG  749
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTCTAGAGAAGAGGGCAGAGAAGCGGGGTTTGTCTTCCCAGACACG  750

seq1  GCAGAAGCTTAAGTAGGAGAGTCAAAAGCTTAAGGCTAGCCTGAGCAATA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAAGCTTAAGTAGGAGAGTCAAAAGCTTAAGGCTAGCCTGAGCAATA  800

seq1  GTGAGACCTTGTGTCAGCAAGAGCAAAAA-TTAAAAAAGAAGCCTGG-TG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
seq2  GTGAGACCTTGTGTCAGCAAGAGCAAAAATTTAAAAAAGAAGCCTGGTTG  850

seq1  CTACAGCATTG-TGAGAAA-GTGC-TCCTTGCATGAGAGGCACTGGGG--  892
      ||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||  
seq2  CTACAGCATTGTTGAGAAAGGTGCTTCCTTGCATGAGAGGCACTGGGGGT  900

seq1  TTACTCCTCAGGACTGTAAGGTAAACACACACAAATCAGTCACCAACAAC  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTCCTCAGGACTGTAAGGTAAACACACACAAATCAGTCACCAACAAC  950

seq1  TCCCCTACCCACTCCTGCCTGCCGCCG-AGGGCCGAGACAAC-ATTCTAC  990
      ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
seq2  TCCCCTACCTACTCCTGCCTGCCGCCGAAGGGCCGAGACAACAATTCTAC  1000

seq1  TGTGCTGTGCTG-TGTGTGT-AAGGGCACTGGACACGTGTCATGGGGTGA  1038
      |||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTGTGCTGTTGTGTGTAAAGGGCACT-GACACGTGTCATGGGGTGA  1049

seq1  TTGTGGGGACACTTTCCACAATC-TTTCCCTCT  1070
      |||||||||||||||| ||| || |||||||||
seq2  TTGTGGGGACACTTTCGACATTCTTTTCCCTCT  1082