BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-112H11
Chromosome14 (Build37)
Map Location 47,520,112 - 47,659,368
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSamd4
Upstream geneLOC100041685, LOC625377, LOC218963, LOC100041724, Bmp4, LOC100041732, LOC100041754, Cdkn3, Cnih, Gmfb, Cgrrf1
Downstream geneGch1, Wdhd1, Socs4, LOC670795, C130032J12Rik, Lgals3, Dlg7, LOC666895, Fbxo34, D14Ertd436e, EG625730, LOC100042787, Ktn1, 4930447J18Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-112H11.bB6Ng01-112H11.g
ACCDH918524DH918525
length1,1231,167
definitionDH918524|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-112H11, 5' end.DH918525|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-112H11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(47,658,217 - 47,659,368)(47,520,112 - 47,521,291)
sequence
gaattcaacaggcatttattgaatgtccacgatgtaccaggctctaaaag
ctgagagcacaatgctgaggagaccatgaagaccaggagaggatgtctta
gcccctcccagaaatgatcttccaggatactattagcccatcaaaacact
ctagctcatttggacatactattttccctagtcgccctttttattattat
tattattattttacatttctgtatctttgaaagttggccttgtaacatga
gtagaatggctaattggagaggagaagaaagcagctgccagctctcacca
ggacagatgctggagaggaagaagcacgaaactgcatccttcctcctgct
cctgcctggtcccagtgttctcgtgtcccctgcacatgtagactctcatt
ccatcgtgaagaaagacactctcacccactcatccttctctgttcctcta
cctgcctcggctggggatactgtactgctcttctccccaatgcagagctt
tcacccctgaaggctctttttctcagtcctttattctctgaagaataggt
cacatgacagggaaataccacagcatcagcatttgctaggctgattgcag
gtcaggcactcactatgtttacacactgttccatttgctctccgtgcaat
atctgatgaggttgattatatcaagtctctccctctgcccccacttcaca
gacaggaagttgagggcagagagattaagaaccaaatatgagacagcaaa
gaggtgacaagagtcagggtttaatgtccaaggttctgtgattttttttt
gggcctgtgcccttaagcccaatgcaacgacaaaaacaacctccaggttc
gacaatccacccatccatccatctatccatccatcatccacactcatcca
tccattcatccatccatccacccattccaccatcaccatccatcatcatt
catcatccattcatcaatcatcatcatcatcatctactgtctatcatcat
cattcgtcatcatctaccatcttaaagccctcttcatccatgaatcatct
accccctctatacattcaacatatatggtggcttttagacttaatttagg
ggaaggggagaaaaaaaagaatt
gaattcttttcaaagaagatggggctcagtggttaagagcacttgttgct
cttatagagggtctgggttttaaacccagaacctacatggtggcttacaa
ccctccctgacttcagtttcaggagatccaacaggcacccctatggtgca
catatatgcattcaggcaaagaatttatacatacaaaataattttttaaa
tatttaaaaaggaatgctttagaggaaagttagacaaaatcatatattgt
gataagtatccctgcctataaatatcccagtatgggtatacatggagtgt
tttaaaagatgaattctatacattagttagtggtttgcattctttaattg
ttttaatcatcatttaaaagaattgcttgtaaaaagataacattttgcaa
aagctgtcatttaacctgaaattatctcaagaagacctttaagaattttt
cttgcatacttcagctaaatgagaaaataattgtgtctctcttattactc
tttggtattattgctacctgtgccctctcctttgaaggttggaagagcat
gaggttccttgtcagaattctttgttgttgtttaaacagggcctctctct
cttcacattcctgttgggggcagaatgagcgatgctagcacattttcaag
atttttgtggcatttgccgatgatttgagcttagttaaaactctaaaacc
cggaacagtaaggtcaaactcgagtctcatgtggttcagatgttcagtgt
ccggctgctgaggtgatagtcagtataacgtgtatatacttagctccata
cacttaccagcaagagttggttgagaatatcttgttgcttttttaaagcc
tctctcttactttccccctgaaggaggaagacgctctccagtgtttaaca
tttttgcaatttcactgaactctgagttagagtggagtgtggtattcatt
agcagctcagtccttgaatagaagccgaattgtttccctagacaagaagg
aggcactttgtgtccgtgccctgacttcccattccacctctgtacatcat
gggtgtgccttgtagggtgctacggtgctgcagatgttgccaaattaaga
gcactaatggttctcaggttgaaccttgatgggtagcagaccacacgatc
tgaagagcgtgttgcat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_47658217_47659368
seq2: B6Ng01-112H11.b_44_1166 (reverse)

seq1  AATTCTTTTTTTTCTCCCCTTCCCCTTAAAATTAAGTCTTAAAAAAGACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||   ||||| | 
seq2  AATTCTTTTTTTTCTCCCCTTCCCCT--AAATTAAGTCT---AAAAG-CC  44

seq1  ACAATACTATGTTGAATGTATAGAGGGGGTAGATGAATACATGGATGGAT  100
      || ||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||   
seq2  ACCATA-TATGTTGAATGTATAGAGGGGGTAGATG-ATTCATGGATG--A  90

seq1  AGAGGGCTATAAAGATGGGTAGATGGATGGACGAATGGATGGATGGATAG  150
      |||||||| | ||||| ||||||| ||| ||||||| ||| ||| |||||
seq2  AGAGGGCT-TTAAGAT-GGTAGAT-GAT-GACGAAT-GAT-GAT-GATAG  133

seq1  ACAGGTAGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGAT  200
      ||| |||||| ||| ||| ||| ||| ||| |||| |||||| |||| ||
seq2  ACA-GTAGAT-GAT-GAT-GAT-GAT-GATTGATGAATGGAT-GATGAAT  176

seq1  GGATGGATGGATGGGTGGATGGGTGGATGGGTGGATGGATGGATGAATGG  250
       ||| |||||||||   |||||  | ||||||||||||||||||||||||
seq2  -GAT-GATGGATGG--TGATGGTGGAATGGGTGGATGGATGGATGAATGG  222

seq1  ATGGATGAGTGTGGATGGATGGATGGATAGATGGATGGATGGGTGGATTG  300
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATGAGTGTGGAT-GATGGATGGATAGATGGATGGATGGGTGGATTG  271

seq1  TCGAACCTGGAGGTTGTTTTTGTCGTTGCATTGGGCTTAAGGGCACAGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAACCTGGAGGTTGTTTTTGTCGTTGCATTGGGCTTAAGGGCACAGGC  321

seq1  CCAAAAAAAAATCACAGAACCTTGGACATTAAACCCTGACTCTTGTCACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAAAAAAATCACAGAACCTTGGACATTAAACCCTGACTCTTGTCACC  371

seq1  TCTTTGCTGTCTCATATTTGGTTCTTAATCTCTCTGCCCTCAACTTCCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGCTGTCTCATATTTGGTTCTTAATCTCTCTGCCCTCAACTTCCTG  421

seq1  TCTGTGAAGTGGGGGCAGAGGGAGAGACTTGATATAATCAACCTCATCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGAAGTGGGGGCAGAGGGAGAGACTTGATATAATCAACCTCATCAG  471

seq1  ATATTGCACGGAGAGCAAATGGAACAGTGTGTAAACATAGTGAGTGCCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTGCACGGAGAGCAAATGGAACAGTGTGTAAACATAGTGAGTGCCTG  521

seq1  ACCTGCAATCAGCCTAGCAAATGCTGATGCTGTGGTATTTCCCTGTCATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGCAATCAGCCTAGCAAATGCTGATGCTGTGGTATTTCCCTGTCATG  571

seq1  TGACCTATTCTTCAGAGAATAAAGGACTGAGAAAAAGAGCCTTCAGGGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTATTCTTCAGAGAATAAAGGACTGAGAAAAAGAGCCTTCAGGGGT  621

seq1  GAAAGCTCTGCATTGGGGAGAAGAGCAGTACAGTATCCCCAGCCGAGGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCTCTGCATTGGGGAGAAGAGCAGTACAGTATCCCCAGCCGAGGCA  671

seq1  GGTAGAGGAACAGAGAAGGATGAGTGGGTGAGAGTGTCTTTCTTCACGAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGAGGAACAGAGAAGGATGAGTGGGTGAGAGTGTCTTTCTTCACGAT  721

seq1  GGAATGAGAGTCTACATGTGCAGGGGACACGAGAACACTGGGACCAGGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGAGAGTCTACATGTGCAGGGGACACGAGAACACTGGGACCAGGCA  771

seq1  GGAGCAGGAGGAAGGATGCAGTTTCGTGCTTCTTCCTCTCCAGCATCTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCAGGAGGAAGGATGCAGTTTCGTGCTTCTTCCTCTCCAGCATCTGT  821

seq1  CCTGGTGAGAGCTGGCAGCTGCTTTCTTCTCCTCTCCAATTAGCCATTCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGTGAGAGCTGGCAGCTGCTTTCTTCTCCTCTCCAATTAGCCATTCT  871

seq1  ACTCATGTTACAAGGCCAACTTTCAAAGATACAGAAATGTAAAATAATAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATGTTACAAGGCCAACTTTCAAAGATACAGAAATGTAAAATAATAA  921

seq1  TAATAATAATAAAAAGGGCGACTAGGGAAAATAGTATGTCCAAATGAGCT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAATAATAAAAAGGGCGACTAGGGAAAATAGTATGTCCAAATGAGCT  971

seq1  AGAGTGTTTTGATGGGCTAATAGTATCCTGGAAGATCATTTCTGGGAGGG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGTTTTGATGGGCTAATAGTATCCTGGAAGATCATTTCTGGGAGGG  1021

seq1  GCTAAGACATCCTCTCCTGGTCTTCATGGTCTCCTCAGCATTGTGCTCTC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAGACATCCTCTCCTGGTCTTCATGGTCTCCTCAGCATTGTGCTCTC  1071

seq1  AGCTTTTAGAGCCTGGTACATCGTGGACATTCAATAAATGCCTGTTGAAT  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTTAGAGCCTGGTACATCGTGGACATTCAATAAATGCCTGTTGAAT  1121

seq1  TC  1152
      ||
seq2  TC  1123

seq1: chr14_47520112_47521291
seq2: B6Ng01-112H11.g_66_1232

seq1  GAATTCTTTTCAAAGAAGATGGGGCTCAGTGGTTAAGAGCACTTGTTGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTCAAAGAAGATGGGGCTCAGTGGTTAAGAGCACTTGTTGCT  50

seq1  CTTATAGAGGGTCTGGGTTTTAAACCCAGAACCTACATGGTGGCTTACAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATAGAGGGTCTGGGTTTTAAACCCAGAACCTACATGGTGGCTTACAA  100

seq1  CCCTCCCTGACTTCAGTTTCAGGAGATCCAACAGGCACCCCTATGGTGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCCTGACTTCAGTTTCAGGAGATCCAACAGGCACCCCTATGGTGCA  150

seq1  CATATATGCATTCAGGCAAAGAATTTATACATACAAAATAATTTTTTAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATATGCATTCAGGCAAAGAATTTATACATACAAAATAATTTTTTAAA  200

seq1  TATTTAAAAAGGAATGCTTTAGAGGAAAGTTAGACAAAATCATATATTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTAAAAAGGAATGCTTTAGAGGAAAGTTAGACAAAATCATATATTGT  250

seq1  GATAAGTATCCCTGCCTATAAATATCCCAGTATGGGTATACATGGAGTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAGTATCCCTGCCTATAAATATCCCAGTATGGGTATACATGGAGTGT  300

seq1  TTTAAAAGATGAATTCTATACATTAGTTAGTGGTTTGCATTCTTTAATTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAGATGAATTCTATACATTAGTTAGTGGTTTGCATTCTTTAATTG  350

seq1  TTTTAATCATCATTTAAAAGAATTGCTTGTAAAAAGATAACATTTTGCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAATCATCATTTAAAAGAATTGCTTGTAAAAAGATAACATTTTGCAA  400

seq1  AAGCTGTCATTTAACCTGAAATTATCTCAAGAAGACCTTTAAGAATTTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGTCATTTAACCTGAAATTATCTCAAGAAGACCTTTAAGAATTTTT  450

seq1  CTTGCATACTTCAGCTAAATGAGAAAATAATTGTGTCTCTCTTATTACTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCATACTTCAGCTAAATGAGAAAATAATTGTGTCTCTCTTATTACTC  500

seq1  TTTGGTATTATTGCTACCTGTGCCCTCTCCTTTGAAGGTTGGAAGAGCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTATTATTGCTACCTGTGCCCTCTCCTTTGAAGGTTGGAAGAGCAT  550

seq1  GAGGTTCCTTGTCAGAATTCTTTGTTGTTGTTTAAACAGGGCCTCTCTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTTCCTTGTCAGAATTCTTTGTTGTTGTTTAAACAGGGCCTCTCTCT  600

seq1  CTTCACATTCCTGTTGGGGGCAGAATGAGCGATGCTAGCACATTTTCAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACATTCCTGTTGGGGGCAGAATGAGCGATGCTAGCACATTTTCAAG  650

seq1  ATTTTTGTGGCATTTGCCGATGATTTGAGCTTAGTTAAAACTCTAAAACC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTGTGGCATTTGCCGATGATTTGAGCTTAGTTAAAACTCTAAAACC  700

seq1  CGGAACAGTAAGGTCAAACTCGAGTCTCATGTGGTTCAGATGTTCAGTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAACAGTAAGGTCAAACTCGAGTCTCATGTGGTTCAGATGTTCAGTGT  750

seq1  CCGGCTGCTGAGGTGATAGTCAGTATAACGTGTATATACTTAGCTCCATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGCTGCTGAGGTGATAGTCAGTATAACGTGTATATACTTAGCTCCATA  800

seq1  CACTTACCAGCAAGAGTTGGTTGAGAATATC-TGTTGCTTTTTTAAAGCC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CACTTACCAGCAAGAGTTGGTTGAGAATATCTTGTTGCTTTTTTAAAGCC  850

seq1  TCTCTCTTACTTTCCCCCTGAAGGAGGAAGACGCTCTCCAGTGTTTAACA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTTACTTTCCCCCTGAAGGAGGAAGACGCTCTCCAGTGTTTAACA  900

seq1  TTTTTGCAATTTCACTGAACTCTGAGTTAGAGTGGAGTGTGGTATTCATT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGCAATTTCACTGAACTCTGAGTTAGAGTGGAGTGTGGTATTCATT  950

seq1  AGCAGCTCAGTCCTTGAATAG-AGCCGAATTGTTTCCCTAAGACAAAGAA  998
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||
seq2  AGCAGCTCAGTCCTTGAATAGAAGCCGAATTGTTTCCCT-AGAC-AAGAA  998

seq1  AGAGGCACTTTGTTGTCCGTGCCCTGACCTTCCCATTCCACCTCTGTACA  1048
       ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGCACTTTG-TGTCCGTGCCCTGA-CTTCCCATTCCACCTCTGTACA  1046

seq1  TCATGGGTGTGCACTTGGTAGGGTGGCTACGGTGCCGCCAAGATG-TGCC  1097
      |||||||||||| ||| ||||||| |||||||||| ||  ||||| ||||
seq2  TCATGGGTGTGC-CTT-GTAGGGT-GCTACGGTGCTGC--AGATGTTGCC  1091

seq1  AAA-TAAGAGCAACCTAAGGGTTCT-AGGTTGAACCTTGGATGGGGAAAG  1145
      ||| ||||||||  |||| |||||| |||||||||||| ||||||   ||
seq2  AAATTAAGAGCA--CTAATGGTTCTCAGGTTGAACCTT-GATGGG--TAG  1136

seq1  CAAGACCACAACAGAATCAGAAGAGCGTGTTGCAT  1180
      | |||||   |||  ||| ||||||||||||||||
seq2  C-AGACC---ACACGATCTGAAGAGCGTGTTGCAT  1167