BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-104D20
Chromosome14 (Build37)
Map Location 47,645,567 - 47,793,095
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSamd4, Gch1
Upstream geneLOC625377, LOC218963, LOC100041724, Bmp4, LOC100041732, LOC100041754, Cdkn3, Cnih, Gmfb, Cgrrf1
Downstream geneWdhd1, Socs4, LOC670795, C130032J12Rik, Lgals3, Dlg7, LOC666895, Fbxo34, D14Ertd436e, EG625730, LOC100042787, Ktn1, 4930447J18Rik, Map1lc3-ps2, Peli2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-104D20.bB6Ng01-104D20.g
ACCDH912597DH912598
length654783
definitionDH912597|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-104D20, 5' end.DH912598|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-104D20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(47,645,567 - 47,646,220)(47,792,319 - 47,793,095)
sequence
gaattcccaacccaaacaagagcttgtccctcggaattcactaagtattt
agtggtgatcatgctgcccccagttctctcagggacattcatttttgtgt
gtgtgtatgtgacttatgataccaagttggtatcaataccaaagactttt
ttaaaatgcagtgtggtcttgactagaaatggggttagtgatatgaattg
atgggtataatcagaagccatttactatacacaaattcatacccaaaaaa
aatgtacataagaactgccagcaagagcttgctggcaggagcctgatgta
gctgtctcctaagaggctctgccagtgcctgacaaatacagaagtggatg
ctcacagccatccattggaaggagctagagaaagtacccaaggagctaaa
ggggtttgcagccccctagggggaaacaacaatatgaactaaccagtacc
cccagagctccctgggactaaaccaccaaccaaagaaaacacatggtgga
ctcatggctctagctgcatatgtatcagaggatggactagttggtcatca
atgatgcccttggtcctgtgaaggctctatggcccagtataggcaaatgc
cagagccagaaagcaggagtgggtgagcaggggaaggaggaggggatggg
ggtt
gaattcccacgctgaattctgaaggagtcctgtgtttaactttgtcttga
tgcgtggtgttacaagggcactatggagtgccaaagcccaaagatggggc
acttcttctggtatcctgtgaccttaagctttgagaacaggtaactgtgg
tactaggggaacccatgacatagtgctgtgggccttccaagtttctctga
ggtcagagacactgggaaagcttagacctgtgacacatttttttttctct
caaacaggaacatttatggtttttttttttaatttttgttttgttttgtt
ttgttttcaaaactctgtatagccctggttgtcttggaacttaacactgg
ctggctttgaactcacgaagatccacttgcctctgtctcccgatcgctgg
gattaaaggtatgcactatcactgcctgttgctaaacttatctttgatag
catctttagatgatttaattctgggcaagatccgagtccccatgccctgg
gatgtgttgcccccgcctgcctgggctccattgttcgttccccttataga
caggatgtatagactctgctatatctttcttgtcctttggatggatttta
ttttaaggctccaaagccatctttcatcaggttttgcatgatggaagatg
aatcaaatatcccaccctagccttgaatgctatttcccaggctcaatgat
ggtggtaaaaacaagacagaagttttcctgtgtcttttcccgtgtgcccc
ttctccctggcaaaacaggtctgtttgtactaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_47645567_47646220
seq2: B6Ng01-104D20.b_45_698

seq1  GAATTCCCAACCCAAACAAGAGCTTGTCCCTCGGAATTCACTAAGTATTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCAACCCAAACAAGAGCTTGTCCCTCGGAATTCACTAAGTATTT  50

seq1  AGTGGTGATCATGCTGCCCCCAGTTCTCTCAGGGACATTCATTTTTGTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTGATCATGCTGCCCCCAGTTCTCTCAGGGACATTCATTTTTGTGT  100

seq1  GTGTGTATGTGACTTATGATACCAAGTTGGTATCAATACCAAAGACTTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTATGTGACTTATGATACCAAGTTGGTATCAATACCAAAGACTTTT  150

seq1  TTAAAATGCAGTGTGGTCTTGACTAGAAATGGGGTTAGTGATATGAATTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATGCAGTGTGGTCTTGACTAGAAATGGGGTTAGTGATATGAATTG  200

seq1  ATGGGTATAATCAGAAGCCATTTACTATACACAAATTCATACCCAAAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGTATAATCAGAAGCCATTTACTATACACAAATTCATACCCAAAAAA  250

seq1  AATGTACATAAGAACTGCCAGCAAGAGCTTGCTGGCAGGAGCCTGATGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTACATAAGAACTGCCAGCAAGAGCTTGCTGGCAGGAGCCTGATGTA  300

seq1  GCTGTCTCCTAAGAGGCTCTGCCAGTGCCTGACAAATACAGAAGTGGATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTCTCCTAAGAGGCTCTGCCAGTGCCTGACAAATACAGAAGTGGATG  350

seq1  CTCACAGCCATCCATTGGAAGGAGCTAGAGAAAGTACCCAAGGAGCTAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAGCCATCCATTGGAAGGAGCTAGAGAAAGTACCCAAGGAGCTAAA  400

seq1  GGGGTTTGCAGCCCCCTAGGGGGAAACAACAATATGAACTAACCAGTACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTTTGCAGCCCCCTAGGGGGAAACAACAATATGAACTAACCAGTACC  450

seq1  CCCAGAGCTCCCTGGGACTAAACCACCAACCAAAGAAAACACATGGTGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGAGCTCCCTGGGACTAAACCACCAACCAAAGAAAACACATGGTGGA  500

seq1  CTCATGGCTCTAGCTGCATATGTATCAGAGGATGGACTAGTTGGTCATCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGGCTCTAGCTGCATATGTATCAGAGGATGGACTAGTTGGTCATCA  550

seq1  ATGATGCCCTTGGTCCTGTGAAGGCTCTATGGCCCAGTATAGGCAAATGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGCCCTTGGTCCTGTGAAGGCTCTATGGCCCAGTATAGGCAAATGC  600

seq1  CAGAGCCAGAAAGCAGGAGTGGGTGAGCAGGGGAAGGAGGAGGGGATGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCCAGAAAGCAGGAGTGGGTGAGCAGGGGAAGGAGGAGGGGATGGG  650

seq1  GGTT  654
      ||||
seq2  GGTT  654

seq1: chr14_47792319_47793095
seq2: B6Ng01-104D20.g_65_847 (reverse)

seq1  TTAGTACAAACAGACCTGTTTTGCCAGGGAGAA-GGGCACACGGG-AAAG  48
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
seq2  TTAGTACAAACAGACCTGTTTTGCCAGGGAGAAGGGGCACACGGGAAAAG  50

seq1  ACACAGG-AAACTTCTGTCTTGTTTTTACCACCATCATTGAGCCTGGG-A  96
      ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  ACACAGGAAAACTTCTGTCTTGTTTTTACCACCATCATTGAGCCTGGGAA  100

seq1  ATAGCATTCAAGGCTAGGGTGGGATATTTGATTCATCTTCCATCATGC-A  145
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  ATAGCATTCAAGGCTAGGGTGGGATATTTGATTCATCTTCCATCATGCAA  150

seq1  AACCTGATGAAAGATGGCTTTGGAGCCTT-AAATAAAATCCATCCAAAGG  194
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AACCTGATGAAAGATGGCTTTGGAGCCTTAAAATAAAATCCATCCAAAGG  200

seq1  ACAAGAAAGATATAGCAGAGTCTATACATCCTGTCTATAAGGGGAACGAA  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGAAAGATATAGCAGAGTCTATACATCCTGTCTATAAGGGGAACGAA  250

seq1  CAATGGAGCCCAGGCAGGCGGGGGCAACACATCCCAGGGCATGGGGACTC  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGGAGCCCAGGCAGGCGGGGGCAACACATCCCAGGGCATGGGGACTC  300

seq1  GGATCTTGCCCAGAATTAAATCATCTAAAGATGCTATCAAAGATAAGTTT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCTTGCCCAGAATTAAATCATCTAAAGATGCTATCAAAGATAAGTTT  350

seq1  AGCAACAGGCAGTGATAGTGCATACCTTTAATCCCAGCGATCGGGAGACA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACAGGCAGTGATAGTGCATACCTTTAATCCCAGCGATCGGGAGACA  400

seq1  GAGGCAAGTGGATCTTCGTGAGTTCAAAGCCAGCCAGTGTTAAGTTCCAA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAAGTGGATCTTCGTGAGTTCAAAGCCAGCCAGTGTTAAGTTCCAA  450

seq1  GACAACCAGGGCTATACAGAGTTTTGAAAACAAAACAAAACAAAACAAAA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAACCAGGGCTATACAGAGTTTTGAAAACAAAACAAAACAAAACAAAA  500

seq1  ATTAAAAAAAAAAACCATAAATGTTCCTGTTTGAGAGAAAAAAAAATGTG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAAAAAAAAACCATAAATGTTCCTGTTTGAGAGAAAAAAAAATGTG  550

seq1  TCACAGGTCTAAGCTTTCCCAGTGTCTCTGACCTCAGAGAAACTTGGAAG  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGGTCTAAGCTTTCCCAGTGTCTCTGACCTCAGAGAAACTTGGAAG  600

seq1  GCCCACAGCACTATGTCATGGGTTCCCCTAGTACCACAGTTACCTGTTCT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCACAGCACTATGTCATGGGTTCCCCTAGTACCACAGTTACCTGTTCT  650

seq1  CAAAGCTTAAGGTCACAGGATACCAGAAGAAGTGCCCCATCTTTGGGCTT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCTTAAGGTCACAGGATACCAGAAGAAGTGCCCCATCTTTGGGCTT  700

seq1  TGGCACTCCATAGTGCCCTTGTAACACCACGCATCAAGACAAAGTTAAAC  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCACTCCATAGTGCCCTTGTAACACCACGCATCAAGACAAAGTTAAAC  750

seq1  ACAGGACTCCTTCAGAATTCAGCGTGGGAATTC  777
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGACTCCTTCAGAATTCAGCGTGGGAATTC  783