BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-108M04
Chromosome14 (Build37)
Map Location 117,414,615 - 117,472,506
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGpc6
Upstream geneGpc5
Downstream gene5730405N03Rik, LOC100043822, Dct
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-108M04.bB6Ng01-108M04.g
ACCDH915858DH915859
length1,1221,137
definitionDH915858|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-108M04, 5' end.DH915859|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-108M04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(117,471,377 - 117,472,506)(117,414,615 - 117,415,764)
sequence
gaattcagtgatcaaggaatggagggggaaacagtgagattcaaagatgg
aaggcttgggttctaagacagcttctgcagtttattagctgtctttggac
aacacttaacttctcctaatcgagtgttgtcttctatgacaggaagcctc
tatgtatctctcccagttttttctcaaagtccaatgaaatgtattcaaag
tccagtaaatatttaaacacttgccaacaaaagtgtttacacagcaaaac
ttcaccatctccattacttatggcacagtgcattgtgcaatcataggaga
aggttgcccattcatctagagatagattacatttttactgattctttcat
ccacaactactgtaagacaaagtatttagcttttgaagtagttgctcagt
aataatagaattgttaaagctaatggttgaaaactattagaaatgcataa
ggcaaataacaaagccaaactaaaagctagaaaatccattgaatttctca
acaacttcccacaacattaaatcagtagggaaactcacttaaacctgcta
tcttgtaggaaagcacaattcgtgttgataagcagaacaggacaaatact
tattgcagtcgctttggagtccgaagttcctcaccttcccaaactgctcc
acctacagtatcctctctgtcatgttactaacagaaactgagagacaggt
acaaatagaaacgttagggagctctttggtgctgacgaacatttgagggt
gatggtagaaagggcatcctggactacataacagaacactcaagctaaaa
cacaacagttgacaaagcaaagtagactgcagtgggactgggagctggca
agtggggagagagagagttaaatataaattcataccaacttgggaagaca
ttcaggaagcatttaattgatagaaaacaagagtaaagctccaaatgaca
tgaaagataatcctctcccttaatactcaaaacccaaacctcctttcttc
ctatacactgcccatatagagagcaggcagacatagaactttgttcagta
gatggtttctaggtgatgctggtacctaaaggtctcataaatactcacaa
tatgtcaacatctgatttttct
gaattctttactgaggtaaagaaaagttcaccccactttgcaagactggt
tcatgtggaatttataagaatggactgaccagcctgcccttttaaaattc
cttcgttaatctctttattgaaagctgctgggctagttgattaaggaggc
cttatgggatggctgcttttagtgtcatacaaatgaagctgaattgttgc
taagtaaatcactatagatcaaagtgctttgtagtcagagcactgcagtg
aatttttttttttcattaagttttaaagagaaggtgaagggttgaggaat
gaaacacaccaaatttgacatctatgatgcccatttacatctgtgtgctt
ctttgagcttctgatgtgagtgtctgggaaggagtgaggcaaagcagaga
aggccacaagcaaaggcagatcaattaatacttacttcctactttgtaat
tgctgggttcgtcgtagccattaagaaatcattaggcctttggggaaaag
ttccagagctctctaagaaactcaagctacatctgctaccctctcccctg
taaaacctctgtcctcagctagcattctccttagcaggaggtgcttggct
ctttccaaccatgtggctttgggtatgcaactgcaaagtttggttacatt
tggttacaaaatgtgatactttgactttttttttcaccatagaaatataa
aacttgtatcctcttgtgtgctgtccaacagattaaagtagtgtactcaa
aaggttggatggaagaaatggatgcatgcaattgcactcttacagattag
tatgctagagagaaaatgtataaaggattgtaaaaacacacagaacagaa
atggaatctactttaaaatcccacatgggtttcaacagtgtcggttgggc
tgacttgtgaaaattggggcacttcaagaaatttgtttcagaatgatgta
aaactagtttgtgtactctgtgatgtatcctaagtaaatgctgaaaatgg
agccatttctttaaatctggcacataactcagttagcatgtttcactatt
gcacacacatctctctgtaactcacattcaaggctgagttgacaatcaga
gactgtctgtctcctgctatgcactctcctccttcct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_117471377_117472506
seq2: B6Ng01-108M04.b_47_1168 (reverse)

seq1  AGAAATATCAGATGTTGACATATTGTGAGTATTTATGAGACCTTTAGGTA  50
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAATCAGATGTTGACATATTGTGAGTATTTATGAGACCTTTAGGTA  50

seq1  CCAGCATCACCTAGAAACCATTCTACTGAACAGAGTTCTATGTCTTGCCT  100
      |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||| 
seq2  CCAGCATCACCTAGAAACCA-TCTACTGAACAAAGTTCTATGTC-TGCC-  97

seq1  TGCTCTCTATATGGGCAGTGTAATAGGGAAGAAAGGAGGTTTGGGTTTTG  150
      ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTCTATATGGGCAGTGT-ATA-GGAAGAAAGGAGGTTTGGGTTTTG  145

seq1  AGTATTAAGGGAGAGGATTATCTTTCATGTCATTTTGGAGCTTTACTCTT  200
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AGTATTAAGGGAGAGGATTATCTTTCATGTCA-TTTGGAGCTTTACTCTT  194

seq1  TGTTTTTCTATCAATTAAATGCTTCCTGAATGTCTTCCCAAGTTGGTATG  250
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  --GTTTTCTATCAATTAAATGCTTCCTGAATGTCTTCCCAAGTTGGTATG  242

seq1  AATTTATATTTAACTCTCTCTCTCCCCACTTGCCAGCTCCCAGTCCCACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTATATTTAACTCTCTCTCTCCCCACTTGCCAGCTCCCAGTCCCACT  292

seq1  GCAGTCTACTTTGCTTTGTCAACTGTTGTGTTTTAGCTTGAGTGTTCTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTCTACTTTGCTTTGTCAACTGTTGTGTTTTAGCTTGAGTGTTCTGT  342

seq1  TATGTAGTCCAGGATGCCCTTTCTACCATCACCCTCAAATGTTCGTCAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTAGTCCAGGATGCCCTTTCTACCATCACCCTCAAATGTTCGTCAGC  392

seq1  ACCAAAGAGCTCCCTAACGTTTCTATTTGTACCTGTCTCTCAGTTTCTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAAGAGCTCCCTAACGTTTCTATTTGTACCTGTCTCTCAGTTTCTGT  442

seq1  TAGTAACATGACAGAGAGGATACTGTAGGTGGAGCAGTTTGGGAAGGTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAACATGACAGAGAGGATACTGTAGGTGGAGCAGTTTGGGAAGGTGA  492

seq1  GGAACTTCGGACTCCAAAGCGACTGCAATAAGTATTTGTCCTGTTCTGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTTCGGACTCCAAAGCGACTGCAATAAGTATTTGTCCTGTTCTGCT  542

seq1  TATCAACACGAATTGTGCTTTCCTACAAGATAGCAGGTTTAAGTGAGTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAACACGAATTGTGCTTTCCTACAAGATAGCAGGTTTAAGTGAGTTT  592

seq1  CCCTACTGATTTAATGTTGTGGGAAGTTGTTGAGAAATTCAATGGATTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTACTGATTTAATGTTGTGGGAAGTTGTTGAGAAATTCAATGGATTTT  642

seq1  CTAGCTTTTAGTTTGGCTTTGTTATTTGCCTTATGCATTTCTAATAGTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCTTTTAGTTTGGCTTTGTTATTTGCCTTATGCATTTCTAATAGTTT  692

seq1  TCAACCATTAGCTTTAACAATTCTATTATTACTGAGCAACTACTTCAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACCATTAGCTTTAACAATTCTATTATTACTGAGCAACTACTTCAAAA  742

seq1  GCTAAATACTTTGTCTTACAGTAGTTGTGGATGAAAGAATCAGTAAAAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAATACTTTGTCTTACAGTAGTTGTGGATGAAAGAATCAGTAAAAAT  792

seq1  GTAATCTATCTCTAGATGAATGGGCAACCTTCTCCTATGATTGCACAATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATCTATCTCTAGATGAATGGGCAACCTTCTCCTATGATTGCACAATG  842

seq1  CACTGTGCCATAAGTAATGGAGATGGTGAAGTTTTGCTGTGTAAACACTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTGCCATAAGTAATGGAGATGGTGAAGTTTTGCTGTGTAAACACTT  892

seq1  TTGTTGGCAAGTGTTTAAATATTTACTGGACTTTGAATACATTTCATTGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGGCAAGTGTTTAAATATTTACTGGACTTTGAATACATTTCATTGG  942

seq1  ACTTTGAGAAAAAACTGGGAGAGATACATAGAGGCTTCCTGTCATAGAAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGAGAAAAAACTGGGAGAGATACATAGAGGCTTCCTGTCATAGAAG  992

seq1  ACAACACTCGATTAGGAGAAGTTAAGTGTTGTCCAAAGACAGCTAATAAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACACTCGATTAGGAGAAGTTAAGTGTTGTCCAAAGACAGCTAATAAA  1042

seq1  CTGCAGAAGCTGTCTTAGAACCCAAGCCTTCCATCTTTGAATCTCACTGT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGAAGCTGTCTTAGAACCCAAGCCTTCCATCTTTGAATCTCACTGT  1092

seq1  TTCCCCCTCCATTCCTTGATCACTGAATTC  1130
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCCTCCATTCCTTGATCACTGAATTC  1122

seq1: chr14_117414615_117415764
seq2: B6Ng01-108M04.g_69_1205

seq1  GAATTCTTTACTGAGGTAAAGAAAAGTTCACCCCACTTTGCAAGACTGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTACTGAGGTAAAGAAAAGTTCACCCCACTTTGCAAGACTGGT  50

seq1  TCATGTGGAATTTATAAGAATGGACTGACCAGCCTGCCCTTTTAAAATTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTGGAATTTATAAGAATGGACTGACCAGCCTGCCCTTTTAAAATTC  100

seq1  CTTCGTTAATCTCTTTATTGAAAGCTGCTGGGCTAGTTGATTAAGGAGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCGTTAATCTCTTTATTGAAAGCTGCTGGGCTAGTTGATTAAGGAGGC  150

seq1  CTTATGGGATGGCTGCTTTTAGTGTCATACAAATGAAGCTGAATTGTTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATGGGATGGCTGCTTTTAGTGTCATACAAATGAAGCTGAATTGTTGC  200

seq1  TAAGTAAATCACTATAGATCAAAGTGCTTTGTAGTCAGAGCACTGCAGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTAAATCACTATAGATCAAAGTGCTTTGTAGTCAGAGCACTGCAGTG  250

seq1  AATTTTTTTTTTTTCATTAAGTTTTAAAGAGAAGGTGAAGGGTTGAGGAA  300
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AA-TTTTTTTTTTTCATTAAGTTTTAAAGAGAAGGTGAAGGGTTGAGGAA  299

seq1  TGAAACACACCAAATTTGACATCTATGATGCCCATTTACATCTGTGTGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAACACACCAAATTTGACATCTATGATGCCCATTTACATCTGTGTGCT  349

seq1  TCTTTGAGCTTCTGATGTGAGTGTCTGGGAAGGAGTGAGGCAAAGCAGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGAGCTTCTGATGTGAGTGTCTGGGAAGGAGTGAGGCAAAGCAGAG  399

seq1  AAGGCCACAAGCAAAGGCAGATCAATTAATACTTACTTCCTACTTTGTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCCACAAGCAAAGGCAGATCAATTAATACTTACTTCCTACTTTGTAA  449

seq1  TTGCTGGGTTCGTCGTAGCCATTAAGAAATCATTAGGCCTTTGGGGAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGGGTTCGTCGTAGCCATTAAGAAATCATTAGGCCTTTGGGGAAAA  499

seq1  GTTCCAGAGCTCTCTAAGAAACTCAAGCTACATCTGCTACCCTCTCCCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCAGAGCTCTCTAAGAAACTCAAGCTACATCTGCTACCCTCTCCCCT  549

seq1  GTAAAACCTCTGTCCTCAGCTAGCATTCTCCTTAGCAGGAGGTGCTTGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAACCTCTGTCCTCAGCTAGCATTCTCCTTAGCAGGAGGTGCTTGGC  599

seq1  TCTTTCCAACCATGTGGCTTTGGGTATGCAACTGCAAAGTTTGGTTACAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCCAACCATGTGGCTTTGGGTATGCAACTGCAAAGTTTGGTTACAT  649

seq1  TTGGTTACAAAATGTGATACTTTGACTTTTTTTTTCACCATAGAAATATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTACAAAATGTGATACTTTGACTTTTTTTTTCACCATAGAAATATA  699

seq1  AAACTTGTATCCTCTTGTGTGCTGTCCAACAGATTAAAGTAGTGTACTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTGTATCCTCTTGTGTGCTGTCCAACAGATTAAAGTAGTGTACTCA  749

seq1  AAAGGTTGGATGGAAGAAATGGATGCATGCAATTGCACTCTTACAGATTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTTGGATGGAAGAAATGGATGCATGCAATTGCACTCTTACAGATTA  799

seq1  GTATGCTAGAGAGAAAATGTATAAAGGATTGTAAAAACACACAGAACAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGCTAGAGAGAAAATGTATAAAGGATTGTAAAAACACACAGAACAGA  849

seq1  AATGGAATCTACTTTAAAATCCCACATGGGTTTCAACAGTGTCGGTTGGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGAATCTACTTTAAAATCCCACATGGGTTTCAACAGTGTCGGTTGGG  899

seq1  CTGACTTGTGAAAATTGGGGCACTTCAAGAAATTTGTTTCAGAATGATGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTTGTGAAAATTGGGGCACTTCAAGAAATTTGTTTCAGAATGATGT  949

seq1  AAAAACTTAGTTTGTGTACTCTGTGATGTTATCCTAAGTAAATGCTGAAA  1000
      ||||   ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AAAA--CTAGTTTGTGTACTCTGTGATG-TATCCTAAGTAAATGCTGAAA  996

seq1  ATGGAGCCATTTCTTTAAATCTGGCACATAACCTCAGTTTAGCATGTTTC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
seq2  ATGGAGCCATTTCTTTAAATCTGGCACATAA-CTCAG-TTAGCATGTTTC  1044

seq1  ACTA-TGCACACACATCTCCTCTGTACACTCACATTCAAGGGCTGGAGGT  1099
      |||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||   ||
seq2  ACTATTGCACACACATCT-CTCTGTA-ACTCACATTCAA-GGCTG--AGT  1089

seq1  TGACATCCAGAGACTGTCCCTGTCACTCTCTGCTATGCCATCT--TCCTT  1147
      |||||  ||||||||||  ||||| |   |||||||||  |||  |||||
seq2  TGACAATCAGAGACTGT--CTGTCTC---CTGCTATGCACTCTCCTCCTT  1134

seq1  CCT  1150
      |||
seq2  CCT  1137