BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-107H02
Chromosome14 (Build37)
Map Location 75,016,355 - 75,148,961
singlet/doubletdoublet
Overlap geneHtr2a, LOC668508, Esd
Upstream geneLOC100043734, EG629578, LOC629583
Downstream geneLrch1, ENSMUSG00000075519, LOC100043169, 5031414D18Rik, 4921509B22Rik, LOC100043176, Lcp1, Cpb2, Zc3h13, Gm912, Spert, 4930564B18Rik, Cog3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-107H02.bB6Ng01-107H02.g
ACCDH914911DH914912
length8701,067
definitionDH914911|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-107H02, 5' end.DH914912|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-107H02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(75,016,355 - 75,017,223)(75,147,904 - 75,148,961)
sequence
gaattcaaaggattacaagatgatagacaattgttctaatcagggctcag
taattttttttctgttaaaaaaaaaagttcaatagcacaggattgctgtc
acaacactatgacactttttctgtggaatcaggaacacacatccactcac
cccagataaggaatcagtggaaccaaaggagaatactaccaaagactgac
ttggctacttgtgggaatatgagtaaggcattacttataagaatggaaat
gactcaaaagttttatatgaaagcccaccccagcatgaaagtgggaaatc
tggagcacgctacacagcctgcaggtgttcaatagtttggagaatgtcct
ttccaggctattgagttggtctctgttttctccagatagatgtgctggtg
tgacaacgtacctcagagcccttcttgcttctatatgcttggggaggaag
gatgtcaagtatacgtggtcagtgtcagggacttcctgaagtttaacaag
tttccctgtgttttaatgagcttccctccaagtttgggggtgggggtatc
ttggaggaaatttccacacaatttgtgatgacttgattatgccactgtgg
catgaaacaaatcatgggtaatatgtgggtatgtatgactgggctctaat
aaaatatcacatagaaaacagacaagtagtagtctggaggccatcgtgtg
cagccccctgctgtagagaatacacattgatcctagtcagaggaagatgt
ctgctctcatggggatattgaaagctgcacacccactcttaagtgtctga
tctcagtacttaagacaaatgaaaggaagcccttgatacaaagtgtaact
cttagaagaacatctagtct
gaattcaatctctggcctggggagatggctcggctggtaaagtgcttgct
tggcaatcacaaggacctgcattcgatccctagaaccacaagggggtgaa
taaaagcctggtgtgtaatggctgtactgtaattctagtgtgaggaggtg
aatccctggggctggctggccagtcatagtagtttgtctggctattgcta
ctatcccagggcagtgagagattttatctttttttttaaatagtgacagt
atctgaggagtgacacctgatgttcactgttggtctttacatgcacaaac
acacatgcaatgtccctgacccctgagagagagagagagagagagagaga
gagagagagagagagagagagagagagagagagacagacagacagagacg
gagacagagagagacagaccatcccagcaacaaaaccactgttggagggg
atggagatgcaatccaccctagatttaacaggaagtcacttccagtgtag
acgactcccagtaacgtcctaatagtaactcgtcttcaagtgtggacaag
catcagacaggagggtcttcatggtcaagaccacaccctggaattacttg
gtttccacctctcactggttagttacggctgctgcctgccatagagtttt
aaaactctaagaaggactttacaaggcaagaggacacactgagctgctgc
tgtgccgctgaaggtagatactggagccaagtgtgctatccaggacaggg
ctcggggttctagttatcagccttattaaacgagctctttctactacact
cttgaactaattagtcaagtttggtttgctaagcagcttgtgcagtcacc
catatttcccctctcctgcaagcgttaaatggggaaagcgctcagtagga
aagggcctggcagcgggagggcacacacactcttcagttcttcctgagct
ctcaggaaggaagcaggtgcttctctatactgtgctttccctgcatggcc
tcctgaatccaactgcaaaagcttcaggctgagcttggagttagcgagta
gacaggtgaaagacctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_75016355_75017223
seq2: B6Ng01-107H02.b_45_914

seq1  GAATTCAAAGGATTACAAGATGATAGACAATTGTTCTAATCAGGGCTCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGGATTACAAGATGATAGACAATTGTTCTAATCAGGGCTCAG  50

seq1  TAATTTTTTTTCTGTTAAAAAAAAAAGTTCAATAGCACAGGATTGCTGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTTTTTTCTGTTAAAAAAAAAAGTTCAATAGCACAGGATTGCTGTC  100

seq1  ACAACACTATGACACTTTTTCTGTGGAATCAGGAACACACATCCACTCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACACTATGACACTTTTTCTGTGGAATCAGGAACACACATCCACTCAC  150

seq1  CCCAGATAAGGAATCAGTGGAACCAAAGGAGAATACTACCAAAGACTGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGATAAGGAATCAGTGGAACCAAAGGAGAATACTACCAAAGACTGAC  200

seq1  TTGGCTACTTGTGGGAATATGAGTAAGGCATTACTTATAAGAATGGAAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTACTTGTGGGAATATGAGTAAGGCATTACTTATAAGAATGGAAAT  250

seq1  GACTCAAAAGTTTTATATGAAAGCCCACCCCAGCATGAAAGTGGGAAATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCAAAAGTTTTATATGAAAGCCCACCCCAGCATGAAAGTGGGAAATC  300

seq1  TGGAGCACGCTACACAGCCTGCAGGTGTTCAATAGTTTGGAGAATGTCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGCACGCTACACAGCCTGCAGGTGTTCAATAGTTTGGAGAATGTCCT  350

seq1  TTCCAGGCTATTGAGTTGGTCTCTGTTTTCTCCAGATAGATGTGCTGGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGGCTATTGAGTTGGTCTCTGTTTTCTCCAGATAGATGTGCTGGTG  400

seq1  TGACAACGTACCTCAGAGCCCTTCTTGCTTCTATATGCTTGGGGAGGAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAACGTACCTCAGAGCCCTTCTTGCTTCTATATGCTTGGGGAGGAAG  450

seq1  GATGTCAAGTATACGTGGTCAGTGTCAGGGACTTCCTGAAGTTTAACAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTCAAGTATACGTGGTCAGTGTCAGGGACTTCCTGAAGTTTAACAAG  500

seq1  TTTCCCTGTGTTTTAATGAGCTTCCCTCCAAGTTTGGGGGTGGGGGTATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCTGTGTTTTAATGAGCTTCCCTCCAAGTTTGGGGGTGGGGGTATC  550

seq1  TTGGAGGAAATTTCCACACAATTTGTGATGACTTGATTATGCCACTGTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGGAAATTTCCACACAATTTGTGATGACTTGATTATGCCACTGTGG  600

seq1  CATGAAACAAATCATGGGTAATATGTGGGTATGTATGACTGGGCTCTAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAAACAAATCATGGGTAATATGTGGGTATGTATGACTGGGCTCTAAT  650

seq1  AAAATATCACATAGAAAACAGACAAGTAGTAGTCTGGAGGCCATCGTGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATCACATAGAAAACAGACAAGTAGTAGTCTGGAGGCCATCGTGTG  700

seq1  CAGCCCCCTGCTGTAGAGAATACACATTGATCCTAGTCAGAGGAAGATGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCCCCTGCTGTAGAGAATACACATTGATCCTAGTCAGAGGAAGATGT  750

seq1  CTGCTCTCATGGGGATATTGAAAGCTGCACACCCACTCTTAAGTGTCTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCTCATGGGGATATTGAAAGCTGCACACCCACTCTTAAGTGTCTGA  800

seq1  TCTCAGTACTTAAGACAAATGAAAGGAAG-CCTTGATACAAAGTGTAACT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGTACTTAAGACAAATGAAAGGAAGCCCTTGATACAAAGTGTAACT  850

seq1  CTTAGAAGAACAACTAGTCT  869
      |||||||||||| |||||||
seq2  CTTAGAAGAACATCTAGTCT  870

seq1: chr14_75147904_75148961
seq2: B6Ng01-107H02.g_65_1131 (reverse)

seq1  AAGGTCTTTCACCTGTCTTCTTCGCTAACTCAAGGCTCAGCCTG-AGCTT  49
      |||||||||||||||||| | |||||||||| | |||||||||| |||||
seq2  AAGGTCTTTCACCTGTCTAC-TCGCTAACTCCAAGCTCAGCCTGAAGCTT  49

seq1  TTGCAGTTGGATCCAGGA-GCCATGCAGGG-AAGCACGGTATAGAGGAGC  97
      |||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| |||||||| |||
seq2  TTGCAGTTGGATTCAGGAGGCCATGCAGGGAAAGCACAGTATAGAGAAGC  99

seq1  A-CTGCTTCCTTCCTGAGAGCTCAGGGAGGACTG-AGAGTGTGTGTGCCC  145
      | |||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||
seq2  ACCTGCTTCCTTCCTGAGAGCTCAGGAAGAACTGAAGAGTGTGTGTGCCC  149

seq1  TCCCGCTGCCAG--CCCTTCCTACTGAGCGCTTT-CCCATTTAACGCTTG  192
      ||||||||||||  || ||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TCCCGCTGCCAGGCCCTTTCCTACTGAGCGCTTTCCCCATTTAACGCTTG  199

seq1  CAGGAGAGGGG-AATATGGGTGACTGCACAAGCTGCTTAGCAAACCAAAC  241
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGAGGGGAAATATGGGTGACTGCACAAGCTGCTTAGCAAACCAAAC  249

seq1  TTGACTAATTAGTTCAAGAGTGTAGTAGAAAGAGCTCGTTTAATAAGGCT  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACTAATTAGTTCAAGAGTGTAGTAGAAAGAGCTCGTTTAATAAGGCT  299

seq1  GATAACTAGAA-CCCGAGCCCTGTCCTGGATAGCACACTTGGCTCCAGTA  340
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAACTAGAACCCCGAGCCCTGTCCTGGATAGCACACTTGGCTCCAGTA  349

seq1  TCTACCTTCAGCGGCACAGCAGCAGCTCAGTGTGTCCTCTTGCCTTGTAA  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACCTTCAGCGGCACAGCAGCAGCTCAGTGTGTCCTCTTGCCTTGTAA  399

seq1  AGTCCTTCTTAGAGTTTTAAAACTCTATGGCAGGCAGCAGCCGTAACTAA  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTTCTTAGAGTTTTAAAACTCTATGGCAGGCAGCAGCCGTAACTAA  449

seq1  CCAGTGAGAGGTGGAAACCAAGTAATTCCAGGGTGTGGTCTTGACCATGA  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGAGAGGTGGAAACCAAGTAATTCCAGGGTGTGGTCTTGACCATGA  499

seq1  AGACCCTCCTGTCTGATGCTTGTCCACACTTGAAGACGAGTTACTATTAG  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCCTCCTGTCTGATGCTTGTCCACACTTGAAGACGAGTTACTATTAG  549

seq1  GACGTTACTGGGAGTCGTCTACACTGGAAGTGACTTCCTGTTAAATCTAG  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGTTACTGGGAGTCGTCTACACTGGAAGTGACTTCCTGTTAAATCTAG  599

seq1  GGTGGATTGCATCTCCATCCCCTCCAACAGTGGTTTTGTTGCTGGGATGG  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGATTGCATCTCCATCCCCTCCAACAGTGGTTTTGTTGCTGGGATGG  649

seq1  TCTGTCTCTCTCTGTCTCCGTCTCTGTCTGTCTGTCTCTCTCTCTCTCTC  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTCTCTCTGTCTCCGTCTCTGTCTGTCTGTCTCTCTCTCTCTCTC  699

seq1  TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCAGGGGT  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCAGGGGT  749

seq1  CAGGGACATTGCATGTGTGTTTGTGCATGTAAAGACCAACAGTGAACATC  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGACATTGCATGTGTGTTTGTGCATGTAAAGACCAACAGTGAACATC  799

seq1  AGGTGTCACTCCTCAGATACTGTCACTATTTAAAAAAAAAGATAAAATCT  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGTCACTCCTCAGATACTGTCACTATTTAAAAAAAAAGATAAAATCT  849

seq1  CTCACTGCCCTGGGATAGTAGCAATAGCCAGACAAACTACTATGACTGGC  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTGCCCTGGGATAGTAGCAATAGCCAGACAAACTACTATGACTGGC  899

seq1  CAGCCAGCCCCAGGGATTCACCTCCTCACACTAGAATTACAGTACAGCCA  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCAGCCCCAGGGATTCACCTCCTCACACTAGAATTACAGTACAGCCA  949

seq1  TTACACACCAGGCTTTTATTCACCCCCTTGTGGTTCTAGGGATCGAATGC  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACACACCAGGCTTTTATTCACCCCCTTGTGGTTCTAGGGATCGAATGC  999

seq1  AGGTCCTTGTGATTGCCAAGCAAGCACTTTACCAGCCGAGCCATCTCCCC  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCCTTGTGATTGCCAAGCAAGCACTTTACCAGCCGAGCCATCTCCCC  1049

seq1  AGGCCAGAGATTGAATTC  1058
      ||||||||||||||||||
seq2  AGGCCAGAGATTGAATTC  1067