BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-107J03
Chromosome14 (Build37)
Map Location 84,533,689 - 84,684,459
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100043773, LOC100043279, LOC100043775, LOC100043776, LOC100043280, LOC100043285
Downstream genePcdh17, 9630013A20Rik, LOC629794
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-107J03.bB6Ng01-107J03.g
ACCDH915001DH915002
length6681,077
definitionDH915001|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-107J03, 5' end.DH915002|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-107J03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(84,533,689 - 84,534,356)(84,683,368 - 84,684,459)
sequence
gaattctgggaaaaacagaaatatagagacaataaaacactcagtgtatg
tacaggatctggaatgaaataaaattgtataagtgatgcttaagggatat
tagtgccaggacactattaacagtgatatagtgacagtgaaaccaagaac
taacattcatgaaaatacattgaatgatcaatactatgaatgaattttaa
tgacaaaggcagaatataattaatcataatgcatcaattcttgctagttg
tagaactttactacattaatacaaattttaaatctagaaactaggagagg
ggcaagagagagggaggaatgcctgtattctctataagcttaatgtcacc
caaaaatatgtctcataaaatgaacgtacatgcataaaatattaaaagat
cttacaagagaaataaatatagctgaaaatcatttttaaagaatagaaag
agagtattagcctttataattaaaaagcaattgaggactgaatatgatat
gaaaagttaataaccagatatgtttgcaatggacagaataatgattattt
ggaagcttagcaacagaggactgcctggtatggcctcagtgagagaagaa
acatctaacccttgagagacttgagcacctgggattggggaggcatggtg
ggatggaagttgggatgg
gaattccaaagctgaggaaagtttataaacaaagaaaggcttacaaaagt
ggataaaaataatgttttcatttttaagatttatttgtttaaatgtccat
gggtacacaattgtggatgcatgtttctgtccttgtagaagagggtgaca
ggtcctcctgaattggatttacagacatcgaacagtttgttcacttggtg
ctgtgatctaaaccccaaatcccgtggatgtacatgcaaatgacctgaac
tactgaaccaaactaccagtcttttttgttggttttaattatgataagct
ggcactgaagggttatcctcatcaaaaaatgacaatggaattggaatggt
aatttgaaagggaataatgaaagatttttaaactattggtaggaaaatct
attttggtaagctatattgcatactattgtggcaataagacagagccata
ctaatgccacgaagaaaagagctgtcaactttttataaactgttggaata
acttctttatcaccagaacattgcattgtcttgccacttaactttcataa
ctttatcttcttttgaactatttaatttcttattatggtcttgagtgctt
ggcagtgagatgcatataaaatgacataatggaccttttatgagctattc
aactagtgatctttgaactcatattgctaagtggtctgtggaaaaacaag
ccattttagaacaatttttaaagtaatctgcatcacaaaaccatcccaat
agtgtttttattggttctagtaggatattatacattgttaaattttaaaa
agatgatatgagaatccgtcaagtaaagaaagaaacgattatgttccttt
cagttaccaaccataaatttcatggctaagtctcgtatattgcctttccc
acgtccattgggttgtacgctgaggttctgtagacttccatttaagtaaa
ctggccatgtaagtatagtacagatggtttaaacaatgagctatagaatg
agatacttaaatagggtgggattggcatttgtatcagtccatacaccctg
tcgactttgacctcacagtgattatag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_84533689_84534356
seq2: B6Ng01-107J03.b_41_708

seq1  GAATTCTGGGAAAAACAGAAATATAGAGACAATAAAACACTCAGTGTATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGGAAAAACAGAAATATAGAGACAATAAAACACTCAGTGTATG  50

seq1  TACAGGATCTGGAATGAAATAAAATTGTATAAGTGATGCTTAAGGGATAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGGATCTGGAATGAAATAAAATTGTATAAGTGATGCTTAAGGGATAT  100

seq1  TAGTGCCAGGACACTATTAACAGTGATATAGTGACAGTGAAACCAAGAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGCCAGGACACTATTAACAGTGATATAGTGACAGTGAAACCAAGAAC  150

seq1  TAACATTCATGAAAATACATTGAATGATCAATACTATGAATGAATTTTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATTCATGAAAATACATTGAATGATCAATACTATGAATGAATTTTAA  200

seq1  TGACAAAGGCAGAATATAATTAATCATAATGCATCAATTCTTGCTAGTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAAAGGCAGAATATAATTAATCATAATGCATCAATTCTTGCTAGTTG  250

seq1  TAGAACTTTACTACATTAATACAAATTTTAAATCTAGAAACTAGGAGAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAACTTTACTACATTAATACAAATTTTAAATCTAGAAACTAGGAGAGG  300

seq1  GGCAAGAGAGAGGGAGGAATGCCTGTATTCTCTATAAGCTTAATGTCACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAGAGAGAGGGAGGAATGCCTGTATTCTCTATAAGCTTAATGTCACC  350

seq1  CAAAAATATGTCTCATAAAATGAACGTACATGCATAAAATATTAAAAGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAATATGTCTCATAAAATGAACGTACATGCATAAAATATTAAAAGAT  400

seq1  CTTACAAGAGAAATAAATATAGCTGAAAATCATTTTTAAAGAATAGAAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACAAGAGAAATAAATATAGCTGAAAATCATTTTTAAAGAATAGAAAG  450

seq1  AGAGTATTAGCCTTTATAATTAAAAAGCAATTGAGGACTGAATATGATAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTATTAGCCTTTATAATTAAAAAGCAATTGAGGACTGAATATGATAT  500

seq1  GAAAAGTTAATAACCAGATATGTTTGCAATGGACAGAATAATGATTATTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGTTAATAACCAGATATGTTTGCAATGGACAGAATAATGATTATTT  550

seq1  GGAAGCTTAGCAACAGAGGACTGCCTGGTATGGCCTCAGTGAGAGAAGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGCTTAGCAACAGAGGACTGCCTGGTATGGCCTCAGTGAGAGAAGAA  600

seq1  ACATCTAACCCTTGAGAGACTTGAGCACCTGGGATTGGGGAGGCATGGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTAACCCTTGAGAGACTTGAGCACCTGGGATTGGGGAGGCATGGTG  650

seq1  GGATGGAAGTTGGGATGG  668
      ||||||||||||||||||
seq2  GGATGGAAGTTGGGATGG  668

seq1: chr14_84683368_84684459
seq2: B6Ng01-107J03.g_68_1144 (reverse)

seq1  CTATAAATCACTGTGAGGGTCAAAGGTCTGACAAGTGTGTATGGGAAACT  50
      |||| ||||||||||| ||||||| ||| ||| || ||||||||   |||
seq2  CTAT-AATCACTGTGA-GGTCAAA-GTC-GAC-AGGGTGTATGG---ACT  42

seq1  GATACAAATGCCAATCCCACCCTATTTAAGTATCCTTCATTCTATAGCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||
seq2  GATACAAATGCCAATCCCACCCTATTTAAGTATC--TCATTCTATAG-CT  89

seq1  CATTGTTTAAACCAATCTGTACTATACTTACATGGCCAGTTTACTTAAAT  150
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTTTAAACC-ATCTGTACTATACTTACATGGCCAGTTTACTTAAAT  138

seq1  GGAAGTCTTACAGAACCTCAGCGTACAACCAAATGGACGTGGGAAAGGCA  200
      ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTC-TACAGAACCTCAGCGTACAACCCAATGGACGTGGGAAAGGCA  187

seq1  ATATACGAGAACTTAGCCATGAAATTTATGGTTGGTAACCTGAAAGGAAC  250
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  ATATACGAG-ACTTAGCCATGAAATTTATGGTTGGTAA-CTGAAAGGAAC  235

seq1  ATAATCGTTTCTTTCTTTACTTGACGGATTCTCATATCATCTTTTTAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATCGTTTCTTTCTTTACTTGACGGATTCTCATATCATCTTTTTAAAA  285

seq1  TTTAACAATGTATAATATCCTACTAGAACCAATAAAAACACTATTGGGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAACAATGTATAATATCCTACTAGAACCAATAAAAACACTATTGGGAT  335

seq1  GGTTTTGTGATGCAGATTACTTTAAAAATTGTTCTAAAATGGCTTGTTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTGTGATGCAGATTACTTTAAAAATTGTTCTAAAATGGCTTGTTTT  385

seq1  TCCACAGACCACTTAGCAATATGAGTTCAAAGATCACTAGTTGAATAGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACAGACCACTTAGCAATATGAGTTCAAAGATCACTAGTTGAATAGCT  435

seq1  CATAAAAGGTCCATTATGTCATTTTATATGCATCTCACTGCCAAGCACTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAAAGGTCCATTATGTCATTTTATATGCATCTCACTGCCAAGCACTC  485

seq1  AAGACCATAATAAGAAATTAAATAGTTCAAAAGAAGATAAAGTTATGAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACCATAATAAGAAATTAAATAGTTCAAAAGAAGATAAAGTTATGAAA  535

seq1  GTTAAGTGGCAAGACAATGCAATGTTCTGGTGATAAAGAAGTTATTCCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAGTGGCAAGACAATGCAATGTTCTGGTGATAAAGAAGTTATTCCAA  585

seq1  CAGTTTATAAAAAGTTGACAGCTCTTTTCTTCGTGGCATTAGTATGGCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTATAAAAAGTTGACAGCTCTTTTCTTCGTGGCATTAGTATGGCTC  635

seq1  TGTCTTATTGCCACAATAGTATGCAATATAGCTTACCAAAATAGATTTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTATTGCCACAATAGTATGCAATATAGCTTACCAAAATAGATTTTC  685

seq1  CTACCAATAGTTTAAAAATCTTTCATTATTCCCTTTCAAATTACCATTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCAATAGTTTAAAAATCTTTCATTATTCCCTTTCAAATTACCATTCC  735

seq1  AATTCCATTGTCATTTTTTGATGAGGATAACCCTTCAGTGCCAGCTTATC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCATTGTCATTTTTTGATGAGGATAACCCTTCAGTGCCAGCTTATC  785

seq1  ATAATTAAAACCAACAAAAAAGACTGGTAGTTTGGTTCAGTAGTTCAGGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTAAAACCAACAAAAAAGACTGGTAGTTTGGTTCAGTAGTTCAGGT  835

seq1  CATTTGCATGTACATCCACGGGATTTGGGGTTTAGATCACAGCACCAAGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGCATGTACATCCACGGGATTTGGGGTTTAGATCACAGCACCAAGT  885

seq1  GAACAAACTGTTCGATGTCTGTAAATCCAATTCAGGAGGACCTGTCACCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAAACTGTTCGATGTCTGTAAATCCAATTCAGGAGGACCTGTCACCC  935

seq1  TCTTCTACAAGGACAGAAACATGCATCCACAATTGTGTACCCATGGACAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTACAAGGACAGAAACATGCATCCACAATTGTGTACCCATGGACAT  985

seq1  TTAAACAAATAAATCTTAAAAATGAAAACATTATTTTTATCCACTTTTGT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACAAATAAATCTTAAAAATGAAAACATTATTTTTATCCACTTTTGT  1035

seq1  AAGCCTTTCTTTGTTTATAAACTTTCCTCAGCTTTGGAATTC  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCTTTCTTTGTTTATAAACTTTCCTCAGCTTTGGAATTC  1077