BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-136D18
Chromosome14 (Build37)
Map Location 37,856,799 - 37,955,841
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRgr, Lrrc21, Lrrc22, Pcdh21, 2610528A11Rik, Ghitm
Upstream geneLOC665933, 4930474N05Rik, Gcap14, LOC100040341, LOC670331
Downstream geneLOC382871, LOC382872
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-136D18.bB6Ng01-136D18.g
ACCDH936062DH936063
length1,1191,089
definitionDH936062|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-136D18, 5' end.DH936063|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-136D18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(37,954,723 - 37,955,841)(37,856,799 - 37,857,897)
sequence
gaattcataattcaagtcttctcatctgccttagcactaagaagcaatga
actcattttgtatttatgtagtcccctgtcatctgtaccattttttctgt
atcctttctctaaactaatagtataatcacccacatcaattcactgcatt
cagaacacagtgattactcagtgtaactccctccacacacatacacttat
ccagtttattcagttattagcaatgtatttgtcattaaactctctgtttc
tcttgttggtattctgtctggactccacccccacaggtacccagcagcag
ccatgtctggactctacccccacaggtaccctgcagcagccatgtctgga
ctccacccccacaggtaccctgcagcagccatgtatgctctgccccacag
ttacttggcaacagccagataggcctagcccactatgaaagagagcctct
tcctcccttcttctttccctcactctctgcctctctgcgtgagacttggg
tgctgtgcagccatatacgtgttgctaggataggaaacatgcatctttgg
gcctttacttttccctgcccactggagactctgggcactgggccgtgact
tctggctgctggtatgaagtccctgcctacagctgacccatagcacggtt
ctgccctgacacattggccttgagggccacaagtccaccagcaagagctg
ctgccacccagcatcggctatgtgtgctatacagtcgaaagggcacaagt
gcttacctatgttcccacagccttggcctgttctcacggcctgcgtactc
agtttgtgttataggacaaactctgtcaccacgatcttatgacactgctg
ccagctttcttattctagtcctagccgaatatttctttgctaatacaaaa
tatacttctctctacctaacacaacctgtcaaagttacctaagattctct
ttcctatcctgtcttgactactgctataaaattgtattcagttataacca
atagtgctccatcctgtcggagtttaatttttagttcatgacagaacgaa
ttctcagaaagctactacaggtttcttccatgaagtctcagaagaatgta
gacgagctacaggatgctg
gaattccaggccagcttgagctgcagtgggagatcatatttcaaactatc
aacaatggaaaactcattaaaagggccaccaaagaatctggggtctcagt
ttaggccttgaggagacaggaggatgagcaaaaacaaatagggatcagca
ggaggaagatcctgatttcatgaaggagaaactacgcactaagattttat
tgttcactaaggactttcagaagagctttgttgggctgtgttctgctgga
cattggggccacttaagtgcagaggttagttttatctgagaagcttatgt
caggggcaaatgctcagttagccactattatctataaaacaggactgcag
cgtgactgtactggaaacagcagtgggagaggtgggaggcatagcactag
aagccatgtgaccagtctccaaatgatccctgatgaaagctcttttctcc
cagagctacacagatattagaagaaaatcccatggttatggagactgcat
acattcagtcctaccttgtcatggatcagaccaaagtggatgctcagaga
tctagaatttacctctatgttgggagggccacaccaatgaaaagcccttc
cacactttggatctgttgatctaagggcatgggtgcctctcaaaatcaat
gaattctgagccaagacatctccttatgctaaagaggtcaaagagtagtg
gtgctccatgagggctatgatggctacaggcaaatgtcccactcctctgg
atgcttgaatctgagcagtactttacatacccttcacactgcttgcccat
tctcagtgacagtctgtgagtagatgtcatgactaaggagctctgatgtc
cccaaatgttgacattgttccggcggagatctcagctggaacactttctc
atagaagcttaaatcagacccctatggaagaaagcttcaaagcacaactt
tcacttacctgtcacccctcgaatagtccagtgtacagcatgtccccaca
ggctcatagtcatagtggccccagccatcaggcagggatgccaaaaggca
gatgacttctcaccaacctggacagagggatggacgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_37954723_37955841
seq2: B6Ng01-136D18.b_42_1160 (reverse)

seq1  CAGCATCCTGTAGCTTTGTCTACA-TCTTCTGAGACTTCATGGGAGAAAC  49
      |||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||| ||||||
seq2  CAGCATCCTGTAGC-TCGTCTACATTCTTCTGAGACTTCATGGAAGAAAC  49

seq1  TGTTAGAGGCTTT-TGGGAATTCTGTCTGTCATGAACTTAAAAATTAAAC  98
         |||  ||||| || ||||||  |||||||||||| ||||||||||||
seq2  CTGTAGTAGCTTTCTGAGAATTCGTTCTGTCATGAAC-TAAAAATTAAAC  98

seq1  TTCTGACAGGATTGAGCACTA-TGGTTATAACTGAATAGAATTTAATAGC  147
       || |||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||
seq2  -TCCGACAGGATGGAGCACTATTGGTTATAACTGAATACAATTTTATAGC  147

seq1  AGTAGTCAAGACAGGATAGGAAAGAGAATCTTAGGTAACTTTGACAGGTT  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGTCAAGACAGGATAGGAAAGAGAATCTTAGGTAACTTTGACAGGTT  197

seq1  GTG-TAGGTAGAGAGAAGTATATTTTTGTATTAGCAAAGAAATATTCGGC  246
      ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTAGGTAGAGAGAAGTATA-TTTTGTATTAGCAAAGAAATATTCGGC  246

seq1  TAGGACTAGAATAAGAAAGCTGGCAGCAGTGTCATAAGATCGTGGTGACA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGACTAGAATAAGAAAGCTGGCAGCAGTGTCATAAGATCGTGGTGACA  296

seq1  GAGTTTGTCCTATAACACAAACTGAGTACGCAGGCCGTGAGAACAGGCCA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTTGTCCTATAACACAAACTGAGTACGCAGGCCGTGAGAACAGGCCA  346

seq1  AGGCTGTGGGAACATAGGTAAGCACTTGTGCCCTTTCGACTGTATAGCAC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGTGGGAACATAGGTAAGCACTTGTGCCCTTTCGACTGTATAGCAC  396

seq1  ACATAGCCGATGCTGGGTGGCAGCAGCTCTTGCTGGTGGACTTGTGGCCC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGCCGATGCTGGGTGGCAGCAGCTCTTGCTGGTGGACTTGTGGCCC  446

seq1  TCAAGGCCAATGTGTCAGGGCAGAACCGTGCTATGGGTCAGCTGTAGGCA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGCCAATGTGTCAGGGCAGAACCGTGCTATGGGTCAGCTGTAGGCA  496

seq1  GGGACTTCATACCAGCAGCCAGAAGTCACGGCCCAGTGCCCAGAGTCTCC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACTTCATACCAGCAGCCAGAAGTCACGGCCCAGTGCCCAGAGTCTCC  546

seq1  AGTGGGCAGGGAAAAGTAAAGGCCCAAAGATGCATGTTTCCTATCCTAGC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGCAGGGAAAAGTAAAGGCCCAAAGATGCATGTTTCCTATCCTAGC  596

seq1  AACACGTATATGGCTGCACAGCACCCAAGTCTCACGCAGAGAGGCAGAGA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACGTATATGGCTGCACAGCACCCAAGTCTCACGCAGAGAGGCAGAGA  646

seq1  GTGAGGGAAAGAAGAAGGGAGGAAGAGGCTCTCTTTCATAGTGGGCTAGG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGGAAAGAAGAAGGGAGGAAGAGGCTCTCTTTCATAGTGGGCTAGG  696

seq1  CCTATCTGGCTGTTGCCAAGTAACTGTGGGGCAGAGCATACATGGCTGCT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATCTGGCTGTTGCCAAGTAACTGTGGGGCAGAGCATACATGGCTGCT  746

seq1  GCAGGGTACCTGTGGGGGTGGAGTCCAGACATGGCTGCTGCAGGGTACCT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGGTACCTGTGGGGGTGGAGTCCAGACATGGCTGCTGCAGGGTACCT  796

seq1  GTGGGGGTAGAGTCCAGACATGGCTGCTGCTGGGTACCTGTGGGGGTGGA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGGGTAGAGTCCAGACATGGCTGCTGCTGGGTACCTGTGGGGGTGGA  846

seq1  GTCCAGACAGAATACCAACAAGAGAAACAGAGAGTTTAATGACAAATACA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAGACAGAATACCAACAAGAGAAACAGAGAGTTTAATGACAAATACA  896

seq1  TTGCTAATAACTGAATAAACTGGATAAGTGTATGTGTGTGGAGGGAGTTA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTAATAACTGAATAAACTGGATAAGTGTATGTGTGTGGAGGGAGTTA  946

seq1  CACTGAGTAATCACTGTGTTCTGAATGCAGTGAATTGATGTGGGTGATTA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGAGTAATCACTGTGTTCTGAATGCAGTGAATTGATGTGGGTGATTA  996

seq1  TACTATTAGTTTAGAGAAAGGATACAGAAAAAATGGTACAGATGACAGGG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTATTAGTTTAGAGAAAGGATACAGAAAAAATGGTACAGATGACAGGG  1046

seq1  GACTACATAAATACAAAATGAGTTCATTGCTTCTTAGTGCTAAGGCAGAT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTACATAAATACAAAATGAGTTCATTGCTTCTTAGTGCTAAGGCAGAT  1096

seq1  GAGAAGACTTGAATTATGAATTC  1119
      |||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGACTTGAATTATGAATTC  1119

seq1: chr14_37856799_37857897
seq2: B6Ng01-136D18.g_66_1154

seq1  GAATTCCAGGCCAGCTTGAGCTGCAGTGGGAGATCATATTTCAAACTATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGCCAGCTTGAGCTGCAGTGGGAGATCATATTTCAAACTATC  50

seq1  AACAATGGAAAACTCATTAAAAGGGCCACCAAAGAATCTGGGGTCTCAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATGGAAAACTCATTAAAAGGGCCACCAAAGAATCTGGGGTCTCAGT  100

seq1  TTAGGCCTTGAGGAGACAGGAGGATGAGCAAAAACAAATAGGGATCAGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGCCTTGAGGAGACAGGAGGATGAGCAAAAACAAATAGGGATCAGCA  150

seq1  GGAGGAAGATCCTGATTTCATGAAGGAGAAACTACGCACTAAGATTTTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGAAGATCCTGATTTCATGAAGGAGAAACTACGCACTAAGATTTTAT  200

seq1  TGTTCACTAAGGACTTTCAGAAGAGCTTTGTTGGGCTGTGTTCTGCTGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCACTAAGGACTTTCAGAAGAGCTTTGTTGGGCTGTGTTCTGCTGGA  250

seq1  CATTGGGGCCACTTAAGTGCAGAGGTTAGTTTTATCTGAGAAGCTTATGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGGGGCCACTTAAGTGCAGAGGTTAGTTTTATCTGAGAAGCTTATGT  300

seq1  CAGGGGCAAATGCTCAGTTAGCCACTATTATCTATAAAACAGGACTGCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGGCAAATGCTCAGTTAGCCACTATTATCTATAAAACAGGACTGCAG  350

seq1  CGTGACTGTACTGGAAACAGCAGTGGGAGAGGTGGGAGGCATAGCACTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGACTGTACTGGAAACAGCAGTGGGAGAGGTGGGAGGCATAGCACTAG  400

seq1  AAGCCATGTGACCAGTCTCCAAATGATCCCTGATGAAAGCTCTTTTCTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCATGTGACCAGTCTCCAAATGATCCCTGATGAAAGCTCTTTTCTCC  450

seq1  CAGAGCTACACAGATATTAGAAGAAAATCCCATGGTTATGGAGACTGCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCTACACAGATATTAGAAGAAAATCCCATGGTTATGGAGACTGCAT  500

seq1  ACATTCAGTCCTACCTTGTCATGGATCAGACCAAAGTGGATGCTCAGAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCAGTCCTACCTTGTCATGGATCAGACCAAAGTGGATGCTCAGAGA  550

seq1  TCTAGAATTTACCTCTATGTTGGGAGGGCCACACCAATGAAAAGCCCTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGAATTTACCTCTATGTTGGGAGGGCCACACCAATGAAAAGCCCTTC  600

seq1  CACACTTTGGATCTGTTGATCTAAGGGCATGGGTGCCTCTCAAAATCAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTTTGGATCTGTTGATCTAAGGGCATGGGTGCCTCTCAAAATCAAT  650

seq1  GAATTCTGAGCCAAGACATCTCCTTATGCTAAAGAGGTCAAAGAGTAGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGAGCCAAGACATCTCCTTATGCTAAAGAGGTCAAAGAGTAGTG  700

seq1  GTGCTCCATGAGGGCTATGATGGCTACAGGCAAATGTCCCACTCCTCTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTCCATGAGGGCTATGATGGCTACAGGCAAATGTCCCACTCCTCTGG  750

seq1  ATGCTTGAATCTGAGCAGTACTTTACATACCCTTCACACTGCTTGCCCAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTGAATCTGAGCAGTACTTTACATACCCTTCACACTGCTTGCCCAT  800

seq1  TCTCAGTGACAGTCTGTGAGTAGATGTCATGACTAAGGAGCTCTGATGTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGTGACAGTCTGTGAGTAGATGTCATGACTAAGGAGCTCTGATGTC  850

seq1  CCCAAATGTTGACATTGTTCCGGCGGAGATCTCAGCTGGAACATCTTTCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CCCAAATGTTGACATTGTTCCGGCGGAGATCTCAGCTGGAACA-CTTTCT  899

seq1  CATAGAAGCTTAAAATCAAGACCCCTATGGAAGAAAGCCTCAAAGCCACA  950
      ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||
seq2  CATAGAAGCTT-AAATC-AGACCCCTATGGAAGAAAGCTTCAAAG-CACA  946

seq1  ACTTTCACCTTACCTGTCACCCCTCGAATAGTCCAGTGTACAGCATGTCC  1000
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCA-CTTACCTGTCACCCCTCGAATAGTCCAGTGTACAGCATGTCC  995

seq1  CCACAGGCTCATAGTCATAGTGGCCCCAGCCCATCAGGGGCAGGGATGCC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||| |
seq2  CCACAGGCTCATAGTCATAGTGGCCCCAG-CCATCA--GGCAGGGATG-C  1041

seq1  CAGAAGGCAGATGACATC-CACACAAACAGCACCAGAGGGATGGCCGTGT  1099
      || |||||||||||| || ||| ||| | | | ||||||||||| |||||
seq2  CAAAAGGCAGATGACTTCTCAC-CAACCTGGA-CAGAGGGATGGACGTGT  1089