BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-139M12
Chromosome14 (Build37)
Map Location 14,259,169 - 14,306,056
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSynpr
Upstream geneCadps, EG432822, LOC100042022, LOC100042026, EG328354
Downstream geneA430083B19Rik, EG382844, LOC100042045, Gm281, Thoc7, Atxn7, Psmd6, Olfr720, LOC667125, LOC100042543, Olfr31, Il3ra, LOC627139, Olfr721-ps1, LOC667152
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-139M12.bB6Ng01-139M12.g
ACCDH938678DH938679
length1,090442
definitionDH938678|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-139M12, 5' end.DH938679|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-139M12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(14,259,169 - 14,260,262)(14,305,609 - 14,306,056)
sequence
gaattccaaagagttatgaagaattttattgaaacaatggagataattaa
tttcttctctgtggtgcagatttcttgtctcaaagttgatcaaattatac
cctctaatcatgtaaattttttttcctaaatatgactcaacaaagttgtt
aattaaattcaagcatttggaaccattaaataataggccattgaaatgtt
tgagaactgtggattagcattacaaaagggaggggactttagccaatctt
aacaagatgaacatcaccgagctttaagatcctgggtgtcttggcttcat
ttctgttactgtgaaaaatatcatggtgaaagtaatttggaggtgagagt
catggttgctatccacctctcctgtaatgtccagacttctagaactcaaa
gcagagagtcacatccagtcaagagcagagagagtgagtgcattcatgca
ggtgctcagctgactttctctactcttgcacagactagggctgccagtct
agggaatggagccttctaaagtgggtgggtcttcccaccttaattaatgc
agtcacaataatctctcccagacttgccaacttgatccagttactccttt
actaagattccactcccaagtgattgcacatcagttgttctcaacttgtg
gtgcatgacccctttggtgatcacatatcagacatcctgtatattagata
ttatactacaattcataatagtagcaaaattataaagtagtaaaaaaaaa
tacagttaggggtcaccacaatatgaagaactacattgaagggtcacagc
attaggaaggctgagaaccactggactagaaccactaaccgtcacatagg
agttctactgctacatatgtaatgtagaaaactccactagctaagaataa
ggctaaatgtgttattttgtatattaatgcaatagcaaaaatggaaaata
atttaaaaacatctacatgaaacaaatggataaacacaggatgctcacga
atgagaaacaaacagtattttaatatgaatagatttgtacatatcatcaa
gactaagataggaaggatgatgatgatagataggatagat
cattagcaagtgctacagtttaattgtggttatacccaggttctttcaca
ctttcctctttttttcccctcttaaaattttttattatttaaatgcattt
tatacaccaaacatattaatgaaattgagtattttgagactcaaataata
cataagaaattgttccttttatattcatatcatttcatacccaaaaatat
tattaatgaacatttactactattcataactgaggatcttatatctaatg
ttgaatactaaattgttgcaaagcatacaacatattatttgggaattaag
catagtaaaagagcatacaatattaaaaatgaatcattaagaaatatatt
catataaagtctgcacgaccaatgggcctctctttccactgatggccaac
tggcagggccaggaattgtgagtgggtggatgggggagtagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_14259169_14260262
seq2: B6Ng01-139M12.b_48_1137

seq1  GAATTCCAAAGAGTTATGAAGAATTTTATTGAAACAATGGAGATAATTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAAGAGTTATGAAGAATTTTATTGAAACAATGGAGATAATTAA  50

seq1  TTTCTTCTCTGTGGTGCAGATTTCTTGTCTCAAAGTTGATCAAATTATAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTCTCTGTGGTGCAGATTTCTTGTCTCAAAGTTGATCAAATTATAC  100

seq1  CCTCTAATCATGTAAATTTTTTTTCCTAAATATGACTCAACAAAGTTGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTAATCATGTAAATTTTTTTTCCTAAATATGACTCAACAAAGTTGTT  150

seq1  AATTAAATTCAAGCATTTGGAACCATTAAATAATAGGCCATTGAAATGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAAATTCAAGCATTTGGAACCATTAAATAATAGGCCATTGAAATGTT  200

seq1  TGAGAACTGTGGATTAGCATTACAAAAGGGAGGGGACTTTAGCCAATCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAACTGTGGATTAGCATTACAAAAGGGAGGGGACTTTAGCCAATCTT  250

seq1  AACAAGATGAACATCACCGAGCTTTAAGATCCTGGGTGTCTTGGCTTCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAGATGAACATCACCGAGCTTTAAGATCCTGGGTGTCTTGGCTTCAT  300

seq1  TTCTGTTACTGTGAAAAATATCATGGTGAAAGTAATTTGGAGGTGAGAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTTACTGTGAAAAATATCATGGTGAAAGTAATTTGGAGGTGAGAGT  350

seq1  CATGGTTGCTATCCACCTCTCCTGTAATGTCCAGACTTCTAGAACTCAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTTGCTATCCACCTCTCCTGTAATGTCCAGACTTCTAGAACTCAAA  400

seq1  GCAGAGAGTCACATCCAGTCAAGAGCAGAGAGAGTGAGTGCATTCATGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGAGTCACATCCAGTCAAGAGCAGAGAGAGTGAGTGCATTCATGCA  450

seq1  GGTGCTCAGCTGACTTTCTCTACTCTTGCACAGACTAGGGCTGCCAGTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTCAGCTGACTTTCTCTACTCTTGCACAGACTAGGGCTGCCAGTCT  500

seq1  AGGGAATGGAGCCTTCTAAAGTGGGTGGGTCTTCCCACCTTAATTAATGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAATGGAGCCTTCTAAAGTGGGTGGGTCTTCCCACCTTAATTAATGC  550

seq1  AGTCACAATAATCTCTCCCAGACTTGCCAACTTGATCCAGTTACTCCTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACAATAATCTCTCCCAGACTTGCCAACTTGATCCAGTTACTCCTTT  600

seq1  ACTAAGATTCCACTCCCAAGTGATTGCACATCAGTTGTTCTCAACTTGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAGATTCCACTCCCAAGTGATTGCACATCAGTTGTTCTCAACTTGTG  650

seq1  GTGCATGACCCCTTTGGTGATCACATATCAGACATCCTGTATATTAGATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATGACCCCTTTGGTGATCACATATCAGACATCCTGTATATTAGATA  700

seq1  TTATACTACAATTCATAATAGTAGCAAAATTATAAAGTAGTAAAAAAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATACTACAATTCATAATAGTAGCAAAATTATAAAGTAGTAAAAAAAAA  750

seq1  TACAGTTAGGGGTCACCACAATATGAAGAACTACATTGAAGGGTCACAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGTTAGGGGTCACCACAATATGAAGAACTACATTGAAGGGTCACAGC  800

seq1  ATTAGGAAGGCTGAGAACCACTGGACTAGAACCACTAACCGTCACATAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGGAAGGCTGAGAACCACTGGACTAGAACCACTAACCGTCACATAGG  850

seq1  AGTTCTACTGCTACATATGTAATGTAGAAAAACTCCACTAGCTAAGAATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTACTGCTACATATGTAATGTAG-AAAACTCCACTAGCTAAGAATA  899

seq1  AGGCTAAATGTGTTA-TTTGTATATTAATGCAATAGCAAAAATGGAAAAT  949
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTAAATGTGTTATTTTGTATATTAATGCAATAGCAAAAATGGAAAAT  949

seq1  AATTT-AAAACATCTACATGAAACAAATGGATAAACACAGGATGCTCACC  998
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AATTTAAAAACATCTACATGAAACAAATGGATAAACACAGGATGCTCA-C  998

seq1  AAATGAGAAACCAAACAGTATTTTTAAATAATGAAATAGATTTGTACATA  1048
       ||||||||| |||||||||||||  ||| ||| ||||||||||||||||
seq2  GAATGAGAAA-CAAACAGTATTTT--AAT-ATG-AATAGATTTGTACATA  1043

seq1  TCATCACAGACCTAAAGATA-GATAGAT--AGATGATAGATA-GATAGAT  1094
      |||||| ||||   |||||| ||  |||   ||||||||||| |||||||
seq2  TCATCA-AGAC--TAAGATAGGAAGGATGATGATGATAGATAGGATAGAT  1090

seq1: chr14_14305609_14306056
seq2: B6Ng01-139M12.g_68_515 (reverse)

seq1  CCTACTCCCCCATCCACCCACTCACAATTCCTGGCCCTGCCAGTTGGCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACTCCCCCATCCACCCACTCACAATTCCTGGCCCTGCCAGTTGGCCA  50

seq1  TCAGTGGAAAGAGAGGCCCATTGGTCGTGCAGACTTTATATGAATATATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGGAAAGAGAGGCCCATTGGTCGTGCAGACTTTATATGAATATATT  100

seq1  TCTTAATGATTCATTTTTAATATTGTATGCTCTTTTACTATGCTTAATTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAATGATTCATTTTTAATATTGTATGCTCTTTTACTATGCTTAATTC  150

seq1  CCAAATAATATGTTGTATGCTTTGCAACAATTTAGTATTCAACATTAGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATAATATGTTGTATGCTTTGCAACAATTTAGTATTCAACATTAGAT  200

seq1  ATAAGATCCTCAGTTATGAATAGTAGTAAATGTTCATTAATAATATTTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGATCCTCAGTTATGAATAGTAGTAAATGTTCATTAATAATATTTTT  250

seq1  GGGTATGAAATGATATGAATATAAAAGGAACAATTTCTTATGTATTATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTATGAAATGATATGAATATAAAAGGAACAATTTCTTATGTATTATTT  300

seq1  GAGTCTCAAAATACTCAATTTCATTAATATGTTTGGTGTATAAAATGCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCTCAAAATACTCAATTTCATTAATATGTTTGGTGTATAAAATGCAT  350

seq1  TTAAATAATAAAAAATTTTAAGAGGGGAAAAAAAGAGGAAAGTGTGAAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATAATAAAAAATTTTAAGAGGGGAAAAAAAGAGGAAAGTGTGAAAG  400

seq1  AACCTGGGTATAACCACAATTAAACTGTAGCACTTGCTAATGGAATTC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTGGGTATAACCACAATTAAACTGTAGCACTTGCTAATGGAATTC  448