BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-101O22
Chromosome14 (Build37)
Map Location 17,617,679 - 17,769,522
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC667205, 1700062C10Rik, LOC667209, EG435389, Oxsm, Ngly1, Top2b, Rarb
Downstream geneTpi-rs9
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-101O22.bB6Ng01-101O22.g
ACCDH910970DH910971
length1,2121,067
definitionDH910970|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-101O22, 5' end.DH910971|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-101O22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,617,679 - 17,618,885)(17,768,453 - 17,769,522)
sequence
gaattctttcaaaacctggcttatttaagatgagagtcctatggttctat
tacagtaaagggccactttcagtttgacttaacaaaggctgatgccaaaa
tatacctgcttaccaaaccttccttgtttctttttctctgactggagatt
ttactgtgtagctcagctagcctagtgctaacaattctactatgaaatgg
tagatgatgggatttcatgcctgctgaaggtactgcctttccttgtagag
cagcccagaacacagtccctctaagcacaatgtcctcttactattcttac
cttggacagtgtaacaacattccactttcactctgagcttaagagagaaa
agtcccctggttgtcaacatgtgtctgatggacacacaaagctccctaga
tctttctcccataggctgatctaccacagtggtcctgccctacagtgctc
ctgccttggtgatacatacctacccaggtgttaacagaccactatgtgag
gggctcttctggacacatgtgagcattctctggtccttatgaatagacca
taagccagatggcatacacagagacttagctcattcttgttcctcagctc
tgctgcagaactatctgggagtggttttcaagcatattgatagctaggcg
tcagtgcaaactaatggaaactaatataattctgaaacctggcctgtgta
attctgggtggagatcccagcaggcaggaagcacaaatgactaccttagc
tgcagtctttattgacttggagaaaatctgtggacccattttaagaggtg
tgtgtgtgtgtgtgtgtttctaccaatttctactattctctccttaccta
gtctctcctgagtgttggttccagatgtcacaaaaaaaccttcagcagtc
caccttgcctgagcatgagatatcagcagtgtgtgaaggtcagagcttta
ctgttggtcaatggtcagaggtctaaatgttgttaacttttttgtatgca
gcctctattttttttttttaatcaagaaatgggtgttacctttcaggctt
gctggtgaagatgaacaatggaaatctaaaaaagacctttgggaaactct
agaaatcctcatttcccttggggagtcattgatgcccatggcaggctatc
cccccagctatgtccggtaccttgcttttagtattcatgacccttccatg
taattatttcac
gaattcagggcttcgaggggtgaagaaactggcttcctgccagtatcagt
ctgggtagaaaggactaacacatgatgagtgttctaaattggaaaagatc
ccaggaaagccaatgctttcctttctgcctccaaaggcctggcaaatata
ttcagcaagaggcaacagaatatacagtggcagaaatcagaaatgtctta
aagaatcgagagagaaatttctatctaagtgtgatgctgtcgtcttagaa
gagggctggctaacaaagacacatgtgaacagttagtccatagcctacta
gtctaagtgactaaatgtccagctagcctcaatgtacacatagatagctt
aggacattgatagaaacctttcgagaatacagaaggcaaacatagccatt
ccttttagtctgtgattacactctcagtagcagttgtctgtagttagctg
tgatctgaggaagcaaaactcaaatatctgaattaagaaattaacaggtt
ataaattccataaaactgatgagtataaaaaatgtctaggcacccaactt
tatcccacttcgtgatgtgagtatccttttgtccaataggtccactcagc
atacacaacccacctgtgtcattacagccatctgtattaccagcttatgg
aatgtagtgtctgtgaaaaagtgtttgatgttttaaaagtgtacccatgg
ttcaagagaaatgatactagccacttagacatgcaaaaaaaaaaggagag
agtgtttcctttaaaggaaaaggagaaaagttctgaagaggaaaacaggt
gtgttgtatgttcaaggtgttaatcttcacattaagcaagtgatcgttcg
tctcccactatgatgactttattgaacagaccctgatcataggtatgtgc
atggggagaaaacagtggtggtgtaattccataccctctgggagtcagtc
ttcacaactatagctttgtatcataaagtgggatagttattgactaccat
tgtattcctggtgtttgagagctatgtctcaggcgagctgtagcctcaga
acagtttgcttctcatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_17617679_17618885
seq2: B6Ng01-101O22.b_45_1256

seq1  GAATTCTTTCAAAACCTGGCTTATTTAAGATGAGAGTCCTATGGTTCTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCAAAACCTGGCTTATTTAAGATGAGAGTCCTATGGTTCTAT  50

seq1  TACAGTAAAGGGCCACTTTCAGTTTGACTTAACAAAGGCTGATGCCAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGTAAAGGGCCACTTTCAGTTTGACTTAACAAAGGCTGATGCCAAAA  100

seq1  TATACCTGCTTACCAAACCTTCCTTGTTTCTTTTTCTCTGACTGGAGATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACCTGCTTACCAAACCTTCCTTGTTTCTTTTTCTCTGACTGGAGATT  150

seq1  TTACTGTGTAGCTCAGCTAGCCTAGTGCTAACAATTCTACTATGAAATGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTGTGTAGCTCAGCTAGCCTAGTGCTAACAATTCTACTATGAAATGG  200

seq1  TAGATGATGGGATTTCATGCCTGCTGAAGGTACTGCCTTTCCTTGTAGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGATGGGATTTCATGCCTGCTGAAGGTACTGCCTTTCCTTGTAGAG  250

seq1  CAGCCCAGAACACAGTCCCTCTAAGCACAATGTCCTCTTACTATTCTTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCCAGAACACAGTCCCTCTAAGCACAATGTCCTCTTACTATTCTTAC  300

seq1  CTTGGACAGTGTAACAACATTCCACTTTCACTCTGAGCTTAAGAGAGAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGACAGTGTAACAACATTCCACTTTCACTCTGAGCTTAAGAGAGAAA  350

seq1  AGTCCCCTGGTTGTCAACATGTGTCTGATGGACACACAAAGCTCCCTAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCCCTGGTTGTCAACATGTGTCTGATGGACACACAAAGCTCCCTAGA  400

seq1  TCTTTCTCCCATAGGCTGATCTACCACAGTGGTCCTGCCCTACAGTGCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCTCCCATAGGCTGATCTACCACAGTGGTCCTGCCCTACAGTGCTC  450

seq1  CTGCCTTGGTGATACATACCTACCCAGGTGTTAACAGACCACTATGTGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTTGGTGATACATACCTACCCAGGTGTTAACAGACCACTATGTGAG  500

seq1  GGGCTCTTCTGGACACATGTGAGCATTCTCTGGTCCTTATGAATAGACCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTCTTCTGGACACATGTGAGCATTCTCTGGTCCTTATGAATAGACCA  550

seq1  TAAGCCAGATGGCATACACAGAGACTTAGCTCATTCTTGTTCCTCAGCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCCAGATGGCATACACAGAGACTTAGCTCATTCTTGTTCCTCAGCTC  600

seq1  TGCTGCAGAACTATCTGGGAGTGGTTTTCAAGCATATTGATAGCTAGGCG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCAGAACTATCTGGGAGTGGTTTTCAAGCATATTGATAGCTAGGCG  650

seq1  TCAGTGCAAACTAATGGAAACTAATATAATTCTGAAACCTGGCCTGTGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGCAAACTAATGGAAACTAATATAATTCTGAAACCTGGCCTGTGTA  700

seq1  ATTCTGGGTGGAGATCCCAGCAGGCAGGAAGCACAAATGACTACCTTAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGGGTGGAGATCCCAGCAGGCAGGAAGCACAAATGACTACCTTAGC  750

seq1  TGCAGTCTTTATTGACTTGGAGAAAATCTGTGGACCCA-TTTAAGAGGTG  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TGCAGTCTTTATTGACTTGGAGAAAATCTGTGGACCCATTTTAAGAGGTG  800

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTTTCTACCAATTTCTACTATTCTCTCCTTACCTA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTTTCTACCAATTTCTACTATTCTCTCCTTACCTA  850

seq1  GTCTCTCCTGAGTG-TGGTTCCAGATGTCACAAAAAAACCTTCAGCAGTC  898
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTCCTGAGTGTTGGTTCCAGATGTCACAAAAAAACCTTCAGCAGTC  900

seq1  CACCCTGCCTGAGGCATGAGATATCAGCAGTGTGTGAAGGTCAGAGCTTT  948
      |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTTGCCTGA-GCATGAGATATCAGCAGTGTGTGAAGGTCAGAGCTTT  949

seq1  ACTG-TGGTC-ATGGTCAGAGGTCT-AATGTTGTTAAC-TATTTGTATGC  994
      |||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||
seq2  ACTGTTGGTCAATGGTCAGAGGTCTAAATGTTGTTAACTTTTTTGTATGC  999

seq1  AGCCTCTA--TTTTTTTTTTAATC-AGGAATGGTTGTTACCCTTTCAGGG  1041
      ||||||||  |||||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||| 
seq2  AGCCTCTATTTTTTTTTTTTAATCAAGAAATGGGTGTTA-CCTTTCAGGC  1048

seq1  CTGCT-GTGAAGATGAACAAT-GAAATCT-AAAAAGACACTTGGG-AACT  1087
       |||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||  ||||| ||||
seq2  TTGCTGGTGAAGATGAACAATGGAAATCTAAAAAAGACCTTTGGGAAACT  1098

seq1  CTAGAATCCTTCATTTCCCT--GGGAG-CTATGTAGCCCA-GGCCAGCTA  1133
      ||||||  | ||||||||||  ||||| |  ||  ||||| |||  ||||
seq2  CTAGAAATCCTCATTTCCCTTGGGGAGTCATTGATGCCCATGGCAGGCTA  1148

seq1  T-CCTCCAGCTTTGTCCCGGGTATACCATGCTTTTAGGTAATTTTTCATG  1182
      | || |||||| ||||| |    |||| |||||||||     | ||||||
seq2  TCCCCCCAGCTATGTCCGG----TACCTTGCTTTTAG-----TATTCATG  1189

seq1  ACACTTCTCAAATG-AATTATTTCAC  1207
      || ||||    ||| |||||||||||
seq2  ACCCTTC---CATGTAATTATTTCAC  1212

seq1: chr14_17768453_17769522
seq2: B6Ng01-101O22.g_68_1134 (reverse)

seq1  GATGAGAAGCAAACCTGGTCTTTGAGCTACAGCCTCAGCCCTGAGACATA  50
      ||||||||||||| ||| |||  | ||||||| |||   |||||||||||
seq2  GATGAGAAGCAAA-CTGTTCTGAG-GCTACAG-CTC--GCCTGAGACATA  45

seq1  GCTTCTCAAAACACCAGGAATACAAT-GTAGTCAATAACTATCCCACTTT  99
      || |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GC-TCTC-AAACACCAGGAATACAATGGTAGTCAATAACTATCCCACTTT  93

seq1  ATGTATCCAAAGCCTATAG-TGTGAAGACCTGACCTCCAGAGGGTATGGG  148
      ||| || ||||| |||||| |||||||| |||||  ||||||||||| ||
seq2  ATG-ATACAAAG-CTATAGTTGTGAAGA-CTGACTCCCAGAGGGTAT-GG  139

seq1  ACTTACAC--ACACTG-TTTCT-CCCATGCACATACCTATGATCA-GGTC  193
      | ||||||   ||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AATTACACCACCACTGTTTTCTCCCCATGCACATACCTATGATCAGGGTC  189

seq1  TAGTTC-ATAAAGTCATCATAGTGGGAGA-GGACGAACAATAGCTTAATG  241
      | |||| |||||||||||||||||||||| | |||| || | ||||||||
seq2  T-GTTCAATAAAGTCATCATAGTGGGAGACGAACGATCACTTGCTTAATG  238

seq1  TGAAGATTAACACCTTGAACATACAACACACCTGTTTTCCTCTTCAGAAC  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGATTAACACCTTGAACATACAACACACCTGTTTTCCTCTTCAGAAC  288

seq1  TTTTCTCCTTTTCCTTTAGAGGAAACACTCTCTCCTTTTTTTTTTGCATG  341
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTCCTTTTCCTTTAAAGGAAACACTCTCTCCTTTTTTTTTTGCATG  338

seq1  TCTAAGTGGCTAGTATCATTTCTCTTGAACCATGGGTACACTTTTAAAAC  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGTGGCTAGTATCATTTCTCTTGAACCATGGGTACACTTTTAAAAC  388

seq1  ATCAAACACTTTTTCACAGACACTACATTCCATAAGCTGGTAATACAGAT  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAACACTTTTTCACAGACACTACATTCCATAAGCTGGTAATACAGAT  438

seq1  GGCTGTAATGACACAGGTGGGTTGTGTATGCTGAGTGGACCTATTGGACA  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTAATGACACAGGTGGGTTGTGTATGCTGAGTGGACCTATTGGACA  488

seq1  AAAGGATACTCACATCACGAAGTGGGATAAAGTTGGGTGCCTAGACATTT  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGATACTCACATCACGAAGTGGGATAAAGTTGGGTGCCTAGACATTT  538

seq1  TTTATACTCATCAGTTTTATGGAATTTATAACCTGTTAATTTCTTAATTC  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATACTCATCAGTTTTATGGAATTTATAACCTGTTAATTTCTTAATTC  588

seq1  AGATATTTGAGTTTTGCTTCCTCAGATCACAGCTAACTACAGACAACTGC  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATTTGAGTTTTGCTTCCTCAGATCACAGCTAACTACAGACAACTGC  638

seq1  TACTGAGAGTGTAATCACAGACTAAAAGGAATGGCTATGTTTGCCTTCTG  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGAGAGTGTAATCACAGACTAAAAGGAATGGCTATGTTTGCCTTCTG  688

seq1  TATTCTCGAAAGGTTTCTATCAATGTCCTAAGCTATCTATGTGTACATTG  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTCGAAAGGTTTCTATCAATGTCCTAAGCTATCTATGTGTACATTG  738

seq1  AGGCTAGCTGGACATTTAGTCACTTAGACTAGTAGGCTATGGACTAACTG  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTAGCTGGACATTTAGTCACTTAGACTAGTAGGCTATGGACTAACTG  788

seq1  TTCACATGTGTCTTTGTTAGCCAGCCCTCTTCTAAGACGACAGCATCACA  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACATGTGTCTTTGTTAGCCAGCCCTCTTCTAAGACGACAGCATCACA  838

seq1  CTTAGATAGAAATTTCTCTCTCGATTCTTTAAGACATTTCTGATTTCTGC  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGATAGAAATTTCTCTCTCGATTCTTTAAGACATTTCTGATTTCTGC  888

seq1  CACTGTATATTCTGTTGCCTCTTGCTGAATATATTTGCCAGGCCTTTGGA  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTATATTCTGTTGCCTCTTGCTGAATATATTTGCCAGGCCTTTGGA  938

seq1  GGCAGAAAGGAAAGCATTGGCTTTCCTGGGATCTTTTCCAATTTAGAACA  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAAAGGAAAGCATTGGCTTTCCTGGGATCTTTTCCAATTTAGAACA  988

seq1  CTCATCATGTGTTAGTCCTTTCTACCCAGACTGATACTGGCAGGAAGCCA  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATCATGTGTTAGTCCTTTCTACCCAGACTGATACTGGCAGGAAGCCA  1038

seq1  GTTTCTTCACCCCTCGAAGCCCTGAATTC  1070
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTTCACCCCTCGAAGCCCTGAATTC  1067