BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-140D11
Chromosome14 (Build37)
Map Location 23,331,629 - 23,387,181
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1700112E06Rik, EG435392
Upstream geneMyst4, EG435391, Dusp13, Samd8, Vdac2, Comtd1, Zfp503, EG665075
Downstream geneLOC665068, Kcnma1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-140D11.bB6Ng01-140D11.g
ACCDH939005DH939006
length9621,111
definitionDH939005|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-140D11, 5' end.DH939006|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-140D11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(23,331,629 - 23,332,620)(23,386,046 - 23,387,181)
sequence
gaattcctctgtcctgtgtgctgcttgggggtggggatgaatactctatt
ggaattaaatgttttatgaaaacgtgacataatgacatcagtgacatcag
tggaaatgacatgggtgacttcttagattcggaggcttagaagcaagtgt
tttaaacctaaaatccatttatttgtgagggaccttgcatagataccatt
tctctttctgtatgaggaagtgaggcacgatgtctacctatctccagaag
gcagagctctttagtttctgtagttacaagcagcctcaattcactgtgtc
tatgaacagaattccaaatgctgggctctctgtgccccatatgggtctta
tgacaaattctaactcacctgttggttctgagctagtcgttgggacttaa
aacacggattgtgcagttttctgatttctggatattaacagaattatgaa
taacagattctcaagatttaaaaaaaaacacctttacaatttcatttatc
tgtcctctcacattgcccatggtttccactttctatctttggctaagttg
tcctaaagggatagtttatcttcctcctttacaaatgtacctcagggttc
acctaaccatctcctggatctctatggagagaggctaaccacacattttg
ccagacatgcttctgcctgggacacacagctcatcaaggttagagtattc
agataatgtgccagcctgggaaactgtgtgtttgacaatgagccttgtaa
gatacagtataaagcatggctttgagaaaagtccttgggtgtcgattctg
acttaccttactagtgtgtggctttgtggagctgtagatatcttctttct
tttatttagagttattatgttgaatgttctgtatgcaggtgtggcagctt
gtatggtgtactggatacaactctgttccaagtagaacagtatcaaccac
tgagccactctc
gaattcatatgcacaagtagaggttagtggtatcaaagtatgcagtctct
gggcttccaggaagtaggaccaagagtaaaatcatgcatggggaaatgtc
ccaaatcaatgttttatattgacaaaaacagaggagttgttcgccaaatc
ctgggtccaattcctgcatctctatacatatgtgatcagagacaagacat
gaaaaatggctgggctacatttttctacagggattaagtttggtgacctc
tattactctattcgggtactatggatagccagctggagcttctttctcta
tagccacatcttgcaaaggctgctaagaatatgtcccaccttgccagggg
gtcccaaggagaccatgtgggaagaaaggggaagctgaattcgatttgta
ccattccctatgatgctaaactctaatgttatctttttctcctggctgga
actgggaggttttaatatttccctactaggacattcttaaaaacaaaagc
atgtctcaacacactggcttctgatgaaccataacgtaatatcagagcta
cagctttatttatggaagaccgtatcgtggtctcatagactcagagtctg
agtccccaaaaaactttagactcttagacctcctgacactctacccacat
tcacagaagaaaactaacatcctaggaggttaaacagtgcctgaaagctc
acacaatgatcgagccacgtctcaaacctttgaatgttcatcttagtgca
gcctcaattaggcatctggttgtagctcagacataagaagccagctcttg
ccacaacctaaaggctaacattttgaatactgagctgtaatccagttgtt
gtaaggacccacttaggtttattgtcatttcttctgctcttcggacttgc
ttcctgattttccacagcgcctggaatagcagcactcgcagcttcatgtg
actctagaagtgagaaaatactgggtggagaaagttgaaactatcagcta
atgtatgtgatcggtgtatcctcgtagcttagtgtcactggttgcatagc
atgcattagttcctttttgtcagttctttgcaggtgggatacagaaggac
tgtgcatggcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_23331629_23332620
seq2: B6Ng01-140D11.b_48_1009

seq1  GAATTCCTCTGTCCTGTGTGCTGCTTGGGGGTGGGGATGAATACTCTATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCTGTCCTGTGTGCTGCTTGGGGGTGGGGATGAATACTCTATT  50

seq1  GGAATTAAATGTTTTATGAAAACGTGACATAATGACATCAGTGACATCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTAAATGTTTTATGAAAACGTGACATAATGACATCAGTGACATCAG  100

seq1  TGGAAATGACATGGGTGACTTCTTAGATTCGGAGGCTTAGAAGCAAGTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAATGACATGGGTGACTTCTTAGATTCGGAGGCTTAGAAGCAAGTGT  150

seq1  TTTAAACCTAAAATCCATTTATTTGTGAGGGACCTTGCATAGATACCATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAACCTAAAATCCATTTATTTGTGAGGGACCTTGCATAGATACCATT  200

seq1  TCTCTTTCTGTATGAGGAAGTGAGGCACGATGTCTACCTATCTCCAGAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTTCTGTATGAGGAAGTGAGGCACGATGTCTACCTATCTCCAGAAG  250

seq1  GCAGAGCTCTTTAGTTTCTGTAGTTACAAGCAGCCTCAATTCACTGTGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGCTCTTTAGTTTCTGTAGTTACAAGCAGCCTCAATTCACTGTGTC  300

seq1  TATGAACAGAATTCCAAATGCTGGGCTCTCTGTGCCCCATATGGGTCTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAACAGAATTCCAAATGCTGGGCTCTCTGTGCCCCATATGGGTCTTA  350

seq1  TGACAAATTCTAACTCACCTGTTGGTTCTGAGCTAGTCGTTGGGACTTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAAATTCTAACTCACCTGTTGGTTCTGAGCTAGTCGTTGGGACTTAA  400

seq1  AACACGGATTGTGCAGTTTTCTGATTTCTGGATATTAACAGAATTATGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACGGATTGTGCAGTTTTCTGATTTCTGGATATTAACAGAATTATGAA  450

seq1  TAACAGATTCTCAAGATTT-AAAAAGACCACCTTTACAATTTCATTTATC  499
      ||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAGATTCTCAAGATTTAAAAAAAAACACCTTTACAATTTCATTTATC  500

seq1  TGTCCTCTCACATTGCCCATGGTTTCCACTTTCTATCTTTGGCTAAGTTG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTCTCACATTGCCCATGGTTTCCACTTTCTATCTTTGGCTAAGTTG  550

seq1  TCCTAAAGGGATAGTTTATCTTCCTCCTTTACAAATGTACCTCAGGGTTC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAAAGGGATAGTTTATCTTCCTCCTTTACAAATGTACCTCAGGGTTC  600

seq1  ACCTAACCATCTCCTGGGATCTCTATGGAGAGAGGCTAACCACACATTTT  649
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAACCATCTCCT-GGATCTCTATGGAGAGAGGCTAACCACACATTTT  649

seq1  GCCAGACATGCTTCTGCCTGGGACACACAGCTCATCAAGGTTAGAGTATT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGACATGCTTCTGCCTGGGACACACAGCTCATCAAGGTTAGAGTATT  699

seq1  CAGATAATGTGCCAGCCTGGGAAACTGTGTTGTTTGACAATGAGCCTTGT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CAGATAATGTGCCAGCCTGGGAAACTGTG-TGTTTGACAATGAGCCTTGT  748

seq1  AAGATACAGTATAAAGCATTGGCTTTGGAGATAAGTCCTTGGGTGTCGAT  799
      |||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||
seq2  AAGATACAGTATAAAGCA-TGGCTTT-GAGAAAAGTCCTTGGGTGTCGAT  796

seq1  TCTGACTTTACCTTTACTAAGTGTGTGGCCTTTGTGGAGCTGTAGATATC  849
      |||||| ||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAC-TTACC-TTACT-AGTGTGTGG-CTTTGTGGAGCTGTAGATATC  842

seq1  TTCTTTCTTTTATTTTAAGAGTTATTTAATGGTTTGTATGTGTCTGTATG  899
      |||||||||||||||  |||||||||  |||  ||| |||| ||||||||
seq2  TTCTTTCTTTTATTT--AGAGTTATT--ATG--TTGAATGT-TCTGTATG  885

seq1  CAGGTGTGTGCAGCTTGTTATGTGTGTACTGGGATACAAACTCCTGTTCT  949
      |||||||| |||||||| |||| ||||||| |||||| |||| |||||| 
seq2  CAGGTGTG-GCAGCTTG-TATG-GTGTACT-GGATAC-AACT-CTGTTC-  928

seq1  CATAGTTACAGAACAAGTATTCTAAACCACTGAGCCATCTCTC  992
      || |||   ||||| ||||   | ||||||||||||| |||||
seq2  CA-AGT---AGAAC-AGTA---TCAACCACTGAGCCA-CTCTC  962

seq1: chr14_23386046_23387181
seq2: B6Ng01-140D11.g_69_1179 (reverse)

seq1  GGCCATGCCACAGTCACCTCTGTATCCCAGACACTTGCAAAGAACTGAAC  50
      ||||||| ||||||| | |||||||||    ||| |||||||||||| ||
seq2  GGCCATG-CACAGTC-CTTCTGTATCC----CACCTGCAAAGAACTG-AC  43

seq1  AAAGAGGGGACTAAATGCATTGCTTATTGCAAACCAGTGAACACTTAAGC  100
      ||| | || ||| |||||| ||||   ||| |||||||| |||| |||||
seq2  AAA-AAGGAACT-AATGCA-TGCT--ATGC-AACCAGTG-ACAC-TAAGC  85

seq1  TACGAGGGATACACCGATCAACATACCATTAGCTGGTTAGTTTCAACTTT  150
      ||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| | |||||||||||||
seq2  TACGA-GGATACACCGATC-ACATA-CATTAGCT-GATAGTTTCAACTTT  131

seq1  CCTCCACCCAGTATTTTCCTCACTTTCTAGAAGGTCACATGAAGCTGCGA  200
       |||||||||||||||| ||||| |||||||  |||||||||||||||||
seq2  -CTCCACCCAGTATTTT-CTCAC-TTCTAGA--GTCACATGAAGCTGCGA  176

seq1  GTGCTGCTTATTCCAGGCGCTGTGGGAAAATCAGGAAGCAAGT-CGGAGA  249
      ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||
seq2  GTGCTGC-TATTCCAGGCGCTGT-GGAAAATCAGGAAGCAAGTCCGAAGA  224

seq1  GCAGAAGAAATGACAATAAACCTAAGTGGGTCCTTACAACAACTGGATTA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAAGAAATGACAATAAACCTAAGTGGGTCCTTACAACAACTGGATTA  274

seq1  CAGCTCAGTATTCAAAATGTTAGCCTTTAGGTTGTGGCAAGGGCTGGCTT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CAGCTCAGTATTCAAAATGTTAGCCTTTAGGTTGTGGCAAGAGCTGGCTT  324

seq1  CTTATGTCTGAGCTACAACCAGATGCCTAATTGAGGCTGCACTAAGATGA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATGTCTGAGCTACAACCAGATGCCTAATTGAGGCTGCACTAAGATGA  374

seq1  ACATTCAAAGGTTTGAGACGTGGCTCGATCATTGTGTGAGCTTTCAGGCA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCAAAGGTTTGAGACGTGGCTCGATCATTGTGTGAGCTTTCAGGCA  424

seq1  CTGTTTAACCTCCTAGGATGTTAGTTTTCTTCTGTGAATGTGGGTAGAGT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTAACCTCCTAGGATGTTAGTTTTCTTCTGTGAATGTGGGTAGAGT  474

seq1  GTCAGGAGGTCTAAGAGTCTAAAGTTTTTTGGGGACTCAGACTCTGAGTC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGGAGGTCTAAGAGTCTAAAGTTTTTTGGGGACTCAGACTCTGAGTC  524

seq1  TATGAGACCACGATACGGTCTTCCATAAATAAAGCTGTAGCTCTGATATT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGACCACGATACGGTCTTCCATAAATAAAGCTGTAGCTCTGATATT  574

seq1  ACGTTATGGTTCATCAGAAGCCAGTGTGTTGAGACATGCTTTTGTTTTTA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTTATGGTTCATCAGAAGCCAGTGTGTTGAGACATGCTTTTGTTTTTA  624

seq1  AGAATGTCCTAGTAGGGAAATATTAAAACCTCCCAGTTCCAGCCAGGAGA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGTCCTAGTAGGGAAATATTAAAACCTCCCAGTTCCAGCCAGGAGA  674

seq1  AAAAGATAACATTAGAGTTTAGCATCATAGGGAATGGTACAAATCGAATT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGATAACATTAGAGTTTAGCATCATAGGGAATGGTACAAATCGAATT  724

seq1  CAGCTTCCCCTTTCTTCCCACATGGTCTCCTTGGGACCCCCTGGCAAGGT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTCCCCTTTCTTCCCACATGGTCTCCTTGGGACCCCCTGGCAAGGT  774

seq1  GGGACATATTCTTAGCAGCCTTTGCAAGATGTGGCTATAGAGAAAGAAGC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACATATTCTTAGCAGCCTTTGCAAGATGTGGCTATAGAGAAAGAAGC  824

seq1  TCCAGCTGGCTATCCATAGTACCCGAATAGAGTAATAGAGGTCACCAAAC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCTGGCTATCCATAGTACCCGAATAGAGTAATAGAGGTCACCAAAC  874

seq1  TTAATCCCTGTAGAAAAATGTAGCCCAGCCATTTTTCATGTCTTGTCTCT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCCCTGTAGAAAAATGTAGCCCAGCCATTTTTCATGTCTTGTCTCT  924

seq1  GATCACATATGTATAGAGATGCAGGAATTGGACCCAGGATTTGGCGAACA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCACATATGTATAGAGATGCAGGAATTGGACCCAGGATTTGGCGAACA  974

seq1  ACTCCTCTGTTTTTGTCAATATAAAACATTGATTTGGGACATTTCCCCAT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCTCTGTTTTTGTCAATATAAAACATTGATTTGGGACATTTCCCCAT  1024

seq1  GCATGATTTTACTCTTGGTCCTACTTCCTGGAAGCCCAGAGACTGCATAC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGATTTTACTCTTGGTCCTACTTCCTGGAAGCCCAGAGACTGCATAC  1074

seq1  TTTGATACCACTAACCTCTACTTGTGCATATGAATTC  1136
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATACCACTAACCTCTACTTGTGCATATGAATTC  1111