BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-117D05
Chromosome14 (Build37)
Map Location 84,149,551 - 84,280,957
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043279, LOC100043775, LOC100043776
Upstream geneLOC100043773
Downstream geneLOC100043280, LOC100043285, Pcdh17, 9630013A20Rik, LOC629794
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-117D05.bB6Ng01-117D05.g
ACCDH922002DH922003
length1,2181,030
definitionDH922002|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-117D05, 5' end.DH922003|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-117D05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(84,279,711 - 84,280,957)(84,149,551 - 84,150,582)
sequence
gaattcacagtaagatttaacttaatgagttataaatagtaatgtattct
gaaaaaaaattaataggacagagaaagaagagaaaagatggtgtttggag
aatgtgttttcaactttattattagctatatgacacttttttatttttac
ggtcattctacaaagtaagataagaatagttcactgattcacagtaagaa
taatgcttcaaagtgctaggtataggctacaagtgtgaaataatctcaga
taatggttacaataattgatccaatgaagacatatgggaatgtaattatg
ggcaggccaaactgtaacattgatatttacaaaataaatgtttttgacat
gttgtgctatctttattttttataagtcattggaacgaatagtgtctatg
cttataaagtgacatgcatgtcattacatttgtattaattcacatatgaa
agtatttttagaatcaactgaatttatttcaagttgattttatgttctac
cttttattatctagaataagttatgccttcaaagaatagaaattggacac
atgaattttgatagcatttctgtctctaatcccattcatgtgctctactt
cagaggcatttactgtgtacattaaatcaaaacagtaactaacaagtggc
gatggatagtgctcttaggcagaaagtagaagttacattatgaatactat
tctccaaaatgtatgtataatttacatattttcaggaagcagtaatacac
ctttgtaatttttcaaaagagtcttgagacagaattgcaagatactcatg
gaggactcagtgaaagggagaatttgtgatagacaagaaatagaatgtac
acatttttgtttcattgaaattctaacctagttaaagtcaaaataagtgt
gtcattttgttaaaatatgtgtactgaataaagtacttattcaggagctg
ttcatattataagtataaatatttcattcttctcaaacattgggtcagca
tgcataaaaacataaagtactacattctagatgccacatgtagtttcctt
tccatcatatttctgatagtattctaaatgtcacacttaaaatatctatt
atttgattatttggatgtaatggatgtcatgaaattaagatttcatctat
tattttaattacatacttaactcccttagatacatgcaggacgtggattc
agttgtcattatctgttt
gaattcactaaaattgcttcaggtaacaagagagtaatttatcttcataa
ggtaaggtaaacctagagggagatgaataaaaattatttctaaattattt
atctttatgaaataaataacaaaacataaattcaatggtaaaattatagc
taaattgaaatacttattttctttagctataagaaatgcaaatatttaat
ttcagtgcctatgaacaattttatgaattgctcataaatttttatataac
tttgagttttcctttctattccattaatctctctttttctgaatcttgtt
tttatgaccctttttcatactaaacctggtataaacccaaaactcagaag
gttatagtctctaaggaaaccagcagttgttcaactaaatgaaattttat
aaaatttaaagtaaaatataatgaaatctttttccttttctcattttcgt
cctctacctgcccaagtcctctatctcaaattcactcaatgctcacagcc
tactattaaactgatagcctttatcatgattattagtcacatatatgtca
aacagccttcgtaacattcacgtttatagctataaagatacattctgact
atatttggtcagagccaattcttttggaatatggaatggagacacatgtg
cagagacttttaagtatgcaatgtgtaaaaactaagtgtctgagcggagc
taactatattaatcttactggtgtgccccagcacaacaggggtcaggcaa
tgtggccagaacctgtgaagggggaatgtaaatgctgaagtgtgtaggga
agctaccaaataatatgttcaaagatgccatggtatcccctatgtgatat
ctcaacagctgcggttacttttacagaactgcacaaaataaagccagtta
aattccatcattgagggcctggtgagatggctcagcgggtagacactgac
tgctctcccaggtcctgagttcaatcccagcatcacatggtggatcacac
atctgtagtgagatatgacacctcttctgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_84279711_84280957
seq2: B6Ng01-117D05.b_45_1262 (reverse)

seq1  AAACAGATAATGACACACTGAATTCAAACGTCCTGCTATTTGTAAATCTT  50
      ||||||||||||||| ||||||| |  |||||||||    |||  |||| 
seq2  AAACAGATAATGACA-ACTGAATCC--ACGTCCTGC---ATGT--ATCTA  42

seq1  A-GGAGTATAGTATGTAAATTTAAAAATAATAGATTTAAAATCTTATATA  99
      | |||||  |||||||||   | |||||||||||  | |||||||| || 
seq2  AGGGAGTTAAGTATGTAA---TTAAAATAATAGA--TGAAATCTTA-ATT  86

seq1  TCATGACATTCCATTTACATTACAAAATAATCAAAATAATAGATATTATA  149
      |||||||| |||| ||||||  | |||||||| |||||||||||||| | 
seq2  TCATGACA-TCCA-TTACAT--CCAAATAATC-AAATAATAGATATT-TT  130

seq1  AAGTGTGACATTTAGAATACTTATTCAGAAATTAATGATGGAAAGGATAC  199
      |||||||||||||||||||||   ||||||||  ||||||||||||| ||
seq2  AAGTGTGACATTTAGAATACT--ATCAGAAAT--ATGATGGAAAGGAAAC  176

seq1  TTACATGTGGCATCTAGAATGTTAGTAACTTTATGTTTTTATGCATGCTG  249
       |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||
seq2  -TACATGTGGCATCTAGAATG-TAGT-ACTTTATGTTTTTATGCATGCTG  223

seq1  ACCCAATGTTTGAGAAGAATGAAATATTTATACTTATAATATGAACAGCT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ACCCAATGTTTGAGAAGAATGAAATATTTATACTTATAATATGAACAGC-  272

seq1  TCCTGAATAAGTACTTTTATTCAGTACACATATTTTTAACAAAATGACAC  349
      |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TCCTGAATAAGTAC-TTTATTCAGTACACATA-TTTTAACAAAATGACAC  320

seq1  ACTTATTTTGACTTTAACTAGGTTAGAATTTCAATGAAACAAAAATGTGT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTATTTTGACTTTAACTAGGTTAGAATTTCAATGAAACAAAAATGTGT  370

seq1  ACATTCTATTTCTTGTCTATCACAAATTCTCCCTTTCACTGAGTCCTCCA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCTATTTCTTGTCTATCACAAATTCTCCCTTTCACTGAGTCCTCCA  420

seq1  TGAGTATCTTGCAATTCTGTCTCAAGACTCTTTTGAAAAATTACAAAGGT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTATCTTGCAATTCTGTCTCAAGACTCTTTTGAAAAATTACAAAGGT  470

seq1  GTATTACTGCTTCCTGAAAATATGTAAATTATACATACATTTTGGAGAAT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTACTGCTTCCTGAAAATATGTAAATTATACATACATTTTGGAGAAT  520

seq1  AGTATTCATAATGTAACTTCTACTTTCTGCCTAAGAGCACTATCCATCGC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATTCATAATGTAACTTCTACTTTCTGCCTAAGAGCACTATCCATCGC  570

seq1  CACTTGTTAGTTACTGTTTTGATTTAATGTACACAGTAAATGCCTCTGAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGTTAGTTACTGTTTTGATTTAATGTACACAGTAAATGCCTCTGAA  620

seq1  GTAGAGCACATGAATGGGATTAGAGACAGAAATGCTATCAAAATTCATGT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAGCACATGAATGGGATTAGAGACAGAAATGCTATCAAAATTCATGT  670

seq1  GTCCAATTTCTATTCTTTGAAGGCATAACTTATTCTAGATAATAAAAGGT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAATTTCTATTCTTTGAAGGCATAACTTATTCTAGATAATAAAAGGT  720

seq1  AGAACATAAAATCAACTTGAAATAAATTCAGTTGATTCTAAAAATACTTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACATAAAATCAACTTGAAATAAATTCAGTTGATTCTAAAAATACTTT  770

seq1  CATATGTGAATTAATACAAATGTAATGACATGCATGTCACTTTATAAGCA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGTGAATTAATACAAATGTAATGACATGCATGTCACTTTATAAGCA  820

seq1  TAGACACTATTCGTTCCAATGACTTATAAAAAATAAAGATAGCACAACAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACACTATTCGTTCCAATGACTTATAAAAAATAAAGATAGCACAACAT  870

seq1  GTCAAAAACATTTATTTTGTAAATATCAATGTTACAGTTTGGCCTGCCCA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAAAACATTTATTTTGTAAATATCAATGTTACAGTTTGGCCTGCCCA  920

seq1  TAATTACATTCCCATATGTCTTCATTGGATCAATTATTGTAACCATTATC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTACATTCCCATATGTCTTCATTGGATCAATTATTGTAACCATTATC  970

seq1  TGAGATTATTTCACACTTGTAGCCTATACCTAGCACTTTGAAGCATTATT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATTATTTCACACTTGTAGCCTATACCTAGCACTTTGAAGCATTATT  1020

seq1  CTTACTGTGAATCAGTGAACTATTCTTATCTTACTTTGTAGAATGACCGT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACTGTGAATCAGTGAACTATTCTTATCTTACTTTGTAGAATGACCGT  1070

seq1  AAAAATAAAAAAGTGTCATATAGCTAATAATAAAGTTGAAAACACATTCT  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATAAAAAAGTGTCATATAGCTAATAATAAAGTTGAAAACACATTCT  1120

seq1  CCAAACACCATCTTTTCTCTTCTTTCTCTGTCCTATTAATTTTTTTTCAG  1199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACACCATCTTTTCTCTTCTTTCTCTGTCCTATTAATTTTTTTTCAG  1170

seq1  AATACATTACTATTTATAACTCATTAAGTTAAATCTTACTGTGAATTC  1247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACATTACTATTTATAACTCATTAAGTTAAATCTTACTGTGAATTC  1218

seq1: chr14_84149551_84150582
seq2: B6Ng01-117D05.g_67_1088

seq1  GAATTCACTAAAATTGCTTCAGGTAACAAGAGAGTAATTTATCTTCATAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTAAAATTGCTTCAGGTAACAAGAGAGTAATTTATCTTCATAA  50

seq1  GGTAAGGTAAACCTAGAGGGAGATGAATAAAAATTATTTCTAAATTATTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAGGTAAACCTAGAGGGAGATGAATAAAAATTATTTCTAAATTATTT  100

seq1  ATCTTTATGAAATAAATAACAAAACATAAATTCAATGGTAAAATTATAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTATGAAATAAATAACAAAACATAAATTCAATGGTAAAATTATAGC  150

seq1  TAAATTGAAATACTTATTTTCTTTAGCTATAAGAAATGCAAATATTTAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTGAAATACTTATTTTCTTTAGCTATAAGAAATGCAAATATTTAAT  200

seq1  TTCAGTGCCTATGAACAATTTTATGAATTGCTCATAAATTTTTATATAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTGCCTATGAACAATTTTATGAATTGCTCATAAATTTTTATATAAC  250

seq1  TTTGAGTTTTCCTTTCTATTCCATTAATCTCTCTTTTTCTGAATCTTGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGTTTTCCTTTCTATTCCATTAATCTCTCTTTTTCTGAATCTTGTT  300

seq1  TTTATGACCCTTTTTCATACTAAACCTGGTATAAACCCAAAACTCAGAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGACCCTTTTTCATACTAAACCTGGTATAAACCCAAAACTCAGAAG  350

seq1  GTTATAGTCTCTAAGGAAACCAGCAGTTGTTCAACTAAATGAAATTTTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATAGTCTCTAAGGAAACCAGCAGTTGTTCAACTAAATGAAATTTTAT  400

seq1  AAAATTTAAAGTAAAATATAATGAAATCTTTTTCCTTTTCTCATTTTCGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTTAAAGTAAAATATAATGAAATCTTTTTCCTTTTCTCATTTTCGT  450

seq1  CCTCTACCTGCCCAAGTCCTCTATCTCAAATTCACTCAATGCTCACAGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTACCTGCCCAAGTCCTCTATCTCAAATTCACTCAATGCTCACAGCC  500

seq1  TACTATTAAACTGATAGCCTTTATCATGATTATTAGTCACATATATGTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTATTAAACTGATAGCCTTTATCATGATTATTAGTCACATATATGTCA  550

seq1  AACAGCCTTCGTAACATTCACGTTTATAGCTATAAAGATACATTCTGACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGCCTTCGTAACATTCACGTTTATAGCTATAAAGATACATTCTGACT  600

seq1  ATATTTGGTCAGAGCCAATTCTTTTGGAATATGGAATGGAGACACATGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTGGTCAGAGCCAATTCTTTTGGAATATGGAATGGAGACACATGTG  650

seq1  CAGAGACTTTTAAGTATGCAATGTGTAAAAACTAAGTGTCTGAGCGGAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGACTTTTAAGTATGCAATGTGTAAAAACTAAGTGTCTGAGCGGAGC  700

seq1  TAACTATATTAATCTTACTGGTGTGCCCCAGCACAACAGGGGTCAGGCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTATATTAATCTTACTGGTGTGCCCCAGCACAACAGGGGTCAGGCAA  750

seq1  TGTGGCCAGAACCTGTGAAGGGGGAATGTAAATGCTGAAGTGTGTAGGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCCAGAACCTGTGAAGGGGGAATGTAAATGCTGAAGTGTGTAGGGA  800

seq1  AGCTACCAAATAATATGTTCAAAAGATGCCATGGTATCCCCTATGTGATA  850
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTACCAAATAATATGTTC-AAAGATGCCATGGTATCCCCTATGTGATA  849

seq1  TCTCAACAGCTGCGGTTACTTTTACAAGAACTGCACAAAATAAAGCCAGT  900
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAACAGCTGCGGTTACTTTTAC-AGAACTGCACAAAATAAAGCCAGT  898

seq1  TAAATTCCATCATTGAGGGCCTGGTGAGATGGCTCAGCGGGTAAGAACAC  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||
seq2  TAAATTCCATCATTGAGGGCCTGGTGAGATGGCTCAGCGGGTA--GACAC  946

seq1  TGACTGCTCTTCCCAAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAGCAATCACATGGTG  1000
      ||||||||||  || ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||
seq2  TGACTGCTCT--CCCAGGTCCTGAGTTC-AATCCCAGC-ATCACATGGTG  992

seq1  GATCACAACCATCTGTAGTGAGATATGACACC  1032
      |||||||  |||||||||||||||||||||||
seq2  GATCACA--CATCTGTAGTGAGATATGACACC  1022