BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-134C23
Chromosome14 (Build37)
Map Location 78,210,049 - 78,288,393
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDnajc15
Upstream geneLOC100043753, LOC100043201, 9030625A04Rik, Ccdc122, D230005D02Rik, LOC100043755, LOC676171, EG629678, Gm1587
Downstream geneEpsti1, AU021034, Tnfsf11, LOC219180, Akap11, Dgkh, LOC673649, 1300010F03Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-134C23.bB6Ng01-134C23.g
ACCDH934546DH934547
length1,1571,127
definitionDH934546|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-134C23, 5' end.DH934547|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-134C23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(78,210,049 - 78,211,217)(78,287,261 - 78,288,393)
sequence
gaattccacaaagccaataaaaggattcatattccctagtattcatgact
atctactataggacactgtcttgcttgggattttactgctgtgaacagac
atcatgactaaggcaactcttctaaggacaacatttaattggggctgggt
tacaggttcagaagttcagtccatgatcatcaaggtgggaacatagcagc
atccaggcagacatggtgcaggaggaactgagagttctacctcttcattt
gaaggctgctaacagaatactggcttccagacagctaggatgaaggtctt
acagtccccacacacaatgatgcacctactccaacagggccataccttcg
aattgtgccacttcctgagccgagcatatacaaactatcacagacactta
actaaattttcactgaggcaggcacactgtcaacccattagatccagtaa
gagcgaatctagcaagttaacaaggagccatacaactagctctcactggg
ctggccatgctggccattactctatctggtcctctggtacaatgccatag
atagataggatgtatgtgccactgccacctgaaactgcatgtccatccta
acattgttagatagaatgggagacattgtttatggtcacttacaggttcc
tctttatgagaaaccatgggagagttttgtttatcttgataaccagagaa
gcaagcctcctctgaccaagtgggaccagtgtgaatcaaagaaacaagaa
cactggtttcatctggatgctagaaggcttagggccaaagctgctagcca
cttgcaccccaggaaaagtgcaagagcatgtatttcacacatacttgctt
tccttttcttccactttctcagtgttgaggattaaacatagaatcacaca
catagaaagcacacaccctctgcccagctgaattcccagctttccttaac
ttttctattctctgggtcctttgccttcattttgtcaccaagtttaaagt
aaatgctttgtcttttagatttctttgtgatcctctgtaactcctttttg
tagcgagtcaaatgaatgcacagtgttagccaaatagtagaagttcagtg
tcagtgaactgggaaacaagtaggcagggcctctttctgaggagaggcca
tggacag
gaattctcagcaagtcccccattttggtggaaggagagatggctcaggag
gtaacatgcttgcaatgcaagaagacctgaattcagatgtctagcacccc
tgaggtttgctagctggccaggttgtccaattggtaagctcccatgagga
accatgtctcaaaattaaaataaagggactgaaaagatgactcagcactt
gttgagcagtcgaggactctcagcactcacataacaagctggacgccctg
tgcatgcctaaaaagctaacatggagaaaggaggattattatagtgtctc
caggcaatgaaacaggagccccagcttcagaaagcgaccctgcctcaaag
gaataggttcagagtgttagaggaaggctttggatgcctcttagcctttg
cacatactcaggtgtgtgcactagtgcatacattcacccagacacataca
cataaataagtcttttaaaagcaaggaagacagccagtgtcagcctcagg
ctgctatatgcacgcacgcacacacacacacacacacacacacacacaca
cacataaaatcactatttttgaaaataatgtttgtttctcaattttcaca
gtggtacacacagctcagagctgttacttgacttttatacatgcatttat
attcatagtgactgggatatatctctgggtcagataatttgaggtctttc
tattgtgttgtgttaattccaaaatagcttcaaatataattcagtcaaca
ttttttgttgcatcgggttagattctttaaagacaacaatcagggaggag
gttaggggttaaaatacatagcaacatcgtataaaagcgtgtgggtagaa
aagggagaaagaaagcatctcttaaatgtttcactcaggggctggagcat
cggctcaagagttttcagatgacatactgatcttgcagaggactcgagtt
cagtgcccagaacccatgtccgcaacttaaaactgcctgtacctccagcc
cagccccaatggacagaaataacagtctgtcatcatgggttgcccacact
ccacatgcacacatatcacaatacaatctcatacgtacgccaccttaagt
ctgttcactagatctctcagattttca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_78210049_78211217
seq2: B6Ng01-134C23.b_47_1203

seq1  GAATTCCACAAAGCCAATAAAAGGATTCATATTCCCTAGTATTCATGACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACAAAGCCAATAAAAGGATTCATATTCCCTAGTATTCATGACT  50

seq1  ATCTACTATAGGACACTGTCTTGCTTGGGATTTTACTGCTGTGAACAGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTACTATAGGACACTGTCTTGCTTGGGATTTTACTGCTGTGAACAGAC  100

seq1  ATCATGACTAAGGCAACTCTTCTAAGGACAACATTTAATTGGGGCTGGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGACTAAGGCAACTCTTCTAAGGACAACATTTAATTGGGGCTGGGT  150

seq1  TACAGGTTCAGAAGTTCAGTCCATGATCATCAAGGTGGGAACATAGCAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGGTTCAGAAGTTCAGTCCATGATCATCAAGGTGGGAACATAGCAGC  200

seq1  ATCCAGGCAGACATGGTGCAGGAGGAACTGAGAGTTCTACCTCTTCATTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAGGCAGACATGGTGCAGGAGGAACTGAGAGTTCTACCTCTTCATTT  250

seq1  GAAGGCTGCTAACAGAATACTGGCTTCCAGACAGCTAGGATGAAGGTCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGCTGCTAACAGAATACTGGCTTCCAGACAGCTAGGATGAAGGTCTT  300

seq1  ACAGTCCCCACACACAATGATGCACCTACTCCAACAGGGCCATACCTTCG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTCCCCACACACAATGATGCACCTACTCCAACAGGGCCATACCTTCG  350

seq1  AATTGTGCCACTTCCTGAGCCGAGCATATACAAACTATCACAGACACTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGTGCCACTTCCTGAGCCGAGCATATACAAACTATCACAGACACTTA  400

seq1  ACTAAATTTTCACTGAGGCAGGCACACTGTCAACCCATTAGATCCAGTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAATTTTCACTGAGGCAGGCACACTGTCAACCCATTAGATCCAGTAA  450

seq1  GAGCGAATCTAGCAAGTTAACAAGGAGCCATACAACTAGCTCTCACTGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCGAATCTAGCAAGTTAACAAGGAGCCATACAACTAGCTCTCACTGGG  500

seq1  CTGGCCATGCTGGCCATTACTCTATCTGGTCCTCTGGTACAATGCCATAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCATGCTGGCCATTACTCTATCTGGTCCTCTGGTACAATGCCATAG  550

seq1  ATAGATAGGATGTATGTGCCACTGCCACCTGAAACTGCATGTCCATCCTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATAGGATGTATGTGCCACTGCCACCTGAAACTGCATGTCCATCCTA  600

seq1  ACATTGTTAGATAGAATGGGAGACATTGTTTATGGTCACTTACAGGTTCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTGTTAGATAGAATGGGAGACATTGTTTATGGTCACTTACAGGTTCC  650

seq1  TCTTTATGAGAAACCATGGGAGAGTTTTGTTTATCTTGATAACCAGAGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTATGAGAAACCATGGGAGAGTTTTGTTTATCTTGATAACCAGAGAA  700

seq1  GCAAGCCTCCTCTGACCAAGTGGGACCAGTGTGAATCAAAGAAACAAGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCCTCCTCTGACCAAGTGGGACCAGTGTGAATCAAAGAAACAAGAA  750

seq1  CACTGGTTTCATCTGGATGCTAGAAGGCTTAGGGCCAAAGCTGCTAGCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGTTTCATCTGGATGCTAGAAGGCTTAGGGCCAAAGCTGCTAGCCA  800

seq1  CTTGCACCCCAGGAAAAGTGCAAGAGCATGTATTTCACACATACTTGCTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCACCCCAGGAAAAGTGCAAGAGCATGTATTTCACACATACTTGCTT  850

seq1  TCCTTTTCTTCCACTTTCTCAGTGTTGAGGATTAAACATAGAATCACACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTTCTTCCACTTTCTCAGTGTTGAGGATTAAACATAGAATCACACA  900

seq1  CATAGAAAGCACACACCCTCTGCCCAGCTGAATTCCCAGCTTTCCTTAAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGAAAGCACACACCCTCTGCCCAGCTGAATTCCCAGCTTTCCTTAAC  950

seq1  TTTTCTATTCTCTGGGTCCTTTGCCTTCATTTTGTCACCAAGTTTAAAGT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTATTCTCTGGGTCCTTTGCCTTCATTTTGTCACCAAGTTTAAAGT  1000

seq1  AAATGCTTTGTCTTTTAGATATCTTTGTGATCCTCTGTAACTCCTTTTTG  1050
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCTTTGTCTTTTAGATTTCTTTGTGATCCTCTGTAACTCCTTTTTG  1050

seq1  TAGCGAGTCAAATGAAATGCACAGTGTTAGCCAAAATTAGTTTAGAAGTT  1100
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||  ||||||||
seq2  TAGCGAGTCAAATG-AATGCACAGTGTTAGCCAAA--TAG--TAGAAGTT  1095

seq1  CCAAGGGTGTCCAGTGAACTGGGGATACAAGTAGGCAGGGGCTCTTCCTG  1150
      |     |||| ||||||||| |||| |||||||||||||| ||||| |||
seq2  C----AGTGT-CAGTGAACT-GGGAAACAAGTAGGCAGGGCCTCTTTCTG  1139

seq1  AGGAGGGCCCATGGGACAG  1169
      ||||| | |||| ||||||
seq2  AGGAGAGGCCAT-GGACAG  1157

seq1: chr14_78287261_78288393
seq2: B6Ng01-134C23.g_67_1193 (reverse)

seq1  TGAAAATTCTGAGAGATCTAGTGAAACAGATTTTAAGGTGTGTGTGTGTG  50
      |||||| |||||||||||||||| ||||||  |||||||| | ||  || 
seq2  TGAAAA-TCTGAGAGATCTAGTG-AACAGA-CTTAAGGTG-GCGTACGTA  46

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCATGT-GAGTGTGGGC-ACCCATG  98
      || |  ||| | ||||  | ||||||||||| |||||||||| |||||| 
seq2  TGAGATTGTAT-TGTG-ATATGTGTGCATGTGGAGTGTGGGCAACCCAT-  93

seq1  GATGACAGAACTGTTATGTCTGTCCATTGGGGCTGGGCTGGAGGTACAGG  148
      |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGACAG-ACTGTTATTTCTGTCCATTGGGGCTGGGCTGGAGGTACAGG  142

seq1  CAGTTTTAAGTTGCGGACATGGGTTCTGGGCACTGAACTCGAGTCCTCTG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTTAAGTTGCGGACATGGGTTCTGGGCACTGAACTCGAGTCCTCTG  192

seq1  CAAGATCAGTATGTCATCTGAAAACTCTTGAGCCGATGCTCCAGCCCCTG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGATCAGTATGTCATCTGAAAACTCTTGAGCCGATGCTCCAGCCCCTG  242

seq1  AGTGAAACATTTAAGAGATGCTTTCTTTCTCCCTTTTCTACCCACACGCT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAAACATTTAAGAGATGCTTTCTTTCTCCCTTTTCTACCCACACGCT  292

seq1  TTTATACGATGTTGCTATGTATTTTAACCCCTAACCTCCTCCCTGATTGT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATACGATGTTGCTATGTATTTTAACCCCTAACCTCCTCCCTGATTGT  342

seq1  TGTCTTTAAAGAATCTAACCCGATGCAACAAAAAATGTTGACTGAATTAT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTTAAAGAATCTAACCCGATGCAACAAAAAATGTTGACTGAATTAT  392

seq1  ATTTGAAGCTATTTTGGAATTAACACAACACAATAGAAAGACCTCAAATT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGAAGCTATTTTGGAATTAACACAACACAATAGAAAGACCTCAAATT  442

seq1  ATCTGACCCAGAGATATATCCCAGTCACTATGAATATAAATGCATGTATA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGACCCAGAGATATATCCCAGTCACTATGAATATAAATGCATGTATA  492

seq1  AAAGTCAAGTAACAGCTCTGAGCTGTGTGTACCACTGTGAAAATTGAGAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCAAGTAACAGCTCTGAGCTGTGTGTACCACTGTGAAAATTGAGAA  542

seq1  ACAAACATTATTTTCAAAAATAGTGATTTTATGTGTGTGTGTGTGTGTGT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACATTATTTTCAAAAATAGTGATTTTATGTGTGTGTGTGTGTGTGT  592

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGCGTGCATATAGCAGCCTGAGGCTGACACT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGCGTGCATATAGCAGCCTGAGGCTGACACT  642

seq1  GGCTGTCTTCCTTGCTTTTAAAAGACTTATTTATGTGTATGTGTCTGGGT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTCTTCCTTGCTTTTAAAAGACTTATTTATGTGTATGTGTCTGGGT  692

seq1  GAATGTATGCACTAGTGCACACACCTGAGTATGTGCAAAGGCTAAGAGGC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTATGCACTAGTGCACACACCTGAGTATGTGCAAAGGCTAAGAGGC  742

seq1  ATCCAAAGCCTTCCTCTAACACTCTGAACCTATTCCTTTGAGGCAGGGTC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAAAGCCTTCCTCTAACACTCTGAACCTATTCCTTTGAGGCAGGGTC  792

seq1  GCTTTCTGAAGCTGGGGCTCCTGTTTCATTGCCTGGAGACACTATAATAA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTCTGAAGCTGGGGCTCCTGTTTCATTGCCTGGAGACACTATAATAA  842

seq1  TCCTCCTTTCTCCATGTTAGCTTTTTAGGCATGCACAGGGCGTCCAGCTT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCTTTCTCCATGTTAGCTTTTTAGGCATGCACAGGGCGTCCAGCTT  892

seq1  GTTATGTGAGTGCTGAGAGTCCTCGACTGCTCAACAAGTGCTGAGTCATC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATGTGAGTGCTGAGAGTCCTCGACTGCTCAACAAGTGCTGAGTCATC  942

seq1  TTTTCAGTCCCTTTATTTTAATTTTGAGACATGGTTCCTCATGGGAGCTT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAGTCCCTTTATTTTAATTTTGAGACATGGTTCCTCATGGGAGCTT  992

seq1  ACCAATTGGACAACCTGGCCAGCTAGCAAACCTCAGGGGTGCTAGACATC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAATTGGACAACCTGGCCAGCTAGCAAACCTCAGGGGTGCTAGACATC  1042

seq1  TGAATTCAGGTCTTCTTGCATTGCAAGCATGTTACCTCCTGAGCCATCTC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTCAGGTCTTCTTGCATTGCAAGCATGTTACCTCCTGAGCCATCTC  1092

seq1  TCCTTCCACCAAAATGGGGGACTTGCTGAGAATTC  1133
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCCACCAAAATGGGGGACTTGCTGAGAATTC  1127