BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-105N18
Chromosome14 (Build37)
Map Location 122,928,899 - 123,154,222
singlet/doubletdoublet
Overlap genePcca
Upstream geneDock9, LOC668843, Phgdhl1, Gpr18, Ebi2, Timm8a2, Tm9sf2, LOC621710, Clybl, 1700108J01Rik, EG328479, EG432907, Zic5, Zic2, ENSMUSG00000075465, LOC668847
Downstream geneBC006662, 4930594M22Rik, Tmtc4, Vgcnl1, Itgbl1, LOC668700
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-105N18.bB6Ng01-105N18.g
ACCDH913766DH913767
length1,0581,143
definitionDH913766|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-105N18, 5' end.DH913767|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-105N18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(122,928,899 - 122,929,972)(123,153,078 - 123,154,222)
sequence
gaattccatccattcccccctttcttcctttcctttttttttcttcttgc
tatgatgtctggtctcaagctctcatgttcaggtgattctcctgcctcag
cctctgcagtgctggggcttacacctttttatattacttgagaattgagc
catagtttgattggatcagtacttactgattctcattaaggggccttaat
aaaaaaaaatccaaaggagtctatgtgtttctaggaagaaagcagggttc
catgggaaggaaactggagctgttattaaagagttatagcttctcagaaa
gctgcatcccaatagcagacctgtaagtactattatatattatgcatatc
tgcctgtctgtctatctatctatctatctatctatctatctatctatcta
tctatctatctatgaaattgtaactttcacatcctactgctgctaagcag
cacccctccatagcctttgcaccagctcctgcctccaggttcctgccctg
tttgagttctcatcctgacttcctttgatgatgaacagtgatgcaaaatg
taagccaaatacaccctttccttccgaatttgctttttttttcctctcat
aatgtttgctcatgacaatagaaacccaactaagaccagtgacttttgaa
aagcaatccagagcctgttatggctctgtggattgggtacctttaatctc
agcacaaaagaggtagatgaaacaggtttttgtgagttttatgacatcct
ggtctacatagagagttctaggacagccaggggtacacagacagattctt
tcttgaaaaaccaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagctaaaataaaa
aagaaattcaggtcaaaagaaatcataaatctggttagtaccctgatcag
atggtactaatatccatgtgagaaagatggcagaaacagagtcatggtgc
agatgcctaaatttgacactgagtccaagccaagacaactgctgtgagtc
tccagctaactgtctatattttaaaatgcaagagagaaaaatagatgata
ttatatgc
gaattcaaactctagcacaacagggaaaggagaaatgggtgggtggacag
ttgaatggacagatgagtagacagacgagtagacagatgactggcaaggc
ttcaccagcaagagagcctggtttctgggattgcactcactcagtcatca
tgagcacatcactgggccaccttcctgcccttgtgtgctctttcaagtga
agaactggcctatagaagctagattctggtcaggtctgcatacatcctgt
ggtgcttttcttcaaaagtggattcagggaggcacagcttagtttcaaat
aaagcttggtttctaacacaactaaaaatttctttgccactttcccctac
tctccaaatttgaggcatcccatgacatatgaataaattaaagccaactc
aaagggaactttccagtacaggatgaaagcctacacacaagcacacacct
ctagcacagagagaaaggcgaagcatagcaaagagtagggcagatggttt
gctgatgtcattacttcaacactgtctgcaatatacaccaaatacttcac
acttggtaagagaagttaccctattatacaaaaagggaacacaccagcac
tcaaaaagtacagcttgcaatcaacttgtgcattcgattcccacgagtgc
cagccaggtacagtctggcataagaaacacaaagaggatgaaggtccagt
tgcaggggagagtgcctgcttagcacaagacgtgggctccagcatagcaa
agcagtaaaaccttttgaaaaacttcactaaaaagtgaagtgtgaaaatt
aaagtagctgaatgaaacaaagttcacagcggcctcctaaagtcaaagtt
ataagcctgatgtaccaatccagcatgtatggattgcaggttttaatgtc
ctgattatcaatgttgttaaatacattttgtaactaaattaaccaaataa
caatacatacatagcacaagcagctgtacagcttctagaagtttgggaag
cctcgctctataagccaaagggtagacataaggctacaccaaattatgcc
accttggcatatggaatattttagctttagggaattagaagaaattccag
gtgccgaaagactctctgaccttccctggagcagtcggggaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_122928899_122929972
seq2: B6Ng01-105N18.b_50_1107

seq1  GAATTCCATCCATTCCCCCCTTTCTTCCTTTCCTTTTTTTTTCTTCTTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATCCATTCCCCCCTTTCTTCCTTTCCTTTTTTTTTCTTCTTGC  50

seq1  TATGATGTCTGGTCTCAAGCTCTCATGTTCAGGTGATTCTCCTGCCTCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATGTCTGGTCTCAAGCTCTCATGTTCAGGTGATTCTCCTGCCTCAG  100

seq1  CCTCTGCAGTGCTGGGGCTTACACCTTTTTATATTACTTGAGAATTGAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGCAGTGCTGGGGCTTACACCTTTTTATATTACTTGAGAATTGAGC  150

seq1  CATAGTTTGATTGGATCAGTACTTACTGATTCTCATTAAGGGGCCTTAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGTTTGATTGGATCAGTACTTACTGATTCTCATTAAGGGGCCTTAAT  200

seq1  AAAAAAAAATCCAAAGGAGTCTATGTGTTTCTAGGAAGAAAGCAGGGTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAATCCAAAGGAGTCTATGTGTTTCTAGGAAGAAAGCAGGGTTC  250

seq1  CATGGGAAGGAAACTGGAGCTGTTATTAAAGAGTTATAGCTTCTCAGAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGAAGGAAACTGGAGCTGTTATTAAAGAGTTATAGCTTCTCAGAAA  300

seq1  GCTGCATCCCAATAGCAGACCTGTAAGTACTATTATATATTATGCATATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCATCCCAATAGCAGACCTGTAAGTACTATTATATATTATGCATATC  350

seq1  TGCCTGTCTGTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGTCTGTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTA  400

seq1  TCTATCTATCTATGAAATTGTAACTTTCACATCCTACTGCTGCTAAGCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCTATCTATGAAATTGTAACTTTCACATCCTACTGCTGCTAAGCAG  450

seq1  CACCCCTCCATAGCCTTTGCACCAGCTCCTGCCTCCAGGTTCCTGCCCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCCTCCATAGCCTTTGCACCAGCTCCTGCCTCCAGGTTCCTGCCCTG  500

seq1  TTTGAGTTCTCATCCTGACTTCCTTTGATGATGAACAGTGATGCAAAATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGTTCTCATCCTGACTTCCTTTGATGATGAACAGTGATGCAAAATG  550

seq1  TAAGCCAAATACACCCTTTCCTTCCGAATTTGCTTTTTTTTTCCTCTCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCCAAATACACCCTTTCCTTCCGAATTTGCTTTTTTTTTCCTCTCAT  600

seq1  AATGTTTGCTCATGACAATAGAAACCCAACTAAGACCAGTGACTTTTGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTTGCTCATGACAATAGAAACCCAACTAAGACCAGTGACTTTTGAA  650

seq1  AAGCAATCCAGAGCCTGTTATGGCTCTGTGGATTGGGTACCTTTAATCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAATCCAGAGCCTGTTATGGCTCTGTGGATTGGGTACCTTTAATCTC  700

seq1  AGCACAAAAGAGGTAGATGAAACAGGTTTTTGTGAGTTTTATGACATCCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACAAAAGAGGTAGATGAAACAGGTTTTTGTGAGTTTTATGACATCCT  750

seq1  GGTCTACATAGAGAGTTCTAGGACAGCCAGGGGTACACAGACAGATTCTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTACATAGAGAGTTCTAGGACAGCCAGGGGTACACAGACAGATTCTT  800

seq1  TCTTGAAAAACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCCAAAATA  850
      ||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TCTTGAAAAACC---AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCTAAAATA  847

seq1  AAAAAGAAATTCAGGTCAAAAGAAATCATAAAATCTGGTTAGTACCCTGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGAAATTCAGGTCAAAAGAAATCAT-AAATCTGGTTAGTACCCTGA  896

seq1  TCAGATGGTACTAATATCCATGTGAGAAAAGATGGCAGAAACAGAGTCAT  950
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATGGTACTAATATCCATGTGAG-AAAGATGGCAGAAACAGAGTCAT  945

seq1  GGTGCAGATGCCTAAAATTTGAACACTTGGAAGTCCAAGGCAAGACAACT  1000
      ||||||||||||| ||||||| |||||    |||||||| ||||||||||
seq2  GGTGCAGATGCCT-AAATTTG-ACACT---GAGTCCAAGCCAAGACAACT  990

seq1  GCTGTGAGTTCTCAGCTAAACTGTACTAATATTTTAAAAATGCAAAGAGA  1050
      |||||||||   ||||| |||||| || ||||||| ||||||| ||||||
seq2  GCTGTGAGTCTCCAGCT-AACTGT-CT-ATATTTT-AAAATGC-AAGAGA  1035

seq1  GAAAAATAGAATGATATTATATGC  1074
      ||||||||| ||||||||||||||
seq2  GAAAAATAG-ATGATATTATATGC  1058

seq1: chr14_123153078_123154222
seq2: B6Ng01-105N18.g_67_1209 (reverse)

seq1  TCTCTCCCGACTTGCTTCAGGGAAGGTCAGAGAGTCTTTCCGGCACCTGT  50
      |||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| 
seq2  TCTC-CCCGAC-TGCTCCAGGGAAGGTCAGAGAGTCTTT-CGGCACCTGG  47

seq1  GATTTC-TCTAATT-CCTAAAGCTTAAAATATTCCATATGCCAAGGT-GC  97
       ||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AATTTCTTCTAATTCCCTAAAGC-TAAAATATTCCATATGCCAAGGTGGC  96

seq1  ATATTTTGGTGTAG-CTTATGTCTACCCCTTTGGC-TATAGAGCGA-GCT  144
      ||| |||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||| |||
seq2  ATAATTTGGTGTAGCCTTATGTCTA-CCCTTTGGCTTATAGAGCGAGGCT  145

seq1  TCCCAAACTTCTAGAAGCTGTTACAGCTGCTTGTGCTTATGTATGTATTG  194
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TCCCAAACTTCTAGAAGCTG-TACAGCTGCTTGTGC-TATGTATGTATTG  193

seq1  TGTATTTGGTTAATTTAGTTACAAAATGTATTTAACAACATTGATAATCA  244
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  T-TATTTGGTTAATTTAGTTACAAAATGTATTTAACAACATTGATAATCA  242

seq1  GGACATTTAAAACCTGCAATCCATACATGCTGGATTGGTACATCAGGCTT  294
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACA-TTAAAACCTGCAATCCATACATGCTGGATTGGTACATCAGGCTT  291

seq1  ATAACTTTGACTTTAGGAGGCCGCTGTGAACTTTGTTTCATTCAGCTACT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACTTTGACTTTAGGAGGCCGCTGTGAACTTTGTTTCATTCAGCTACT  341

seq1  TTAATTTTCACACTTCACTTTTTAGTGAAGTTTTTC-AAAGGTTTTACTG  393
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TTAATTTTCACACTTCACTTTTTAGTGAAGTTTTTCAAAAGGTTTTACTG  391

seq1  CTTTGCTATGCTGGAGCCCACGTCTTGTGCTAAGCAGGCACTCTCCCCTG  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCTATGCTGGAGCCCACGTCTTGTGCTAAGCAGGCACTCTCCCCTG  441

seq1  CAACTGGACCTTCATCCTCTTTGTGTTTCTTATGCCAGACTGTACCTGGC  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGGACCTTCATCCTCTTTGTGTTTCTTATGCCAGACTGTACCTGGC  491

seq1  TGGCACTCGTGGGAATCGAATGCACAAGTTGATTGCAAGCTGTACTTTTT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCACTCGTGGGAATCGAATGCACAAGTTGATTGCAAGCTGTACTTTTT  541

seq1  GAGTGCTGGTGTGTTCCCTTTTTGTATAATAGGGTAACTTCTCTTACCAA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGCTGGTGTGTTCCCTTTTTGTATAATAGGGTAACTTCTCTTACCAA  591

seq1  GTGTGAAGTATTTGGTGTATATTGCAGACAGTGTTGAAGTAATGACATCA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGAAGTATTTGGTGTATATTGCAGACAGTGTTGAAGTAATGACATCA  641

seq1  GCAAACCATCTGCCCTACTCTTTGCTATGCTTCGCCTTTCTCTCTGTGCT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAACCATCTGCCCTACTCTTTGCTATGCTTCGCCTTTCTCTCTGTGCT  691

seq1  AGAGGTGTGTGCTTGTGTGTAGGCTTTCATCCTGTACTGGAAAGTTCCCT  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTGTGTGCTTGTGTGTAGGCTTTCATCCTGTACTGGAAAGTTCCCT  741

seq1  TTGAGTTGGCTTTAATTTATTCATATGTCATGGGATGCCTCAAATTTGGA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGTTGGCTTTAATTTATTCATATGTCATGGGATGCCTCAAATTTGGA  791

seq1  GAGTAGGGGAAAGTGGCAAAGAAATTTTTAGTTGTGTTAGAAACCAAGCT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAGGGGAAAGTGGCAAAGAAATTTTTAGTTGTGTTAGAAACCAAGCT  841

seq1  TTATTTGAAACTAAGCTGTGCCTCCCTGAATCCACTTTTGAAGAAAAGCA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTGAAACTAAGCTGTGCCTCCCTGAATCCACTTTTGAAGAAAAGCA  891

seq1  CCACAGGATGTATGCAGACCTGACCAGAATCTAGCTTCTATAGGCCAGTT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGGATGTATGCAGACCTGACCAGAATCTAGCTTCTATAGGCCAGTT  941

seq1  CTTCACTTGAAAGAGCACACAAGGGCAGGAAGGTGGCCCAGTGATGTGCT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACTTGAAAGAGCACACAAGGGCAGGAAGGTGGCCCAGTGATGTGCT  991

seq1  CATGATGACTGAGTGAGTGCAATCCCAGAAACCAGGCTCTCTTGCTGGTG  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATGACTGAGTGAGTGCAATCCCAGAAACCAGGCTCTCTTGCTGGTG  1041

seq1  AAGCCTTGCCAGTCATCTGTCTACTCGTCTGTCTACTCATCTGTCCATTC  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCTTGCCAGTCATCTGTCTACTCGTCTGTCTACTCATCTGTCCATTC  1091

seq1  AACTGTCCACCCACCCATTTCTCCTTTCCCTGTTGTGCTAGAGTTTGAAT  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTCCACCCACCCATTTCTCCTTTCCCTGTTGTGCTAGAGTTTGAAT  1141

seq1  TC  1145
      ||
seq2  TC  1143