BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-139L07
Chromosome14 (Build37)
Map Location 40,030,262 - 40,182,063
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNrg3
Upstream geneLOC100041521
Downstream geneLOC100040439, LOC218945, LOC100040470
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-139L07.bB6Ng01-139L07.g
ACCDH938624DH938625
length1,197895
definitionDH938624|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-139L07, 5' end.DH938625|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-139L07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(40,030,262 - 40,031,459)(40,181,216 - 40,182,063)
sequence
gaattcatatcgtatgcttggattttagtactaaaaagcatttaacaagt
tgacatgattttcacaagttctattacatgtgtctctcgtgatttctgtt
gttgtttcctttctagtcctatccaagttattccagaattgctgcaaact
gctataactataaatgagcatctctcaccaaaggagatgttgtcaacaag
gcactcccaaggtgtagagttgtgttacccactacaagctacaattcaca
aatctcctgcggcatgagagcgcaagagtcatcaggagcaggtccttgtc
agtagatctcaagggaccaattcccattagaaatgctacaaagattgctt
aatgtgagatagatatggcctcagctagaaacctggtatggaatagctga
atacttgttttacacaccttaaatcaaccacagagtggttgacaagataa
ttaaataagagtcccagtcaaataagagtatttaaaaaaaacgagccaga
gttgtggaggcagagaattaatattcagagaatacttatgagtgttttaa
atctgagacatatgttttctcaattacaccttactagaaaaaatagttat
cataactatatagataaggtactaaagctggtgaatgagtccccagaatg
acccagtcttgaaatccatatctctcctctatgtcaatggccaactaaat
ggcaatgtgttgatacaaagtcatgcacttgcttagaatatatacatctt
atgggcaggaataatctgtaaatgtttgttctgggtaccaatttacttaa
cagcaccaaataatgaactgaattatttctgactataaatccaatgaaaa
tcagagtgctcactcatgtttagaaaggctaatagccttgtcctgccttg
atacatgtaaaccttaccttagagtacacttcatgccaaaggaatttaca
tggtacaagtgatatactgagttctcagtattaatttttctcatccttat
tactctcagctataagtgtttagttccttccacattctcctttttcatgt
cttggtgtaatatgtctttgggccttatacccctctgttaacttttggta
ttttcatgcattcatgaaaggatctgatcctaagcttaccactggtcaat
actgtctgatcatgtttgttgttaacttagctcctcatacatcatta
gaattcttactgtgccattatttgagactgtgtaatatggaaaaagggac
acctgtatttattgaaataaatattacttttgatatatgttaatgaggaa
tgaaaactgttttgttcttccactatcctattctgtaacttcttcaatta
gagttttatcttttggtggctatatatttatgtatgtttattgtatgcac
tgtggtgtttgtactcatgttcatactaagaataactagtgtttatcctt
atacttgtagtcttgacctaactttgagaagcagtctttactccagtgat
acagagcagatcatatgaaaaatttgagtaaactgacattaaagaatgtg
ggacgtacagctgacatcagcacaccaagtatcaaaagaagtgtttgagg
atgtgtaatgtaacaatggagtaaatacagttaagaattgatcaataaca
ttgagggccaataagcactggcattctgaaatttttacatcaattacact
tgagcttagaaaattgtcagaagctacatataatgactcttttgaagtca
cttgttaaaaatatctcaaaccttgatatctaagaaatttgatagcatca
tgtgaatattatgatagtgaaaatgatgatattgtttaaactagctcact
gaaagttcacgtacatcttttgtccagagataaatgtatgtactctcatt
ctttcatgctcttacattcattcttgtcatgactgaaagtctgaagcaaa
atcatgtataatagcaaggttaagaatatttaagaatacagaggcagatg
ttagcagccaaccaatggactgggcgtggggtccctaatagaggaattag
agaagggactgaaggagttgaaggggtttgcaaccccataggaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_40030262_40031459
seq2: B6Ng01-139L07.b_46_1242

seq1  GAATTCATATCGTATGCTTGGATTTTAGTACTAAAAAGCATTTAACAAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATATCGTATGCTTGGATTTTAGTACTAAAAAGCATTTAACAAGT  50

seq1  TGACATGATTTTCACAAGTTCTATTACATGTGTCTCTCGTGATTTCTGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATGATTTTCACAAGTTCTATTACATGTGTCTCTCGTGATTTCTGTT  100

seq1  GTTGTTTCCTTTCTAGTCCTATCCAAGTTATTCCAGAATTGCTGCAAACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTTCCTTTCTAGTCCTATCCAAGTTATTCCAGAATTGCTGCAAACT  150

seq1  GCTATAACTATAAATGAGCATCTCTCACCAAAGGAGATGTTGTCAACAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATAACTATAAATGAGCATCTCTCACCAAAGGAGATGTTGTCAACAAG  200

seq1  GCACTCCCAAGGTGTAGAGTTGTGTTACCCACTACAAGCTACAATTCACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTCCCAAGGTGTAGAGTTGTGTTACCCACTACAAGCTACAATTCACA  250

seq1  AATCTCCTGCGGCATGAGAGCGCAAGAGTCATCAGGAGCAGGTCCTTGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTCCTGCGGCATGAGAGCGCAAGAGTCATCAGGAGCAGGTCCTTGTC  300

seq1  AGTAGATCTCAAGGGACCAATTCCCATTAGAAATGCTACAAAGATTGCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGATCTCAAGGGACCAATTCCCATTAGAAATGCTACAAAGATTGCTT  350

seq1  AATGTGAGATAGATATGGCCTCAGCTAGAAACCTGGTATGGAATAGCTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGAGATAGATATGGCCTCAGCTAGAAACCTGGTATGGAATAGCTGA  400

seq1  ATACTTGTTTTACACACCTTAAATCAACCACAGAGTGGTTGACAAGATAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTGTTTTACACACCTTAAATCAACCACAGAGTGGTTGACAAGATAA  450

seq1  TTAAATAAGAGTCCCAGTCAAATAAGAGTATTTAAAAAAAACGAGCCAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATAAGAGTCCCAGTCAAATAAGAGTATTTAAAAAAAACGAGCCAGA  500

seq1  GTTGTGGAGGCAGAGAATTAATATTCAGAGAATACTTATGAGTGTTTTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTGGAGGCAGAGAATTAATATTCAGAGAATACTTATGAGTGTTTTAA  550

seq1  ATCTGAGACATATGTTTTCTCAATTACACCTTACTAGAAAAAATAGTTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGAGACATATGTTTTCTCAATTACACCTTACTAGAAAAAATAGTTAT  600

seq1  CATAACTATATAGATAAGGTACTAAAGCTGGTGAATGAGTCCCCAGAATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAACTATATAGATAAGGTACTAAAGCTGGTGAATGAGTCCCCAGAATG  650

seq1  ACCCAGTCTTGAAATCCATATCTCTCCTCTATGTCAATGGCCAACTAAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAGTCTTGAAATCCATATCTCTCCTCTATGTCAATGGCCAACTAAAT  700

seq1  GGCAATGTGTTGATACAAAGTCATGCACTTGCTTAGAATATATACATCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAATGTGTTGATACAAAGTCATGCACTTGCTTAGAATATATACATCTT  750

seq1  ATGGGCAGGAATAATCTGTAAATGTTTGTTCTGGGTACCAATTTACTTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGCAGGAATAATCTGTAAATGTTTGTTCTGGGTACCAATTTACTTAA  800

seq1  CAGCACCAAATAATGAACTGAATTATTTCTGACTATAAATCCAATGAAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACCAAATAATGAACTGAATTATTTCTGACTATAAATCCAATGAAAA  850

seq1  TCAGAGTGCTCACTCATGTTTAGAAAGGCTAATAGCCTTGTCCTGCCTTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGTGCTCACTCATGTTTAGAAAGGCTAATAGCCTTGTCCTGCCTTG  900

seq1  ATACATGTAAACCTTACCTTAGAGTACACTCCATGCCAAAGGAATTTACA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ATACATGTAAACCTTACCTTAGAGTACACTTCATGCCAAAGGAATTTACA  950

seq1  TGGTACAAGTGATATACTGAGTTCTCAGTAATTAACTTTTCTCATCCTTA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
seq2  TGGTACAAGTGATATACTGAGTTCTCAGT-ATTAATTTTTCTCATCCTTA  999

seq1  TTACTCTCAGCTCATAAGTGTTTAGTTCCTTCCACATTCTCTTTTTCAAT  1050
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||
seq2  TTACTCTCAGCT-ATAAGTGTTTAGTTCCTTCCACATTCTCCTTTTTCAT  1048

seq1  GTCTTGGTGTTAATATGTCTTT-GGCCTTATA-CTCTCTG-TAACCTTTT  1097
      ||||||||| |||||||||||| ||||||||| | ||||| |||| ||| 
seq2  GTCTTGGTG-TAATATGTCTTTGGGCCTTATACCCCTCTGTTAACTTTTG  1097

seq1  GTATATTTCATTGCATTCATGAACAGGTATCTGATCCTAAGCTTA-CACT  1146
      |||| ||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||
seq2  GTAT-TTTCA-TGCATTCATGAA-AGG-ATCTGATCCTAAGCTTACCACT  1143

seq1  GGTCATTACTGTTCTGATCATGTTTGTTTGTTTAGCTTTAGCTCCT----  1192
      ||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |   |||||||||    
seq2  GGTCAATACTG-TCTGATCATGTTTG-TTGTTAA--CTTAGCTCCTCATA  1189

seq1  --TCATTA  1198
        ||||||
seq2  CATCATTA  1197

seq1: chr14_40181216_40182063
seq2: B6Ng01-139L07.g_70_916 (reverse)

seq1  ATTCCTCTATTAGGGACCCCACGCCCAGTCCATTGGTTGGCTGCTAACAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTCTATTAGGGACCCCACGCCCAGTCCATTGGTTGGCTGCTAACAT  50

seq1  CTGCCTCTGTATTCTTAAATATTCTTAAACCTTGCTATTATACATGATTT  100
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTCTGTATTCTTAAATATTCTT-AACCTTGCTATTATACATGATTT  99

seq1  TGCTTCAGACTTTCAGTCATGACAAGAATGAATGTAAGAGCATGAAAGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCAGACTTTCAGTCATGACAAGAATGAATGTAAGAGCATGAAAGAA  149

seq1  TGAGAGTACATACATTTATCTCTGGACAAAAGATGTACGTGAACTTTCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGTACATACATTTATCTCTGGACAAAAGATGTACGTGAACTTTCAG  199

seq1  TGAGCTAGTTTAAACAATATCATCATTTTCACTATCATAATATTCACATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTAGTTTAAACAATATCATCATTTTCACTATCATAATATTCACATG  249

seq1  ATGCTATCAAATTTCTTAGATATCAAGGTTTGAGATATTTTTAACAAGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTATCAAATTTCTTAGATATCAAGGTTTGAGATATTTTTAACAAGTG  299

seq1  ACTTCAAAAGAGTCATTATATGTAGCTTCTGACAATTTTCTAAGCTCAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCAAAAGAGTCATTATATGTAGCTTCTGACAATTTTCTAAGCTCAAG  349

seq1  TGTAATTGATGTAAAAATTTCAGAATGCCAGTGCTTATTGGCCCTCAATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAATTGATGTAAAAATTTCAGAATGCCAGTGCTTATTGGCCCTCAATG  399

seq1  TTATTGATCAATTCTTAACTGTATTTACTCCATTGTTACATTACACATCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGATCAATTCTTAACTGTATTTACTCCATTGTTACATTACACATCC  449

seq1  TCAAACACTTCTTTTGATACTTGGTGTGCTGATGTCAGCTGTACGTCCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACACTTCTTTTGATACTTGGTGTGCTGATGTCAGCTGTACGTCCCA  499

seq1  CATTCTTTAATGTCAGTTTACTCAAATTTTTCATATGATCTGCTCTGTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTTTAATGTCAGTTTACTCAAATTTTTCATATGATCTGCTCTGTAT  549

seq1  CACTGGAGTAAAGACTGCTTCTCAAAGTTAGGTCAAGACTACAAGTATAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGAGTAAAGACTGCTTCTCAAAGTTAGGTCAAGACTACAAGTATAA  599

seq1  GGATAAACACTAGTTATTCTTAGTATGAACATGAGTACAAACACCACAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAAACACTAGTTATTCTTAGTATGAACATGAGTACAAACACCACAGT  649

seq1  GCATACAATAAACATACATAAATATATAGCCACCAAAAGATAAAACTCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATACAATAAACATACATAAATATATAGCCACCAAAAGATAAAACTCTA  699

seq1  ATTGAAGAAGTTACAGAATAGGATAGTGGAAGAACAAAACAGTTTTCATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAAGAAGTTACAGAATAGGATAGTGGAAGAACAAAACAGTTTTCATT  749

seq1  CCTCATTAACATATATCAAAAGTAATATTTATTTCAATAAATACAGGTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCATTAACATATATCAAAAGTAATATTTATTTCAATAAATACAGGTGT  799

seq1  CCCTTTTTCCATATTACACAGTCTCAAATAATGGCACAGTAAGAATTC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTTTCCATATTACACAGTCTCAAATAATGGCACAGTAAGAATTC  847