BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-103K20
Chromosome14 (Build37)
Map Location 49,934,782 - 50,135,277
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc35f4
Upstream geneLOC100041831, 6720456H20Rik, 4930572G02Rik, Otx2, LOC100041864, LOC666972, Exoc5, 4932432K03Rik, LOC218997, Nat12, 1700011H14Rik
Downstream gene3632451O06Rik, LOC667006, Olfr722, Olfr723, Olfr724, LOC100041975, Olfr725, LOC100042882, Olfr726, Olfr727, Olfr728, Olfr729, Olfr730, Olfr731, Olfr732, Olfr733, Olfr734, Olfr735, Tlr11, Olfr736, Olfr737-ps1, Olfr738, Olfr739, Olfr740, Olfr741, GA_x5J8B7U07Q4-325-757, GA_x5J8B7TYL6J-3-280, Olfr742
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-103K20.bB6Ng01-103K20.g
ACCDH912195DH912196
length1,1531,113
definitionDH912195|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-103K20, 5' end.DH912196|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-103K20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(50,134,126 - 50,135,277)(49,934,782 - 49,935,909)
sequence
gaattctttcagaaatcttggcttagagaacttggaaaaactggttctcg
gtcgttttaaactaaacacaatggaaggcccagaatgttagtaatgacat
gtttgttttaggagctgttgacaggtactgtggtgtccacatgggtttca
aggacagggataaattgctataagtgggactcaggcagttgcctgtgact
ggggaaacaggaagccctctctccttgctggtaggtgttcttcattcttg
tcttagcagcaggctggcttctctgtttccttgcccaaatggtcaaaaat
agtcactgccaccacttttagtgtttatgtgtcctctattcaagagcata
gacagattgagcaagaatctcttctaaatccagattcctgggaaaagcca
ctctttgttccaagttatggcacatacatactctaactgatattgattgt
gttagggcagacttacctcatccaggctaccagactgacctgcagcatca
ctgatgtggggagcaagagagcttttaggaaaaaggatcatcagttaacc
aaaaagtcatcttgacagcaatttgtttcacagggctttgtatgcatttg
tttttattaaagcatagactttaatcccgattcaatctcaaactggatat
tcagctcagacaggtaaggtttctgccatgcagtcacatggaccacatag
agttttgatctctagaacccatgtaaagctaggtgtgcatgtgcttgtaa
tttcagatttggagaggcagataataagcaaatgctcggggctcactgcc
cagcccgtgaactccaagtcaaggagagaccttgtttcacaaaacaaggt
cgacagtgcccggggaaaggaattgagaatagtttctagcttctacatac
agaaatatgcatgaagacccctttcttcttccccaaagtttcaatatgtt
cttctggtcctgatagccttttaacactgatctagattatatttagtgat
gctatagagactgtccaatcttacaaacttggaaagtgcagtttctgctg
tgagtgaagtttttgtggagtttgcacattggcactgcaggatgtttatg
aagctttatgaggtcactgaattaaatcaggtttgaagaacatatttttt
ttt
gaattctgtcttgtgggttgtctttcatgtgaaatagatctttaaattgg
gagttttactaaaaggaagatgaaatttcccaaagggaagtttttacttg
acagagacacaacttcactgtagggaatcaataaaggccaaagccttcag
taaagcacacagaagtctcacgtatcacacagaaaaactaatggcccctt
tgcagccctgcagctgctggtgacagtaagtggcagctttgtgaagaggg
tgaatggcaatgcttccacactgcctcagatgcaaggtttgctcctggta
gggtggggcatctgcctggccagaaagcaagaaggagttgagagtccttg
gtttattattttatccaccaccagtagatgcctttgtgaatacacattta
ccaaagcacacgtagaaaaacatttattaaatggctttctctcttcttat
tcctggctctgtgatggttcttacctggagaccatagtcaccagatgaga
atctcaagtcaagccagtggggcggggaaggagcatagttctctagggat
ggagagagacaactatccaagggcaaagtggcccacaaagctgatcacta
gcacaggttgttctgatctagctggtcacgtcacgcaggtactcagtctt
tccttacttctctgtccactcattcctctcattgctgtctacctccccat
atgaaactgttgttgcagacgacagaagtctttcctcttattccttccct
ttccacattcttagtgacccatgtgaaaatctatgcaatgtaagccttag
gtcttgagaaatgtgaacactcaaagaacgggtatttcctaaggagcaat
gaacagtgtgcctctctttggggtgatgggaacagaatatctggatagag
gcaaagtttggaatgaagccaggggctggggaaataataaattagttaca
ctccctgtatagtagcagcttttagtattaagcactgtctgtatgtcagt
gagccctttttatataccaaatggtgcttagcacatttcatccacagact
gctggattgactctcattctcaagagatttttttttgcctggtatgagca
tcttaataaagct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_50134126_50135277
seq2: B6Ng01-103K20.b_41_1193 (reverse)

seq1  AAAAAAAAATATG-TCTTCAAAACTTGATTTAA-TCAGTGAACCTCAATA  48
      ||||||||||||| ||||| |||| |||||||| |||||| ||||| |||
seq2  AAAAAAAAATATGTTCTTC-AAACCTGATTTAATTCAGTG-ACCTC-ATA  47

seq1  AAGCTTCATAAACATCCTGCAGTGCCAATGTGCAAACTCCACAAAAACTT  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTCATAAACATCCTGCAGTGCCAATGTGCAAACTCCACAAAAACTT  97

seq1  CACTCACAGCAGAAACCTGCACTTTCCAAGTTTGTAGGATTGGACAGTCT  148
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CACTCACAGCAGAAA-CTGCACTTTCCAAGTTTGTAAGATTGGACAGTCT  146

seq1  CTATAGCATCACTAAATATAATCTAGATCAGTGTTAAAAGGCTATCAGGA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAGCATCACTAAATATAATCTAGATCAGTGTTAAAAGGCTATCAGGA  196

seq1  CCAGAAGAACATATTGAAAC-TTGGGGAAGAAG-AAGGGGTCTTCATACA  246
      |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||
seq2  CCAGAAGAACATATTGAAACTTTGGGGAAGAAGAAAGGGGTCTTCATGCA  246

seq1  TATGTCTGTATGTAGAAGCTAGAAACTATTCTCAATTCC-TTCCCCGGGC  295
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TATTTCTGTATGTAGAAGCTAGAAACTATTCTCAATTCCTTTCCCCGGGC  296

seq1  ACTGTCGACCTTGTTTTGTGAAACAAGGTCTCTCCTTGACTTGGAGTTCA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCGACCTTGTTTTGTGAAACAAGGTCTCTCCTTGACTTGGAGTTCA  346

seq1  CGGGCTGGGCAGTGAGCCCCGAGCATTTGCTTATTATCTGCCTCTCCAAA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGCTGGGCAGTGAGCCCCGAGCATTTGCTTATTATCTGCCTCTCCAAA  396

seq1  TCTGAAATTACAAGCACATGCACACCTAGCTTTACATGGGTTCTAGAGAT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAATTACAAGCACATGCACACCTAGCTTTACATGGGTTCTAGAGAT  446

seq1  CAAAACTCTATGTGGTCCATGTGACTGCATGGCAGAAACCTTACCTGTCT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACTCTATGTGGTCCATGTGACTGCATGGCAGAAACCTTACCTGTCT  496

seq1  GAGCTGAATATCCAGTTTGAGATTGAATCGGGATTAAAGTCTATGCTTTA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGAATATCCAGTTTGAGATTGAATCGGGATTAAAGTCTATGCTTTA  546

seq1  ATAAAAACAAATGCATACAAAGCCCTGTGAAACAAATTGCTGTCAAGATG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAACAAATGCATACAAAGCCCTGTGAAACAAATTGCTGTCAAGATG  596

seq1  ACTTTTTGGTTAACTGATGATCCTTTTTCCTAAAAGCTCTCTTGCTCCCC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTTGGTTAACTGATGATCCTTTTTCCTAAAAGCTCTCTTGCTCCCC  646

seq1  ACATCAGTGATGCTGCAGGTCAGTCTGGTAGCCTGGATGAGGTAAGTCTG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCAGTGATGCTGCAGGTCAGTCTGGTAGCCTGGATGAGGTAAGTCTG  696

seq1  CCCTAACACAATCAATATCAGTTAGAGTATGTATGTGCCATAACTTGGAA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAACACAATCAATATCAGTTAGAGTATGTATGTGCCATAACTTGGAA  746

seq1  CAAAGAGTGGCTTTTCCCAGGAATCTGGATTTAGAAGAGATTCTTGCTCA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAGTGGCTTTTCCCAGGAATCTGGATTTAGAAGAGATTCTTGCTCA  796

seq1  ATCTGTCTATGCTCTTGAATAGAGGACACATAAACACTAAAAGTGGTGGC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTCTATGCTCTTGAATAGAGGACACATAAACACTAAAAGTGGTGGC  846

seq1  AGTGACTATTTTTGACCATTTGGGCAAGGAAACAGAGAAGCCAGCCTGCT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGACTATTTTTGACCATTTGGGCAAGGAAACAGAGAAGCCAGCCTGCT  896

seq1  GCTAAGACAAGAATGAAGAACACCTACCAGCAAGGAGAGAGGGCTTCCTG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAGACAAGAATGAAGAACACCTACCAGCAAGGAGAGAGGGCTTCCTG  946

seq1  TTTCCCCAGTCACAGGCAACTGCCTGAGTCCCACTTATAGCAATTTATCC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCCAGTCACAGGCAACTGCCTGAGTCCCACTTATAGCAATTTATCC  996

seq1  CTGTCCTTGAAACCCATGTGGACACCACAGTACCTGTCAACAGCTCCTAA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCTTGAAACCCATGTGGACACCACAGTACCTGTCAACAGCTCCTAA  1046

seq1  AACAAACATGTCATTACTAACATTCTGGGCCTTCCATTGTGTTTAGTTTA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAACATGTCATTACTAACATTCTGGGCCTTCCATTGTGTTTAGTTTA  1096

seq1  AAACGACCGAGAACCAGTTTTTCCAAGTTCTCTAAGCCAAGATTTCTGAA  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACGACCGAGAACCAGTTTTTCCAAGTTCTCTAAGCCAAGATTTCTGAA  1146

seq1  AGAATTC  1152
      |||||||
seq2  AGAATTC  1153

seq1: chr14_49934782_49935909
seq2: B6Ng01-103K20.g_70_1182

seq1  GAATTCTGTCTTGTGGGTTGTCTTTCATGTGAAATAGATCTTTAAATTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTCTTGTGGGTTGTCTTTCATGTGAAATAGATCTTTAAATTGG  50

seq1  GAGTTTTACTAAAAGGAAGATGAAATTTCCCAAAGGGAAGTTTTTACTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTTTACTAAAAGGAAGATGAAATTTCCCAAAGGGAAGTTTTTACTTG  100

seq1  ACAGAGACACAACTTCACTGTAGGGAATCAATAAAGGCCAAAGCCTTCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGACACAACTTCACTGTAGGGAATCAATAAAGGCCAAAGCCTTCAG  150

seq1  TAAAGCACACAGAAGTCTCACGTATCACACAGAAAAACTAATGGCCCCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGCACACAGAAGTCTCACGTATCACACAGAAAAACTAATGGCCCCTT  200

seq1  TGCAGCCCTGCAGCTGCTGGTGACAGTAAGTGGCAGCTTTGTGAAGAGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCCCTGCAGCTGCTGGTGACAGTAAGTGGCAGCTTTGTGAAGAGGG  250

seq1  TGAATGGCAATGCTTCCACACTGCCTCAGATGCAAGGTTTGCTCCTGGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGGCAATGCTTCCACACTGCCTCAGATGCAAGGTTTGCTCCTGGTA  300

seq1  GGGTGGGGCATCTGCCTGGCCAGAAAGCAAGAAGGAGTTGAGAGTCCTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGGGGCATCTGCCTGGCCAGAAAGCAAGAAGGAGTTGAGAGTCCTTG  350

seq1  GTTTATTATTTTATCCACCACCAGTAGATGCCTTTGTGAATACACATTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATTATTTTATCCACCACCAGTAGATGCCTTTGTGAATACACATTTA  400

seq1  CCAAAGCACACGTAGAAAAACATTTATTAAATGGCTTTCTCTCTTCTTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGCACACGTAGAAAAACATTTATTAAATGGCTTTCTCTCTTCTTAT  450

seq1  TCCTGGCTCTGTGATGGTTCTTACCTGGAGACCATAGTCACCAGATGAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGCTCTGTGATGGTTCTTACCTGGAGACCATAGTCACCAGATGAGA  500

seq1  ATCTCAAGTCAAGCCAGTGGGGCGGGGAAGGAGCATAGTTCTCTAGGGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCAAGTCAAGCCAGTGGGGCGGGGAAGGAGCATAGTTCTCTAGGGAT  550

seq1  GGAGAGAGACAACTATCCAAGGGCAAAGTGGCCCACAAAGCTGATCACTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGAGACAACTATCCAAGGGCAAAGTGGCCCACAAAGCTGATCACTA  600

seq1  GCACAGGTTGTTCTGATCTAGCTGGTCACGTCACGCAGGTACTCAGTCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGGTTGTTCTGATCTAGCTGGTCACGTCACGCAGGTACTCAGTCTT  650

seq1  TCCTTACTTCTCTGTCCACTCATTCCTCTCATTGCTGTCTACCTCCCCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTACTTCTCTGTCCACTCATTCCTCTCATTGCTGTCTACCTCCCCAT  700

seq1  ATGAAACTGTTGTTGCAGACGACAGAAGTC-TTCCTCTTATTCCTTCCCT  749
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ATGAAACTGTTGTTGCAGACGACAGAAGTCTTTCCTCTTATTCCTTCCCT  750

seq1  TTCCACATTCTTAGTGACCCATGTGAAAATCTATGCAATGTAAGCCTTAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCACATTCTTAGTGACCCATGTGAAAATCTATGCAATGTAAGCCTTAG  800

seq1  GTCTTGAGAAATGTGAACACTCAAAGAACGGGTATTTCCTAAGGAGCAAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGAGAAATGTGAACACTCAAAGAACGGGTATTTCCTAAGGAGCAAT  850

seq1  GAACAGTGTGCCTCTCTTTGGGGTGATGGGAACAGAATATCTGGATAAGA  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GAACAGTGTGCCTCTCTTTGGGGTGATGGGAACAGAATATCTGGAT-AGA  899

seq1  GGCAAAGTTTGGAATGAAGCCAGGGGCTGGGGAAATAATAAATTAGTTAC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAAGTTTGGAATGAAGCCAGGGGCTGGGGAAATAATAAATTAGTTAC  949

seq1  ACTCCCTGTATAGTAGCAGCTTTTAGTTATTAAGCACTGTCTGTATGTCA  999
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| 
seq2  ACTCCCTGTATAGTAGCAGCTTTTAG-TATTAAGCACTGTCTGTATGTC-  997

seq1  AGTGAGCACTTTTTATATACCAAATGGTGCTTTAAGCACATTTCAT-CAC  1048
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||
seq2  AGTGAGCCCTTTTTATATACCAAATGGTGCTT--AGCACATTTCATCCAC  1045

seq1  AGACTGCTGGATTTGACTCTCATTCTTTCTAGAGATTTTTTTTTTTTTTG  1098
      ||||||||||| |||||||||||||  || ||||||||||||||      
seq2  AGACTGCTGGA-TTGACTCTCATTC--TCAAGAGATTTTTTTTT------  1086

seq1  CCCTGGTAATGAAGCATCTTTATTAAAGCT  1128
       |||||| ||| |||||| ||| |||||||
seq2  GCCTGGT-ATG-AGCATC-TTAATAAAGCT  1113